Author: chatellier Date: 2011-02-04 17:40:52 +0000 (Fri, 04 Feb 2011) New Revision: 688 Log: Update site Added: trunk/src/site/resources/icons/ trunk/src/site/resources/icons/logo100.png trunk/src/site/resources/images/11-controlmenu1.png trunk/src/site/resources/images/12-controlmenu2.png trunk/src/site/resources/images/13-controlgraphdiff.png trunk/src/site/resources/images/14-controlgraphlength.png trunk/src/site/resources/images/21-selectionmenu0.png trunk/src/site/resources/images/26-selectionaddresult.png trunk/src/site/resources/images/26-selectionmenu1.png trunk/src/site/rst/devel/directory.rst trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst Removed: trunk/src/site/resources/images/Sans titre.xcf trunk/src/site/rst/directory.rst Modified: trunk/src/site/resources/images/01-noproject.png trunk/src/site/resources/images/02-createproject.png trunk/src/site/resources/images/03-openproject.png trunk/src/site/resources/images/04-projectsummary.png trunk/src/site/resources/images/10-controlmain.png trunk/src/site/resources/images/20-selectiondetail.png trunk/src/site/resources/images/21-selectionyears.png trunk/src/site/resources/images/22-selectionstrata.png trunk/src/site/resources/images/23-selectionspecies.png trunk/src/site/resources/images/24-selectionlists.png trunk/src/site/resources/images/25-selectionresults.png trunk/src/site/resources/images/90-configurationpath.png trunk/src/site/resources/images/91-configurationvalues.png trunk/src/site/rst/devel/struts.rst trunk/src/site/rst/download.rst trunk/src/site/rst/en/download.rst trunk/src/site/rst/en/index.rst trunk/src/site/rst/user/configuration.rst trunk/src/site/rst/user/controls.rst trunk/src/site/rst/user/faq.rst trunk/src/site/site_en.xml trunk/src/site/site_fr.xml Added: trunk/src/site/resources/icons/logo100.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/icons/logo100.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Modified: trunk/src/site/resources/images/01-noproject.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/02-createproject.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/03-openproject.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/04-projectsummary.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/10-controlmain.png =================================================================== (Binary files differ) Added: trunk/src/site/resources/images/11-controlmenu1.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/11-controlmenu1.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/12-controlmenu2.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/12-controlmenu2.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/13-controlgraphdiff.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/13-controlgraphdiff.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/14-controlgraphlength.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/14-controlgraphlength.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Modified: trunk/src/site/resources/images/20-selectiondetail.png =================================================================== (Binary files differ) Added: trunk/src/site/resources/images/21-selectionmenu0.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/21-selectionmenu0.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Modified: trunk/src/site/resources/images/21-selectionyears.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/22-selectionstrata.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/23-selectionspecies.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/24-selectionlists.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/25-selectionresults.png =================================================================== (Binary files differ) Added: trunk/src/site/resources/images/26-selectionaddresult.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/26-selectionaddresult.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/src/site/resources/images/26-selectionmenu1.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/src/site/resources/images/26-selectionmenu1.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Modified: trunk/src/site/resources/images/90-configurationpath.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/images/91-configurationvalues.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/images/Sans titre.xcf =================================================================== (Binary files differ) Copied: trunk/src/site/rst/devel/directory.rst (from rev 651, trunk/src/site/rst/directory.rst) =================================================================== --- trunk/src/site/rst/devel/directory.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/devel/directory.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -0,0 +1,80 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Organisation des dossiers des projets Coser +------------------------------------------- + +Structure de répertoires :: + + testProject/ + ├── project.properties + ├── modification.properties + ├── reftaxSpecies.csv + ├── original/ + │   ├── catch.csv + │   ├── haul.csv + │   ├── length.csv + │   └── strata.csv + ├── control/ + │   ├── catch_co.csv + │   ├── haul_co.csv + │   ├── length_co.csv + │   └── strata_co.csv + └── selections/ + ├── selection1/ + │   ├── catch_se.csv + │   ├── haul_se.csv + │   ├── length_se.csv + │   ├── strata_se.csv + │   ├── lists.properties + │   ├── runrufi1/ + │   └── runrufi2/ + └── selection2/ +    ├── catch_se.csv +    ├── haul_se.csv +    ├── length_se.csv +    ├── strata_se.csv + ├── lists.properties +    └── runrufi1/ + ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| Nom | Description | ++=========================+===================================================+ +| project.properties | Configuration générale du projet | ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| modification.properties | Configuration générale du projet | ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| reftaxSpecies.csv | Configuration générale du projet | ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| original/ | Dossier contenant les fichiers données originaux | ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| | Dossier contenant les fichiers données après | +| control/ | validation | ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| selections/ | Contient un dossier par selection | ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| lists.properties | Contient les information de la sélection (4listes)| ++-------------------------+---------------------------------------------------+ +| runrufi1/ | Dossier contenant les resultat d'un run RSufi | ++-------------------------+---------------------------------------------------+ \ No newline at end of file Modified: trunk/src/site/rst/devel/struts.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/devel/struts.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/devel/struts.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as Deleted: trunk/src/site/rst/directory.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/directory.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/directory.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -1,80 +0,0 @@ -.. - -.. * #%L -.. * Coser -.. * -.. * $Id$ -.. * $HeadURL$ -.. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin -.. * %% -.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify -.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as -.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the -.. * License, or (at your option) any later version. -.. * -.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, -.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of -.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the -.. * GNU General Lesser Public License for more details. -.. * -.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public -.. * License along with this program. If not, see -.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. -.. * #L% -.. - -Organisation des dossiers des projets Coser -------------------------------------------- - -Structure de répertoires :: - - testProject/ - ├── project.properties - ├── modification.properties - ├── reftaxSpecies.csv - ├── original/ - │   ├── catch.csv - │   ├── haul.csv - │   ├── length.csv - │   └── strata.csv - ├── control/ - │   ├── catch_co.csv - │   ├── haul_co.csv - │   ├── length_co.csv - │   └── strata_co.csv - └── selections/ - ├── selection1/ - │   ├── catch_se.csv - │   ├── haul_se.csv - │   ├── length_se.csv - │   ├── strata_se.csv - │   ├── lists.properties - │   ├── runrufi1/ - │   └── runrufi2/ - └── selection2/ -    ├── catch_se.csv -    ├── haul_se.csv -    ├── length_se.csv -    ├── strata_se.csv - ├── lists.properties -    └── runrufi1/ - -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| Nom | Description | -+=========================+===================================================+ -| project.properties | Configuration générale du projet | -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| modification.properties | Configuration générale du projet | -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| reftaxSpecies.csv | Configuration générale du projet | -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| original/ | Dossier contenant les fichiers données originaux | -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| | Dossier contenant les fichiers données après | -| control/ | validation | -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| selections/ | Contient un dossier par selection | -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| lists.properties | Contient les information de la sélection (4listes)| -+-------------------------+---------------------------------------------------+ -| runrufi1/ | Dossier contenant les resultat d'un run RSufi | -+-------------------------+---------------------------------------------------+ \ No newline at end of file Modified: trunk/src/site/rst/download.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/download.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/download.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as @@ -25,6 +25,16 @@ Lancement ========= +Prérequis +--------- + +Une installation de Java version 6 est requise pour pouvoir executer Coser. +Vous pouvez le télécharger depuis cette adresse +http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html . + +Préférez la version la plus récente disponible et au moins la version +1.6.0_20. + Lancement en ligne ------------------ Vous pouvez lancer l'application directement en ligne (JavaWebStart) depuis @@ -33,7 +43,7 @@ Téléchargement -------------- Vous pouvez également télécharger l'application pour la lancer localement : -`télécharger coser`_. +`telecharger coser`_. .. _cette page: coser-ui/jnlp-report.html -.. _télécharger coser: http://labs.libre-entreprise.org/frs/?group_id=164 +.. _telecharger coser: http://labs.libre-entreprise.org/frs/?group_id=164 Modified: trunk/src/site/rst/en/download.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/en/download.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/en/download.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as Modified: trunk/src/site/rst/en/index.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/en/index.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/en/index.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as Modified: trunk/src/site/rst/user/configuration.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/configuration.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/user/configuration.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as @@ -25,5 +25,60 @@ Configuration ============= -Source : http://struts.apache.org/2.x/docs/validation.html +Avant d'utiliser Coser, il faut le configurer, notament conernant les +fichier non fournit avec coser. +Un assistant de configuration est disponible depuis le menu +*Options/Configuration* + +Chemins +------- + +.. image:: ../images/90-configurationpath.png + +Dans cette fenêtre, il est possible de configurer les options: + +coser.projects.directory + Dossier où sont stocké les projets de Coser. + +coser.reference.species + Emplacement du fichier référentiel taxonomique. + +coser.reference.typeSpecies + Emplacement du fichier contenant les codes des types d'especes. + +coser.web.frontend + Adresse du site web SIH indice campagne (utilisé par les administrateurs + pour la publication des résultats). + +coser.web.zones.file + Emplacement du fichier définissant la liste des zones d'applications auxquelles + sont affectés les résultats. + + +Configuration de l'étape de contrôle +------------------------------------ + +.. image:: ../images/91-configurationvalues.png + +Cette fenêtre sert a ajusté certaines valeurs utilisé lors de l'étape de +contrôle. + +coser.control.nobsmin + Nombre minimal d'individu observé. + +coser.control.diffcatchlength + Pourcentage de differences accepté entre la somme des nombres d'individu + capturé dans le fichier capture et la même somme dans le fichier taille. + +coser.control.typeFish + Nom du type d'espece qui correspond aux poissons. Utilisé par certains + contrôle pour exclure certaines especes. + +coser.selection.occurrenceFilter + Pourcentage par defaut de l'occurence minimum utilisé par le filtre de + l'étape de sélection + +coser.selection.densityFilter + Pourcentage par défaut de la densité utilisé par le filtre de l'étape + de sélection Modified: trunk/src/site/rst/user/controls.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/controls.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/user/controls.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as Added: trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/user/dataformat.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -0,0 +1,116 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Format des tables +================= + +Coser a besoin de 4 tables par projet : + + * captures + * strates + * tailles + * traits + +Chaque table doit être formatté suivant le format CSV en utilisant le séparateur +';' (point-virgule) et comporter des noms de colonne définit (anglais ou français) +**dans le même ordre**. + + +Détails des 4 tables +-------------------- + +captures +~~~~~~~~ + +Entete francais:: + + Campagne;Annee;Trait;Espece;Nombre;Poids + +Entete anglais:: + + Survey;Year;Haul;Species;Number;Weight + +Exemple (captures.csv):: + + Campagne;Annee;Trait;Espece;Nombre;Poids + EVHOE_TOT;1997;B1008;ALLO;160.00;0.47 + EVHOE_TOT;1997;B1008;ARNOLAT;1.00;0.01 + EVHOE_TOT;1997;B1008;ARNOTHO;1.00;0.03 + + +strates +~~~~~~~ + +Entete francais:: + + Campagne;Strate;Surface + +Entete anglais:: + + Survey;Stratum;Surface + +Exemple (strates.csv):: + + Campagne;Strate;Surface + EVHOE_TOT;Gn1;8201.69199214 + EVHOE_TOT;Gn2;11771.068813 + EVHOE_TOT;Gn3;17327.206597099997 + + +tailles +~~~~~~~ + +Entete francais:: + + Campagne;Annee;Trait;Espece;Sexe;Maturite;Longueur;Nombre;Poids;Age + +Entete anglais:: + + Survey;Year;Haul;Species;Sex;Maturity;Length;Number;Weight;Age + +Exemple (tailles.csv):: + + Campagne;Annee;Trait;Espece;Sexe;Maturite;Longueur;Nombre;Poids;Age + EVHOE_TOT;1997;B1008;ARNOLAT;i;NA;11.00;1.00;;NA + EVHOE_TOT;1997;B1008;ARNOTHO;i;NA;13.00;1.00;;NA + EVHOE_TOT;1997;B1008;BOOPBOO;i;NA;14.00;1.00;0.02;NA + + +traits +~~~~~~ + +Entete francais:: + + Campagne;Annee;Trait;Mois;Strate;SurfaceBalayee;Lat;Long;ProfMoy + +Entete anglais:: + + Survey;Year;Haul;Month;Stratum;SweptSurface;Lat;Long;Depth + +Exemple (traits.csv):: + + Campagne;Annee;Trait;Mois;Strate;SurfaceBalayee;Lat;Long;ProfMoy + EVHOE_TOT;1997;B1008;10;Gs2;0.06;43.75;-1.50;45.50 + EVHOE_TOT;1997;B1010;10;Gs1;0.06;43.81;-1.45;31.00 + EVHOE_TOT;1997;B1012;10;Gs3;0.06;43.89;-1.73;115.00 Modified: trunk/src/site/rst/user/faq.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/faq.rst 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/rst/user/faq.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 2010 -2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as @@ -27,6 +27,7 @@ .. contents:: -Au lancement de l'application JavaWebStart le message "Impossible de lancer l'application" apparait +Au lancement de l'application JavaWebStart le message "Impossible de lancer l'application" apparaît --------------------------------------------------------------------------------------------------- +Essayer de mettre à jour Java dans sa dernière version. Added: trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_control.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -0,0 +1,114 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Contrôle +======== + +L'étape de contrôle consite à détecter les erreurs présentes sur les 4 tables +de données et enventuellement à les corriger si c'est possible. + +Une fois un projet chargé dans l'application, utilisez le menu *Données/Contrôle* +pour acceder à l'interface de contrôle. + +.. image:: ../images/10-controlmain.png + +Vérification des données +------------------------ + +Dans cette étape, la premiere action a effectuer est de lancer une vérification +globale des données en cliquant sur le bouton `Vérifier les données`. + +Coser va entreprendre une longue séries de contrôles : + + * ligne par ligne sur les 4 tables de données + * vérification par croisement de fichiers + * vérification par croissement avec le referentiel taxonomique + +À la fin des 10 étapes de vérification, un arbre de toutes les erreurs +s'affiche avec toutes les erreurs détectées. + +Pour plus de détails concernant les erreurs : `details des controles`_. + +.. details des controles: guides_controles.html + +Corrections des données +----------------------- + +Lors de la sélection d'une erreur, Coser affiche la ligne concernée par l'erreur +vous permettant d'apporter une correction. +Les lignes en rouge correspondent à des champs en erreurs. La partie droite +détaille les messages d'erreurs. + +Dans l'exemple, l'année est manquante, l'utilisateur peut l'ajouter à la main +et valider la modification. + + +Corrections de masse +-------------------- + +Dans le cas où une erreur concerne plusieurs lignes: + + * soit l'erreur est due a une erreur d'export des 4 tables et il est + préféreable de refaire l'export en amont, la correction se reverant impossible + depuis coser + * soit l'erreur est corrigeable + +Le tableau affichant toute les données comporte un menu contextuel permettant: + + * de supprimer plusieurs lignes sélectionné + * de chercher un motif et de le remplacer par un autre + +.. image:: ../images/11-controlmenu1.png + +Par exemple, dans le cas ou tous les nombres comporterais une virgule (,) au +lieu d'un point (.), il est possible de remplacer un la virgule par un point +pour toutes les lignes sur une colonne en une seule opération. + + +Graphique +--------- + +Coser est également capable de générer des graphiques pour faciliter +la prise de décision (notement concernant les warning détecter par la +vérification globale). + +Le bouton `Comparaison Captures/Tailles` affiche une interface où un +graphique est générée pour chaque espèce. Les données correspondent à la somme +des `Nombres dans les fichiers captures et tailles par année. +Une différence peut traduire une erreur dans les données d'origines. + +.. image:: ../images/13-controlgraphdiff.png + +Le bouton `Strutures en taille` affiche une interface un peu plus compliquée +mais permettant de générer des graphiques sur des sous ensembles de données +sélectionnés. + +Il est par exemple possible d'afficher la struture en taille mais seulement +pour une strate, ou seulement pour une espece, de faire la somme... + +.. image:: ../images/14-controlgraphlength.png + +Rapport +------- + Added: trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/user/guide_project.rst 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -0,0 +1,75 @@ +.. - +.. * #%L +.. * Coser +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Lesser Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Lesser Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - +Projet +====== + +La permière action a effectuer pour traiter les 4 tables de données est de +créer un projet en y renseignant ses paramètres (y compris les 4 tables). + +Configuration +------------- + +Pour se faire, il suffit d'afficher l'interface de création de projet depuis +le menu *Fichier/Nouveau projet*. L'interface suivante s'affiche: + +.. image:: ../images/02-createproject.png + +Cette interface doit contenir: + + * le nom du projet (les caracteres autre que les lettres et chiffres + sont interdit) + * le nom de l'auteur (obligatoire) + * les fichiers csv correspondant aux 4 tables (obligatoire) + * les cartes aux format shapes (*.shp) utilisé dans l'étape de sélection + pour affiché la zone d'application sur la carte du monde + * un commentaire + +Il est egalement possible d'utiliser pour ce projet seulement un autre +fichier de référence taxonomique que celui présent dans la configuration +par défaut du logiciel. Il sera utilisé uniquement par ce projet. + +Validation +---------- + +Après avoir cliqué sur le bouton `Créer le projet`, les 4 tables et le référentiel +taxonomique sont chargé en mémoire. +Le logiciel vérifie ensuite que les fichiers sont dans le format attendu +(CSV, séparateur, nom des entetes) puis crée le projet et affiche l'interface +de résumé de projet : + +.. image:: ../images/04-projectsummary.png + +Réouverture de projet +--------------------- + +Pour réouvrir un projet précédamment créé, il suffit de le sélectionner +dans l'interface *Fichier/Ouvrir un projet* puis de cliquer sur `Ouvrir`: + +.. image:: ../images/03-openproject.png + +Il est ensuite possible de passer aux étapes de controle_ ou de selection_. + +.. _controle: guide_control.html +.. _selection: guide_selection.html Modified: trunk/src/site/site_en.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_en.xml 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/site_en.xml 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -6,7 +6,7 @@ $Id$ $HeadURL$ %% - Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric + Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric %% This program is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License as @@ -27,7 +27,7 @@ <project name="${project.name}"> <bannerLeft> - <name>${project.name}</name> + <src>/icons/logo100.png</src> <href>index.html</href> </bannerLeft> @@ -37,9 +37,9 @@ </bannerRight> <poweredBy> - <logo href="http://maven.apache.org" name="Maven" img="http://maven-site.nuiton.org/jrst/images/logos/maven-feather.png"/> - <logo href="http://maven-site.nuiton.org/jrst" name="JRst" img="http://maven-site.nuiton.org/jrst/images/jrst-logo.png"/> - <logo href="http://docutils.sourceforge.net/rst.html" name="ReStructuredText" img="http://maven-site.nuiton.org/jrst/images/restructuredtext-logo.png"/> + <logo href="http://maven.apache.org" name="Maven" img="/images/logos/maven-feather.png"/> + <logo href="http://maven-site.nuiton.org/jrst" name="JRst" img="/images/jrst-logo.png"/> + <logo href="http://docutils.sourceforge.net/rst.html" name="ReStructuredText" img="/images/restructuredtext-logo.png"/> </poweredBy> <body> @@ -60,7 +60,7 @@ <item name="Validation" href="user/validation.html" /> </item> <item name="Developer" href="developer.html"> - <item name="Coser Project layout" href="directory.html" /> + <item name="Coser Project layout" href="devel/directory.html" /> </item> </menu> Modified: trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_fr.xml 2011-02-04 14:20:13 UTC (rev 687) +++ trunk/src/site/site_fr.xml 2011-02-04 17:40:52 UTC (rev 688) @@ -6,7 +6,7 @@ $Id$ $HeadURL$ %% - Copyright (C) 2010 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric + Copyright (C) 2010 - 2011 Ifremer, Codelutin, Chatellier Eric %% This program is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License as @@ -27,7 +27,7 @@ <project name="${project.name}"> <bannerLeft> - <name>${project.name}</name> + <src>/icons/logo100.png</src> <href>index.html</href> </bannerLeft> @@ -37,9 +37,9 @@ </bannerRight> <poweredBy> - <logo href="http://maven.apache.org" name="Maven" img="http://maven-site.nuiton.org/jrst/images/logos/maven-feather.png"/> - <logo href="http://maven-site.nuiton.org/jrst" name="JRst" img="http://maven-site.nuiton.org/jrst/images/jrst-logo.png"/> - <logo href="http://docutils.sourceforge.net/rst.html" name="ReStructuredText" img="http://maven-site.nuiton.org/jrst/images/restructuredtext-logo.png"/> + <logo href="http://maven.apache.org" name="Maven" img="/images/logos/maven-feather.png"/> + <logo href="http://maven-site.nuiton.org/jrst" name="JRst" img="/images/jrst-logo.png"/> + <logo href="http://docutils.sourceforge.net/rst.html" name="ReStructuredText" img="/images/restructuredtext-logo.png"/> </poweredBy> <body> @@ -56,15 +56,18 @@ <menu name="Documentation"> <item name="Accueil" href="index.html" /> <item name="Lancement" href="download.html" /> - <item name="Utilisateur" href="user.html"> + <item name="Utilisateur" href="user/configuration.html"> <item name="Configuration" href="user/configuration.html" /> + <item name="Format des tables" href="user/dataformat.html" /> <item name="Projet" href="user/guide_project.html" /> - <item name="Control" href="user/guide_project.html" /> - <item name="Controles" href="user/controls.html" /> + <item name="Controle" href="user/guide_control.html" /> <item name="FAQ" href="user/faq.html" /> </item> + <item name="Avancé" href="user/controls.html"> + <item name="Contrôles" href="user/controls.html" /> + </item> <item name="Développeur" href="developer.html"> - <item name="Coser Project layout" href="directory.html" /> + <item name="Coser Project layout" href="devel/directory.html" /> </item> </menu>