r262 - in trunk: echobase-entities/src/main/resources/i18n echobase-entities/src/main/xmi echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders echobase-tools/src/test/resources/csv/new
Author: tchemit Date: 2012-01-12 16:13:31 +0100 (Thu, 12 Jan 2012) New Revision: 262 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/262 Log: redo TSParameters Added: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-TSParameters.csv Modified: trunk/echobase-entities/src/main/resources/i18n/echobase-entities_fr_FR.properties trunk/echobase-entities/src/main/xmi/echobase.zargo trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EntityAssociationImportModel.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/TSParametersLoader.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/TSParametersLoaderIT.java Modified: trunk/echobase-entities/src/main/resources/i18n/echobase-entities_fr_FR.properties =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/resources/i18n/echobase-entities_fr_FR.properties 2012-01-12 12:03:27 UTC (rev 261) +++ trunk/echobase-entities/src/main/resources/i18n/echobase-entities_fr_FR.properties 2012-01-12 15:13:31 UTC (rev 262) @@ -1,9 +1,11 @@ echobase.common.AParameter= echobase.common.BParameter= echobase.common.TSParameters= +echobase.common.a= echobase.common.accuracyEstimate= echobase.common.acknowledgement= echobase.common.acousticDensityUnit= +echobase.common.acousticFrequency= echobase.common.acousticInstrument= echobase.common.acquisitionSoftwareVersion= echobase.common.active= @@ -17,6 +19,8 @@ echobase.common.author=Auteur echobase.common.authorEmail=Courriel de l'auteur echobase.common.authorReference= +echobase.common.averageDepth= +echobase.common.averageFishLength= echobase.common.axis= echobase.common.b= echobase.common.baracoudaCode= @@ -40,6 +44,7 @@ echobase.common.classCode= echobase.common.code= echobase.common.codeMemo= +echobase.common.codePerm= echobase.common.comment= echobase.common.data=data echobase.common.dataAcquisition=dataAcquisition @@ -58,6 +63,7 @@ echobase.common.datumType= echobase.common.depthStratum=depthStratum echobase.common.description=Description +echobase.common.dielPeriod= echobase.common.digitThreshold= echobase.common.distributionStatement=distributionStatement echobase.common.echoBaseUser=Utilisateur @@ -120,10 +126,13 @@ echobase.common.linestring= echobase.common.litteratureReference= echobase.common.litteratureReferences=Références +echobase.common.location= echobase.common.loggedDataDatatype= echobase.common.loggedDataFormat= echobase.common.longName= echobase.common.m= +echobase.common.maxDepth= +echobase.common.maxFishLength= echobase.common.maxLatitude= echobase.common.maxLongitude= echobase.common.meaning= @@ -135,8 +144,11 @@ echobase.common.measurementUnit= echobase.common.metadata=metadata echobase.common.metadataGroup= +echobase.common.method= echobase.common.midHauleLatitude= echobase.common.midHauleLongitude= +echobase.common.minDepth= +echobase.common.minFishLength= echobase.common.minLatitude= echobase.common.minLongitude= echobase.common.mission=mission @@ -149,6 +161,7 @@ echobase.common.noiseDesign= echobase.common.notes= echobase.common.numberSampled= +echobase.common.ok= echobase.common.operation= echobase.common.operationEvent= echobase.common.operationMetadata= @@ -171,8 +184,11 @@ echobase.common.processingSoftwareVersion= echobase.common.processingTemplate= echobase.common.project=Projet +echobase.common.published= echobase.common.qualityDataFlagValues= +echobase.common.r2= echobase.common.raptriBiometryDataType= +echobase.common.reference= echobase.common.referenceDatum=referenceDatum echobase.common.referenceDatumType= echobase.common.referencingMethod= @@ -194,6 +210,9 @@ echobase.common.source=Source echobase.common.species=espèce echobase.common.speciesCategory= +echobase.common.speciesCode= +echobase.common.speciesCommonName= +echobase.common.speciesTSGroup= echobase.common.sqlQuery=requête SQL echobase.common.standardName= echobase.common.startDate= @@ -202,6 +221,8 @@ echobase.common.startTime= echobase.common.status= echobase.common.strata= +echobase.common.swimbladder= +echobase.common.swimbladderType= echobase.common.taxonCode= echobase.common.taxonFatherMemocode= echobase.common.taxonSystematicLevel= Modified: trunk/echobase-entities/src/main/xmi/echobase.zargo =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-01-12 12:03:27 UTC (rev 261) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-01-12 15:13:31 UTC (rev 262) @@ -154,6 +154,18 @@ } }; 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- model.modelBuilder.newMandatoryColumn( meta.getName(), CsvModelUtil.ASSOCIATION_VALUE_PARSER, Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/TSParametersLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/TSParametersLoader.java 2012-01-12 12:03:27 UTC (rev 261) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/TSParametersLoader.java 2012-01-12 15:13:31 UTC (rev 262) @@ -23,26 +23,12 @@ */ package fr.ifremer.echobase.tools.loaders; -import com.google.common.collect.Lists; -import com.healthmarketscience.jackcess.Database; -import com.healthmarketscience.jackcess.Table; -import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseDAOHelper; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrumentDAO; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.SpeciesDAO; 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} } Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/TSParametersLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/TSParametersLoaderIT.java 2012-01-12 12:03:27 UTC (rev 261) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/TSParametersLoaderIT.java 2012-01-12 15:13:31 UTC (rev 262) @@ -35,12 +35,12 @@ public class TSParametersLoaderIT extends AbstractLoaderIT<TSParameters, TSParametersLoader> { public TSParametersLoaderIT() { - super(TSParametersLoader.class, 0, 422); + super(TSParametersLoader.class, 133, 0); } @Test - public void testGenerateEntitiesFromBaracouda() throws Exception { - generateBaracoudaEntities(); + public void testGenerateNewEntities() throws Exception { + generateNewEntities(); } } Added: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-TSParameters.csv =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-TSParameters.csv (rev 0) +++ trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-TSParameters.csv 2012-01-12 15:13:31 UTC (rev 262) @@ -0,0 +1,134 @@ +"speciesCode";"reference";"acousticFrequency";"speciesCommonName";"genusSpecies";"speciesTSGroup";"hasSwimbladder";"swimbladderType";"minFishLength";"maxFishLength";"averageFishLength";"location";"minDepth";"maxDepth";"averageDepth";"dielPeriod";"method";"b";"a";"r2";"isOK";"Comment";"isPublished";"C_Perm" +"ALOSPSE";"Brooking et al., 2009";"70";"Alewive";"Alosa pseudoharengus";"ALOSsp";1;;68;138;"NA";"New york";"NA";"NA";"NA";;"insitu";62.2;19.1;"NA";1;;1;"NA" +"AMMPPER";"Yasuma et al., 2009";"38";"Sandeel";"Ammodytes personatus";"AMMOsp";0;"NOSB";3.4;6.7;"NA";"Japan";10;20;"NA";;"model";125.1;56.5;"NA";1;;1;"NA" +"AMMPPER";"Yasuma et al., 2009";"120";"Sandeel";"Ammodytes personatus";"AMMOsp";0;"NOSB";3.4;6.7;"NA";"Japan";10;20;"NA";;"model";98.2;34;"NA";1;;1;"NA" +"AMMPPER";"Yasuma et al., 2009";"38";"Sandeel";"Ammodytes personatus";"AMMOsp";0;"NOSB";7.5;11.5;"NA";"Japan";10;20;"NA";;"model";89.2;20;"NA";1;;1;"NA" +"AMMPPER";"Yasuma et al., 2009";"120";"Sandeel";"Ammodytes personatus";"AMMOsp";0;"NOSB";7.5;11.5;"NA";"Japan";10;20;"NA";;"model";92.1;20.7;"NA";1;;1;"NA" +"AMMPPER";"Armstrong, 1986";"38";"Sandeel";"Ammodytes personatus";"AMMOsp";0;"NOSB";11;14;"NA";"N.E. Atlantic";"NA";"NA";"NA";;"insitu";93.7;20;"NA";1;;1;"NA" +"ARGESIL";"Foote et al., 1986";"38";"Great silver smelt";"Argentina silus";"ARGEsp";1;"PHYSCLI";25;50;37.2;"Norvegian Sea";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";68;20;"NA";1;;1;1395 +"BENTFIB";"Benoit-Bird and Au, 2001 ";"200";"Myctophids";"Benthosoma fibulatum";"MYCTsp";1;"NOSB";2;8;"NA";"Hawaii";"NA";"NA";"NA";;"exsitu";58.8;20;"NA";1;;1;"NA" +"CERAWAR";"Yasuma et al., 2010";"38";"Myctophids";"Ceratoscopelus warmingii";"MYCTsp";0;"NOSB";2.3;4.3;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";112.2;49.4;"NA";1;;1;"NA" +"CERAWAR";"Yasuma et al., 2010";"120";"Myctophids";"Ceratoscopelus warmingii";"MYCTsp";0;"NOSB";2.3;4.3;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";82.6;10.4;"NA";1;;1;"NA" +"CERAWAR";"Yasuma et al., 2010";"38";"Myctophids";"Ceratoscopelus warmingii";"MYCTsp";1;"PHYSCLI";3.3;8.3;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";78.1;26.3;"NA";1;;1;"NA" +"CERAWAR";"Yasuma et al., 2010";"120";"Myctophids";"Ceratoscopelus warmingii";"MYCTsp";1;"PHYSCLI";3.3;8.3;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";79.2;26.1;"NA";1;;1;"NA" +"CLUPHAR";"Foote, 1987";"38";"Herring";"Clupea harengus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";24;34;28.5;"North Sea";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";72.1;20;"NA";1;;1;1349 +"CLUPHAR";"Faessler et Gorska, 2009";"38";"Herring";"Clupea harengus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";5;25;"NA";"Baltic Sea";"NA";"NA";0;;"model";63.88;20;"NA";1;;1;1349 +"CLUPHAR";"Misund and Beltestad, 1996";"38";"Herring";"Clupea harengus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";"NA";"NA";32.8;"Norvegian fjords";"NA";"NA";"NA";"D";"comp";71.1;20;"NA";1;;1;1349 +"CLUPHAR";"Peltonen and Balk, 2005";"38";"Herring";"Clupea harengus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";8;22;12;"Baltic Sea";"NA";"NA";30;"N";"insitu";63.9;20;0.54;1;;1;1349 +"CLUPHAR";"Rudstam et al., 1988";"70";"Herring";"Clupea harengus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";6;24;13;"Baltic Sea";"NA";"NA";"NA";"N";"ind";69.9;20;"NA";1;;1;1349 +"CLUPHAR";"Halldorsson and Reynisson, 1983";"38";"Herring";"Clupea harengus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";9;33;21.5;"Iceland";"NA";"NA";"NA";"N";"ind";73.2;20;"NA";1;;1;1349 +"CLUPHAR";"Faessler et Gorska, 2009";"38";"Herring";"Clupea harengus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";5;25;"NA";"Baltic Sea";"NA";"NA";0;;"model";64.07;20.08;"NA";1;;1;1349 +"CLUPHAR";"Edwards et al., 1984";"38";"Herring";"Clupea harengus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";7;27;18.8;"N.E. 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Atlantic";"NA";"NA";"NA";"A";"insitu";76;20;"NA";1;;1;"NA" +"CLUPSPR";"ICES, 1982";"38";"Herring/sprat";"Clupea sprattus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";"NA";"NA";"NA";"North Atlantic";"NA";"NA";"NA";;;71.2;20;"NA";1;;1;"NA" +"COLOSAI";"Sawada et al., 2009";"70";"Pacific saury";"Cololabis saira";"SCOMsp";0;"NOSB";19.7;31.7;25.7;"North Pacific";"NA";"NA";22;"N";"insitu";67.6;20;"NA";1;;1;"NA" +"DIAPCHR";"Yasuma et al., 2010";"38";"Myctophids";"Diaphus chrysorhynchus";"MYCTsp";0;"NOSB";6.2;10;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";96.3;30.5;"NA";1;;1;"NA" +"DIAPCHR";"Yasuma et al., 2010";"120";"Myctophids";"Diaphus chrysorhynchus";"MYCTsp";0;"NOSB";6.2;10;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";63.2;-9.1;"NA";1;;1;"NA" +"DIAPGAR";"Yasuma et al., 2010";"120";"Myctophids";"Diaphus garmani";"MYCTsp";1;"PHYSCLI";3.1;5.7;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";83.3;32.7;"NA";1;;1;"NA" +"DIAPGAR";"Yasuma et al., 2010";"38";"Myctophids";"Diaphus garmani";"MYCTsp";1;"PHYSCLI";3.1;5.7;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";83.5;34.5;"NA";1;;1;"NA" +"DIAPGAR";"Yasuma et al., 2010";"38";"Myctophids";"Diaphus garmani";"MYCTsp";0;"NOSB";2.1;5.3;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";113.5;54;"NA";1;;1;"NA" +"DIAPGAR";"Yasuma et al., 2010";"120";"Myctophids";"Diaphus garmani";"MYCTsp";0;"NOSB";2.1;5.3;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";8.4;6.9;"NA";1;;1;"NA" +"DIAPTHE";"Yasuma et al., 2003";"38";"Myctophids";"Diaphus theta";"MYCTsp";1;"PHYSCLI";2;8;"NA";"Japan";"NA";"NA";20;"N";"model";69.4;20;"NA";1;;1;"NA" +"ENGRCAP";"Barange et al., 1996";"38";"South African Anchovy";"Engraulis capensis";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";7;14;"NA";"South Africa";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";76.1;20;"NA";0;"Doubtfull TS mode selection";1;"NA" +"ENGRENC";"Miquel et al., Ecomed 2009";"38";"European Anchovy";"Engraulis encrasicolus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";8.5;12;11.7;"Spanish Mediterranean";10;50;30;"N";"insitu";71.2;20;"NA";1;"7 night hauls >80% anchovy or 1 FL/TS mode";0;1362 +"ENGRENC";"Miquel et al., MEDIAS 0710";"38";"European Anchovy";"Engraulis encrasicolus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";"NA";"NA";13.4;"Spanish Mediterranean";10;50;30;"N";"insitu";78.5;20;"NA";0;"3 day hauls 100% anchovy, 2-3 hours TS recording at night";0;1362 +"ENGRENC";"Pyrounaki et al., HCMR 2010";"38";"European Anchovy";"Engraulis encrasicolus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";4.7;16.5;11.5;"Aegean sea";"NA";100;80;"N";"insitu";73.4;20;"NA";1;"46 night hauls >90% anchovy, 2004-2010";0;1362 +"ENGRJAP";"Kang et al., 2009";"120";"Japanese Anchovy";"Engraulis japonicus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";4.8;12.2;"NA";"Korea";"NA";"NA";"NA";"A";"exsitu";68.4;20;"NA";1;;1;"NA" +"ENGRJAP";"Kang et al., 2009";"200";"Japanese Anchovy";"Engraulis japonicus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";4.8;12.2;"NA";"Korea";"NA";"NA";"NA";"A";"exsitu";69.1;20;"NA";1;;1;"NA" +"ENGRJAP";"Sawada et al., 2009";"70";"Japanese Anchovy";"Engraulis japonicus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";9.6;14.8;12.2;"Japan";"NA";"NA";21.2;"N";"insitu";68.3;20;"NA";1;;1;"NA" +"ENGRJAP";"Zhao et al., 2008";"38";"Japanese Anchovy";"Engraulis japonicus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";6;15;10.6;"Yellow Sea";10;45;"NA";"N";"insitu";71.6;20;"NA";1;;1;"NA" +"ENGRJAP";"Kang et al., 2009";"38";"Japanese Anchovy";"Engraulis japonicus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";4.8;12.2;"NA";"Korea";"NA";"NA";"NA";"A";"exsitu";65.8;20;"NA";1;;1;"NA" +"ENGRRIG";"Gutierrez and MacLennan, 1998";"38";"Anchoveta";"Engraulis rigens";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";10;16;12.8;"Peru";"NA";"NA";"NA";"A";"exsitu";78.9;20;"NA";1;;1;"NA" +"ENGRRIG";"Gutierrez and MacLennan, 1998";"120";"Anchoveta";"Engraulis rigens";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";10;16;11.3;"Peru";"NA";"NA";"NA";"A";"exsitu";76.2;20;"NA";1;;1;"NA" +"ENGRRIG";"Simmonds et al., 2009";"38";"Anchoveta";"Engraulis rigens";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";12;20;14;"Peru";"NA";"NA";"NA";;"insitu";88.57;30.05;"NA";1;;1;"NA" +"GADUMOR";"Rose and Porter, 1996";"120";"Cod";"Gadus morhua";"GADIsp";1;"PHYSCLI";12;65;"NA";"Newfoundland";"NA";"NA";10;;"exsitu";65;20;"NA";1;;1;1543 +"GADUMOR";"Clay and Castonguay, 1995";"38";"Cod";"Gadus morhua";"GADIsp";1;"PHYSCLI";31;67;52;"Newfoundland";140;300;"NA";"N";"insitu";69.5;20;"NA";1;;1;1543 +"GADUMOR";"Rose and Porter, 1996";"38";"Cod";"Gadus morhua";"GADIsp";1;"PHYSCLI";12;65;"NA";"Newfoundland";"NA";"NA";10;;"Insitu, exsitu";66;20;"NA";1;;1;1543 +"GADUMOR";"Ermolchev, 2009";"38";"Cod";"Gadus morhua";"GADIsp";1;"PHYSCLI";5;136;77.8;"Barents Sea";"NA";"NA";"NA";"A";"insitu";74.8;25.2;"NA";1;;1;1543 +"GADUMOR";"Rose and Porter, 1996";"38";"Cod";"Gadus morhua";"GADIsp";1;"PHYSCLI";12;65;"NA";"Newfoundland";"NA";"NA";10;;"exsitu";66;20;"NA";1;;1;1543 +"GADUMOR";"Ermolchev and Zaferman, 2003";"120";"Cod";"Gadus morhua";"GADIsp";1;"PHYSCLI";15;21;"NA";"Kola Bay, Russia";"NA";"NA";"NA";"A";"insitu";80.7;31.6;"NA";1;;1;1543 +"GADUMOR";"Ermolchev, 2009";"38";"Cod";"Gadus morhua";"GADIsp";1;"PHYSCLI";5;136;77.8;"Barents Sea";"NA";"NA";"NA";"A";"insitu";64.9;20;"NA";1;;1;1543 +"GADUMOR";"Clay and Castonguay, 1995";"38";"Cod";"Gadus morhua";"GADIsp";1;"PHYSCLI";31;67;52;"Newfoundland";140;300;"NA";"D";"insitu";69.8;20;"NA";1;;1;1543 +"HOPLATL";"McClatchie et al., 1999";"38";"Orange roughy";"Hoplostethus atlanticus";"DEEPsp";1;"OILY";28;37;32.7;"New Zealand";"NA";"NA";"NA";;"model, insitu, exsitu";77;20;"NA";1;;1;"NA" +"HOPLATL";"McClatchie et al., 1999";"38";"Orange roughy";"Hoplostethus atlanticus";"DEEPsp";1;"OILY";28;37;32.7;"New Zealand";"NA";"NA";"NA";;"model, insitu, exsitu";71.6;16.4;"NA";1;;1;"NA" +"MACRNOV";"Do and Surti, 1990";"38";"Hoki";"Macruronus novaezelandiae";"DEEPsp";1;"PHYSCLI";45;104;68.6;"New Zealand";"NA";"NA";"NA";;"model";72.7;20;"NA";1;;1;"NA" +"MACRNOV";"Do and Surti, 1990";"38";"Hoki";"Macruronus novaezelandiae";"DEEPsp";1;"PHYSCLI";45;104;68.6;"New Zealand";"NA";"NA";"NA";;"model";79.6;23.8;"NA";1;;1;"NA" +"MALLVIL";"Guttormsen and Wilson, 2009";"38";"Capelin";"Mallotus villosus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";5;15;10;"Alaska";35;65;"NA";"N";"insitu";70.3;20;"NA";1;;1;"NA" +"MALLVIL";"Guttormsen and Wilson, 2009";"38";"Capelin";"Mallotus villosus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";5;15;10;"Alaska";35;65;"NA";"N";"insitu";71.6;20;"NA";1;;1;"NA" +"MALLVIL";"Rose, 1998";"38";"Capelin";"Mallotus villosus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";9;15;12.3;"Newfoundland";"NA";"NA";"NA";"A";"insitu";73.1;20;"NA";1;;1;"NA" +"MALLVIL";"Gauthier and Horne, 2004";"38";"Capelin";"Mallotus villosus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";"NA";"NA";"NA";;"NA";"NA";"NA";;;75;24.9;"NA";1;;1;"NA" +"MALLVIL";"Halldorsson and Reynisson, 1983";"38";"Capelin";"Mallotus villosus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";"NA";"NA";11.5;"Iceland";"NA";"NA";"NA";"N";"ind";78.1;20;"NA";1;;1;"NA" +"MALLVIL";"Dommasnes and Rottingen, 1984";"38";"Capelin";"Mallotus villosus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";"NA";"NA";"NA";"Barents Sea";"NA";"NA";"NA";;;74;19.1;"NA";1;;1;"NA" +"MALLVIL";"Gauthier and Horne, 2004";"38";"Capelin";"Mallotus villosus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";"NA";"NA";"NA";"St Lawrence";"NA";"NA";"NA";;;69.3;20;"NA";1;;1;"NA" +"MALLVIL";"Halldorsson and Reynisson, 1983";"38";"Capelin";"Mallotus villosus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";"NA";"NA";14.5;"Iceland";"NA";"NA";"NA";"N";"ind";78.8;20;"NA";1;;1;"NA" +"MALLVIL";"Rose, 1998";"38";"Capelin";"Mallotus villosus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";9;15;12.3;"Newfoundland";"NA";"NA";"NA";"A";"insitu";74.3;21.1;"NA";1;;1;"NA" +"MALLVIL";"Rose and Legget, 1988";"120";"Capelin";"Mallotus villosus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";"NA";"NA";16.5;"St Lawrence";"NA";"NA";"NA";"D";"insitu";65.3;20;"NA";1;;1;"NA" +"MELAAEG";"Ona and Hansen, 1986";"38";"Haddock";"Melanogrammus aeglefinus";"GADIsp";1;"PHYSCLI";"NA";"NA";43.8;"Norvegian fjords";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";67.9;20;"NA";1;;1;"NA" +"MERLAUS";"Lillo et al., 1996";"38";"Southern hake";"Merluccius australis";"MERLsp";1;"PHYSCLI";48;80;"NA";"Chile";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";68.1;20;"NA";1;;1;"NA" +"MERLAUS";"Lillo et al., 1996";"38";"Chilean hake";"Merluccius gayi";"MERLsp";1;"PHYSCLI";37;53;"NA";"Chile";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";68.5;20;"NA";1;;1;"NA" +"MERLAUS";"Lillo et al., 1996";"38";"Chilean hake";"Merluccius gayi";"MERLsp";1;"PHYSCLI";37;53;"NA";"Chile";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";74;23.6;"NA";1;;1;"NA" +"MERLAUS";"Lillo et al., 1996";"38";"Southern hake";"Merluccius australis";"MERLsp";1;"PHYSCLI";48;80;"NA";"Chile";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";73.3;22;"NA";1;;1;"NA" +"MERLPRO";"Traynor, 1996";"38";"Pacific whiting";"Merluccius productus";"MERLsp";1;"PHYSCLI";47;60;51.8;"Pacific";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";68.5;20;"NA";1;;1;"NA" +"MERLPRO";"Henderson and Horne, 2007";"38";"Pacific hake";"Merluccius productus";"MERLsp";1;"PHYSCLI";"NA";"NA";"NA";"California";"NA";"NA";"NA";;"Insitu, exsitu";74;20;"NA";1;;1;"NA" +"MERLPRO";"Traynor, 1996";"38";"Pacific hake";"Merluccius productus";"MERLsp";1;"PHYSCLI";"NA";"NA";"NA";"California";"NA";"NA";"NA";;"model";68.2;20;"NA";1;;1;"NA" +"MICRAUS";"McClatchie et al., 1998";"38";"Southern blue whiting";"Micromesistius australis";"GADIsp";1;"PHYSCLI";19;53;"NA";"New Zealand";"NA";"NA";"NA";;"model, insitu, ind";73.5;20;"NA";1;;1;"NA" +"MICRAUS";"Dunford and Macaulay, 2006";"38";"Southern blue whiting";"Micromesistius australis";"GADIsp";1;"PHYSCLI";16;58;"NA";"New Zealand";"NA";"NA";0;;"model";97;38;"NA";1;;1;"NA" +"MICRAUS";"McClatchie et al., 1998";"38";"Southern blue whiting";"Micromesistius australis";"GADIsp";1;"PHYSCLI";19;53;"NA";"New Zealand";"NA";"NA";"NA";;"model, insitu, ind";81.3;25;"NA";1;;1;"NA" +"MICRPOU";"Robinson, 1982";"29";"Blue whiting";"Micromesistius poutassou";"GADIsp";1;"PHYSCLI";21;37;31.1;"N.E. Atlantic";"NA";"NA";"NA";"N";"ind";71.9;20;"NA";1;;1;"NA" +"MICRPOU";"Monstad, 1992";"38";"Blue whiting";"Micromesistius poutassou";"GADIsp";1;"PHYSCLI";"NA";"NA";"NA";"N.E. Atlantic";"NA";"NA";"NA";"A";;72.8;21.7;"NA";1;;1;"NA" +"MOROAME";"Hartman and Nagy, 2005";"120";"Striped bass";"Morone americana";"BASSsp";1;"PHYSCLI";10;70;"NA";"Maryland";"NA";"NA";0;"D";"exsitu";56.26;15.37;0.8;1;;1;"NA" +"MOROSAX";"Hartman and Nagy, 2005";"120";"White perch";"Morone saxatilis";"BASSsp";1;"PHYSCLI";10;20;"NA";"Maryland";"NA";"NA";0;"D";"exsitu";69.45;26.48;0.81;1;;1;"NA" +"MOROSPP";"Hartman and Nagy, 2005";"120";"Bass";"Morone sp";"BASSsp";1;"PHYSCLI";10;70;"NA";"Maryland";"NA";"NA";0;"D";"exsitu";56.47;15.61;0.82;1;;1;"NA" +"MYCTASP";"Yasuma et al., 2010";"38";"Myctophids";"Myctophum asperum";"MYCTsp";0;"NOSB";1.8;3.3;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";108.3;52.7;"NA";1;;1;"NA" +"MYCTASP";"Yasuma et al., 2010";"120";"Myctophids";"Myctophum asperum";"MYCTsp";0;"NOSB";7.4;8.6;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";80.9;17.9;"NA";1;;1;"NA" +"MYCTASP";"Yasuma et al., 2010";"38";"Myctophids";"Myctophum asperum";"MYCTsp";1;"PHYSCLI";3.1;4.8;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";88.6;45.4;"NA";1;;1;"NA" +"MYCTASP";"Yasuma et al., 2010";"120";"Myctophids";"Myctophum asperum";"MYCTsp";1;"PHYSCLI";3.1;4.8;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";84.6;36.3;"NA";1;;1;"NA" +"MYCTASP";"Yasuma et al., 2010";"38";"Myctophids";"Myctophum asperum";"MYCTsp";1;"PHYSCLI";6.1;7.7;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";57.3;-135.2;"NA";1;;1;"NA" +"MYCTASP";"Yasuma et al., 2010";"120";"Myctophids";"Myctophum asperum";"MYCTsp";1;"PHYSCLI";6.1;7.7;"NA";"Northwest Pacific";"NA";"NA";"NA";;"model";52.4;-130.8;"NA";1;;1;"NA" +"NOTOJAP";"Yasuma et al., 2003";"38";"Myctophids";"Notoscopulus japonicus";"MYCTsp";1;"NOSB";12;13;"NA";"Japan";"NA";"NA";"NA";"N";"model";86.7;20;"NA";1;;1;"NA" +"PAGRMAJ";"Kang and Hwang, 2003";"38";"Red seabream";"Pagrus major";"PAGRsp";1;"PHYSCLI";10;35;19.9;"N.W. Pacific";"NA";"NA";"NA";;"exsitu";66.8;20;"NA";1;;1;"NA" +"PAGRMAJ";"Kang and Hwang, 2003";"120";"Red seabream";"Pagrus major";"PAGRsp";1;"PHYSCLI";10;35;19.9;"N.W. Pacific";"NA";"NA";"NA";;"exsitu";74;20;"NA";1;;1;"NA" +"PAGRMAJ";"Kang and Hwang, 2003";"200";"Red seabream";"Pagrus major";"PAGRsp";1;"PHYSCLI";10;35;19.9;"N.W. Pacific";"NA";"NA";"NA";;"exsitu";74.1;20;"NA";1;;1;"NA" +"PHYSCLI";"Foote, 1987";"38";"Physoclists (gadoids)";"Physoclystii sp";"PHYSCLI";1;"PHYSCLI";9;105;"NA";"Various";"NA";"NA";"NA";"A";"All";67.4;20;"NA";1;;1;"NA" +"PHYSSTO";"Foote, 1987";"38";"Physostomes (clupeoids)";"Physostomii sp";"PHYSSTO";1;"PHYSSTO";6;34;"NA";"Various";"NA";"NA";"NA";"A";"All";71.9;20;"NA";1;;1;"NA" +"POLLVIR";"Foote et al., 1986";"38";"Saithe";"Pollachius virens";"GADIsp";1;"PHYSCLI";45;91;57.2;"Norvegian Sea";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";65.8;20;"NA";1;;1;1556 +"PRISFIL";"Benoit-Bird and Au, 2003 ";"60-200";"Pink snapper";"Pristipomoides filamentosus";"SNAP";1;"PHYSCLI";"NA";"NA";"NA";"Hawaii";"NA";"NA";"NA";;"exsitu";55.1;20.6;"NA";0;"Unreallistic TS values: standard length, not total length...";1;"NA" +"SARDOCE";"Barange et al., 1996";"38";"Pilchard";"Sardinops ocellatus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";15;23;"NA";"S.E. Atlantic";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";76.1;20;"NA";1;;1;"NA" +"SARDPIL";"Pyrounaki et al., HCMR 2010";"38";"European Sardine";"Sardina pilchardus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";5.8;16.2;8.5;"Aegean sea";"NA";100;80;"N";"insitu";70.8;20;"NA";1;"6 night hauls >90% anchovy, 2004-2010";"NA";1351 +"SARDSAG";"Gutierrez and MacLennan, 1998";"120";"Sardine";"Sardinops sagax";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";12;20;"NA";"Peru";"NA";"NA";"NA";"A";"exsitu";74.1;20;"NA";1;;1;"NA" +"SCOMJAP";"Gutierrez and MacLennan, 1998";"120";"Spanish mackerel";"Scomber japonicus";"SCOMsp";1;"PHYSCLI";26;30;27.9;"Peru";"NA";"NA";"NA";"A";"exsitu";70.8;20;"NA";1;;1;1773 +"SCOMJAP";"Gutierrez and MacLennan, 1998";"38";"Spanish mackerel";"Scomber japonicus";"SCOMsp";1;"PHYSCLI";26;30;27.9;"Peru";"NA";"NA";"NA";"A";"exsitu";70.9;20;"NA";1;;1;1773 +"SCOMSCO";"Edwards et al., 1984";"38";"Mackerel";"Scomber scombrus";"SCOMsp";0;"NOSB";31;35;32.7;"N.E. Atlantic";"NA";"NA";"NA";"A";"exsitu";84.9;20;"NA";1;;1;1772 +"SCOMSCO";"Clay and Castonguay, 1995";"38";"Mackerel";"Scomber scombrus";"SCOMsp";0;"NOSB";29;41;38;"Newfoundland";"NA";"NA";"NA";"A";"insitu";88;20;"NA";1;;1;1772 +"SCOMSCO";"Misund and Beltestad, 1996";"38";"Mackerel";"Scomber scombrus";"SCOMsp";0;"NOSB";"NA";"NA";37.8;"North Sea";"NA";"NA";"NA";"D";"comp";86.4;20;"NA";1;;1;1772 +"SEBAMAR";"Foote et al., 1986";"38";"Redfish";"Sebastes marinus";"SEBAsp";1;"PHYSCLI";9;43;19.7;"Norvegian Sea";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";67.1;20;"NA";1;;1;"NA" +"SEBASCH";"Kang and Hwang, 2003";"38";"Rockfish";"Sebastes schlegi";"SEBAsp";1;"PHYSCLI";10;24;16.1;"N.W. Pacific";"NA";"NA";"NA";;"exsitu";67.7;20;"NA";1;;1;"NA" +"SEBASCH";"Kang and Hwang, 2003";"200";"Rockfish";"Sebastes schlegi";"SEBAsp";1;"PHYSCLI";10;24;16.1;"N.W. Pacific";"NA";"NA";"NA";;"exsitu";72.8;20;"NA";1;;1;"NA" +"SEBASCH";"Kang and Hwang, 2003";"120";"Rockfish";"Sebastes schlegi";"SEBAsp";1;"PHYSCLI";10;24;16.1;"N.W. Pacific";"NA";"NA";"NA";;"exsitu";74.3;20;"NA";1;;1;"NA" +"SPRASPR";"Robinson, 1983";"30";"Sprat";"Sprattus sprattus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";9;15;12.6;"North Sea";"NA";"NA";"NA";"N";"ind";69.1;20;"NA";1;;1;1356 +"SPRASPR";"Robinson, 1983";"30";"Sprat";"Sprattus sprattus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";"NA";"NA";7.15;"North Sea";"NA";"NA";"NA";"N";"ind";70.7;20;"NA";1;;1;1356 +"SPRASPR";"Faessler et Gorska, 2009";"38";"Sprat";"Sprattus sprattus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";5;25;"NA";"Baltic Sea";"NA";"NA";0;;"model";73.06;27.5;"NA";1;;1;1356 +"SPRASPR";"Faessler et Gorska, 2009";"38";"Sprat";"Sprattus sprattus";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";5;25;"NA";"Baltic Sea";"NA";"NA";0;;"model";65.08;20;"NA";1;;1;1356 +"SYMBCAL";"Yasuma et al., 2003";"38";"Myctophids";"Symbolophorus californiensis";"MYCTsp";1;"NOSB";8;11;"NA";"Japan";"NA";"NA";50;"N";"model";85.7;20;"NA";1;;1;"NA" +"THERCHA";"Traynor, 1996";"38";"Walleye pollock";"Theragra chalcogramma";"GADIsp";1;"PHYSCLI";35;52;41.7;"Bering Sea";"NA";"NA";"NA";"A";"insitu";66;20;"NA";1;;1;"NA" +"THUNALB";"Bertrand et al., 1999";"38";"Yellowfin tuna";"Thunnus albacares";"THUNsp";1;"PHYSCLI";60;120;94.5;"French Polynesia";"NA";"NA";"NA";"D";"insitu";80.62;25.26;"NA";1;;1;"NA" +"THUNOBE";"Bertrand et al., 1999";"38";"Bigeye tuna";"Thunnus obesus";"THUNsp";1;"PHYSCLI";50;130;"NA";"French Polynesia";"NA";"NA";"NA";"D";"insitu";73.31;24.29;"NA";1;;1;"NA" +"TODAPAC";"Kawabata, 2005";"38";"Squid";"Todarodes pacificus";"SQUID";0;"NOSB";18;28.4;"NA";"Japan";"NA";"NA";"NA";"D";"exsitu";73.1;20;"NA";1;;1;"NA" +"TODAPAC";"Kang et al., 2005";"38";"Japanese squid";"Todarodes pacificus";"SQUID";0;"NOSB";21;27;24.75;"Korea";"NA";"NA";0;"N";"exsitu";75.4;20;0.81;1;;1;"NA" +"TODAPAC";"Kang et al., 2005";"120";"Japanese squid";"Todarodes pacificus";"SQUID";0;"NOSB";21;27;24.75;"Korea";"NA";"NA";0;"N";"exsitu";73.5;20;0.64;1;;1;"NA" +"TRACCAP";"Barange et al., 1996";"38";"Cape horse mackerel";"Trachurus trachurus capensis";"TRACsp";1;"PHYSCLI";25;47;"NA";"S.W. Atlantic";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";66.8;20;"NA";1;;1;"NA" +"TRACPIC";"Gutierrez and MacLennan, 1998";"38";"Jurel";"Trachurus picturatus";"TRACsp";1;"PHYSCLI";36;40;"NA";"Peru";"NA";"NA";"NA";"A";"exsitu";68.1;20;"NA";1;;1;1664 +"TRACSYM";"Pena and Foote, 2008";"38";"Jack Mackerel";"Trachurus symmetricus murphyi";"TRACsp";1;"PHYSCLI";18;43;"NA";"Chile";"NA";"NA";0;;"model";74.9;20;"NA";1;;1;"NA" +"TRACSYM";"Lillo et al., 1996";"38";"Jack Mackerel";"Trachurus symmetricus murphyi";"TRACsp";1;"PHYSCLI";22;40;"NA";"Chile";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";73.3;23.3;"NA";1;;1;"NA" +"TRACSYM";"Pena and Foote, 2008";"38";"Jack Mackerel";"Trachurus symmetricus murphyi";"TRACsp";1;"PHYSCLI";18;43;"NA";"Chile";"NA";"NA";0;;"model";70.2;16.8;"NA";1;;1;"NA" +"TRACSYM";"Lillo et al., 1996";"38";"Jack Mackerel";"Trachurus symmetricus murphyi";"TRACsp";1;"PHYSCLI";22;40;"NA";"Chile";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";68.9;20;"NA";1;;1;"NA" +"TRICHAU";"Zhao, 2006";"38";"Hairtail";"Trichiurus haumela";"CLUPsp";1;"PHYSSTO";6.2;11.5;"NA";"Yellow Sea";"NA";"NA";38.2;"N";"insitu";68.3;20;"NA";1;;1;"NA" +"TRISESM";"Foote et al., 1986";"38";"Norway pout";"Trisopterus esmarkii";"GADIsp";1;"PHYSCLI";10;21;17.6;"Norvegian Sea";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";67.1;20;"NA";1;;1;"NA" +"TRISESM";"Foote et al., 1986";"38";"Norway pout";"Trisopterus esmarkii";"GADIsp";1;"PHYSCLI";12;19;14.8;"Norvegian Sea";"NA";"NA";"NA";"N";"insitu";68.3;20;"NA";1;;1;"NA" \ No newline at end of file
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