Bonjour,
Introduire des profils Maven par environnement était une fausse bonne idée ! Avoir une archive unique pour tous les environnements et une configuration externe est en effet la bonne façon de faire.
Personnellement, j'aime autant que faire se peut utiliser des ressources JNDI sur le serveur d'applications (puisque c'est une API standard), à défaut un fichier de configuration passé en option (exemple : -Dconfiguration=/path/to/cantharella.properties). Par ailleurs, si les options de configuration vont au-delà d'une liste de clés-valeurs (properties), j'aime assez le format YAML qui offre une flexibilité et simplicité intéressantes.