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February 2012

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r330 - trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/decorators
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 29, 2012

Feb. 29, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-29 14:20:17 +0100 (Wed, 29 Feb 2012) New Revision: 330 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/330 Log: improve style Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/decorators/layout-default.jsp Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/decorators/layout-default.jsp =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/decorators/layout-default.jsp 2012-02-29 11:10:43 UTC (rev 329) +++ trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/decorators/layout-default.jsp 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) @@ -32,6 +32,16 @@ <%-- metas in head --%> <%@ include file="/WEB-INF/includes/metas.jsp" %> +<script type="text/javascript"> + + jQuery(document).ready(function () { + + // apply common style +// $('fieldset').attr('class', 'ui-widget-content ui-corner-all') + $('fieldset').attr('class', 'ui-corner-all') + }); +</script> + <body> <%-- header --%> @@ -40,7 +50,7 @@ <%-- body --%> -<div id="body"> +<div id="body" class="ui-corner-all"> <h2><d:title default="EchoBase"/></h2>

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r329 - trunk
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 29, 2012

Feb. 29, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-29 12:10:43 +0100 (Wed, 29 Feb 2012) New Revision: 329 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/329 Log: T?\195?\162che #897: Updates to mavenpom 3.1.1 Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2012-02-20 22:37:32 UTC (rev 328) +++ trunk/pom.xml 2012-02-29 11:10:43 UTC (rev 329) @@ -10,7 +10,7 @@ <parent> <groupId>org.nuiton</groupId> <artifactId>mavenpom4redmine</artifactId> - <version>3.1.1-SNAPSHOT</version> + <version>3.1.1</version> </parent> <groupId>fr.ifremer</groupId>

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r328 - in trunk/echobase-ui/src/main/webapp: WEB-INF/decorators WEB-INF/includes WEB-INF/jsp/dbeditor WEB-INF/jsp/user css images
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 20, 2012

Feb. 20, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-20 23:37:32 +0100 (Mon, 20 Feb 2012) New Revision: 328 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/328 Log: integration charte graphique (premier jet) Added: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/background.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bg_top.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_01.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_01_hover.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_02.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_02_hover.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_03.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_03_hover.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_04-05.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_04.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_04_hover-05.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_04_hover.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_05.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_05_hover.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_06.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_06_hover.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_07.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_07_hover.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_8.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_8_hover.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_bleu.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/bt_jaune.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/deconnexion.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/deconnexion_hover.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/error.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/error.png trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/left_error.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/left_error.png trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/left_success.png trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/logo_echobase.png trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/menu.jpg trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/success.png Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/decorators/layout-default.jsp trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/footer.jsp trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/header.jsp trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/dbeditor/dbeditor.jsp trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/user/login.jsp trunk/echobase-ui/src/main/webapp/css/screen.css Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/decorators/layout-default.jsp =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/decorators/layout-default.jsp 2012-02-20 22:35:10 UTC (rev 327) +++ trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/decorators/layout-default.jsp 2012-02-20 22:37:32 UTC (rev 328) @@ -39,10 +39,11 @@ <%-- body --%> -<h2><d:title default="EchoBase"/></h2> <div id="body"> + <h2><d:title default="EchoBase"/></h2> + <s:if test="hasActionMessages()"> <div class="info_success"> <s:actionmessage/> Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/footer.jsp =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/footer.jsp 2012-02-20 22:35:10 UTC (rev 327) +++ trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/footer.jsp 2012-02-20 22:37:32 UTC (rev 328) @@ -52,7 +52,7 @@ </a> </li> <li> - Copyright 2011 + Copyright 2011-2012 <a href="http://www.ifremer.fr">Ifremer</a> <a href="http://www.codelutin.com" title="Code Lutin" target="_blank">Code Lutin</a> Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/header.jsp =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/header.jsp 2012-02-20 22:35:10 UTC (rev 327) +++ trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/header.jsp 2012-02-20 22:37:32 UTC (rev 328) @@ -27,10 +27,10 @@ <s:set var="userIsAdmin" value="%{#session.echoBaseSession.echoBaseUser.admin}"/> -<div class='displayBlock'> +<div class='displayBlock top'> <div class='floatLeft'> - <s:a action="home" namespace="/">EchoBase</s:a> + <s:a action="home" cssClass="logo" namespace="/">EchoBase</s:a> </div> <div id='headerRight'> @@ -52,53 +52,53 @@ <%@ include file="i18n.jsp" %> <br/> </div> - <div class="cleanBoth"> + <div class="cleanBoth menu"> <ul> <s:if test="%{userIsAdmin}"> <li> - <s:a action="configure" namespace="/importDb" method="input"> - <s:text name="echobase.menu.importDb"/></s:a> + <s:a action="configure" namespace="/importDb" method="input" cssClass="impBase"> + <span><s:text name="echobase.menu.importDb"/></s:a></span> </li> <li> - <s:a action="configure" namespace="/exportDb" method="input"> - <s:text name="echobase.menu.exportDb"/></s:a> + <s:a action="configure" namespace="/exportDb" method="input" cssClass="expBase"> + <span><s:text name="echobase.menu.exportDb"/></s:a></span> </li> </s:if> <li> - <s:a action="selectImportType" namespace="/importData" method="input"> - <s:text name="echobase.menu.importData"/></s:a> + <s:a action="selectImportType" namespace="/importData" method="input" cssClass="impDonnee"> + <span><s:text name="echobase.menu.importData"/></s:a></span> </li> <li> - <s:a action="manageExportQuery" namespace="/exportQuery"> - <s:text name="echobase.menu.export"/> + <s:a action="manageExportQuery" namespace="/exportQuery" cssClass="expDonnee"> + <span><s:text name="echobase.menu.export"/></span> </s:a> </li> <li> - <s:a action="dbeditor" namespace="/dbeditor"> - <s:text name="echobase.menu.dbeditor"/> + <s:a action="dbeditor" namespace="/dbeditor" cssClass="modif"> + <span><s:text name="echobase.menu.dbeditor"/></span> </s:a> </li> <s:if test="%{userIsAdmin}"> <li> - <s:a action="userList" namespace="/user"> - <s:text name="echobase.menu.users"/> + <s:a action="userList" namespace="/user" cssClass="user"> + <span><s:text name="echobase.menu.users"/></span> </s:a> </li> <li> <s:a action="configure" namespace="/embeddedApplication" - method="input"> - <s:text name="echobase.menu.createEmbeddedApplication"/> + method="input" cssClass="appli"> + <span><s:text name="echobase.menu.createEmbeddedApplication"/></span> </s:a> </li> </s:if> <li> - <s:a action="logs" namespace="/user"> - <s:text name="echobase.menu.logs"/> + <s:a action="logs" namespace="/user" cssClass="journal"> + <span><s:text name="echobase.menu.logs"/></span> </s:a> </li> <li> - <s:a action="connectToDbInformations" namespace="/user"> - <s:text name="echobase.menu.connectToDbInformations"/> + <s:a action="connectToDbInformations" namespace="/user" cssClass="info"> + <span><s:text name="echobase.menu.connectToDbInformations"/></span> </s:a> </li> </ul> Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/dbeditor/dbeditor.jsp =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/dbeditor/dbeditor.jsp 2012-02-20 22:35:10 UTC (rev 327) +++ trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/dbeditor/dbeditor.jsp 2012-02-20 22:37:32 UTC (rev 328) @@ -313,7 +313,7 @@ <s:hidden id="topiaId" name='topiaId' label=''/> - <s:textfield id="entityId" name='topiaId' label='' readonly="true" size="200"/> + <s:textfield id="entityId" name='topiaId' label='%{getText("echobase.common.id")}' readonly="true" size="250"/> <s:iterator value="columnMetas" var="meta" status="status"> <s:set var="metaName" value='%{#meta.name}'/> @@ -336,7 +336,7 @@ name="%{#metaName}" label="%{#metaName}" disabled="%{#meta.fK}" - value=""/> + value="" size="250"/> </s:if> <s:elseif test='#meta.columnType == "boolean"'> <s:checkbox id="%{#metaName}" Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/user/login.jsp =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/user/login.jsp 2012-02-20 22:35:10 UTC (rev 327) +++ trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/user/login.jsp 2012-02-20 22:37:32 UTC (rev 328) @@ -39,35 +39,37 @@ <%--header--%> -<div class='displayBlock'> +<div class='displayBlock top'> <div class='floatLeft'> - <s:a action="home" namespace="/">Echobase</s:a> + <s:a action="home" cssClass="logo" namespace="/">Echobase</s:a> </div> <div id='headerRight'> <%@ include file="/WEB-INF/includes/i18n.jsp" %> </div> </div> <div class="cleanBoth"></div> -<hr/> <%-- content --%> +<div class="containerHome"> -<h2><s:text name="echobase.title.login"/></h2> + <h2><s:text name="echobase.title.login"/></h2> -<s:form method="POST" namespace="/user"> - <fieldset> - <legend> - <s:text name="echobase.title.login"/> - </legend> - <s:hidden key="redirectAction" label=""/> - <s:textfield name="email" key="echobase.common.email" required="true"/> - <s:password name="password" key="echobase.common.password" required="true"/> - </fieldset> - <br/> - <s:submit action="login" key="echobase.action.login" align="right"/> -</s:form> + <s:form method="POST" namespace="/user"> + <fieldset> + <legend> + <s:text name="echobase.title.login"/> + </legend> + <s:hidden key="redirectAction" label=""/> + <s:textfield name="email" key="echobase.common.email" required="true"/> + <s:password name="password" key="echobase.common.password" + required="true"/> + </fieldset> + <br/> + <s:submit action="login" key="echobase.action.login" align="right"/> + </s:form> -<br/> +</div> + <%-- footer --%> <%@ include file="/WEB-INF/includes/footer.jsp" %> Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/css/screen.css =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/webapp/css/screen.css 2012-02-20 22:35:10 UTC (rev 327) +++ trunk/echobase-ui/src/main/webapp/css/screen.css 2012-02-20 22:37:32 UTC (rev 328) @@ -5,7 +5,7 @@ * $Id$ * $HeadURL$ * %% - * Copyright (C) 2011 Ifremer, Codelutin + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin * %% * This program is free software: you can redistribute it and/or modify * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by @@ -21,11 +21,15 @@ * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. * #L% */ +@charset "UTF-8"; +/* CSS Document */ + * { - font-family: sans-serif; + font-family:Helvetica, Arial, sans-serif; + margin:0; + padding:0; + font-size:10px; } - -/*address this input echobse-theme when ready*/ .ui-jqgrid-view tr.odd { background-attachment: scroll; background-clip: border-box; @@ -36,246 +40,596 @@ background-repeat: repeat; background-size: auto auto; } -.ui-jqgrid-view tr.even{ +.ui-jqgrid-view tr.even { background-attachment: scroll; background-clip: border-box; - background-color: lightgrey !important; + background-color: #ffec3e!important; background-image: none; background-origin: padding-box; background-position: 0 0; background-repeat: repeat; background-size: auto auto; } - .inline { - display:inline; + display: inline; } - .fontsize11 { font-size: 11px; } - .ui-tabs-panel { font-family: monospace; font-size: 9pt; } - .ui-tabs .ui-tabs-nav li a { + -moz-text-blink: none; + -moz-text-decoration-color: 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r327 - in trunk: . echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 20, 2012

Feb. 20, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-20 23:35:10 +0100 (Mon, 20 Feb 2012) New Revision: 327 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/327 Log: updates topia and nuiton-web Modified: trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/EchoBaseTopiaTransactionFilter.java trunk/pom.xml Modified: trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/EchoBaseTopiaTransactionFilter.java =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/EchoBaseTopiaTransactionFilter.java 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) +++ trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/EchoBaseTopiaTransactionFilter.java 2012-02-20 22:35:10 UTC (rev 327) @@ -31,6 +31,8 @@ import org.nuiton.topia.TopiaRuntimeException; import org.nuiton.web.filter.TopiaTransactionFilter; +import javax.servlet.ServletRequest; + /** * EchoBase implementation of the {@link TopiaTransactionFilter}. * @@ -44,7 +46,7 @@ LogFactory.getLog(EchoBaseTopiaTransactionFilter.class); @Override - protected TopiaContext beginTransaction() throws TopiaRuntimeException { + protected TopiaContext beginTransaction(ServletRequest request) throws TopiaRuntimeException { EchoBaseApplicationContext applicationContext = EchoBaseActionSupport.getEchoBaseApplicationContext(); Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) +++ trunk/pom.xml 2012-02-20 22:35:10 UTC (rev 327) @@ -124,10 +124,10 @@  <eugenePluginVersion>2.4.2</eugenePluginVersion> - <topiaVersion>2.6.6</topiaVersion> + <topiaVersion>2.6.7</topiaVersion> <nuitonUtilsVersion>2.4.4</nuitonUtilsVersion> <nuitonI18nVersion>2.4.1</nuitonI18nVersion> - <nuitonWebVersion>1.9.2</nuitonWebVersion> + <nuitonWebVersion>1.10</nuitonWebVersion> <msaccessImporterVersion>1.4.1</msaccessImporterVersion> <struts2Version>2.3.1.2</struts2Version> <jqueryPluginVersion>3.2.1</jqueryPluginVersion>

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r326 - in trunk/echobase-services/src: main/java/fr/ifremer/echobase/services main/resources/i18n test/java/fr/ifremer/echobase/services test/resources/import-data/catchesData test/resources/import-data/operation
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 20, 2012

Feb. 20, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-20 23:17:44 +0100 (Mon, 20 Feb 2012) New Revision: 326 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/326 Log: continue data import Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseService.java trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/totalsample.csv 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@@ -69,6 +71,10 @@ */ public class AcousticDataImportService extends AbstractImportDataService<AcousticDataImportConfiguration> { + /** Logger. */ + private static final Log log = + LogFactory.getLog(AcousticDataImportService.class); + @Override protected String getImportLabel() { return l_(getLocale(), ImportDataMode.AccousticData.getI18nKey()); @@ -260,6 +266,9 @@ if (cellType == 4) { + if (log.isDebugEnabled() ) { + log.debug("Esdu cell (" + esduCellId + ")"); + } // this is a esdu cell row // create esdu cell @@ -288,10 +297,16 @@ String elementaryCellId = esduCellId + "_" + cellNum; + if (log.isDebugEnabled()) { + log.debug("elementary cell (" + elementaryCellId + ")"); + } if (esduCell == null) { - throw new IllegalStateException( - "No esdu cell where to attach the " + - "elementary cell " + elementaryCellId); + throw new ImportException( + l_(getLocale(), "echobase.importError.esduCell.notfound", + esduCellId, + voyage.getName(), + elementaryCellId + )); } // create the elementary cell Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) @@ -223,17 +223,17 @@ Sample sample = operation.getSample(category, sampleType); -// if (sample != null) { -// -// // can not have twice same sample -// throw new ImportException( -// l_(getLocale(), "echobase.importError.duplicate.sample", -// operation.getId(), -// sampleType.getName(), -// species.getBaracoudaCode(), -// sizeCategory.getName())); -// } + if (sample != null) { + // can not have twice same sample + throw new ImportException( + l_(getLocale(), "echobase.importError.duplicate.sample", + operation.getId(), + sampleType.getName(), + species.getBaracoudaCode(), + sizeCategory.getName())); + } + if (sample == null) { // must create it Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseService.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseService.java 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) @@ -25,7 +25,7 @@ package fr.ifremer.echobase.services; /** - * Contract to place on each EchBase service to push the {@code serviceContext} + * Contract to place on each EchoBase service to push the {@code serviceContext} * inside the service. * * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> Modified: trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) +++ trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) @@ -30,6 +30,7 @@ echobase.common.voyageFile= echobase.importError.can.only.import.one.voyage.atime= echobase.importError.duplicate.sample= +echobase.importError.esduCell.notfound= echobase.importError.fromFile= echobase.importError.no.transit.between.date= echobase.importError.no.transit.imported= Modified: trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) +++ trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) @@ -29,6 +29,7 @@ echobase.common.voyageFile=Fichier des voyages echobase.importError.can.only.import.one.voyage.atime=Vous ne pouvez pas importer plus d'un voyage à la fois. echobase.importError.duplicate.sample=L'opération %s ne peut pas contenir deux échantillons de même type %s, espèce %s et taille %s +echobase.importError.esduCell.notfound=Pas de cellule esdu %s déclarée pour la campagne %s lors de l'iomport d'une cellule élémentaire %s echobase.importError.fromFile=Erreur lors de l'import du fichier %s \: %s echobase.importError.no.transit.between.date=Pas de transit trouvé pour le voyage %s entre les dates %s et %s echobase.importError.no.transit.imported=Aucun transit importé Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) @@ -29,6 +29,8 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearMetadata; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CatchesDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; @@ -76,14 +78,19 @@ CatchesDataImportService service = getService(CatchesDataImportService.class); + //FIXME : Il reste des NA + //FIXME : remove this when db will have such data + service.create(getDAO(Species.class), Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, "CARI-DAX"); + service.create(getDAO(Species.class), Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, "CENT-NIR"); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); CsvFileImportResult importResult = result.get(0); - assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 821, 0, 821); - assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 1231, 0, 1231); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 800, 0, 800); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 1198, 0, 1198); } @Test Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) @@ -82,6 +82,7 @@ OperationImportService service = getService(OperationImportService.class); + //FIXME : Encore des chalut mal nommé Chalut aa/bb au lieu de aaxbb //FIXME : remove this when db will have such data service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "AverageSpeed"); service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "VesselHeading"); Modified: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/totalsample.csv =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/totalsample.csv 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) +++ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/totalsample.csv 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) @@ -1,412 +1,401 @@ "operationID";"baracoudacode";"sizeCategory";"sampleWeight";"numberSampled";"meanLength";"meanWeight";"noPerKg";"sortedWeight" -"P0372";"DIVE-RS1";"0";0.75;0;0;0;0;0.75 -"P0372";"ENGR-ENC";"0";16.03;941;136.96;17;58.66;16.03 -"P0372";"LOPH-BUD";"0";"4.0e-03";2;55;2;500;"4.0e-03" -"P0372";"MOLA-MOL";"0";12.12;3;396.66;4040;0.24;12.12 -"P0372";"SCOM-SCO";"0";0.06;1;220;65;15.38;0.06 -"P0377";"BOOP-BOO";"0";0.52;3;253.33;173;5.76;0.52 -"P0377";"ENGR-ENC";"0";25.6;2572;118.91;10;100.48;25.6 -"P0377";"ILLE-COI";"0";0.29;1;180;295;3.38;0.29 -"P0377";"MERL-MCC";"0";17.2;50;334.2;344;2.9;17.2 -"P0377";"MICR-POU";"0";0.58;14;192.85;41;24.13;0.58 -"P0377";"SARD-PIL";"0";0.86;14;205.71;61;16.27;0.86 -"P0377";"SCOM-JAP";"0";40.2;129;332.6;310;3.22;40.2 -"P0377";"SCOM-SCO";"0";36.07;102;363.33;354;2.82;36.07 -"P0377";"TODA-EBL";"0";0.11;2;0;55;18.18;0.11 -"P0377";"TRAC-TRU";"0";229.6;1127;286.68;204;4.9;229.6 -"P0378";"ENGR-ENC";"0";41;3426;117.85;12;83.55;41 -"P0378";"MERL-MCC";"0";5.98;58;233.96;103;9.69;5.98 -"P0378";"MICR-POU";"0";0.19;1;310;195;5.12;0.19 -"P0378";"SARD-PIL";"0";39;632;200.54;62;16.2;39 -"P0378";"SCOM-JAP";"0";0.18;2;225;92;10.81;0.18 -"P0378";"SCOM-SCO";"0";9.72;32;344.68;304;3.29;9.72 -"P0378";"TRAC-TRU";"0";1.46;80;116;18;54.79;1.46 -"P0379";"ENGR-ENC";"0";525.62;32608;131.86;16;62.03;189.6 -"P0379";"EUTR-GUR";"0";0.94;8;253.33;113;8.82;0.34 -"P0379";"MERL-MCC";"0";7.04;36;287.69;195;5.11;2.54 -"P0379";"SARD-PIL";"0";26.05;363;208.85;72;13.92;9.4 -"P0379";"SCOM-JAP";"0";24.61;252;222.96;98;10.24;8.88 -"P0379";"SCOM-SCO";"0";262.81;686;366.73;383;2.61;94.8 -"P0379";"TRAC-TRU";"0";372.04;9570;162.8;39;25.72;134.2 -"P0383";"DIVE-RS2";"0";2.34;1170;0;2;500;2.34 -"P0383";"MICR-POU";"0";23.31;34281;45;1;1470.58;23.31 -"P0383";"MOLA-MOL";"0";4.92;1;420;4920;0.2;4.92 -"P0383";"MYCT-OPX";"0";0.09;97;50;1;1000;0.09 -"P0383";"SCOM-SCO";"0";0.58;780;45;1;1333.33;0.58 -"P0384";"CAPR-APE";"0";2.42;113;91.37;21;46.77;0.62 -"P0384";"ENGR-ENC";"0";982.86;60771;134.56;16;61.83;251.6 -"P0384";"MERL-MCC";"0";1.87;20;220;96;10.41;0.48 -"P0384";"MERL-MCC";"G";4.3;8;406.25;538;1.86;4.3 -"P0384";"SARD-PIL";"0";19.14;277;208.59;69;14.48;4.9 -"P0384";"SCOM-JAP";"0";115.94;1395;210.11;83;12.03;29.68 -"P0384";"SCOM-SCO";"0";30.93;102;343.84;305;3.28;7.92 -"P0384";"TRAC-TRU";"0";329.31;17522;126.94;19;53.2;84.3 -"P0384";"TRAC-TRU";"G";1.64;8;300;210;4.76;0.42 +"P0523";"ALLO-TEZ";"0";0.02;4;0;6;160;0.02 "P0385";"ALLO-TEZ";"0";0.03;7;0;5;200;0.03 -"P0385";"ASPI-OBS";"0";0.16;1;280;160;6.25;0.16 -"P0385";"ENGR-ENC";"0";2.36;170;128.92;14;72.16;2.36 -"P0385";"GALE-GAL";"0";2.76;2;655;1380;0.72;2.76 -"P0385";"MERL-MCC";"0";2.73;48;196.25;57;17.58;2.73 -"P0385";"SARD-PIL";"0";1.78;23;212.39;77;12.92;1.78 -"P0385";"SARD-SAR";"0";1.44;1;530;1440;0.69;1.44 -"P0385";"SCOM-SCO";"0";1.09;4;327.5;272;3.66;1.09 -"P0385";"SEPI-OLZ";"0";0.01;6;0;2;400;0.01 -"P0385";"TRAC-TRU";"0";4.72;177;141.35;27;37.5;4.72 -"P0389";"ENGR-ENC";"0";39.9;2576;133.1;15;64.56;39.9 -"P0389";"MERL-MCC";"0";1.01;9;245.55;113;8.86;1.01 -"P0389";"MOLA-MOL";"0";21.32;5;404;4264;0.23;21.32 -"P0389";"POLL-POL";"0";3.14;1;830;3140;0.31;3.14 -"P0389";"SARD-PIL";"0";17.9;266;203.05;67;14.87;17.9 -"P0389";"SPON-CAN";"0";0.73;1;350;730;1.36;0.73 -"P0389";"TRAC-DRA";"0";0.25;4;212.5;62;16;0.25 -"P0389";"TRAC-TRU";"0";0.06;2;155;30;33.33;0.06 -"P0390";"ENGR-ENC";"0";1137.95;62737;137.46;18;55.13;385.3 -"P0390";"EUTR-GUR";"0";1.55;21;215.71;75;13.33;0.52 -"P0390";"EUTR-GUR";"G";0.73;1;460;735;1.36;0.73 -"P0390";"MERL-MCC";"0";1.03;12;227.5;88;11.42;0.35 -"P0390";"MOLA-MOL";"0";6.66;2;385;3330;0.3;6.66 -"P0390";"MUST-AST";"0";2.62;2;675;1310;0.76;2.62 -"P0390";"SARD-PIL";"0";17.72;310;191.71;57;17.5;6 -"P0390";"SCOM-JAP";"0";10.98;145;203.46;76;13.17;3.72 -"P0390";"SCOM-SCO";"0";4.43;18;325;250;4;1.5 -"P0390";"TRAC-TRU";"0";1.21;65;128.63;19;53.65;0.41 -"P0390";"ZEUS-FAB";"0";0.64;1;340;640;1.56;0.64 -"P0395";"DIVE-RS2";"0";0.83;291;0;3;350;0.83 -"P0395";"MICR-POU";"0";1.17;1898;41.8;1;1612.9;1.17 -"P0395";"MOLA-MOL";"0";5.02;1;430;5020;0.19;5.02 -"P0395";"MYCT-OPX";"0";3.6;2687;50;1;746.26;3.6 -"P0395";"SCOM-SCO";"0";0.09;83;50;1;923.07;0.09 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-51,12 +54,9 @@ "THALASSA II";"P0505";"SURF";"22/05/2011 05:45:10";46.5396551;-4.9833545;46.5666412;-4.9372575;"22/05/2011 06:53:04";46.512669;-5.0294515;"76x70" "THALASSA II";"P0506";"NUL";"22/05/2011 12:05:37";46.89181565;-4.33279955;46.9203095;-4.2784823;"22/05/2011 13:22:21";46.8633218;-4.3871168;"76x70" "THALASSA II";"P0509";"SURF";"24/05/2011 17:23:57";46.7755839;-5.06538785;46.739707;-5.1170042;"24/05/2011 18:30:39";46.8114608;-5.0137715;"76x70" -"THALASSA II";"P0510";"CLAS";"25/05/2011 07:27:42";46.9686228;-5.2053616;46.9372413;-5.2458797;"25/05/2011 08:34:33";47.0000043;-5.1648435;"76x70" -"THALASSA II";"P0511";"SURF";"25/05/2011 13:04:56";47.03671115;-5.5070321;47.0667233;-5.4681422;"25/05/2011 14:07:39";47.006699;-5.545922;"76x70" +"THALASSA II";"P0535";"CLAS";"28/05/2011 16:43:48";45.67605565;-1.8722945;45.6879498;-1.8414218;"28/05/2011 17:20:31";45.6641615;-1.9031672;"76x70" "THALASSA II";"P0512";"CLAS";"25/05/2011 15:07:48";47.0821397;-5.4535365;47.0675042;-5.4723792;"25/05/2011 15:39:12";47.0967752;-5.4346938;"76x70" "THALASSA II";"P0523";"CLAS";"27/05/2011 15:30:59";45.747111;-1.70588315;45.7523865;-1.6929008;"27/05/2011 15:46:53";45.7418355;-1.7188655;"76x70" -"THALASSA II";"P0535";"CLAS";"28/05/2011 16:43:48";45.67605565;-1.8722945;45.6879498;-1.8414218;"28/05/2011 17:20:31";45.6641615;-1.9031672;"76x70" -"THALASSA II";"P0545";"CLAS";"30/05/2011 16:59:20";44.26752465;-1.53255675;44.2664178;-1.56542;"30/05/2011 17:39:30";44.2686315;-1.4996935;"76x70" +"THALASSA II";"P0563";"CLAS";"02/06/2011 17:34:41";44.4829427;-1.44727785;44.5207862;-1.4379057;"02/06/2011 18:32:34";44.4450992;-1.45665;"76x70" "THALASSA II";"P0553";"CLAS";"31/05/2011 16:00:50";44.27961675;-1.58057055;44.252785;-1.5739693;"31/05/2011 16:48:07";44.3064485;-1.5871718;"76x70" "THALASSA II";"P0554";"CLAS";"31/05/2011 17:28:44";44.2998278;-1.540415;44.3192688;-1.5419232;"31/05/2011 18:03:21";44.2803868;-1.5389068;"76x70" -"THALASSA II";"P0563";"CLAS";"02/06/2011 17:34:41";44.4829427;-1.44727785;44.5207862;-1.4379057;"02/06/2011 18:32:34";44.4450992;-1.45665;"76x70"

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r325 - in trunk/echobase-services/src: main/java/fr/ifremer/echobase/services main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv test/java/fr/ifremer/echobase/services test/resources/import-data test/resources/import-data/result
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 18, 2012

Feb. 18, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-18 01:10:05 +0100 (Sat, 18 Feb 2012) New Revision: 325 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/325 Log: - improve csv api (for adding foreign keys) - test result import - add missing entities in tests Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/echotype.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthAgeKey.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthWeightKey.csv Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModelRow.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -158,7 +158,9 @@ } catch (TopiaException e) { throw new EchoBaseTechnicalException("Could not create new instance of entity", e); } - }protected <E extends TopiaEntity> E create(TopiaDAO<E> dao) { + } + + protected <E extends TopiaEntity> E create(TopiaDAO<E> dao) { try { E result = dao.create(); return result; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -23,6 +23,7 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services; +import com.google.common.base.Predicate; import com.google.common.collect.Iterables; import com.google.common.collect.Lists; import com.google.common.collect.Maps; @@ -56,12 +57,15 @@ import fr.ifremer.echobase.services.csv.RegionCellAssociationImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.RegionCellAssociationImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.RegionCellImportModel; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAO; import org.nuiton.util.csv.Import; import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; import java.io.Reader; import java.util.Arrays; +import java.util.Collection; import java.util.List; import java.util.Map; @@ -75,6 +79,10 @@ */ public class ResultsImportService extends AbstractImportDataService<ResultsImportConfiguration> { + /** Logger. */ + private static final Log log = + LogFactory.getLog(ResultsImportService.class); + @Override protected String getImportLabel() { return l_(getLocale(), ImportDataMode.Results.getI18nKey()); @@ -181,6 +189,11 @@ protected CsvFileImportResult importRegionsFile(InputFile inputFile) throws ImportException { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of region from file " + + inputFile.getFileName()); + } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( inputFile.getFileName()); @@ -212,6 +225,11 @@ RegionCellAssociationImportModel csvModel = new RegionCellAssociationImportModel( serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator()); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of region association from file " + + inputFile.getFileName()); + } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( inputFile.getFileName()); @@ -241,6 +259,11 @@ Map<String, Voyage> voyageMap, Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of lenthWeightKey from file " + + inputFile.getFileName()); + } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( inputFile.getFileName()); @@ -307,6 +330,11 @@ Map<String, Voyage> voyageMap, Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of lenthAgeKey from file " + + inputFile.getFileName()); + } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( inputFile.getFileName()); @@ -350,6 +378,11 @@ Map<String, Voyage> voyageMap, Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of echotype from file " + + inputFile.getFileName()); + } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( inputFile.getFileName()); @@ -374,49 +407,44 @@ Voyage voyage = row.getVoyage(); - String echotypeName = row.getName(); + Echotype rowEchotype = row.getEchotype(); + String echotypeName = rowEchotype.getName(); + // check if there is a echotype for the voyage and this name Echotype echotype = null; if (!voyage.isEchotypeEmpty()) { - echotype = Iterables.find( - voyage.getEchotype(), + Collection<Echotype> echotypes = voyage.getEchotype(); + Predicate<Echotype> predicate = EchoBasePredicates.newEchotypeByNamePredicate( - echotypeName)); + echotypeName); + echotype = Iterables.find(echotypes, predicate, null); } if (echotype == null) { // creates it - echotype = create(dao, - Echotype.PROPERTY_NAME, echotypeName, - Echotype.PROPERTY_MEANING, row.getMeaning() - ); + echotype = create(dao, rowEchotype); - DepthStratum depthStratum = row.getDepthStratum(); - echotype.setDepthStratum(depthStratum); - // attach it to voyage - voyage.addEchotype(echotype); importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Echotype); + } else { - importResult.incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum.Echotype); - } + Species species = rowEchotype.getSpecies().iterator().next(); + Species existingSpecie = + echotype.getSpeciesByTopiaId(species.getTopiaId()); - Species species = row.getSpecies(); - Species existingSpecie = - echotype.getSpeciesByTopiaId(species.getTopiaId()); + if (existingSpecie == null) { - if (existingSpecie == null) { - - // add this species - echotype.addSpecies(species); + // add this species + echotype.addSpecies(species); + } } } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -45,7 +45,7 @@ super(separator); newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer");//A newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset");//B - newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndname", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(AcousticInstrument.class, AcousticInstrument.PROPERTY_ID, instrumentsById));//C + newForeignKeyColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndname", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT, AcousticInstrument.class, AcousticInstrument.PROPERTY_ID, instrumentsById);//C newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndident");//D newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\softChannelId");//E newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\channelName");//F Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -35,7 +35,7 @@ */ public class AcousticDataImportModelRow { - public static final String PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT= "acousticInstrument"; + public static final String PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT = "acousticInstrument"; // public static final String PROPERTY_CHANNEL_NAME = "channelName"; // public static final String PROPERTY_SND_NAME = "sndName"; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -338,6 +338,14 @@ public <T> ImportableColumn<E, T> newMandatoryColumn(String headerName, ValueParser<T> valueParser, ValueSetter<E, T> etValueSetter) { return modelBuilder.newMandatoryColumn(headerName, valueParser, etValueSetter); } + + protected <E extends TopiaEntity> void newForeignKeyColumn(String headerName, String propertyName, Class<E> entityType, String foreignKeyName, Map<String, E> universe) { + newMandatoryColumn(headerName, propertyName, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, foreignKeyName, universe)); + } + + protected <E extends TopiaEntity> void newForeignKeyColumn(String propertyName, Class<E> entityType, String foreignKeyName, Map<String, E> universe) { + newMandatoryColumn(propertyName, propertyName, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, foreignKeyName, universe)); + } } public static abstract class AbstractImportExportModel<E> implements ImportExportModel<E> { @@ -445,6 +453,14 @@ public <T> ImportableExportableColumn<E, T> newColumnForImportExport(String headerName, ValueGetterSetter<E, T> etValueGetterSetter, ValueParserFormatter<T> valueParserFormatter) { return modelBuilder.newColumnForImportExport(headerName, etValueGetterSetter, valueParserFormatter); } + + protected <E extends TopiaEntity> void newForeignKeyColumn(String headerName, String propertyName, Class<E> entityType, String foreignKeyName, Map<String, E> universe) { + newMandatoryColumn(headerName, propertyName, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, foreignKeyName, universe)); + } + + protected <E extends TopiaEntity> void newForeignKeyColumn(String propertyName, Class<E> entityType, String foreignKeyName, Map<String, E> universe) { + newMandatoryColumn(propertyName, propertyName, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, foreignKeyName, universe)); + } } public static abstract class AbstractExportModel<E> implements ExportModel<E> { Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -25,6 +25,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.DepthStratum; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import java.util.Map; @@ -57,14 +58,14 @@ echotypeName DepthStratumID meaning - genusSpecies + baracoudacode */ - newMandatoryColumn("echotypeName", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_NAME); - newMandatoryColumn("meaning", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_MEANING); - newMandatoryColumn(EchotypeImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); - newMandatoryColumn("DepthStratumID", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(DepthStratum.class, DepthStratum.PROPERTY_ID, depthStratumMap)); - newMandatoryColumn("genusSpecies", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); + newMandatoryColumn("echotypeName", Echotype.PROPERTY_NAME); + newMandatoryColumn("meaning", Echotype.PROPERTY_MEANING); + newForeignKeyColumn(EchotypeImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); + newForeignKeyColumn("DepthStratumID", Echotype.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, DepthStratum.class, DepthStratum.PROPERTY_ID, depthStratumMap); + newForeignKeyColumn("baracoudacode", Echotype.PROPERTY_SPECIES, Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModelRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModelRow.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModelRow.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -25,6 +25,8 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.DepthStratum; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.EchotypeImpl; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import java.io.Serializable; @@ -41,24 +43,14 @@ public static final String PROPERTY_VOYAGE = "voyage"; - public static final String PROPERTY_NAME = "name"; - - public static final String PROPERTY_MEANING = "meaning"; - - public static final String PROPERTY_DEPTH_STRATUM = "depthStratum"; - - public static final String PROPERTY_SPECIES = "species"; - protected Voyage voyage; - protected String name; + protected final Echotype echotype; - protected String meaning; + public EchotypeImportModelRow() { + echotype = new EchotypeImpl(); + } - protected DepthStratum depthStratum; - - protected Species species; - public Voyage getVoyage() { return voyage; } @@ -67,35 +59,23 @@ this.voyage = voyage; } - public String getName() { - return name; + public Echotype getEchotype() { + return echotype; } public void setName(String name) { - this.name = name; + echotype.setName(name); } - public String getMeaning() { - return meaning; - } - public void setMeaning(String meaning) { - this.meaning = meaning; + echotype.setMeaning(meaning); } - public DepthStratum getDepthStratum() { - return depthStratum; - } - public void setDepthStratum(DepthStratum depthStratum) { - this.depthStratum = depthStratum; + echotype.setDepthStratum(depthStratum); } - public Species getSpecies() { - return species; - } - public void setSpecies(Species species) { - this.species = species; + echotype.addSpecies(species); } } \ No newline at end of file Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -54,11 +54,11 @@ gearMetadataValue */ - newMandatoryColumn("vesselName", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap)); - newMandatoryColumn("operationID", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); + newForeignKeyColumn("vesselName", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap); + newForeignKeyColumn("operationID", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap); - newMandatoryColumn("metadataType", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR_METADATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(GearMetadata.class, GearMetadata.PROPERTY_NAME, gearMetadataMap)); - newMandatoryColumn("gearCode", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME, gearMap)); + newForeignKeyColumn("metadataType", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR_METADATA, GearMetadata.class, GearMetadata.PROPERTY_NAME, gearMetadataMap); + newForeignKeyColumn("gearCode", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR, Gear.class, Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME, gearMap); newMandatoryColumn("gearMetadataValue", GearMetadataValue.PROPERTY_DATA_VALUE); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -53,15 +53,14 @@ this.strataMap = strataMap; this.speciesMap = speciesMap; - newMandatoryColumn(LengthAgeKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); + newForeignKeyColumn(LengthAgeKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_AGE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_PERCENT_AT_AGE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_LENGTH, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_METADATA); - newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_STRATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Strata.class, Strata.PROPERTY_NAME, strataMap)); - newMandatoryColumn("codeMemo", LengthAgeKey.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class,Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); - + newForeignKeyColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_STRATA, Strata.class, Strata.PROPERTY_NAME, strataMap); + newForeignKeyColumn("baracoudacode", LengthAgeKey.PROPERTY_SPECIES, Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap); } @Override Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -61,12 +61,12 @@ codeMemo */ - newMandatoryColumn(LengthWeightKey.PROPERTY_APARAMETER, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); - newMandatoryColumn(LengthWeightKey.PROPERTY_BPARAMETER, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); + newMandatoryColumn("aParameter", LengthWeightKey.PROPERTY_APARAMETER, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); + newMandatoryColumn("bParameter", LengthWeightKey.PROPERTY_BPARAMETER, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); - newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); - newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap)); - newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); + newForeignKeyColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); + newForeignKeyColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap); + newForeignKeyColumn("baracoudacode", LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap); } @Override Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -58,11 +58,11 @@ gearShootingEndLongitude // gearName // */ - newMandatoryColumn("vesselName", OperationImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap)); + newForeignKeyColumn("vesselName", OperationImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap); - newMandatoryColumn("gearCode", Operation.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME, gearMap)); - newMandatoryColumn("depthStratumID", Operation.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(DepthStratum.class, DepthStratum.PROPERTY_ID, depthStratumMap)); - newMandatoryColumn("operationID",Operation.PROPERTY_ID); + newForeignKeyColumn("gearCode", Operation.PROPERTY_GEAR, Gear.class, Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME, gearMap); + newForeignKeyColumn("depthStratumID", Operation.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, DepthStratum.class, DepthStratum.PROPERTY_ID, depthStratumMap); + newMandatoryColumn("operationID", Operation.PROPERTY_ID); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_MID_HAUL_LATITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_MID_HAUL_LONGITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_GEAR_SHOOTING_START_TIME, CsvModelUtil.DAY_TIME_SECOND); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -51,10 +51,10 @@ operationMetadataValue/ */ - newMandatoryColumn("vesselName", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap)); - newMandatoryColumn("operationID", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); + newForeignKeyColumn("vesselName", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap); + newForeignKeyColumn("operationID", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap); - newMandatoryColumn("metadataType", OperationMetadataValue.PROPERTY_OPERATION_METADATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(OperationMetadata.class, OperationMetadata.PROPERTY_NAME, operationMetadataMap)); + newForeignKeyColumn("metadataType", OperationMetadataValue.PROPERTY_OPERATION_METADATA, OperationMetadata.class, OperationMetadata.PROPERTY_NAME, operationMetadataMap); newMandatoryColumn("operationMetadataValue", OperationMetadataValue.PROPERTY_DATA_VALUE); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -67,10 +67,10 @@ newIgnoredColumn("units"); newIgnoredColumn("round"); - newMandatoryColumn("operationID", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class,Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); - newMandatoryColumn("baracoudacode", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); - newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME,sizeCategoryMap)); - newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SEX_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SexCategory.class, SexCategory.PROPERTY_NAME,sexCategoryMap)); + newForeignKeyColumn("operationID", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap); + newForeignKeyColumn("baracoudacode", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap); + newForeignKeyColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap); + newForeignKeyColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SEX_CATEGORY, SexCategory.class, SexCategory.PROPERTY_NAME, sexCategoryMap); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_SAMPLE_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -56,9 +56,9 @@ sortedWeight */ - newMandatoryColumn("operationID", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); - newMandatoryColumn("baracoudacode", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); - newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap)); + newForeignKeyColumn("operationID", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap); + newForeignKeyColumn("baracoudacode", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap); + newForeignKeyColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_SAMPLE_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -39,9 +39,9 @@ public TransectImportModel(char separator, Map<String, Voyage> voyageMap) { super(separator); - newMandatoryColumn( + newForeignKeyColumn( "voyageName", TransectImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, - CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); + Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TITLE); newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TRANSECT_ABSTRACT); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -41,7 +41,7 @@ public TransitImportModel(char separator, Map<String, Voyage> voyageMap) { super(separator); - newMandatoryColumn("voyageName", TransitImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); + newForeignKeyColumn("voyageName", TransitImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_DESCRIPTION); newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_START_TIME, CsvModelUtil.DAY_TIME); newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_END_TIME, CsvModelUtil.DAY_TIME); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -30,6 +30,8 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearMetadata; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AcousticDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CellPositionReference; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; @@ -48,7 +50,7 @@ public class AcousticDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz"); + return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -70,8 +72,8 @@ AcousticDataImportConfiguration conf = new AcousticDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVesselId(VESSEL_ID); conf.setAcousticDensityUnit("acousticDensityUnit"); conf.setAcquisitionSoftwareVersionER60("acquisitionSoftwareVersionER60"); conf.setAcquisitionSoftwareVersionME70("acquisitionSoftwareVersionME70"); @@ -96,6 +98,14 @@ AcousticDataImportService service = getService(AcousticDataImportService.class); + //FIXME : remove this when db will have such data + service.create(getDAO(AcousticInstrument.class), AcousticInstrument.PROPERTY_ID, "ES18-11"); + service.create(getDAO(AcousticInstrument.class), AcousticInstrument.PROPERTY_ID, "ES38B"); + service.create(getDAO(AcousticInstrument.class), AcousticInstrument.PROPERTY_ID, "ES70-7C"); + service.create(getDAO(AcousticInstrument.class), AcousticInstrument.PROPERTY_ID, "ES120-7"); + service.create(getDAO(AcousticInstrument.class), AcousticInstrument.PROPERTY_ID, "ES200-7C"); + service.create(getDAO(AcousticInstrument.class), AcousticInstrument.PROPERTY_ID, "ME70"); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -47,7 +47,7 @@ public class CatchesDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz"); + return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -67,8 +67,8 @@ CatchesDataImportConfiguration conf = new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVesselId(VESSEL_ID); prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), getImportPath("totalsample.csv")); @@ -76,12 +76,12 @@ CatchesDataImportService service = getService(CatchesDataImportService.class); - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, + createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); - Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); - CsvFileImportResult importResult = iterator.next(); + CsvFileImportResult importResult = result.get(0); assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 821, 0, 821); assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 1231, 0, 1231); } @@ -99,8 +99,8 @@ CatchesDataImportConfiguration conf = new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVesselId(VESSEL_ID); prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), getImportPath("subsample.csv")); @@ -133,15 +133,16 @@ CatchesDataImportConfiguration conf = new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVesselId(VESSEL_ID); prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), getImportPath("biometrysample.csv")); CatchesDataImportService service = getService(CatchesDataImportService.class); - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, + createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); @@ -151,49 +152,4 @@ assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 619, 0, 4680); } - @Ignore - @Test - public void doImportAllSample() throws Exception { - - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(Operation.class, 61); - assertNbEntities(Sample.class, 0); - assertNbEntities(SampleData.class, 0); - - CatchesDataImportConfiguration conf = - new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); - - conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); - - prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), - getImportPath("totalsample.csv")); - prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), - getImportPath("subsample.csv")); - prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), - getImportPath("biometrysample.csv")); - - CatchesDataImportService service = - getService(CatchesDataImportService.class); - - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(3, result.size()); - Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); - CsvFileImportResult importResult; - importResult = iterator.next(); - assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 821, 0, 1220); - assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 1231, 0, 6273); - - importResult = iterator.next(); - assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 399, 0, 1220); - assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 5042, 0, 6273); - - importResult = iterator.next(); - assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 4061, 0, 4680); - assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 619, 0, 4680); - } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -44,7 +44,7 @@ public class CommonDataImportService2Test extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz"); + return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); } @Test @@ -59,13 +59,13 @@ CommonDataImportConfiguration conf = new CommonDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setAreaOfOperationId("fr.ifremer.echobase.entities.references.AreaOfOperation#1323128474277#0.011341599655098622"); + conf.setAreaOfOperationId(AREA_OF_OPERATION_ID); conf.setDatum("datum"); - conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); conf.setTransectBinUnitsPingAxis("transectBinUnitsPingAxis"); conf.setTransectGeospatialVerticalPositive("transectGeospatialVerticalPositive"); conf.setTransectLicence("transectLicence"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setVesselId(VESSEL_ID); prepareInputFile(conf.getTransectFile(), getImportPath("transect.csv")); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -43,8 +43,9 @@ */ public class CommonDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { + protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz"); + return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_NO_DATA); } @Test @@ -61,15 +62,15 @@ CommonDataImportConfiguration conf = new CommonDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setAreaOfOperationId("fr.ifremer.echobase.entities.references.AreaOfOperation#1323128474277#0.011341599655098622"); + conf.setAreaOfOperationId(AREA_OF_OPERATION_ID); conf.setDatum("datum"); - conf.setMissionId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission#1323127544274#0.7939481378378231"); + conf.setMissionId(MISSION_ID); conf.setTransectBinUnitsPingAxis("transectBinUnitsPingAxis"); conf.setTransectGeospatialVerticalPositive("transectGeospatialVerticalPositive"); conf.setTransectLicence("transectLicence"); conf.setTransitRelatedActivity("transitRelatedActivity"); conf.setVoyageDescription("voyageDescription"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setVesselId(VESSEL_ID); prepareInputFile(conf.getVoyageFile(), getImportPath("voyage.csv")); prepareInputFile(conf.getTransitFile(), getImportPath("transit.csv")); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -53,6 +53,20 @@ */ public abstract class EchoBaseTestServiceSupport extends EchoBaseServiceSupport { + public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_NO_DATA = "/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz"; + + public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT = "/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz"; + + public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT = "/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz"; + + public static final String VOYAGE_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329522708879#0.8413295564795277"; + + public static final String VESSEL_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"; + + public static final String MISSION_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission#1323127544274#0.7939481378378231"; + + public static final String AREA_OF_OPERATION_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.AreaOfOperation#1323128474277#0.011341599655098622"; + /** Logger. */ private static final Log log = LogFactory.getLog(EchoBaseTestServiceSupport.class); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -45,13 +45,13 @@ protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { return new FakeEchoBaseServiceContext( - "/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz"); + IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT); } @Test public void testCreateEmbeddedApplication() throws Exception { EmbeddedApplicationConfiguration conf = new EmbeddedApplicationConfiguration(); - conf.setVoyageIds(new String[]{"fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"}); + conf.setVoyageIds(new String[]{VOYAGE_ID}); File workingDirectory = new File(getTestDir(), "work-dir"); FileUtil.createDirectoryIfNecessary(workingDirectory); @@ -72,8 +72,7 @@ public void replicateVoyageEntity() throws Exception { // create new H2 dataBase in target/voyageId - String voyageId = "fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"; - TopiaEntity voyageMocked = getEntityById(Voyage.class, voyageId); + TopiaEntity voyageMocked = getEntityById(Voyage.class, VOYAGE_ID); File testBaseDir = new File(getTestDir(), "replicated"); @@ -81,7 +80,7 @@ getService(EmbeddedApplicationService.class); EmbeddedApplicationConfiguration conf = new EmbeddedApplicationConfiguration(); - conf.setVoyageIds(new String[]{"fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"}); + conf.setVoyageIds(new String[]{VOYAGE_ID}); TopiaContext rootContextDest = service.createH2Batabase(conf, testBaseDir, false); @@ -91,7 +90,7 @@ try { transactionDest = rootContextDest.beginTransaction(); VoyageDAO voyageDAO = EchoBaseDAOHelper.getVoyageDAO(transactionDest); - Voyage voyageReplicated = voyageDAO.findByTopiaId(voyageId); + Voyage voyageReplicated = voyageDAO.findByTopiaId(VOYAGE_ID); // assert voyage is in new base Assert.assertNotNull(voyageReplicated); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -23,12 +23,15 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; import fr.ifremer.echobase.entities.data.GearMetadataValue; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Operation; import fr.ifremer.echobase.entities.data.OperationMetadataValue; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearMetadata; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.OperationImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; @@ -46,7 +49,7 @@ public class OperationImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db"); + return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -59,9 +62,6 @@ assertNbEntities(Voyage.class, 1); assertNbEntities(Transit.class, 3); assertNbEntities(Transect.class, 181); - - // import operations - assertNbEntities(Operation.class, 0); assertNbEntities(OperationMetadataValue.class, 0); assertNbEntities(GearMetadataValue.class, 0); @@ -69,16 +69,25 @@ OperationImportConfiguration conf = new OperationImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVesselId(VESSEL_ID); - prepareInputFile(conf.getOperationFile(), getImportPath("operation.csv")); - prepareInputFile(conf.getOperationMetadataFile(), getImportPath("operationmetadatavalue.csv")); - prepareInputFile(conf.getGearMetadataFile(), getImportPath("gearmetadatavalue.csv")); + prepareInputFile(conf.getOperationFile(), + getImportPath("operation.csv")); + prepareInputFile(conf.getOperationMetadataFile(), + getImportPath("operationmetadatavalue.csv")); + prepareInputFile(conf.getGearMetadataFile(), + getImportPath("gearmetadatavalue.csv")); OperationImportService service = getService(OperationImportService.class); + //FIXME : remove this when db will have such data + service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "AverageSpeed"); + service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "VesselHeading"); + service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "DriftHeading"); + service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "DriftSpeed"); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -0,0 +1,144 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services; + +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthAgeKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthWeightKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; +import org.junit.Assert; +import org.junit.Test; + +import java.util.List; + +/** + * Tests {@link ResultsImportService}. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class ResultsImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { + + protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { + return new FakeEchoBaseServiceContext( + IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); + } + + protected String[] getImportPath(String filename) { + return new String[]{"/import-data", "result", filename}; + } + + @Test + public void doImportLengthAgeKey() throws Exception { + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + assertNbEntities(LengthAgeKey.class, 0); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); + + prepareInputFile(conf.getLengthAgeKeyFile(), + getImportPath("lengthAgeKey.csv")); + + ResultsImportService service = + getService(ResultsImportService.class); + + //FIXME : remove this when db will have such data + service.create(getDAO(Strata.class), Strata.PROPERTY_NAME, "ALL"); + + List<CsvFileImportResult> result = + service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(1, result.size()); + assertCsvImportResult(result.get(0), LengthAgeKey.class, 404, 0, 404); + } + + @Test + public void doImportLengthWeightKey() throws Exception { + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + assertNbEntities(LengthWeightKey.class, 0); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); + + prepareInputFile(conf.getLengthWeightKeyFile(), + getImportPath("lengthWeightKey.csv")); + + ResultsImportService service = + getService(ResultsImportService.class); + + List<CsvFileImportResult> result = + service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(1, result.size()); + assertCsvImportResult(result.get(0), LengthWeightKey.class, 7, 0, 7); + } + + @Test + public void doImportEchotype() throws Exception { + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + assertNbEntities(Echotype.class, 0); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); + + prepareInputFile(conf.getEchotypeFile(), getImportPath("echotype.csv")); + + ResultsImportService service = + getService(ResultsImportService.class); + + List<CsvFileImportResult> result = + service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(1, result.size()); + assertCsvImportResult(result.get(0), Echotype.class, 8, 0, 8); + } + +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Modified: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Modified: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Modified: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/echotype.csv =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/echotype.csv (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/echotype.csv 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -0,0 +1,33 @@ +"voyage";"echotypeName";"DepthStratumID";"meaning";"baracoudacode" +"PELGAS2011";"D1";"CLAS";"Maquereaux, Chinchards et gadidés présents dans les couches à proximité du fond";"COMP-LEM" +"PELGAS2011";"D1";"CLAS";"Maquereaux, Chinchards et gadidés présents dans les couches à proximité du fond";"MERL-MER" +"PELGAS2011";"D1";"CLAS";"Maquereaux, Chinchards et gadidés présents dans les couches à proximité du fond";"MERL-MNG" +"PELGAS2011";"D1";"CLAS";"Maquereaux, Chinchards et gadidés présents dans les couches à proximité du fond";"SCOM-JAP" +"PELGAS2011";"D1";"CLAS";"Maquereaux, Chinchards et gadidés présents dans les couches à proximité du fond";"SCOM-SCO" +"PELGAS2011";"D1";"CLAS";"Maquereaux, Chinchards et gadidés présents dans les couches à proximité du fond";"TRAC-MED" +"PELGAS2011";"D1";"CLAS";"Maquereaux, Chinchards et gadidés présents dans les couches à proximité du fond";"TRAC-TRU" +"PELGAS2011";"D2";"CLAS";"Bancs bien distincts: Anchois, Sardines Sprats et Harengs situés entre le fond et 50m au dessus du fond";"CLUP-HAR" +"PELGAS2011";"D2";"CLAS";"Bancs bien distincts: Anchois, Sardines Sprats et Harengs situés entre le fond et 50m au dessus du fond";"ENGR-ENC" +"PELGAS2011";"D2";"CLAS";"Bancs bien distincts: Anchois, Sardines Sprats et Harengs situés entre le fond et 50m au dessus du fond";"SARD-PIL" +"PELGAS2011";"D2";"CLAS";"Bancs bien distincts: Anchois, Sardines Sprats et Harengs situés entre le fond et 50m au dessus du fond";"SPRA-SPR" +"PELGAS2011";"D3";"CLAS";"Merlans bleus, myctophidés et capros présents au large";"CAPR-APE" +"PELGAS2011";"D3";"CLAS";"Merlans bleus, myctophidés et capros présents au large";"MICR-POU" +"PELGAS2011";"D4";"SURF";"Sardines, Maquereaux, Anchois situés proche de la surface";"ENGR-ENC" +"PELGAS2011";"D4";"SURF";"Sardines, Maquereaux, Anchois situés proche de la surface";"SARD-PIL" +"PELGAS2011";"D4";"SURF";"Sardines, Maquereaux, Anchois situés proche de la surface";"SCOM-JAP" +"PELGAS2011";"D4";"SURF";"Sardines, Maquereaux, Anchois situés proche de la surface";"SCOM-SCO" +"PELGAS2011";"D5";"CLAS";"Points bleus près du fond (Merlans leus, merlus et chinchards)";"COMP-LEM" +"PELGAS2011";"D5";"CLAS";"Points bleus près du fond (Merlans leus, merlus et chinchards)";"MERL-MER" +"PELGAS2011";"D5";"CLAS";"Points bleus près du 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r324 - trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 17, 2012

Feb. 17, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-17 20:51:35 +0100 (Fri, 17 Feb 2012) New Revision: 324 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/324 Log: add import test datas Added: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz Added: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream

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r323 - trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 17, 2012

Feb. 17, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-17 20:48:30 +0100 (Fri, 17 Feb 2012) New Revision: 323 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/323 Log: add svn properties + header Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java 2012-02-17 19:48:30 UTC (rev 323) @@ -1,3 +1,26 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ package fr.ifremer.echobase.services.csv; import com.google.common.collect.Maps; Property changes on: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native

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Feb. 17, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-17 19:35:54 +0100 (Fri, 17 Feb 2012) New Revision: 322 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/322 Log: - continue import data tests - improve Foreign value parser (add the property name inside error message) - improve others tests (and make create embedded service testable) Added: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/acousticData/ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/acousticData/movies.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/subsample.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/totalsample.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/commonData/ 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trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/DbEditorService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/ResultsImportConfiguration.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EntityCsvModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModelRow.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/FakeEchoBaseServiceContext.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/AbstractLaunchImport.java trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/importDataResults.jsp Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/InputFile.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/InputFile.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/InputFile.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -87,4 +87,8 @@ public void setLabel(String label) { this.label = label; } + + public boolean hasFile() { + return file!=null; + } } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -28,6 +28,7 @@ import com.google.common.collect.Maps; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTechnicalException; import fr.ifremer.echobase.InputFile; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; import fr.ifremer.echobase.entities.EntityModificationLog; import fr.ifremer.echobase.entities.references.SexCategory; @@ -36,6 +37,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.references.SpeciesCategory; import fr.ifremer.echobase.entities.references.SpeciesCategoryDAO; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AbstractImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.nuiton.topia.TopiaException; import org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAO; import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; @@ -48,6 +50,7 @@ import java.io.Reader; import java.util.List; import java.util.Map; +import java.util.Set; /** * Abstract data import service. @@ -57,12 +60,12 @@ */ public abstract class AbstractImportDataService<M extends AbstractImportConfiguration> extends EchoBaseServiceSupport { - public final List<CsvImportResult> doImport(M configuration, - EchoBaseUser user) throws ImportException { + public final List<CsvFileImportResult> doImport(M configuration, + EchoBaseUser user) throws ImportException { try { - List<CsvImportResult> result = startImport(configuration, user); + List<CsvFileImportResult> result = startImport(configuration, user); // do commit commitTransaction("Could not execute import " + getImportLabel()); @@ -76,16 +79,16 @@ protected abstract String getImportLabel(); - protected abstract List<CsvImportResult> startImport(M configuration, - EchoBaseUser user) throws ImportException; + protected abstract List<CsvFileImportResult> startImport(M configuration, + EchoBaseUser user) throws ImportException; - protected void addResultAndLog(List<CsvImportResult> result, + protected void addResultAndLog(List<CsvFileImportResult> result, InputFile inputFile, - CsvImportResult importResult, + CsvFileImportResult importResult, EchoBaseUser user) { - if (importResult.getNumberCreated() > 0 || - importResult.getNumberUpdated() > 0) { + Set<EchoBaseEntityEnum> entityTypes = importResult.getEntityTypes(); + if (!entityTypes.isEmpty()) { result.add(importResult); @@ -93,22 +96,28 @@ StringBuilder description = new StringBuilder(); description.append("Depuis Fichier ").append(inputFile.getFileName()); - if (importResult.getNumberCreated() > 0) { - description.append(" [ nombre de création : ").append(importResult.getNumberCreated()).append("]"); - } - if (importResult.getNumberUpdated() > 0) { - description.append(" [ nombre de mises à jour : ").append(importResult.getNumberUpdated()).append("]"); - } TopiaDAO<EntityModificationLog> dao = getDAO(EntityModificationLog.class); - create(dao, - EntityModificationLog.PROPERTY_ENTITY_TYPE, importResult.entityType.name(), - EntityModificationLog.PROPERTY_ENTITY_ID, importType, - EntityModificationLog.PROPERTY_MODIFICATION_USER, user.getEmail(), - EntityModificationLog.PROPERTY_MODIFICATION_DATE, newDate(), - EntityModificationLog.PROPERTY_MODIFICATION_TEXT, description.toString() - ); + for (EchoBaseEntityEnum entityType : entityTypes) { + int numberCreated = importResult.getNumberCreated(entityType); + int numberUpdated = importResult.getNumberUpdated(entityType); + if (numberCreated > 0) { + description.append(" [ nombre de création : ").append(numberCreated).append("]"); + } + if (numberUpdated > 0) { + description.append(" [ nombre de mises à jour : ").append(numberUpdated).append("]"); + } + + create(dao, + EntityModificationLog.PROPERTY_ENTITY_TYPE, entityType.name(), + EntityModificationLog.PROPERTY_ENTITY_ID, importType, + EntityModificationLog.PROPERTY_MODIFICATION_USER, user.getEmail(), + EntityModificationLog.PROPERTY_MODIFICATION_DATE, newDate(), + EntityModificationLog.PROPERTY_MODIFICATION_TEXT, description.toString() + ); + } + } } @@ -142,8 +151,15 @@ return voyageMap; } - protected <E extends TopiaEntity> E create(TopiaDAO<E> dao) { + protected <E extends TopiaEntity> E newInstance(TopiaDAO<E> dao) { try { + E result = dao.newInstance(); + return result; + } catch (TopiaException e) { + throw new EchoBaseTechnicalException("Could not create new instance of entity", e); + } + }protected <E extends TopiaEntity> E create(TopiaDAO<E> dao) { + try { E result = dao.create(); return result; } catch (TopiaException e) { Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -48,6 +48,7 @@ import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AcousticDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticDataImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticDataImportModelRow; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.nuiton.util.csv.Import; import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; @@ -74,11 +75,11 @@ } @Override - protected List<CsvImportResult> startImport( + protected List<CsvFileImportResult> startImport( AcousticDataImportConfiguration configuration, EchoBaseUser user) throws ImportException { - List<CsvImportResult> result = Lists.newLinkedList(); + List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); // get selected voyage Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, @@ -98,60 +99,32 @@ InputFile inputFile = configuration.getMoviesFile(); - CsvImportResult importDataAcquisition = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.DataAcquisition, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = importMoviesFile(voyage, + vessel, + esduCellType, + elementaryCellType, + configuration, + inputFile); - CsvImportResult importDataProcessing = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.DataProcessing, - inputFile.getFileName(), - false); + addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); - CsvImportResult importCell = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Cell, - inputFile.getFileName(), - false); - - CsvImportResult importCellData = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Data, - inputFile.getFileName(), - false); - - importMoviesFile(voyage, - vessel, - esduCellType, - elementaryCellType, - configuration, - inputFile, - importDataAcquisition, - importDataProcessing, - importCell, - importCellData); - - addResultAndLog(result, inputFile, importDataAcquisition, user); - addResultAndLog(result, inputFile, importDataProcessing, user); - addResultAndLog(result, inputFile, importCell, user); - addResultAndLog(result, inputFile, importCellData, user); - return result; } private final DateFormat cellDateFormat = new SimpleDateFormat("yyyy-MM-dd hh:mm:ss'Z'"); - private void importMoviesFile(Voyage voyage, - Vessel vessel, - CellType esduCellType, - CellType elementaryCellType, - AcousticDataImportConfiguration configuration, - InputFile inputFile, - CsvImportResult importDataAcquisition, - CsvImportResult importDataProcessing, - CsvImportResult importCell, - CsvImportResult importCellData + private CsvFileImportResult importMoviesFile(Voyage voyage, + Vessel vessel, + CellType esduCellType, + CellType elementaryCellType, + AcousticDataImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile ) throws ImportException { + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + Map<String, AcousticInstrument> instrumentsById = getEntitiesMap(AcousticInstrument.class, EchoBaseFunctions.ACOUSTIC_INSTRUMENT_ID); @@ -160,7 +133,7 @@ DataMetadata.class, EchoBaseFunctions.DATA_METADATA_NAME); AcousticDataImportModel csvModel = new AcousticDataImportModel( - getCsvSeparator()); + getCsvSeparator(), instrumentsById); DataAcquisitionDAO dataAcquisitionDAO = getDAO(DataAcquisition.class, DataAcquisitionDAO.class); @@ -171,6 +144,9 @@ boolean addDataAcquisition = configuration.isAddDataAcquisition(); + String suffix = + configuration.getCellPositionReference().getMetadataNameSuffix(); + Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<AcousticDataImportModelRow> importer = @@ -206,12 +182,11 @@ } // Build the row acoustic instrument - String sndname = row.getSndName(); - String channelName = row.getChannelName(); - String instrumentId = sndname + channelName; - AcousticInstrument instrument = - instrumentsById.get(instrumentId); - +// String sndname = row.getSndName(); +// String channelName = row.getChannelName(); +// String instrumentId = sndname; + AcousticInstrument instrument = row.getAcousticInstrument(); +// instrumentsById.get(instrumentId); boolean isME70 = EchoBasePredicates.IS_ACOUSTIC_INSTRUMENT_ME70.apply(instrument); if (dataAcquisition == null || @@ -255,7 +230,7 @@ dataAcquisitionDAO ); - importDataAcquisition.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.DataAcquisition); // add it to transect transect.addDataAcquisition(dataAcquisition); @@ -270,7 +245,7 @@ dataProcessingDAO ); - importDataProcessing.incrementsNumberUpdated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.DataProcessing); // add it to data acquisition dataAcquisition.addDataProcessing(dataProcessing); @@ -293,18 +268,18 @@ Cell.PROPERTY_NAME, esduCellId ); - importCell.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Cell); // add it to data processing dataProcessing.addCell(esduCell); // create esdu cell data - createEsduCellData(configuration, + createEsduCellData(suffix, esduCell, dataMetadatasByName, row, dataDAO, - importCellData); + importResult); } else { // this is a elementary cell row @@ -326,22 +301,22 @@ Cell.PROPERTY_NAME, elementaryCellId ); - importCell.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Cell); // add it to esdu cell esduCell.addChilds(elementaryCell); // create datas of the elementary cell - createElementaryCellData(configuration, - elementaryCell, + createElementaryCellData(elementaryCell, dataMetadatasByName, row, dataDAO, - importCellData); + importResult); } } + return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); } finally { @@ -349,75 +324,46 @@ } } - protected void createEsduCellData(AcousticDataImportConfiguration configuration, + protected void createEsduCellData(String suffix, Cell cell, - Map<String, DataMetadata> dataMetadatasByName, + Map<String, DataMetadata> dataMetadatas, AcousticDataImportModelRow row, DataDAO dao, - CsvImportResult importCellData) { + CsvFileImportResult importResult) { - DataMetadata dataMetadata; - Data data; String dataValue; - String suffix = - configuration.getCellPositionReference().getMetadataNameSuffix(); - // create Latitude data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("Latitude" + suffix); dataValue = row.getEsduCellDataLatitude(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, "Latitude" + suffix, + dataValue, importResult); - importCellData.incrementsNumberCreated(); - // create Longitude data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("Longitude" + suffix); dataValue = row.getEsduCellDataLongitude(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, "Longitude" + suffix, + dataValue, importResult); - importCellData.incrementsNumberCreated(); - // create Depth data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("DepthRefSurface" + suffix); dataValue = row.getEsduCellDataDepth(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, "DepthRefSurface" + suffix, + dataValue, importResult); - importCellData.incrementsNumberCreated(); - // create Time data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("Time" + suffix); dataValue = cellDateFormat.format(row.getCellDateStart()); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, "Time" + suffix, + dataValue, importResult); - importCellData.incrementsNumberCreated(); - // create AcousticDensity data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("sa"); dataValue = row.getEsduCellDataAcousticDensity(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); - - importCellData.incrementsNumberCreated(); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, "sa", dataValue, importResult); } - private void createElementaryCellData(AcousticDataImportConfiguration configuration, - Cell cell, - Map<String, DataMetadata> dataMetadatasByName, + private void createElementaryCellData(Cell cell, + Map<String, DataMetadata> dataMetadatas, AcousticDataImportModelRow row, DataDAO dao, - CsvImportResult importCellData) { + CsvFileImportResult importResult) { - DataMetadata dataMetadata; - Data data; String dataValue; int cellType = row.getCellType(); @@ -441,33 +387,17 @@ } // create depth start data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get(startMeta); dataValue = row.getCellDepthStart(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, startMeta, dataValue, importResult); - importCellData.incrementsNumberCreated(); - - // create depth end data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get(endMeta); dataValue = row.getCellDepthEnd(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, endMeta, dataValue, importResult); - importCellData.incrementsNumberCreated(); - // create acoustic density data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("sa"); dataValue = row.getCellSa(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, "sa", dataValue, importResult); - importCellData.incrementsNumberCreated(); - } private DataAcquisition createDataAcquisition(AcousticDataImportConfiguration configuration, @@ -585,6 +515,22 @@ return dataProcessing; } + private void createCellData(DataDAO dao, + Cell cell, + Map<String, DataMetadata> dataMetadatasByName, + String metadataName, + String dataValue, + CsvFileImportResult importResult) { + + DataMetadata dataMetaData = dataMetadatasByName.get(metadataName); + Data data = create(dao); + data.setDataMetadata(dataMetaData); + data.setDataValue(dataValue); + cell.addData(data); + + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Data); + } + private String getSoftwareVersion(AcousticDataImportConfiguration configuration, boolean isME70) { String result; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -50,10 +50,13 @@ import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CatchesDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.csv.BiometrySampleImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.BiometrySampleImportModelRow; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import fr.ifremer.echobase.services.csv.SubSampleImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.SubSampleImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TotalSampleImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TotalSampleImportModelRow; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.nuiton.util.csv.Import; import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; @@ -72,16 +75,20 @@ */ public class CatchesDataImportService extends AbstractImportDataService<CatchesDataImportConfiguration> { + /** Logger. */ + private static final Log log = + LogFactory.getLog(CatchesDataImportService.class); + @Override protected String getImportLabel() { return l_(getLocale(), ImportDataMode.CatchesData.getI18nKey()); } @Override - protected List<CsvImportResult> startImport(CatchesDataImportConfiguration configuration, - EchoBaseUser user) throws ImportException { + protected List<CsvFileImportResult> startImport(CatchesDataImportConfiguration configuration, + EchoBaseUser user) throws ImportException { - List<CsvImportResult> result = Lists.newLinkedList(); + List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, configuration.getVoyageId()); @@ -108,41 +115,55 @@ SexCategory.class, EchoBaseFunctions.SEX_CATEGORY_NAME); - CsvImportResult totalSampleResult = importTotalSampleFile( - configuration.getTotalSampleFile(), - operationMap, - speciesMap, - sizeCategoryMap); + if (configuration.getTotalSampleFile().hasFile()) { + CsvFileImportResult totalSampleResult = importTotalSampleFile( + configuration.getTotalSampleFile(), + operationMap, + speciesMap, + sizeCategoryMap); - CsvImportResult subSampleResult = importSubSampleFile( - configuration.getSubSampleFile(), - operationMap, - speciesMap, - sizeCategoryMap, - sexCategoryMap); + addResultAndLog(result, configuration.getTotalSampleFile(), + totalSampleResult, user); + } -// CsvImportResult biometrySampleResult = importBiometrySampleFile( -// configuration.getBiometrySampleFile(), -// operationMap, -// speciesMap); + if (configuration.getSubSampleFile().hasFile()) { + CsvFileImportResult subSampleResult = importSubSampleFile( + configuration.getSubSampleFile(), + operationMap, + speciesMap, + sizeCategoryMap, + sexCategoryMap); - addResultAndLog(result, configuration.getTotalSampleFile(), totalSampleResult, user); - addResultAndLog(result, configuration.getSubSampleFile(), subSampleResult, user); -// addResultAndLog(result, configuration.getBiometrySampleFile(), biometrySampleResult, user); + addResultAndLog(result, configuration.getSubSampleFile(), + subSampleResult, user); + } + if (configuration.getBiometrySampleFile().hasFile()) { + CsvFileImportResult biometrySampleResult = importBiometrySampleFile( + configuration.getBiometrySampleFile(), + operationMap, + speciesMap); + + + addResultAndLog(result, configuration.getBiometrySampleFile(), + biometrySampleResult, user); + } return result; } - private CsvImportResult importTotalSampleFile(InputFile inputFile, - Map<String, Operation> operationMap, - Map<String, Species> speciesMap, - Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap) throws ImportException { + private CsvFileImportResult importTotalSampleFile(InputFile inputFile, + Map<String, Operation> operationMap, + Map<String, Species> speciesMap, + Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Sample, - inputFile.getFileName(), - false); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of totalSample from file " + + inputFile.getFileName()); + } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + TotalSampleImportModel csvModel = new TotalSampleImportModel(getCsvSeparator(), operationMap, speciesMap, @@ -202,26 +223,33 @@ Sample sample = operation.getSample(category, sampleType); - if (sample != null) { +// if (sample != null) { +// +// // can not have twice same sample +// throw new ImportException( +// l_(getLocale(), "echobase.importError.duplicate.sample", +// operation.getId(), +// sampleType.getName(), +// species.getBaracoudaCode(), +// sizeCategory.getName())); +// } - // can not have twice same sample - throw new ImportException( - l_(getLocale(), "echobase.importError.duplicate.sample", - operation.getId(), - sampleType.getName(), - species.getBaracoudaCode(), - sizeCategory.getName())); - } + if (sample == null) { - sample = row.getSample(); - sample.setSpeciesCategory(category); + // must create it - sample.setSampleType(sampleType); - Sample createdSample = create(sampleDAO, sample); + sample = row.getSample(); + sample.setSpeciesCategory(category); - operation.addSample(createdSample); + sample.setSampleType(sampleType); - importResult.incrementsNumberCreated(); + sample = addSample(sampleDAO, + operation, + sample, + importResult); + } else { + sample = sample; + } // create datas @@ -232,7 +260,8 @@ sampleDataTypeMeanLength, null, row.getMeanLength(), - createdSample); + sample, + importResult); } if (row.getMeanWeight() != null) { @@ -242,7 +271,8 @@ sampleDataTypeMeanWeight, null, row.getMeanWeight(), - createdSample); + sample, + importResult); } if (row.getNoPerKg() != null) { @@ -252,17 +282,21 @@ sampleDataTypeNoPerKg, null, row.getNoPerKg(), - createdSample); + sample, + importResult); } - // create sorted sample - Sample createdSortedSample = create(sampleDAO); + Sample createdSortedSample = newInstance(sampleDAO); createdSortedSample.setSampleType(sampleTypeSorted); createdSortedSample.setSampleWeight(row.getSortedWeight()); - operation.addSample(createdSortedSample); + // create sorted sample + addSample(sampleDAO, + operation, + createdSortedSample, + importResult); - importResult.incrementsNumberCreated(); + } return importResult; @@ -273,18 +307,21 @@ } } - private CsvImportResult importSubSampleFile(InputFile inputFile, - Map<String, Operation> operationMap, - Map<String, Species> speciesMap, - Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap, - Map<String, SexCategory> sexCategoryMap + private CsvFileImportResult importSubSampleFile(InputFile inputFile, + Map<String, Operation> operationMap, + Map<String, Species> speciesMap, + Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap, + Map<String, SexCategory> sexCategoryMap ) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Sample, - inputFile.getFileName(), - false); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of subSample from file " + + inputFile.getFileName()); + } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + SubSampleImportModel csvModel = new SubSampleImportModel(getCsvSeparator(), operationMap, speciesMap, @@ -327,7 +364,8 @@ ); // find the sample with this category - Sample sample = operation.getSample(category, sampleTypeSubsample); + Sample sample = operation.getSample(category, + sampleTypeSubsample); if (sample == null) { @@ -337,11 +375,10 @@ sample.setSpeciesCategory(category); sample.setSampleType(sampleTypeSubsample); - sample = create(sampleDAO, sample); - - operation.addSample(sample); - - importResult.incrementsNumberUpdated(); + sample = addSample(sampleDAO, + operation, + sample, + importResult); } //create numberAtLength data @@ -349,16 +386,18 @@ sampleDataTypeNumberAtLength, "" + row.getLengthClass(), row.getNumberAtLength(), - sample); + sample, + importResult); - if (row.getWeightAtLength() > 0) { + if (row.getWeightAtLength() != null) { //create weightAtLength data addSampleData(sampleDataDAO, sampleDataTypeWeightAtLength, "" + row.getLengthClass(), row.getWeightAtLength(), - sample); + sample, + importResult); } } @@ -370,18 +409,22 @@ } } - private CsvImportResult importBiometrySampleFile(InputFile inputFile, - Map<String, Operation> operationMap, - Map<String, Species> speciesMap + private CsvFileImportResult importBiometrySampleFile(InputFile inputFile, + Map<String, Operation> operationMap, + Map<String, Species> speciesMap ) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Sample, - inputFile.getFileName(), - false); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of biometrySample from file " + + inputFile.getFileName()); + } - BiometrySampleImportModel csvModel = new BiometrySampleImportModel(getCsvSeparator()); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + BiometrySampleImportModel csvModel = + new BiometrySampleImportModel(getCsvSeparator()); + SampleDAO sampleDAO = getDAO(Sample.class, SampleDAO.class); SampleDataDAO sampleDataDAO = getDAO(SampleData.class, SampleDataDAO.class); SampleTypeDAO sampleTypeDAO = getDAO(SampleType.class, SampleTypeDAO.class); @@ -408,16 +451,31 @@ } } + private Sample addSample(SampleDAO dao, + Operation operation, + Sample sample, + CsvFileImportResult importResult) { + Preconditions.checkNotNull(operation); + Preconditions.checkNotNull(sample); + Sample result = create(dao, sample); + operation.addSample(result); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Sample); + return result; + } + private SampleData addSampleData(SampleDataDAO dao, SampleDataType sampleDataType, String label, float value, - Sample sample) { + Sample sample, + CsvFileImportResult importResult) { SampleData sampleData = create(dao); sampleData.setSampleDataType(sampleDataType); sampleData.setDataValue(value); sampleData.setDataLabel(label); sample.addSampleData(sampleData); + + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.SampleData); return sampleData; } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -43,6 +43,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportMode; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TransectImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TransectImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TransitImportModel; @@ -75,11 +76,11 @@ } @Override - protected List<CsvImportResult> startImport( + protected List<CsvFileImportResult> startImport( CommonDataImportConfiguration configuration, EchoBaseUser user) throws ImportException { - List<CsvImportResult> result = Lists.newLinkedList(); + List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); CommonDataImportMode importMode = configuration.getImportMode(); @@ -95,18 +96,18 @@ getEntityById(AreaOfOperation.class, configuration.getAreaOfOperationId()); - CsvImportResult voyageResult = importVoyageFile( + CsvFileImportResult voyageResult = importVoyageFile( configuration.getVoyageFile(), mission, areaOfOperation, configuration); - CsvImportResult transitResult = importTransitFile( + CsvFileImportResult transitResult = importTransitFile( configuration.getTransitFile(), configuration); - CsvImportResult transectResult = importTransectFile( + CsvFileImportResult transectResult = importTransectFile( configuration.getTransectFile(), vessel, configuration); @@ -120,7 +121,7 @@ case TRANSECT: { - CsvImportResult transectResult = importTransectFile( + CsvFileImportResult transectResult = importTransectFile( configuration.getTransectFile(), vessel, configuration); @@ -156,16 +157,14 @@ } } - protected CsvImportResult importVoyageFile( + protected CsvFileImportResult importVoyageFile( InputFile inputFile, Mission mission, AreaOfOperation areaOfOperation, CommonDataImportConfiguration configuration) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Voyage, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); String voyageDescription = configuration.getVoyageDescription(); String datum = configuration.getDatum(); @@ -197,7 +196,7 @@ l_(getLocale(), "echobase.importError.can.only.import.one.voyage.atime")); } - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Voyage); } if (newVoyage == null) { @@ -216,14 +215,12 @@ } } - protected CsvImportResult importTransitFile( + protected CsvFileImportResult importTransitFile( InputFile inputFile, CommonDataImportConfiguration configuration) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Transit, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); // get voyage Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, @@ -254,7 +251,7 @@ voyage.addTransit(createdTransit); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Transit); } return importResult; @@ -265,15 +262,13 @@ } } - private CsvImportResult importTransectFile( + private CsvFileImportResult importTransectFile( InputFile inputFile, Vessel vessel, CommonDataImportConfiguration configuration) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Transect, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); // get voyage Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, @@ -310,7 +305,7 @@ if (transit == null) { throw new ImportException( l_(getLocale(), "echobase.importError.no.transit.between.date", - voyage.getName(), timeCoverageStart, timeCoverageEnd)); + voyage.getName(), timeCoverageStart, timeCoverageEnd)); } transect.setVessel(vessel); @@ -323,7 +318,7 @@ Transect createdTransect = create(dao, transect); transit.addTransect(createdTransect); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Transect); } return importResult; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/DbEditorService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/DbEditorService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/DbEditorService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -566,7 +566,7 @@ if (addDecorated) { // translate foreign key to his decorated value - model.addNewColumnForExport( + model.newColumnForExport( propertyName + "_lib", propertyName, CsvModelUtil.newForeignKeyDecoratedValue( Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -89,18 +89,12 @@ } } - protected EmbeddedApplicationConfiguration model; + public File createEmbeddedApplication(EmbeddedApplicationConfiguration model) { - public void createEmbeddedApplication(EmbeddedApplicationConfiguration model) { - - this.model = model; - File warLocation = model.getWarLocation(); String fileName = model.getFileName(); - String[] voyageIds = model.getVoyageIds(); - model.setNbSteps(5); File tempDirectory = model.getWorkingDirectory(); @@ -121,7 +115,7 @@ FileUtil.createDirectoryIfNecessary(dir); // copy embedded files to / - copyEmbeddedFiles(dir); + copyEmbeddedFiles(model, dir); model.incrementsProgression(); @@ -129,7 +123,7 @@ FileUtil.copy(warLocation, new File(dir, warLocation.getName())); // create h2 db in /db - createH2Batabase(dir, true, voyageIds); + createH2Batabase(model, dir, true); } catch (Exception eee) { throw new EchoBaseTechnicalException( @@ -138,9 +132,10 @@ } EchoBaseIOUtil.compressZipFile(zipFile, dir); + return zipFile; } - protected void copyEmbeddedFiles(File zipDirectory) throws IOException, URISyntaxException { + protected void copyEmbeddedFiles(EmbeddedApplicationConfiguration model, File zipDirectory) throws IOException, URISyntaxException { for (EmbeddedFile startFile : EmbeddedFile.values()) { @@ -169,8 +164,10 @@ } } - protected TopiaContext createH2Batabase(File zipDirectory, boolean closeRootContext, - String... voyageIds) throws IOException, TopiaException { + protected TopiaContext createH2Batabase(EmbeddedApplicationConfiguration model, + File zipDirectory, + boolean closeRootContext + ) throws IOException, TopiaException { model.incrementsProgression(); @@ -234,6 +231,8 @@ // replicate referentiel to new h2 db replicateReferentiel(topiaContext); + String[] voyageIds = model.getVoyageIds(); + if (voyageIds != null) { model.incrementsProgression(); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -44,6 +44,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.references.OperationMetadata; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.OperationImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import fr.ifremer.echobase.services.csv.GearMetadataValueImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.GearMetadataValueImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.OperationImportModel; @@ -82,11 +83,11 @@ } @Override - protected List<CsvImportResult> startImport( + protected List<CsvFileImportResult> startImport( OperationImportConfiguration configuration, EchoBaseUser user) throws ImportException { - List<CsvImportResult> result = Lists.newLinkedList(); + List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); // get selected voyage Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, @@ -104,7 +105,7 @@ Map<String, Gear> gearMap = getEntitiesMap( Gear.class, EchoBaseFunctions.GEAR_CASINO_GEAR_NAME); - CsvImportResult nbOperations = importOperationFile( + CsvFileImportResult nbOperations = importOperationFile( configuration.getOperationFile(), voyage, vesselMap, @@ -117,12 +118,12 @@ Map<String, Operation> operationMap = Maps.uniqueIndex( operations, EchoBaseFunctions.OPERATION_ID); - CsvImportResult nbOperationMetas = importOperationMetadataFile( + CsvFileImportResult nbOperationMetas = importOperationMetadataFile( configuration.getOperationMetadataFile(), vesselMap, operationMap); - CsvImportResult nbGearMetas = importGearMetadataFile( + CsvFileImportResult nbGearMetas = importGearMetadataFile( configuration.getGearMetadataFile(), vesselMap, gearMap, @@ -140,20 +141,20 @@ return result; } - protected CsvImportResult importOperationFile( + protected CsvFileImportResult importOperationFile( InputFile inputFile, Voyage voyage, Map<String, Vessel> vesselMap, Map<String, Gear> gearMap) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Operation, - inputFile.getFileName(), - false); - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of operations from file "+inputFile.getFileName()); + log.info("Starts import of operation from file " + + inputFile.getFileName()); } + + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + Map<String, DepthStratum> depthStratumMap = getEntitiesMap( DepthStratum.class, EchoBaseFunctions.DEPTH_STRATUM_ID); @@ -187,7 +188,7 @@ transect.addOperation(createdOperation); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Operation); } return importResult; @@ -198,21 +199,19 @@ } } - protected CsvImportResult importOperationMetadataFile( + protected CsvFileImportResult importOperationMetadataFile( InputFile inputFile, Map<String, Vessel> vesselMap, Map<String, Operation> operationMap) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.OperationMetadataValue, - inputFile.getFileName(), - false); - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of operation metadata values from file "+ + log.info("Starts import of operation metadata values from file " + inputFile.getFileName()); } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + Map<String, OperationMetadata> operationMetadatasByName = getEntitiesMap(OperationMetadata.class, EchoBaseFunctions.OPERATION_METADATA_NAME); @@ -242,7 +241,7 @@ dao, operationMetadataValueToCreate); operation.addOperationMetadataValue(operationMetadataValue); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.OperationMetadataValue); } return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { @@ -252,22 +251,20 @@ } } - protected CsvImportResult importGearMetadataFile( + protected CsvFileImportResult importGearMetadataFile( InputFile inputFile, Map<String, Vessel> vesselMap, Map<String, Gear> gearMap, Map<String, Operation> operationMap) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.GearMetadataValue, - inputFile.getFileName(), - false); - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of gear metadata values from file "+ + log.info("Starts import of gear metadata values from file " + inputFile.getFileName()); } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + Map<String, GearMetadata> gearMetadatasByType = getEntitiesMap(GearMetadata.class, EchoBaseFunctions.GEAR_METADATA_NAME); @@ -297,7 +294,7 @@ dao, gearMetadataValuetoCreate); operation.addGearMetadataValue(gearMetadataValue); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.GearMetadataValue); } return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -46,6 +46,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchotypeImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchotypeImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.LengthAgeKeyImportModel; @@ -80,10 +81,10 @@ } @Override - public List<CsvImportResult> startImport(ResultsImportConfiguration configuration, - EchoBaseUser user) throws ImportException { + public List<CsvFileImportResult> startImport(ResultsImportConfiguration configuration, + EchoBaseUser user) throws ImportException { - List<CsvImportResult> result = Lists.newLinkedList(); + List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); ResultsImportMode importMode = configuration.getImportMode(); @@ -102,9 +103,9 @@ Species.class, EchoBaseFunctions.SPECIES_BARACOUDA_CODE); - if (configuration.canImportLengthAgeKeyFile()) { + if (configuration.getLengthAgeKeyFile().hasFile()) { - CsvImportResult importResult = importLenthAgeKey( + CsvFileImportResult importResult = importLenthAgeKey( configuration.getLengthAgeKeyFile(), voyageMap, speciesMap @@ -115,9 +116,9 @@ importResult, user); } - if (configuration.canImportLengthWeightKeyFile()) { + if (configuration.getLengthWeightKeyFile().hasFile()) { - CsvImportResult importResult = importLenghtWeightKey( + CsvFileImportResult importResult = importLenghtWeightKey( configuration.getLengthWeightKeyFile(), voyageMap, speciesMap @@ -127,9 +128,9 @@ importResult, user); } - if (configuration.canImportEchotypeFile()) { + if (configuration.getEchotypeFile().hasFile()) { - CsvImportResult importResult = importEchotypeFile( + CsvFileImportResult importResult = importEchotypeFile( configuration.getEchotypeFile(), voyageMap, speciesMap @@ -142,15 +143,15 @@ case REGION: - if (configuration.canImportRegionsFile()) { - CsvImportResult importResult = importRegionsFile( + if (configuration.getRegionsFile().hasFile()) { + CsvFileImportResult importResult = importRegionsFile( configuration.getRegionsFile()); addResultAndLog(result, configuration.getRegionsFile(), importResult, user); } - if (configuration.canImportAssociationFile()) { - CsvImportResult importResult = importRegionAssociationFile( + if (configuration.getAssociationFile().hasFile()) { + CsvFileImportResult importResult = importRegionAssociationFile( configuration.getAssociationFile()); addResultAndLog(result, configuration.getAssociationFile(), @@ -159,15 +160,15 @@ break; case ACOUSTIC: - if (configuration.canImportRegionsFile()) { - CsvImportResult importResult = importRegionsFile( + if (configuration.getRegionsFile().hasFile()) { + CsvFileImportResult importResult = importRegionsFile( configuration.getRegionsFile()); addResultAndLog(result, configuration.getRegionsFile(), importResult, user); } - if (configuration.canImportAssociationFile()) { - CsvImportResult importResult = importRegionAssociationFile( + if (configuration.getAssociationFile().hasFile()) { + CsvFileImportResult importResult = importRegionAssociationFile( configuration.getAssociationFile()); addResultAndLog(result, configuration.getAssociationFile(), @@ -178,12 +179,10 @@ return result; } - protected CsvImportResult importRegionsFile(InputFile inputFile) throws ImportException { + protected CsvFileImportResult importRegionsFile(InputFile inputFile) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Cell, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); RegionCellImportModel csvModel = new RegionCellImportModel( serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator()); @@ -199,7 +198,7 @@ //TODO - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Cell); } return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { @@ -209,14 +208,12 @@ } } - protected CsvImportResult importRegionAssociationFile(InputFile inputFile) throws ImportException { + protected CsvFileImportResult importRegionAssociationFile(InputFile inputFile) throws ImportException { RegionCellAssociationImportModel csvModel = new RegionCellAssociationImportModel( serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator()); - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Cell, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); CellDAO dao = getDAO(Cell.class, CellDAO.class); @@ -229,7 +226,7 @@ //TODO - importResult.incrementsNumberUpdated(); + importResult.incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum.Cell); } return importResult; @@ -240,14 +237,12 @@ } } - protected CsvImportResult importLenghtWeightKey(InputFile inputFile, - Map<String, Voyage> voyageMap, - Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { + protected CsvFileImportResult importLenghtWeightKey(InputFile inputFile, + Map<String, Voyage> voyageMap, + Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap = getEntitiesMap( SizeCategory.class, @@ -297,7 +292,7 @@ // attach it to voyage voyage.addLengthWeightKey(lengthWeightKey); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); } return importResult; @@ -308,14 +303,12 @@ } } - protected CsvImportResult importLenthAgeKey(InputFile inputFile, - Map<String, Voyage> voyageMap, - Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { + protected CsvFileImportResult importLenthAgeKey(InputFile inputFile, + Map<String, Voyage> voyageMap, + Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); Map<String, Strata> strataMap = getEntitiesMap( Strata.class, EchoBaseFunctions.STRATA_BY_NAME); @@ -343,7 +336,7 @@ // attach it to voyage voyage.addLengthAgeKey(lengthAgeKey); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); } return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { @@ -353,14 +346,12 @@ } } - private CsvImportResult importEchotypeFile(InputFile inputFile, - Map<String, Voyage> voyageMap, - Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { + private CsvFileImportResult importEchotypeFile(InputFile inputFile, + Map<String, Voyage> voyageMap, + Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Echotype, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); Map<String, DepthStratum> depthStratumMap = getEntitiesMap( DepthStratum.class, @@ -412,10 +403,10 @@ voyage.addEchotype(echotype); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Echotype); } else { - importResult.incrementsNumberUpdated(); + importResult.incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum.Echotype); } Species species = row.getSpecies(); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/ResultsImportConfiguration.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/ResultsImportConfiguration.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/ResultsImportConfiguration.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -104,42 +104,22 @@ return regionsFile; } - public boolean canImportRegionsFile() { - return regionsFile.getFile() != null; - } - public InputFile getAssociationFile() { return associationFile; } - public boolean canImportAssociationFile() { - return associationFile.getFile() != null; - } - public InputFile getEchotypeFile() { return echotypeFile; } - public boolean canImportEchotypeFile() { - return echotypeFile.getFile() != null; - } - public InputFile getLengthAgeKeyFile() { return lengthAgeKeyFile; } - public boolean canImportLengthAgeKeyFile() { - return lengthAgeKeyFile.getFile() != null; - } - public InputFile getLengthWeightKeyFile() { return lengthWeightKeyFile; } - public boolean canImportLengthWeightKeyFile() { - return lengthWeightKeyFile.getFile() != null; - } - @Override public InputFile[] getInputFiles() { return new InputFile[]{regionsFile, associationFile, echotypeFile, Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -27,7 +27,10 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Data; import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition; import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument; +import java.util.Map; + /** * To import acoustic datas (says {@link DataAcquisition}, * {@link DataProcessing}, {@link Cell} and {@link Data}. @@ -37,14 +40,16 @@ */ public class AcousticDataImportModel extends CsvModelUtil.AbstractImportModel<AcousticDataImportModelRow> { - public AcousticDataImportModel(char separator) { + public AcousticDataImportModel(char separator, + Map<String, AcousticInstrument> instrumentsById) { super(separator); newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer");//A newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset");//B - newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndname", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_SNDNAME);//C + newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndname", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(AcousticInstrument.class, AcousticInstrument.PROPERTY_ID, instrumentsById));//C newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndident");//D newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\softChannelId");//E - newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\channelName", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_CHANNEL_NAME);//F + newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\channelName");//F +// newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\channelName", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_CHANNEL_NAME);//F newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\dataType");//G newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\beamType");//H newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\acousticFrequency");//I @@ -65,8 +70,8 @@ newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\bottomDetectionMinLevel");//X newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\AlongTXRXWeightId");//Y newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\AthwartTXRXWeightId");//Z - newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\splitBeamAlongTXRXWeightId");//AA - newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\splitBeamAthwartTXRXWeightId");//AB + newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\SplitBeamAlongTXRXWeightId");//AA + newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\SplitBeamAthwartTXRXWeightId");//AB newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\bandWidth");//AC newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\tvgminrange");//AD newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\tvgmaxrange");//AE @@ -82,7 +87,7 @@ newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\\driftspeed");//AO newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\\driftcourse");//AP newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\\heading");//AQ - newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\roll");//AR + newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\\roll");//AR newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\\pitch");//AS newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\\heave");//AT newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\\depth", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_ESDU_CELL_DATA_DEPTH);//AU Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -23,6 +23,8 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services.csv; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument; + import java.util.Date; /** @@ -33,9 +35,10 @@ */ public class AcousticDataImportModelRow { - public static final String PROPERTY_CHANNEL_NAME = "channelName"; + public static final String PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT= "acousticInstrument"; - public static final String PROPERTY_SNDNAME = "sndname"; +// public static final String PROPERTY_CHANNEL_NAME = "channelName"; +// public static final String PROPERTY_SND_NAME = "sndName"; public static final String PROPERTY_CELL_TYPE = "cellType"; @@ -73,9 +76,9 @@ public static final String PROPERTY_EI_THRESHOLD = "eiThreshold"; - protected String sndName; +// protected String sndName; - protected String channelName; +// protected String channelName; protected Date cellDateStart; @@ -115,22 +118,32 @@ protected float eiThreshold; - public String getSndName() { - return sndName; - } + protected AcousticInstrument acousticInstrument; - public void setSndName(String sndName) { - this.sndName = sndName; + public AcousticInstrument getAcousticInstrument() { + return acousticInstrument; } - public String getChannelName() { - return channelName; + public void setAcousticInstrument(AcousticInstrument acousticInstrument) { + this.acousticInstrument = acousticInstrument; } - public void setChannelName(String channelName) { - this.channelName = channelName; - } +// public String getSndName() { +// return sndName; +// } +// +// public void setSndName(String sndName) { +// this.sndName = sndName; +// } +// public String getChannelName() { +// return channelName; +// } +// +// public void setChannelName(String channelName) { +// this.channelName = channelName; +// } + public Date getCellDateStart() { return cellDateStart; } Added: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -0,0 +1,76 @@ +package fr.ifremer.echobase.services.csv; + +import com.google.common.collect.Maps; +import com.google.common.collect.Sets; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; + +import java.io.Serializable; +import java.util.Map; +import java.util.Set; + +/** + * To keep result of the import of a file. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class CsvFileImportResult implements Serializable { + + private static final long serialVersionUID = 1L; + + /** Name of the csv file to import. */ + protected final String importFileName; + + /** type of entity to import csv datas. */ + protected final Set<EchoBaseEntityEnum> entityTypes; + + /** Count of created entities. */ + protected final Map<EchoBaseEntityEnum, Integer> numberCreated; + + /** Count of updated entities. */ + protected final Map<EchoBaseEntityEnum, Integer> numberUpdated; + + public CsvFileImportResult(String importFileName) { + this.importFileName = importFileName; + entityTypes = Sets.newHashSet(); + numberCreated = Maps.newEnumMap(EchoBaseEntityEnum.class); + numberUpdated = Maps.newEnumMap(EchoBaseEntityEnum.class); + } + + public Set<EchoBaseEntityEnum> getEntityTypes() { + return Sets.immutableEnumSet(entityTypes); + } + + public int getNumberCreated(EchoBaseEntityEnum entityType) { + return getInteger(numberCreated, entityType); + } + + public int getNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum entityType) { + return getInteger(numberUpdated, entityType); + } + + public void incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum entityType) { + increments(numberCreated, entityType); + } + + public void incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum entityType) { + increments(numberUpdated, entityType); + } + + protected int getInteger(Map<EchoBaseEntityEnum, Integer> map, + EchoBaseEntityEnum entityType) { + Integer result = map.get(entityType); + return result == null ? 0 : result; + } + + protected void increments(Map<EchoBaseEntityEnum, Integer> map, + EchoBaseEntityEnum entityType) { + Integer result = map.get(entityType); + if (result == null) { + + entityTypes.add(entityType); + result = 0; + } + map.put(entityType, ++result); + } +} Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -23,10 +23,7 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services.csv; -import com.google.common.base.Function; import com.google.common.collect.Lists; -import com.google.common.collect.Maps; -import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTechnicalException; import fr.ifremer.echobase.services.DecoratorService; import org.apache.commons.collections.CollectionUtils; @@ -79,29 +76,14 @@ } }; - public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyValue<E> newForeignKeyValue(Class<E> type) { - return new ForeignKeyValue<E>(type); + public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyValue<E> newForeignKeyValue(Class<E> type, String propertyName, Map<String, E> universe) { + return new ForeignKeyValue<E>(type, propertyName, universe); } - public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyValue<E> newForeignKeyValue(Class<E> type, Collection<E> entitites) { - Map<String, E> universe = Maps.uniqueIndex(entitites, EchoBaseFunctions.TO_TOPIAID); - return newForeignKeyValue(type, universe); + public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyValueForAssociation<E> newForeignKeyValueAssociation(Class<E> type, String propertyName, Map<String, E> universe) { + return new ForeignKeyValueForAssociation<E>(type, propertyName, universe); } - public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyValue<E> newForeignKeyValue(Class<E> type, Map<String, E> universe) { - return new ForeignKeyValue<E>(type, universe); - } - - public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyValue<E> newForeignKeyValue(Class<E> type, Collection<E> entitites, Function<E, String> transform) { - Map<String, E> universe = Maps.uniqueIndex(entitites, transform); - return new ForeignKeyValue<E>(type, universe); - } - - public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyValueForAssociation<E> newForeignKeyValueAssociation(Class<E> type, Collection<E> entitites, Function<E, String> transform) { - Map<String, E> universe = Maps.uniqueIndex(entitites, transform); - return new ForeignKeyValueForAssociation<E>(type, universe); - } - public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyDecoratedValue<E> newForeignKeyDecoratedValue(Class<E> entityType, DecoratorService decoratorService, Locale locale) { return new ForeignKeyDecoratedValue<E>(entityType, decoratorService, locale); @@ -111,16 +93,11 @@ return new AssociationValueParserFormatter<E>(null, null); } -// public static <E extends TopiaEntity> AssociationValueParserFormatter<E> newAssociationValueParserFormatter(Class<E> entityType, -// Map<String, E> universe) { -// return new AssociationValueParserFormatter<E>(entityType, universe); -// } - public static final ValueParser<Date> IMPORT_DAY = new DateValue("dd/MM/yy"); public static final ValueParser<Date> IMPORT_DAY_TIME2 = new DateValue("yyyy-MM-dd HH:mm:ss"); - public static final ValueParser<Date> IMPORT_DAY_TIME3 = new DateValue("dd-MM-yy HH:mm aa"); + public static final ValueParser<Date> IMPORT_DAY_TIME3 = new DateValue("yyyy/MM/dd HH:mm:ss.SSSS"); public static final ValueParser<Boolean> INT_TO_BOOLEAN_PARSER = new ValueParser<Boolean>() { @@ -201,20 +178,20 @@ public static class ForeignKeyValue<E extends TopiaEntity> implements ValueParserFormatter<E> { + protected final String propertyName; + protected final Class<E> entityType; protected final Map<String, E> universe; public ForeignKeyValue(Class<E> entityType, + String propertyName, Map<String, E> universe) { this.entityType = entityType; + this.propertyName = propertyName; this.universe = universe; } - public ForeignKeyValue(Class<E> entityType) { - this.entityType = entityType; - universe = Maps.newHashMap(); - } @Override public E parse(String value) throws ParseException { @@ -228,7 +205,7 @@ // can not find entity this is a big problem for us... throw new EchoBaseTechnicalException( - "Could not find entity of type "+entityType.getName()+" with name " + value); + "Could not find entity of type " + entityType.getSimpleName() + " with '" + propertyName + "' = " + value); } } return result; @@ -246,13 +223,17 @@ public static class ForeignKeyValueForAssociation<E extends TopiaEntity> implements ValueParser<Collection<E>> { + protected final String propertyName; + protected final Class<E> entityType; protected final Map<String, E> universe; public ForeignKeyValueForAssociation(Class<E> entityType, + String propertyName, Map<String, E> universe) { this.entityType = entityType; + this.propertyName = propertyName; this.universe = universe; } @@ -268,7 +249,7 @@ // can not find entity this is a big problem for us... throw new EchoBaseTechnicalException( - "Could not find entity with name " + value); + "Could not find entity with '" + propertyName + "' = " + value); } } return Arrays.asList(result); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -62,9 +62,9 @@ newMandatoryColumn("echotypeName", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_NAME); newMandatoryColumn("meaning", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_MEANING); - newMandatoryColumn(EchotypeImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, voyageMap)); - newMandatoryColumn("DepthStratumID", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(DepthStratum.class, depthStratumMap)); - newMandatoryColumn("genusSpecies", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, speciesMap)); + newMandatoryColumn(EchotypeImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); + newMandatoryColumn("DepthStratumID", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(DepthStratum.class, DepthStratum.PROPERTY_ID, depthStratumMap)); + newMandatoryColumn("genusSpecies", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EntityCsvModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EntityCsvModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EntityCsvModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -24,11 +24,15 @@ package fr.ifremer.echobase.services.csv; import com.google.common.base.Function; +import com.google.common.collect.Maps; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; import fr.ifremer.echobase.entities.meta.TableMeta; import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; import java.util.Collection; +import java.util.Collections; import java.util.Date; +import java.util.Map; /** * A model to import / export entities into csv files. @@ -63,58 +67,65 @@ public void addForeignKeyForExport(String propertyName, Class<TopiaEntity> entityType) { + Map<String, TopiaEntity> universe = Collections.emptyMap(); + newColumnForExport( propertyName, - CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType) + CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, + propertyName, + universe) ); } public <E extends TopiaEntity> void addForeignKeyForImport(String headerName, String propertyName, Class<E> entityType, - Collection<E> universe, + Collection<E> entities, Function<E, String> transform) { + Map<String, E> universe = Maps.uniqueIndex(entities, transform); + newMandatoryColumn( headerName, propertyName, - CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, universe, transform) + CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, + propertyName, + universe) ); } public <E extends TopiaEntity> void addForeignKeyForAssociationForImport(String headerName, String propertyName, Class<E> entityType, - Collection<E> universe, + Collection<E> entities, Function<E, String> transform) { + Map<String, E> universe = Maps.uniqueIndex(entities, transform); + newMandatoryColumn( headerName, propertyName, - CsvModelUtil.newForeignKeyValueAssociation(entityType, universe, transform) + CsvModelUtil.newForeignKeyValueAssociation(entityType, + propertyName, + universe) ); } public <E extends TopiaEntity> void addForeignKeyForImport(String propertyName, Class<E> entityType, - Collection<E> universe) { + Collection<E> entities) { + Map<String, E> universe = Maps.uniqueIndex( + entities, EchoBaseFunctions.TO_TOPIAID); + newMandatoryColumn( propertyName, - CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, universe) + CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, + propertyName, + universe) ); } - public void addNewColumnForExport(String headerName, - String propertyName, - CsvModelUtil.ForeignKeyDecoratedValue<TopiaEntity> topiaEntityForeignKeyDecoratedValue) { - newColumnForExport( - headerName, - propertyName, - topiaEntityForeignKeyDecoratedValue - ); - } - public void addDefaultColumn(String propertyName, Class<?> type) { addDefaultColumn(propertyName, propertyName, type); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -54,11 +54,11 @@ gearMetadataValue */ - newMandatoryColumn("vesselName", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, vesselMap)); - newMandatoryColumn("operationID", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, operationMap)); + newMandatoryColumn("vesselName", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap)); + newMandatoryColumn("operationID", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); - newMandatoryColumn("metadataType", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR_METADATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(GearMetadata.class, gearMetadataMap)); - newMandatoryColumn("gearCode", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, gearMap)); + newMandatoryColumn("metadataType", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR_METADATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(GearMetadata.class, GearMetadata.PROPERTY_NAME, gearMetadataMap)); + newMandatoryColumn("gearCode", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME, gearMap)); newMandatoryColumn("gearMetadataValue", GearMetadataValue.PROPERTY_DATA_VALUE); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -53,14 +53,14 @@ this.strataMap = strataMap; this.speciesMap = speciesMap; - newMandatoryColumn(LengthAgeKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, voyageMap)); + newMandatoryColumn(LengthAgeKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_AGE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_PERCENT_AT_AGE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_LENGTH, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_METADATA); - newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_STRATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Strata.class, strataMap)); - newMandatoryColumn("codeMemo", LengthAgeKey.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, speciesMap)); + newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_STRATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Strata.class, Strata.PROPERTY_NAME, strataMap)); + newMandatoryColumn("codeMemo", LengthAgeKey.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class,Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -64,9 +64,9 @@ newMandatoryColumn(LengthWeightKey.PROPERTY_APARAMETER, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(LengthWeightKey.PROPERTY_BPARAMETER, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); - newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, voyageMap)); - newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, sizeCategoryMap)); - newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, speciesMap)); + newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); + newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap)); + newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); } @Override Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -58,10 +58,10 @@ gearShootingEndLongitude // gearName // */ - newMandatoryColumn("vesselName", OperationImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, vesselMap)); + newMandatoryColumn("vesselName", OperationImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap)); - newMandatoryColumn("gearCode", Operation.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, gearMap)); - newMandatoryColumn("depthStratumID", Operation.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(DepthStratum.class, depthStratumMap)); + newMandatoryColumn("gearCode", Operation.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME, gearMap)); + newMandatoryColumn("depthStratumID", Operation.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(DepthStratum.class, DepthStratum.PROPERTY_ID, depthStratumMap)); newMandatoryColumn("operationID",Operation.PROPERTY_ID); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_MID_HAUL_LATITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_MID_HAUL_LONGITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -51,10 +51,10 @@ operationMetadataValue/ */ - newMandatoryColumn("vesselName", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, vesselMap)); - newMandatoryColumn("operationID", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, operationMap)); + newMandatoryColumn("vesselName", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap)); + newMandatoryColumn("operationID", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); - newMandatoryColumn("metadataType", OperationMetadataValue.PROPERTY_OPERATION_METADATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(OperationMetadata.class, operationMetadataMap)); + newMandatoryColumn("metadataType", OperationMetadataValue.PROPERTY_OPERATION_METADATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(OperationMetadata.class, OperationMetadata.PROPERTY_NAME, operationMetadataMap)); newMandatoryColumn("operationMetadataValue", OperationMetadataValue.PROPERTY_DATA_VALUE); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -67,10 +67,10 @@ newIgnoredColumn("units"); newIgnoredColumn("round"); - newMandatoryColumn("operationID", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, operationMap)); - newMandatoryColumn("baracoudacode", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, speciesMap)); - newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, sizeCategoryMap)); - newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SEX_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SexCategory.class, sexCategoryMap)); + newMandatoryColumn("operationID", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class,Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); + newMandatoryColumn("baracoudacode", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); + newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME,sizeCategoryMap)); + newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SEX_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SexCategory.class, SexCategory.PROPERTY_NAME,sexCategoryMap)); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_SAMPLE_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModelRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModelRow.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModelRow.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -67,7 +67,7 @@ protected float numberAtLength; - protected float weightAtLength; + protected Float weightAtLength; protected String lengthClass; @@ -127,11 +127,11 @@ this.numberAtLength = numberAtLength; } - public float getWeightAtLength() { + public Float getWeightAtLength() { return weightAtLength; } - public void setWeightAtLength(float weightAtLength) { + public void setWeightAtLength(Float weightAtLength) { this.weightAtLength = weightAtLength; } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -56,9 +56,9 @@ sortedWeight */ - newMandatoryColumn("operationID", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, operationMap)); - newMandatoryColumn("baracoudacode", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, speciesMap)); - newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, sizeCategoryMap)); + newMandatoryColumn("operationID", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); + newMandatoryColumn("baracoudacode", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); + newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap)); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_SAMPLE_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -41,7 +41,7 @@ super(separator); newMandatoryColumn( "voyageName", TransectImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, - CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, voyageMap)); + CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TITLE); newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TRANSECT_ABSTRACT); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -41,7 +41,7 @@ public TransitImportModel(char separator, Map<String, Voyage> voyageMap) { super(separator); - newMandatoryColumn("voyageName", TransitImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, voyageMap)); + newMandatoryColumn("voyageName", TransitImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_DESCRIPTION); newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_START_TIME, CsvModelUtil.DAY_TIME); newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_END_TIME, CsvModelUtil.DAY_TIME); Deleted: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/TestHelper.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/TestHelper.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/TestHelper.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -1,96 +0,0 @@ -/* - * #%L - * EchoBase :: Entities - * - * $Id$ - * $HeadURL$ - * %% - * Copyright (C) 2011 Ifremer, Codelutin - * %% - * This program is free software: you can redistribute it and/or modify - * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by - * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or - * (at your option) any later version. - * - * This program is distributed in the hope that it will be useful, - * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of - * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the - * GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License - * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. - * #L% - */ -package fr.ifremer.echobase; - -import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; -import org.apache.commons.io.FileUtils; -import org.junit.Ignore; -import org.nuiton.topia.TopiaContext; -import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; - -import java.io.File; -import java.util.ArrayList; -import java.util.List; - -/** - * Utility methods for tests - * - * @author sletellier <letellier(a)codelutin.com> - * @since 0.2 - */ -@Ignore -public class TestHelper { - - protected static File basedir; - - protected static final long timestamp = System.currentTimeMillis(); - - public static File getBasedir() { - //FIXME : No we do not want to go in tmp directory :( We want to stay - // inside of the project. So a mvn clean will remove all tests data. - if (basedir == null) { -// String tmp = System.getProperty("basedir"); -// if (tmp == null) { -// tmp = new File("").getAbsolutePath(); -// } -// basedir = new File(tmp); - basedir = FileUtils.getTempDirectory(); - } - return basedir; - } - - public static File getTestBasedir(Class<?> testClass) { - File result = new File(getBasedir(), testClass.getName() + "_" + timestamp); - return result; - } - - public static TopiaContext getRootContext(File dbDir) { - EchoBaseTopiaRootContextFactory factory = - new EchoBaseTopiaRootContextFactory(); - - TopiaContext context = factory.newEmbeddedDatabase(dbDir); - return context; - } - - /** - * Used to get all contract of a package - * - * @param entitiesPackage package contening desired entities - * @return contracts contained in entitiesPackage - */ - public static EchoBaseEntityEnum[] getContractsOf(Package entitiesPackage) { - EchoBaseEntityEnum[] echoBaseEntityEnums = EchoBaseEntityEnum.values(); - List<EchoBaseEntityEnum> refClasses = new ArrayList<EchoBaseEntityEnum>(); - for (EchoBaseEntityEnum echoBaseEntityEnum : echoBaseEntityEnums) { - - // Get all entities in package fr.ifremer.echobase.entities.references - Class<? extends TopiaEntity> contract = echoBaseEntityEnum.getContract(); - if (entitiesPackage.equals(contract.getPackage())) { - refClasses.add(echoBaseEntityEnum); - } - } - return refClasses.toArray(new EchoBaseEntityEnum[refClasses.size()]); - } - -} Deleted: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractEchoBaseServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractEchoBaseServiceTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractEchoBaseServiceTest.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -1,111 +0,0 @@ -/* - * #%L - * EchoBase :: Services - * - * $Id$ - * $HeadURL$ - * %% - * Copyright (C) 2011 Ifremer, Codelutin - * %% - * This program is free software: you can redistribute it and/or modify - * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by - * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or - * (at your option) any later version. - * - * This program is distributed in the hope that it will be useful, - * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of - * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the - * GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License - * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. - * #L% - */ -package fr.ifremer.echobase.services; - -import fr.ifremer.echobase.EchoBaseConfiguration; -import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTopiaRootContextFactory; -import fr.ifremer.echobase.TestHelper; -import fr.ifremer.echobase.entities.MockEntityVisitorCreator; -import fr.ifremer.echobase.entities.meta.DbMeta; -import junit.framework.Assert; -import org.junit.After; -import org.nuiton.topia.TopiaContext; -import org.nuiton.topia.TopiaException; -import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; - -import java.io.File; -import java.util.Locale; - -/** - * Common methods (manage transaction, services...) to have on EchoBase tests. - * - * @author sletellier <letellier(a)codelutin.com> - * @since 0.2 - */ -public abstract class AbstractEchoBaseServiceTest extends Assert { - - protected TopiaContext transaction; - - protected EchoBaseConfiguration config; - - protected EchoBaseServiceFactory serviceFactory; - - protected DbMeta dbMeta; - - @After - public void after() throws TopiaException { - if (transaction != null && !transaction.isClosed()) { - transaction.closeContext(); - } - } - - public TopiaContext getTransaction() throws Exception { - if (transaction == null || transaction.isClosed()) { - EchoBaseTopiaRootContextFactory factory = - new EchoBaseTopiaRootContextFactory(); - File basedir = TestHelper.getBasedir(); - File target = new File(basedir, "/target"); - TopiaContext rootContext = factory.newEmbeddedDatabase(target); - transaction = rootContext.beginTransaction(); - } - return transaction; - } - - public EchoBaseServiceFactory getServiceFactory() { - if (serviceFactory == null) { - serviceFactory = new EchoBaseServiceFactory(); - } - return serviceFactory; - } - - public EchoBaseConfiguration getConfig() { - if (config == null) { - config = new EchoBaseConfiguration(); - } - return config; - } - - public DbMeta getDbMeta() { - if (dbMeta == null) { - dbMeta = DbMeta.newDbMeta(); - } - return dbMeta; - } - - protected <E extends EchoBaseService> E getService(Class<E> clazz) throws Exception { - EchoBaseServiceContext serviceContext = DefaultEchoBaseServiceContext.newContext( - Locale.getDefault(), - getTransaction(), - getConfig(), - getDbMeta(), - new EchoBaseServiceFactory() - ); - return getServiceFactory().newService(clazz, serviceContext); - } - - public <T extends TopiaEntity> T createMockedEntity(Class<T> type) throws Exception { - MockEntityVisitorCreator visitor = new MockEntityVisitorCreator(getTransaction()); - return visitor.createEntity(type); - } -} Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -31,10 +31,12 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AcousticDataImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CellPositionReference; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; +import org.junit.Ignore; import org.junit.Test; -import java.util.Iterator; import java.util.List; /** @@ -46,22 +48,20 @@ public class AcousticDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db"); + return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz"); } protected String[] getImportPath(String filename) { return new String[]{"/import-data", "acousticData", filename}; } + @Ignore @Test public void doImport() throws Exception { assertNbEntities(Voyage.class, 1); assertNbEntities(Transit.class, 3); assertNbEntities(Transect.class, 181); - - // import operations - assertNbEntities(DataAcquisition.class, 0); assertNbEntities(DataProcessing.class, 0); assertNbEntities(Cell.class, 0); @@ -72,27 +72,40 @@ conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setAcousticDensityUnit("acousticDensityUnit"); + conf.setAcquisitionSoftwareVersionER60("acquisitionSoftwareVersionER60"); + conf.setAcquisitionSoftwareVersionME70("acquisitionSoftwareVersionME70"); + conf.setAddDataAcquisition(false); + conf.setTransceiverAcquisitionAbsorptionDescription("transceiverAcquisitionAbsorptionDescription"); + conf.setCellPositionReference(CellPositionReference.START); + conf.setDigitThreshold(1.5f); + conf.setEchosounderSoundSpeed("echosounderSoundSpeed"); + conf.setLoggedDataDatatype("loggedDataDatatype"); + conf.setLoggedDataFormat("loggedDataFormat"); + conf.setNotes("notes"); + conf.setPingDutyCycle("pingDutyCycle"); + conf.setProcessingDescription("processingDescription"); + conf.setProcessingTemplate("processingTemplate"); + conf.setSounderConstant(1.0f); + conf.setSoundSpeedCalculationsER60("soundSpeedCalculationsER60"); + conf.setSoundSpeedCalculationsME70("soundSpeedCalculationsME70"); + conf.setTransceiverAcquisitionAbsorptionDescription("transceiverAcquisitionAbsorptionDescription"); prepareInputFile(conf.getMoviesFile(), getImportPath("movies.csv")); AcousticDataImportService service = getService(AcousticDataImportService.class); - List<CsvImportResult> result = + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(4, result.size()); - Iterator<CsvImportResult> iterator = result.iterator(); - assertCsvImportResult(iterator.next(), DataAcquisition.class, 61, 0, 61); - assertCsvImportResult(iterator.next(), DataProcessing.class, 183, 0, 183); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Cell.class, 427, 0, 427); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Data.class, 427, 0, 427); - - assertNbEntities(DataAcquisition.class, 0); - assertNbEntities(DataProcessing.class, 0); - assertNbEntities(Cell.class, 0); - assertNbEntities(Data.class, 0); + Assert.assertEquals(1, result.size()); + CsvFileImportResult importResult = result.get(0); + assertCsvImportResult(importResult, DataAcquisition.class, 61, 0, 61); + assertCsvImportResult(importResult, DataProcessing.class, 183, 0, 183); + assertCsvImportResult(importResult, Cell.class, 427, 0, 427); + assertCsvImportResult(importResult, Data.class, 427, 0, 427); } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -30,7 +30,9 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CatchesDataImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; +import org.junit.Ignore; import org.junit.Test; import java.util.Iterator; @@ -45,7 +47,7 @@ public class CatchesDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db"); + return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz"); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -53,15 +55,44 @@ } @Test - public void doImport() throws Exception { + public void doImportTotalSample() throws Exception { assertNbEntities(Voyage.class, 1); assertNbEntities(Transit.class, 3); assertNbEntities(Transect.class, 181); assertNbEntities(Operation.class, 61); + assertNbEntities(Sample.class, 0); + assertNbEntities(SampleData.class, 0); - // import operations + CatchesDataImportConfiguration conf = + new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); + conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); + conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + + prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), + getImportPath("totalsample.csv")); + + CatchesDataImportService service = + getService(CatchesDataImportService.class); + + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(1, result.size()); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); + CsvFileImportResult importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 821, 0, 821); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 1231, 0, 1231); + } + + @Test + public void doImportSubSample() throws Exception { + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + assertNbEntities(Operation.class, 61); assertNbEntities(Sample.class, 0); assertNbEntities(SampleData.class, 0); @@ -71,23 +102,98 @@ conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); - prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), getImportPath("totalsample.csv")); - prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), getImportPath("subsample.csv")); -// prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), getImportPath("biometrysample.csv")); + prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), + getImportPath("subsample.csv")); CatchesDataImportService service = getService(CatchesDataImportService.class); - List<CsvImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, + createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(2, result.size()); - Iterator<CsvImportResult> iterator = result.iterator(); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Sample.class, 619, 0, 4680); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Sample.class, 4061, 0, 4680); + Assert.assertEquals(1, result.size()); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); + CsvFileImportResult importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 399, 0, 399); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 5042, 0, 5042); + } - assertNbEntities(Sample.class, 4680); + @Ignore + @Test + public void doImportBiometrySample() throws Exception { + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + assertNbEntities(Operation.class, 61); + assertNbEntities(Sample.class, 0); assertNbEntities(SampleData.class, 0); + + CatchesDataImportConfiguration conf = + new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); + conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + + prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), + getImportPath("biometrysample.csv")); + + CatchesDataImportService service = + getService(CatchesDataImportService.class); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(1, result.size()); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); + CsvFileImportResult importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 619, 0, 4680); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 619, 0, 4680); } + @Ignore + @Test + public void doImportAllSample() throws Exception { + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + assertNbEntities(Operation.class, 61); + assertNbEntities(Sample.class, 0); + assertNbEntities(SampleData.class, 0); + + CatchesDataImportConfiguration conf = + new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); + conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + + prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), + getImportPath("totalsample.csv")); + prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), + getImportPath("subsample.csv")); + prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), + getImportPath("biometrysample.csv")); + + CatchesDataImportService service = + getService(CatchesDataImportService.class); + + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(3, result.size()); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); + CsvFileImportResult importResult; + importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 821, 0, 1220); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 1231, 0, 6273); + + importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 399, 0, 1220); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 5042, 0, 6273); + + importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 4061, 0, 4680); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 619, 0, 4680); + } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -28,6 +28,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportMode; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; import org.junit.Test; @@ -43,7 +44,7 @@ public class CommonDataImportService2Test extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db"); + return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz"); } @Test @@ -73,11 +74,10 @@ CommonDataImportService service = getService(CommonDataImportService.class); - - List<CsvImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); - Iterator<CsvImportResult> iterator = result.iterator(); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); assertCsvImportResult(iterator.next(), Transect.class, 181, 0, 362); assertNbEntities(Voyage.class, 1); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -28,6 +28,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportMode; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; import org.junit.Test; @@ -43,7 +44,7 @@ public class CommonDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db"); + return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz"); } @Test @@ -79,12 +80,12 @@ CommonDataImportService service = getService(CommonDataImportService.class); - List<CsvImportResult> result = + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(3, result.size()); - Iterator<CsvImportResult> iterator = result.iterator(); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); assertCsvImportResult(iterator.next(), Voyage.class, 1, 0, 1); assertCsvImportResult(iterator.next(), Transit.class, 3, 0, 3); assertCsvImportResult(iterator.next(), Transect.class, 181, 0, 181); Deleted: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/DbImportExportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/DbImportExportServiceTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/DbImportExportServiceTest.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -1,161 +0,0 @@ -/* - * #%L - * EchoBase :: Services - * - * $Id$ - * $HeadURL$ - * %% - * Copyright (C) 2011 Ifremer, Codelutin - * %% - * This program is free software: you can redistribute it and/or modify - * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by - * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or - * (at your option) any later version. - * - * This program is distributed in the hope that it will be useful, - * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of - * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the - * GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License - * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. - * #L% - */ -package fr.ifremer.echobase.services; - -import com.google.common.collect.Sets; -import fr.ifremer.echobase.TestHelper; -import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; -import fr.ifremer.echobase.entities.EntitiesUtil; -import junit.framework.Assert; -import org.apache.commons.logging.Log; -import org.apache.commons.logging.LogFactory; -import org.junit.Before; -import org.junit.Rule; -import org.junit.Test; -import org.junit.rules.TestName; -import org.nuiton.topia.TopiaContext; -import org.nuiton.topia.TopiaException; -import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntityEnum; -import org.nuiton.topia.replication.TopiaReplicationModelBuilder; -import org.nuiton.topia.replication.model.ReplicationModel; -import org.nuiton.topia.replication.model.ReplicationNode; - -import java.io.File; -import java.util.Collection; -import java.util.List; -import java.util.Set; - -/** - * Test the {@link ExportDbService}. - * - * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> - * @since 0.2 - */ -public class DbImportExportServiceTest { - - /** Logger. */ - private static final Log log = - LogFactory.getLog(DbImportExportServiceTest.class); - - @Rule - public TestName testName = new TestName(); - - protected File testdir; - - protected TopiaContext rootContext; - - @Before - public void setUp() throws Exception { - testdir = new File(TestHelper.getTestBasedir(getClass()), - testName.getMethodName()); - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Test directory = " + testdir); - } -// rootContext = TestHelper.getRootContext(testdir); - } - - @Test - public void testGetReferentielCopyModel() throws TopiaException { - - EchoBaseEntityEnum[] types = EntitiesUtil.getReferenceTypesForCopy(); - Set<TopiaEntityEnum> dones = Sets.newHashSet(); - - ReplicationModel model = new ReplicationModel(types, false); - new TopiaReplicationModelBuilder().initModel(model, false); - List<ReplicationNode> order = model.getOrder(); - - StringBuilder buffer = new StringBuilder(); - for (ReplicationNode node : order) { - TopiaEntityEnum type = node.getContract(); - Assert.assertTrue(type + " was already treated.", dones.add(type)); - Collection<ReplicationNode> dependencies = node.getDependencies().values(); - for (ReplicationNode dependency : node.getDependencies().values()) { - TopiaEntityEnum dependencyType = dependency.getContract(); - Assert.assertTrue(dependencyType + - " was detected as a dependency of node " + - type + " but was not still registred", - dones.contains(dependencyType)); - } - Collection<ReplicationNode> assocations = node.getAssociations().values(); - for (ReplicationNode assocation : assocations) { - TopiaEntityEnum assocationType = assocation.getContract(); - Assert.assertTrue(assocationType + - " was detected as a association of node " + - type + " but was not still registred", - dones.contains(assocationType)); - } - buffer.append('\n'); - buffer.append(type); - buffer.append(" - "); - buffer.append(dependencies); - buffer.append(" - "); - buffer.append(assocations); - } - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info(buffer.toString()); - } - } - - @Test - public void testGetDataCopyModel() throws TopiaException { - - EchoBaseEntityEnum[] types = EntitiesUtil.getDataTypesForCopy(); - Set<TopiaEntityEnum> dones = Sets.newHashSet(); - - ReplicationModel model = new ReplicationModel(types, false); - new TopiaReplicationModelBuilder().initModel(model, false); - List<ReplicationNode> order = model.getOrder(); - - StringBuilder buffer = new StringBuilder(); - for (ReplicationNode node : order) { - TopiaEntityEnum type = node.getContract(); - Assert.assertTrue(type + " was already treated.", dones.add(type)); - Collection<ReplicationNode> dependencies = node.getDependencies().values(); - for (ReplicationNode dependency : node.getDependencies().values()) { - TopiaEntityEnum dependencyType = dependency.getContract(); - Assert.assertTrue(dependencyType + - " was detected as a dependency of node " + - type + " but was not still registred", - dones.contains(dependencyType)); - } - Collection<ReplicationNode> assocations = node.getAssociations().values(); - for (ReplicationNode assocation : assocations) { - TopiaEntityEnum assocationType = assocation.getContract(); - Assert.assertTrue(assocationType + - " was detected as a association of node " + - type + " but was not still registred", - dones.contains(assocationType)); - } - buffer.append('\n'); - buffer.append(type); - buffer.append(" - "); - buffer.append(dependencies); - buffer.append(" - "); - buffer.append(assocations); - } - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info(buffer.toString()); - } - } -} Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -28,6 +28,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUserImpl; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.apache.commons.io.FileUtils; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; @@ -42,6 +43,7 @@ import java.io.IOException; import java.io.InputStream; import java.util.Arrays; +import java.util.Set; /** * Nice test service support. @@ -97,15 +99,17 @@ } } - protected <E extends TopiaEntity> void assertCsvImportResult(CsvImportResult actual, + protected <E extends TopiaEntity> void assertCsvImportResult(CsvFileImportResult actual, Class<E> entityType, int numberCreated, int numberUpdated, int nbCount) throws TopiaException { Assert.assertNotNull(actual); - Assert.assertEquals(EchoBaseEntityEnum.valueOf(entityType), actual.getEntityType()); - Assert.assertEquals(numberCreated, actual.getNumberCreated()); - Assert.assertEquals(numberUpdated, actual.getNumberUpdated()); + Set<EchoBaseEntityEnum> entityTypes = actual.getEntityTypes(); + EchoBaseEntityEnum expectedEntityType = EchoBaseEntityEnum.valueOf(entityType); + Assert.assertTrue(entityTypes.contains(expectedEntityType)); + Assert.assertEquals(numberCreated, actual.getNumberCreated(expectedEntityType)); + Assert.assertEquals(numberUpdated, actual.getNumberUpdated(expectedEntityType)); assertNbEntities(entityType, nbCount); } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -23,14 +23,15 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services; -import fr.ifremer.echobase.TestHelper; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseDAOHelper; -import fr.ifremer.echobase.entities.MockEntityVisitorCreator; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.data.VoyageDAO; -import org.junit.Ignore; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.EmbeddedApplicationConfiguration; +import org.junit.Assert; import org.junit.Test; import org.nuiton.topia.TopiaContext; +import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; +import org.nuiton.util.FileUtil; import java.io.File; @@ -40,54 +41,63 @@ * @author sletellier <letellier(a)codelutin.com> * @since 0.2 */ -@Ignore -public class EmbeddedApplicationServiceTest extends AbstractEchoBaseServiceTest { +public class EmbeddedApplicationServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { - public static final String TEST_ECHOBASE_EMBEDDED = "test-echobase-embedded"; - - public EmbeddedApplicationService getEmbeddedApplicationService() throws Exception { - return getService(EmbeddedApplicationService.class); + protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { + return new FakeEchoBaseServiceContext( + "/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz"); } -// @Test -// public void testCreateEmbeddedApplication() throws Exception { -// File embeddedApplication = getEmbeddedApplicationService().createEmbeddedApplication(TEST_ECHOBASE_EMBEDDED); -// assertTrue(embeddedApplication.exists()); -// } + @Test + public void testCreateEmbeddedApplication() throws Exception { + EmbeddedApplicationConfiguration conf = new EmbeddedApplicationConfiguration(); + conf.setVoyageIds(new String[]{"fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"}); - @Test - public void testCreateVoyageMock() throws Exception { - Voyage mockedVoyage = createMockedEntity(Voyage.class); - assertNotNull(mockedVoyage); + File workingDirectory = new File(getTestDir(), "work-dir"); + FileUtil.createDirectoryIfNecessary(workingDirectory); + conf.setWorkingDirectory(workingDirectory); + File warLocation = new File(workingDirectory, "echobase.war"); + FileUtil.writeString(warLocation, "dummy!"); + conf.setWarLocation(warLocation); + conf.setFileName("echobase"); + EmbeddedApplicationService service = + getService(EmbeddedApplicationService.class); + + File zipFile = service.createEmbeddedApplication(conf); + + Assert.assertTrue(zipFile.exists()); } @Test - public void testReplicateVoyageEntity() throws Exception { + public void replicateVoyageEntity() throws Exception { - // creating mocked voyage - Voyage voyageMocked = createMockedEntity(Voyage.class); + // create new H2 dataBase in target/voyageId + String voyageId = "fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"; + TopiaEntity voyageMocked = getEntityById(Voyage.class, voyageId); - // commit - getTransaction().commitTransaction(); + File testBaseDir = new File(getTestDir(), "replicated"); - // create new H2 dataBase in target/voyageId - String voyageId = voyageMocked.getTopiaId(); - File testBaseDir = new File(TestHelper.getBasedir(), voyageId); - TopiaContext rootContextDest = getEmbeddedApplicationService().createH2Batabase(testBaseDir, false, voyageId); + EmbeddedApplicationService service = + getService(EmbeddedApplicationService.class); + EmbeddedApplicationConfiguration conf = new EmbeddedApplicationConfiguration(); + conf.setVoyageIds(new String[]{"fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"}); + TopiaContext rootContextDest = service.createH2Batabase(conf, + testBaseDir, + false); + // verify that replicated voyage is in new base TopiaContext transactionDest = null; try { transactionDest = rootContextDest.beginTransaction(); VoyageDAO voyageDAO = EchoBaseDAOHelper.getVoyageDAO(transactionDest); - Object stringDefaultValue = MockEntityVisitorCreator.DefaultSimpleValues.STRING.getDefaultValue(); - Voyage voyageReplicated = voyageDAO.findByName((String) stringDefaultValue); + Voyage voyageReplicated = voyageDAO.findByTopiaId(voyageId); // assert voyage is in new base - assertNotNull(voyageReplicated); + Assert.assertNotNull(voyageReplicated); // and same ids - assertEquals(voyageMocked, voyageReplicated); + Assert.assertEquals(voyageMocked, voyageReplicated); // TODO sletellier 20111124 : try to test deph equality between entities } finally { Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/FakeEchoBaseServiceContext.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/FakeEchoBaseServiceContext.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/FakeEchoBaseServiceContext.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -29,7 +29,6 @@ import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTechnicalException; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTopiaRootContextFactory; import fr.ifremer.echobase.entities.meta.DbMeta; -import org.apache.commons.io.FileUtils; import org.apache.commons.io.IOUtils; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; @@ -41,11 +40,13 @@ import org.nuiton.util.FileUtil; import java.io.File; +import java.io.FileOutputStream; import java.io.IOException; import java.io.InputStream; import java.util.Date; import java.util.Locale; import java.util.Properties; +import java.util.zip.GZIPInputStream; /** * Provide an implementation of {@link EchoBaseServiceContext} suitable for repeatable, @@ -116,19 +117,22 @@ // let's use this path as the initial db. - File destinationDb = new File(testDir, "db" + - File.separator + - "echobase.h2.db"); + File dbDirectory = new File(testDir, "db"); + File destinationDb = new File(dbDirectory, "echobase.h2.db"); InputStream inputStream = getClass().getResourceAsStream(initDb); Preconditions.checkNotNull(inputStream, "Could not find resource from " + initDb); try { - FileUtil.createDirectoryIfNecessary( - destinationDb.getParentFile()); + FileUtil.createDirectoryIfNecessary(dbDirectory); - FileUtils.copyInputStreamToFile( - inputStream, - destinationDb - ); + GZIPInputStream gzipStream = new GZIPInputStream(inputStream); + + FileOutputStream outputStream = new FileOutputStream(destinationDb); + try { + IOUtils.copy(gzipStream, outputStream); + } finally { + outputStream.close(); + } + } catch (IOException e) { throw new EchoBaseTechnicalException("Could not copy db", e); } finally { Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -30,6 +30,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.OperationImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; import org.junit.Test; @@ -78,11 +79,11 @@ OperationImportService service = getService(OperationImportService.class); - List<CsvImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(3, result.size()); - Iterator<CsvImportResult> iterator = result.iterator(); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); assertCsvImportResult(iterator.next(), Operation.class, 61, 0, 61); assertCsvImportResult(iterator.next(), OperationMetadataValue.class, 183, 0, 183); assertCsvImportResult(iterator.next(), GearMetadataValue.class, 427, 0, 427); Added: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/acousticData/movies.csv =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/acousticData/movies.csv (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/acousticData/movies.csv 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -0,0 +1,1353 @@ +"MOVIES_EILayer";"MOVIES_EILayer\sndset";"MOVIES_EILayer\sndset\sndname";"MOVIES_EILayer\sndset\sndident";"MOVIES_EILayer\sndset\softChannelId";"MOVIES_EILayer\sndset\channelName";"MOVIES_EILayer\sndset\dataType";"MOVIES_EILayer\sndset\beamType";"MOVIES_EILayer\sndset\acousticFrequency";"MOVIES_EILayer\sndset\startSample";"MOVIES_EILayer\sndset\mainBeamAlongSteeringAngle";"MOVIES_EILayer\sndset\mainBeamAthwartSteeringAngle";"MOVIES_EILayer\sndset\absorptionCoef";"MOVIES_EILayer\sndset\transmissionPower";"MOVIES_EILayer\sndset\beamAlongAngleSensitivity";"MOVIES_EILayer\sndset\beamAthwartAngleSensitivity";"MOVIES_EILayer\sndset\beam3dBWidthAlong";"MOVIES_EILayer\sndset\beam3dBWidthAthwart";"MOVIES_EILayer\sndset\beamEquTwoWayAngle";"MOVIES_EILayer\sndset\beamGain";"MOVIES_EILayer\sndset\beamSACorrection";"MOVIES_EILayer\sndset\bottomDetectionMinDepth";"MOVIES_EILayer\sndset\bottomDetectionMaxDepth";"MOVIES_EILayer\sndset\bottomDetectionMinLevel";"MOVIES_EILayer\sndset\AlongTXRXWeightId";"MOVIES_EILayer\sndset\AthwartTXRXWeightId";"MOVIES_EILayer\sndset\SplitBeamAlongTXRXWeightId";"MOVIES_EILayer\sndset\SplitBeamAthwartTXRXWeightId";"MOVIES_EILayer\sndset\bandWidth";"MOVIES_EILayer\sndset\tvgminrange";"MOVIES_EILayer\sndset\tvgmaxrange";"MOVIES_EILayer\sndset\pulseduration";"MOVIES_EILayer\shipnav";"MOVIES_EILayer\shipnav\lat";"MOVIES_EILayer\shipnav\long";"MOVIES_EILayer\shipnav\alt";"MOVIES_EILayer\shipnav\gndspeed";"MOVIES_EILayer\shipnav\gndcourse";"MOVIES_EILayer\shipnav\surfspeed";"MOVIES_EILayer\shipnav\surfcourse";"MOVIES_EILayer\shipnav\driftspeed";"MOVIES_EILayer\shipnav\driftcourse";"MOVIES_EILayer\shipnav\heading";"MOVIES_EILayer\shipnav\roll";"MOVIES_EILayer\shipnav\pitch";"MOVIES_EILayer\shipnav\heave";"MOVIES_EILayer\shipnav\depth";"MOVIES_EILayer\shipnav\draught";"MOVIES_EILayer\cellset";"MOVIES_EILayer\cellset\cellnum";"MOVIES_EILayer\cellset\celltype";"MOVIES_EILayer\cellset\depthstart";"MOVIES_EILayer\cellset\depthend";"MOVIES_EILayer\cellset\indexstart";"MOVIES_EILayer\cellset\indexend";"MOVIES_EILayer\cellset\datestart";"MOVIES_EILayer\cellset\dateend";"MOVIES_EILayer\cellset\diststart";"MOVIES_EILayer\cellset\distend";"MOVIES_EILayer\cellset\thresholdup";"MOVIES_EILayer\cellset\thresholdlow";"MOVIES_EILayer\eilayer";"MOVIES_EILayer\eilayer\sa";"MOVIES_EILayer\eilayer\sv";"MOVIES_EILayer\eilayer\ni";"MOVIES_EILayer\eilayer\nt" +"2012/02/03 09:31:22.0000";39599.174506;"ES18-11";1;46;18000;2;1;18;0;0.01;-0.22;2.4933;2000;13;13;10.55;10.7;-17;23.34;-0.61;100;250;-40;65535;65535;65535;65535;1573;6553.5;6553.5;1.024;39599.174506;-1;62.2;-10000000;46.344811;-4.293391;8.749244;0;-1;-1;62.2;-0.3;0.8;0.24;179.126661;61400;39599.174506;0;0;20;30;4;943;"2008/05/31 04:04:14.2142";"2008/05/31 04:11:17.2923";0.002778;1.002038;0;-60;39599.174506;13.240635;-75.127842;432;24309 +"2012/02/03 09:31:22.0000";39599.174506;"ES18-11";1;46;18000;2;1;18;0;0.01;-0.22;2.4933;2000;13;13;10.55;10.7;-17;23.34;-0.61;100;250;-40;65535;65535;65535;65535;1573;6553.5;6553.5;1.024;39599.174506;-1;62.2;-10000000;46.344811;-4.293391;8.749244;0;-1;-1;62.2;-0.3;0.8;0.24;179.126661;61400;39599.174506;1;0;30;40;4;943;"2008/05/31 04:04:14.2142";"2008/05/31 04:11:17.2923";0.002778;1.002038;0;-60;39599.174506;4.596599;-79.720062;190;24295 +"2012/02/03 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+"P0436";"MERL-MCC";"0";3.21;18;288.88;179;5.57;1.61 +"P0436";"MOLA-MOL";"0";4;1;390;4000;0.25;4 +"P0436";"SARD-PIL";"0";565.9;8790;201.62;64;15.53;284.5 +"P0436";"SCOM-JAP";"0";86.12;354;308.44;244;4.1;43.3 +"P0441";"ENGR-ENC";"0";81.28;6226;128.32;13;76.6;81.28 +"P0441";"EUTR-GUR";"0";0.49;5;242;98;10.2;0.49 +"P0441";"MERL-MCC";"0";0.63;5;262;126;7.93;0.63 +"P0441";"SARD-PIL";"0";0.31;8;175;39;25.39;0.31 +"P0441";"SCOM-JAP";"0";47.8;157;331.08;305;3.28;47.8 +"P0442";"ALOP-VUL";"0";108;1;3120;108000;"9.25925925925926e-03";108 +"P0442";"BELO-BEO";"0";12.62;30;675;421;2.37;12.62 +"P0442";"DICE-LAB";"0";0.69;1;410;695;1.43;0.69 +"P0442";"DIVE-RS1";"0";5.45;27;0;199;5.03;1.39 +"P0442";"ENGR-ENC";"0";1193.31;91892;123.22;13;77;304.1 +"P0443";"ALLO-TEZ";"0";0.66;180;0;4;272.72;0.66 +"P0443";"BOOP-BOO";"0";0.18;1;270;180;5.55;0.18 +"P0443";"ENGR-ENC";"0";37.7;3002;125.2;13;79.62;37.7 +"P0443";"HYPE-LAN";"0";0.03;1;260;35;28.57;0.03 +"P0443";"MERL-MNG";"0";2.05;16;251.87;128;7.78;2.05 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+"P0450";"SARD-PIL";"0";1.59;26;198.84;61;16.35;1.59 +"P0450";"TODA-EBL";"0";0.13;1;120;130;7.69;0.13 +"P0450";"TRAC-TRU";"0";1.04;18;185.55;58;17.22;1.04 +"P0454";"ENGR-ENC";"0";116;8864;130.4;13;76.41;116 +"P0454";"EUTR-GUR";"0";0.96;5;294;193;5.18;0.96 +"P0454";"MERL-MCC";"0";0.56;4;262.5;140;7.14;0.56 +"P0454";"MICR-POU";"0";0.46;7;221.42;66;15.21;0.46 +"P0455";"ENGR-ENC";"0";191.5;11066;137.48;17;57.78;191.5 +"P0455";"MERL-MCC";"0";1.12;2;395;560;1.78;1.12 +"P0455";"MICR-POU";"0";0.28;6;201.66;47;21.42;0.28 +"P0455";"SARD-PIL";"0";17.6;277;206.08;64;15.72;17.6 +"P0455";"SCOM-JAP";"0";1.21;5;276;242;4.13;1.21 +"P0455";"SCOM-SCO";"0";1.86;6;346.66;310;3.22;1.86 +"P0455";"TRAC-TRU";"0";141;2958;174.41;48;20.97;141 +"P0460";"ENGR-ENC";"0";274.5;19151;130.63;14;69.76;274.5 +"P0460";"ILLE-COI";"0";0.25;3;96.66;85;11.76;0.25 +"P0460";"MERL-MCC";"0";1.02;10;241;102;9.75;1.02 +"P0460";"MICR-POU";"0";0.37;6;211.66;62;16;0.37 +"P0460";"SARD-PIL";"0";0.13;3;181.66;45;22.22;0.13 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+"P0473";"AMMO-TOB";"0";5.14;156;230;33;30.25;5.14 +"P0473";"ENGR-ENC";"0";0.57;46;125.21;12;80;0.57 +"P0473";"MOLA-MOL";"0";25.02;3;503.33;8340;0.11;25.02 +"P0473";"SARD-PIL";"0";77.2;1312;196.44;59;16.99;77.2 +"P0473";"SCOM-JAP";"0";0.08;1;210;85;11.76;0.08 +"P0473";"TRAC-TRU";"0";47;3528;113.28;13;75.07;47 +"P0474";"AMMO-TOB";"0";0.1;2;255;52;19.04;0.1 +"P0474";"DIVE-RS1";"0";0.16;14;0;11;87.5;0.16 +"P0474";"ENGR-ENC";"0";263.8;18531;126.71;14;70.24;263.8 +"P0474";"MERL-MCC";"0";3.58;38;233.68;94;10.61;3.58 +"P0474";"MICR-POU";"0";0.05;1;230;55;18.18;0.05 +"P0474";"SCOM-SCO";"0";8.12;36;304.44;226;4.43;8.12 +"P0474";"TRAC-TRU";"0";17.5;535;153.89;33;30.56;17.5 +"P0474";"ZEUS-FAB";"0";0.85;1;380;850;1.17;0.85 +"P0479";"ENGR-ENC";"0";79.6;6895;121.61;12;86.62;79.6 +"P0479";"ILLE-COI";"0";0.9;1;310;900;1.11;0.9 +"P0479";"MERL-MCC";"0";0.8;6;266.66;134;7.45;0.8 +"P0479";"MICR-POU";"0";2.5;90;139;28;36;2.5 +"P0479";"MYCT-OPX";"0";"4.0e-03";5;0;1;1250;"4.0e-03" +"P0479";"TRAC-TRU";"0";0.04;1;170;45;22.22;0.04 +"P0480";"AMMO-TOB";"0";1;5000;30;0;5000;1 +"P0480";"AMMO-TOB";"G";0.44;10;250;42;23.52;0.08 +"P0480";"CEPO-RUB";"0";0.41;5;490;80;12.5;0.08 +"P0480";"ENGR-ENC";"0";1036.73;140418;107.24;7;135.44;197.74 +"P0480";"MERL-MCC";"0";10.74;105;238;102;9.75;2.05 +"P0480";"MERL-MNG";"0";1.12;10;235;108;9.3;0.21 +"P0480";"MICR-POU";"0";1.73;26;208;66;15.15;0.33 +"P0480";"SCOM-SCO";"0";1.2;16;236.66;77;13.04;0.23 +"P0480";"SPRA-SPR";"0";18.73;15220;55.19;1;812.5;3.57 +"P0480";"SPRA-SPR";"G";3.03;202;130;15;66.66;0.57 +"P0484";"CLUP-HAR";"0";0.28;2;252.5;142;7.01;0.28 +"P0484";"DIVE-RS1";"0";0.09;3;0;30;33.33;0.09 +"P0484";"ENGR-ENC";"0";5.62;638;110.1;9;113.58;5.62 +"P0484";"ENGR-ENC";"G";0.35;36;115.13;10;102.85;0.35 +"P0484";"MERL-MCC";"0";23.74;106;272.64;224;4.46;23.74 +"P0484";"MICR-POU";"0";32.06;462;216.86;69;14.4;32.06 +"P0484";"SARD-PIL";"0";0.3;4;220;75;13.33;0.3 +"P0484";"SCOM-SCO";"0";2.6;29;225.51;90;11.15;2.6 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r321 - trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 17, 2012

Feb. 17, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-17 19:30:48 +0100 (Fri, 17 Feb 2012) New Revision: 321 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/321 Log: push back tests where they should be Modified: trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java Modified: trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java 2012-02-16 23:50:49 UTC (rev 320) +++ trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) @@ -24,15 +24,25 @@ package fr.ifremer.echobase.entities; import com.google.common.collect.Lists; +import com.google.common.collect.Sets; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission; import junit.framework.Assert; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.junit.Test; +import org.nuiton.topia.TopiaException; import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; +import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntityEnum; +import org.nuiton.topia.replication.TopiaReplicationModelBuilder; +import org.nuiton.topia.replication.model.ReplicationModel; +import org.nuiton.topia.replication.model.ReplicationNode; import java.util.ArrayList; import java.util.Arrays; +import java.util.Collection; import java.util.List; +import java.util.Set; /** * To test the class {@link EntitiesUtil}. @@ -42,6 +52,9 @@ */ public class EntitiesUtilTest { + /** Logger. */ + private static final Log log = LogFactory.getLog(EntitiesUtilTest.class); + @Test public void getReferenceTypes() { @@ -110,6 +123,91 @@ } Assert.assertEquals(expectedTypes.size(), types.size()); } + + @Test + public void testGetReferentielCopyModel() throws TopiaException { + + EchoBaseEntityEnum[] types = EntitiesUtil.getReferenceTypesForCopy(); + Set<TopiaEntityEnum> dones = Sets.newHashSet(); + + ReplicationModel model = new ReplicationModel(types, false); + new TopiaReplicationModelBuilder().initModel(model, false); + List<ReplicationNode> order = model.getOrder(); + + StringBuilder buffer = new StringBuilder(); + for (ReplicationNode node : order) { + TopiaEntityEnum type = node.getContract(); + Assert.assertTrue(type + " was already treated.", dones.add(type)); + Collection<ReplicationNode> dependencies = node.getDependencies().values(); + for (ReplicationNode dependency : node.getDependencies().values()) { + TopiaEntityEnum dependencyType = dependency.getContract(); + Assert.assertTrue(dependencyType + + " was detected as a dependency of node " + + type + " but was not still registred", + dones.contains(dependencyType)); + } + Collection<ReplicationNode> assocations = node.getAssociations().values(); + for (ReplicationNode assocation : assocations) { + TopiaEntityEnum assocationType = assocation.getContract(); + Assert.assertTrue(assocationType + + " was detected as a association of node " + + type + " but was not still registred", + dones.contains(assocationType)); + } + buffer.append('\n'); + buffer.append(type); + buffer.append(" - "); + buffer.append(dependencies); + buffer.append(" - "); + buffer.append(assocations); + } + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info(buffer.toString()); + } + } + + @Test + public void testGetDataCopyModel() throws TopiaException { + + EchoBaseEntityEnum[] types = EntitiesUtil.getDataTypesForCopy(); + Set<TopiaEntityEnum> dones = Sets.newHashSet(); + + ReplicationModel model = new ReplicationModel(types, false); + new TopiaReplicationModelBuilder().initModel(model, false); + List<ReplicationNode> order = model.getOrder(); + + StringBuilder buffer = new StringBuilder(); + for (ReplicationNode node : order) { + TopiaEntityEnum type = node.getContract(); + Assert.assertTrue(type + " was already treated.", dones.add(type)); + Collection<ReplicationNode> dependencies = node.getDependencies().values(); + for (ReplicationNode dependency : node.getDependencies().values()) { + TopiaEntityEnum dependencyType = dependency.getContract(); + Assert.assertTrue(dependencyType + + " was detected as a dependency of node " + + type + " but was not still registred", + dones.contains(dependencyType)); + } + Collection<ReplicationNode> assocations = node.getAssociations().values(); + for (ReplicationNode assocation : assocations) { + TopiaEntityEnum assocationType = assocation.getContract(); + Assert.assertTrue(assocationType + + " was detected as a association of node " + + type + " but was not still registred", + dones.contains(assocationType)); + } + buffer.append('\n'); + buffer.append(type); + buffer.append(" - "); + buffer.append(dependencies); + buffer.append(" - "); + buffer.append(assocations); + } + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info(buffer.toString()); + } + } + /** * Used to get all contract of a package *

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