January 2013 - Cantharella-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Interface molécule
by Sylvain PETEK Jan. 18, 2013

Jan. 18, 2013

Bonjour, Je viens de regarder l'interface "Gestion d'une Molécule". Il faudrait indiquer que le champ "Masse molaire" est obligatoire Au niveau de l'encadrée Est-ce une nouvelle molécule ? Le champ "Identifiée par" doit proposer une liste suggestive des organismes présents dans la base (à l'heure actuelle il s'agit de la liste des personnes). Merci, Bonne journée, Sylvain _____________________________________________ Sylvain PETEK Chargé de Recherche UMR 241 Ecosystèmes Insulaires Océaniens Etude Intégrée des Métabolites Secondaires Institut de recherche pour le développement BP529 98713 Papeete Polynésie française Tél. : +689 47 42 14 Fax : +689 42 95 55 sylvain.petek(a)ird.fr www.ird.fr www.pomare.org cantharella.ird.nc

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Re: [Cantharella-devel] Cr Réunion Cantharella du 08/01/2013
by Sylvain PETEK Jan. 11, 2013

Jan. 11, 2013

Je viens de tester avec différentes requêtes, ça me parait être le bon réglage. Sylvain ____________________________________________________ Dr Sylvain PETEK Porteur du projet & administrateur de Cantharella IRD BP529, 98713 PAPEETE – Tahiti – Polynésie Française B +(689) 47 42 14 (GMT -11h) -  +(689) 42 95 55 sylvain.petek(a)ird.fr -----Message d'origine----- De : cantharella-devel-bounces(a)list.forge.codelutin.com [mailto:cantharella-devel-bounces@list.forge.codelutin.com] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mercredi 9 janvier 2013 23:54 À : cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com Objet : Re: [Cantharella-devel] Cr Réunion Cantharella du 08/01/2013 Le 09/01/2013 10:32, Eric Chatellier a écrit : > * tester le changement de la profondeur d'indexation à 1 niveau pour > que les recherches retournent moins d’éléments C'est déployé sur demo. Rechercher une station ne retourne maintenant plus de résultats pour les extractions. -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com _______________________________________________ Cantharella-devel mailing list Cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/cantharella-devel

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Cr Réunion Cantharella du 08/01/2013
by Eric Chatellier Jan. 10, 2013

Jan. 10, 2013

Cr Réunion Cantharella du 08/01/2013 ==================================== Présents : Sylvain Petek, Jean Couteau, Benjamin Poussin, Eric Chatellier Configuration de commons-logging et slf4j ----------------------------------------- Point technique non traité. Présenter le problème dans un mail sur la liste. Moteur de recherche ------------------- * pas de changement sur les champs recherché dans une entité. On recherche des termes sur tous les champs indexés ce qui peut faire ressortir des faux positifs (car il ne sont pas affichés dans les tableaux). Cela rend le code générique et plus maintenable. * tester le changement de la profondeur d'indexation à 1 niveau pour que les recherches retournent moins d’éléments * la sécurité fonctionne au niveau du créateur. Configurer la sécurité pour les campagnes et les lots. * l'encodage des fichiers CSV est UTF-8. Le fichier doit être ouvert suivant cet encodage pour que les données soit correctement affichées. * vérifier l'export CSV en anglais (la langue ne semble pas être prise en compte) * il n'est pas possible de rechercher le nom d'un pays car seul le code ISO est présent en base de données et hibernate search n'indexe que ce qui est présent en base. Solution : ajouter un nouveau champs dans le formulaire de recherche présentant la liste des pays sous forme de combo et ainsi pouvoir utiliser le code ISO du pays lors de la recherche. Interfaces molécules -------------------- * test des interfaces des molécules (liste des molécules et création de molécule) : developpement en cours Prochaine réunion : Mardi 29 Janvier à 8h00 (heure de paris) -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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Utilisation de ChemDoodle
by Benjamin POUSSIN Jan. 8, 2013

Jan. 8, 2013

Bonjour, Voici après quelques recherches les possibilités et comment les mettre en oeuvre pour le format MOL: Format en lecture: * JSON * readCIF * readJCAMP * readMOL * readPDB * readXYZ Format en ecriture: * JSON * writeMOL Affichage de molécule ===================== En gros les lignes importantes:: var eauMol = "Molecule Name\n CHEMDOOD11111213423D 0 0.00000 0.00000 0\n[Ins var eau = ChemDoodle.readMOL(eauMol); eau.scaleToAverageBondLength(14.4); viewerCanvas.loadMolecule(eau); Le tout dans une page HTML <html> <head> <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="chrome=1"> <link rel="stylesheet" href="../install/ChemDoodleWeb.css" type="text/css"> <script type="text/javascript" src="../install/ChemDoodleWeb-libs.js"></script> <script type="text/javascript" src="../install/ChemDoodleWeb.js"></script> <title>ChemDoodle Web Component Viewer : ACS Document 1996</title> </head> <body> <script> //initialize component and set visual specifications var viewerCanvas = new ChemDoodle.ViewerCanvas('viewerCanvas', 100, 100); //the width of the bonds should be .6 pixels viewerCanvas.specs.bonds_width_2D = .6; //the spacing between higher order bond lines should be 18% of the length of the bond viewerCanvas.specs.bonds_saturationWidth_2D = .18; //the hashed wedge spacing should be 2.5 pixels viewerCanvas.specs.bonds_hashSpacing_2D = 2.5; //the atom label font size should be 10 viewerCanvas.specs.atoms_font_size_2D = 10; //we define a cascade of acceptable font families //if Helvetica is not found, Arial will be used viewerCanvas.specs.atoms_font_families_2D = ["Helvetica", "Arial", "sans-serif"]; //display carbons labels if they are terminal viewerCanvas.specs.atoms_displayTerminalCarbonLabels_2D = true; //load data and read into a Molecule var caffeineMolFile = 'Molecule Name\n CHEMDOOD08070920033D 0 0.00000 0.00000 0\n[Insert Comment Here]\n 14 15 0 0 0 0 0 0 0 0 1 V2000\n -0.3318 2.0000 0.0000 O 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0\n -0.3318 1.0000 0.0000 C 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0\n -1.1980 0.5000 0.0000 N 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0\n 0.5342 0.5000 0.0000 C 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0\n -1.1980 -0.5000 0.0000 C 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0\n -2.0640 1.0000 0.0000 C 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0\n 1.4804 0.8047 0.0000 N 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0\n 0.5342 -0.5000 0.0000 C 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0\n -2.0640 -1.0000 0.0000 O 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0\n -0.3318 -1.0000 0.0000 N 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0\n 2.0640 -0.0000 0.0000 C 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0\n 1.7910 1.7553 0.0000 C 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0\n 1.4804 -0.8047 0.0000 N 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0\n -0.3318 -2.0000 0.0000 C 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0\n 1 2 2 0 0 0 0\n 3 2 1 0 0 0 0\n 4 2 1 0 0 0 0\n 3 5 1 0 0 0 0\n 3 6 1 0 0 0 0\n 7 4 1 0 0 0 0\n 4 8 2 0 0 0 0\n 9 5 2 0 0 0 0\n 10 5 1 0 0 0 0\n 10 8 1 0 0 0 0\n 7 11 1 0 0 0 0\n 7 12 1 0 0 0 0\n 13 8 1 0 0 0 0\n 13 11 2 0 0 0 0\n 10 14 1 0 0 0 0\nM END\n> <DATE>\n07-08-2009\n'; var caffeine = ChemDoodle.readMOL(caffeineMolFile); //the bond lengths should be 14.4 pixels in ACS Document 1996 caffeine.scaleToAverageBondLength(14.4); viewerCanvas.loadMolecule(caffeine); </script> </body> </html> Si l'on veut créer une image dans une nouvelle fenetre:: ChemDoodle.io.png.create(viewerCanvas); Edition et sauvegarde d'une molecule ==================================== <script> function save() { var mol = sketcher.getMolecule(); var molString = ChemDoodle.writeMOL(mol); alert(molString); // remplacer cette ligne par l'envoi de molString vers la base, ou un champs de formulaire qui sera soumis } </script> <a href="javascript:save()">Save</a> Le tout dans une page HTML:: <html> <head> <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="chrome=1"> <link rel="stylesheet" href="../install/ChemDoodleWeb.css" type="text/css"> <script type="text/javascript" src="../install/ChemDoodleWeb-libs.js"></script> <script type="text/javascript" src="../install/ChemDoodleWeb.js"></script> <link rel="stylesheet" href="../install/sketcher/jquery-ui-1.8.7.custom.css" type="text/css"> <script type="text/javascript" src="../install/sketcher/jquery-ui-1.8.7.custom.min.js"></script> <script type="text/javascript" src="../install/sketcher/ChemDoodleWeb-sketcher.js"></script> <title>ChemDoodle Web Component Sketcher</title> </head> <body> <script> // changes the default JMol color of hydrogen to black so it appears on white backgrounds ChemDoodle.ELEMENT['H'].jmolColor = 'black'; // darkens the default JMol color of sulfur so it appears on white backgrounds ChemDoodle.ELEMENT['S'].jmolColor = '#B9A130'; // initializes the SketcherCanvas; make sure to set the path to the icons correctly! var sketcher = new ChemDoodle.SketcherCanvas('sketcher', 500, 300, '../install/sketcher/icons/', ChemDoodle.featureDetection.supports_touch(), true); // sets terminal carbon labels to display sketcher.specs.atoms_displayTerminalCarbonLabels_2D = true; // sets atom labels to be colored by JMol colors, which are easy to recognize sketcher.specs.atoms_useJMOLColors = true; // the following two settings add overlap clear widths, so that some depth is introduced to overlapping bonds sketcher.specs.bonds_clearOverlaps_2D = true; sketcher.specs.bonds_overlapClearWidth_2D = 2; // the component needs to be repainted here because we do not call the <em>Canvas.loadMolecule()</em> function sketcher.repaint(); </script> <script> function save() { var mol = sketcher.getMolecule(); var molString = ChemDoodle.writeMOL(mol); alert(molString); // remplacer cette ligne par l'envoi de molString vers la base, ou un champs de formulaire qui sera soumis } </script> <br> <a href="javascript:save()">Save</a> </body> </html> -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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Re: [Cantharella-devel] Test du moteur de recherche
by Sylvain PETEK Jan. 8, 2013

Jan. 8, 2013

Bonjour, Comme convenu j'ai réalisé différents tests sur le moteur de recherche et sur l'export CSV. Les requêtes "complexes" marchent plutôt bien, dans les exemples ci-joint la majeure partie des résultats correspondent à ce qui est attendu sauf qqs lignes (surlignées) qui n’ont a priori rien avoir?? J’ai essayé de faire une recherche sur un champ spécifique en utilisant la syntaxe suivante par exemple Station: « ST820 » mais ça ne me renvoie pas de résultats… Pour l'export CSV, en spécifiant le type de séparateur, j'ai réussi à générer le tableau sous Excel (merci pour l’info). testBio.methode.cible concMasse uniteConcMasse produit valeur testBio.methode.uniteResultat typeExtraitSource actif lotSource.specimenRef.famille lotSource.specimenRef.genre lotSource.specimenRef.espece lotSource.campagne.codePays repere testBio.ref KB 10,00 Î¼g/ml R3145B_DESS % B_DESS non Niphatidae Niphates 1943 ÃŽles Salomon S1-H10 TC-S1 KB 1,00 Î¼g/ml R3145B_DESS % B_DESS non Niphatidae Niphates 1943 ÃŽles Salomon S1-H10 TC-S2 KB 10,00 Î¼g/ml R3145C 70,00 % C oui Niphatidae Niphates 1943 ÃŽles Salomon S1-H5 TC-S1 KB 1,00 Î¼g/ml R3145C 0,00 % C non Niphatidae Niphates 1943 ÃŽles Salomon S1-H5 TC-S2 Les entêtes de certaines colonnes apparaissent sous la forme de leur code. Dans UniteConcMasse, apparemment µ est transformé en Î¼, et î en ÃŽ, je ne sais pas si il y a un réglage à faire pour les caractères spéciaux… Pour le choix des séparateurs, il dépend de la langue, dans les spécifications nous avions indiqué : Les caractères de séparateurs seront choisis selon la langue sélectionnée dans l’application. Pour le français : « ; » pour le séparateur de colonne et « , » pour le séparateur décimal. Pour l’anglais : « , » pour le séparateur de colonne, « . » pour le séparateur décimal. Le fichier produit aura un nom du type : date courante (au format : année + «_» + mois + «_» + jour + «‐» + heure + «_» minute) + «‐» + nom du type de fiche au pluriel + extension (« .csv »). Exemple : « 2012_06_12‐16_44‐lots.csv » Voilà voilà pour aujourd’hui, Bon WE et à Mardi, Sylvain <http://cantharella.ird.nc/> cid:image003.jpg@01CD89CA.344245D0 Dr Sylvain PETEK Porteur du projet & administrateur de Cantharella IRD BP529, 98713 PAPEETE – Tahiti – Polynésie Française ) +(689) 47 42 14 (GMT -11h) - 7 +(689) 42 95 55 <mailto:anneetsylvainpetek@free.fr> sylvain.petek(a)ird.fr <http://www.ird.fr/informatique-scientifique/projets/cantharella/> cid:image004.jpg@01CD89CA.344245D0 <http://forge.codelutin.com/projects/cantharella> lutin-orange-sans-ombre

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Re: [Cantharella-devel] Test du moteur de recherche
by Sylvain PETEK Jan. 8, 2013

Jan. 8, 2013

>Concernant, les recherches des fichiers PDF. >Recherche.pdf: les résultats jaunes concordent car les 3 résultats surlignés ont respectivement les ids 3000, 3001, 3002 (resultatstestbio.id). >C'est le même effet de bord pour les 2 autres recherches. >La recherche a du sens, mais ce qui correspond n'est pas affiché dans le résultats (le champ 'id' n'était pas demandé dans le cahier des charges). >Pour aller plus vite et développer moins de code, la requête est effectuée sur tout les champs "indexés" de l'entité. Cela permet de rendre le code plus >générique et évolutif pour ajouter de nouvelle fonctionnalités (par exemple les molécules): >Pour résumé: >*:term >la requête équivaut donc techniquement à : >(*:*3000 OR *:*3001 OR *:*3002) -*:R300*B_DESS >Dans le cahier des charges vous spécifier une listes précises de champs sur lesquels doit se faire la recherche. Je peux restreindre la recherche >spécifiquement à ces champs si vous le désirez. Merci pour toutes ces précisions, je ne savais pas qu'il y avait une recherche sur le champ "id", auquel je n'ai pas accès, ceci expliquant cela. A mon avis, on peut laisser la recherche sur tous les champs indexés, d'autant plus que le champ "id" va servir pour les molécules... ________________________________________________ Sylvain PETEK Chargé de Recherche UMR 241 Ecosystèmes Insulaires Océaniens Etude Intégrée des Métabolites Secondaires Institut de recherche pour le développement BP529 98713 Papeete Polynésie française Tél. : +689 47 42 14 Fax : +689 42 95 55 sylvain.petek(a)ird.fr www.ird.fr www.pomare.org cantharella.ird.nc

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Re: [Cantharella-devel] Problème d'indexation du prolymorphisme
by Sylvain PETEK Jan. 2, 2013

Jan. 2, 2013

Bonjour, Merci beaucoup. Je suis en congé la semaine prochaine, je testerai ça de manière plus approfondie la première semaine de Janvier, avant la réunion du 8/01. J'ai fait un premier test au niveau des tests biologiques, ça marche très bien. Par contre, il ne sort pas les résultats liés au champ "Réf. Test". Merci d'avoir rajouté la recherche sur "Stations". Serait-il possible que les résultats concernant les "Stations" soient affichés au dessus de "Spécimens" svp? Apparemment il ne sort pas les résultats liés au champ "pays" alors qu'il sort bien ceux liés au champ "Localité"... J'ai pu tester l'export CSV, qui s'opère sans problème. Il y a peut être une astuce ou subtilité qui m'échappe, car en ouvrant le csv avec excel, les données d'une ligne ne se retrouvent pas dans des colonnes séparées, mais à la suite séparées par des virgules... est-ce lié au format du CSV ou à excel? Voilà pour mes premiers retours. A bientôt et bonnes fêtes de fin d'année. Sylvain -----Message d'origine----- De : cantharella-devel-bounces(a)list.forge.codelutin.com [mailto:cantharella-devel-bounces@list.forge.codelutin.com] De la part de Eric Chatellier Envoyé : vendredi 21 décembre 2012 01:04 À : cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com Objet : Re: [Cantharella-devel] Problème d'indexation du prolymorphisme Le 10/12/2012 19:18, Eric Chatellier a écrit : > > J'espère pouvoir trouver un moyen d'indexer manuellement cette classe. J'ai contourné le problème en indexant manuellement les Produits des test biologiques. Le serveur de demo a été mis à jour avec: - la correction de l'indexation des ResultatTestBio - l'opérateur ET par défaut - * en début de mots - l'export CSV Reste à faire: - la gestion des droits dans la recherche -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Cantharella-devel mailing list Cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/cantharella-devel

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