projet echobase --------------- Mardi 10 janvier 2012 (Ifremer) Pr��sents : Mathieu et Tony Planning -------- - clarifier les import des donn��es nouvelles - parler de la charte graphique - point sur ce qu'il reste �� faire Import nouvelles donn��es ------------------------ On d��finit 7 sc��narii d'import possible : - import des donn��es communes compl��t - import des donn��es communes (Transect-Operation) - import des donn��es de r��f��rentiel p��che - import des donn��es de p��che (capture-mensuration) - import des donn��es de p��che (biom��trie) - import des donn��es accoustiques - import des cellules de type r��gion (accoustique) Import donn��es communes compl��t ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Import qui permet de remplir les objets suivants : - Voyage - Transit - Transect - Operation - OperationMetadataValue - GearMetadataValue Pr��-requis ========== - avoir en base la mission �� utiliser - r��f��rentiel bien rempli Formulaire d'import =================== - s��lectionner (ou cr��ation) de la mission �� utiliser - s��lectionner la zone d'op��ration �� utiliser - saisir la *description* du voyage - saisir le *datum* du voyage (valeur par d��faut : *WGS84*) - fournir le fichier casino - fournir le fichier echotype D��roulement de l'import ======================= Fichier CASINO ______________ Chaque ligne du fichier *CASINO* d��finit un ��v��nement : - d��but voyage - d��but transit - d��but transect - d��but op��ration - ... - fin op��ration - fin transect - fin transit - fin voyage On construit les diff��rents object en suivant l'ordre chronologique des ��v��nements. La ligne en question fournit les diff��rents champs �� utiliser pour l'objet en cours de cr��ation. Certains champs du transect sont calcul��s. Fichier echotype ________________ Le fichier echotype permet de remplir la liaison Voyage -> Echotype. *Attention!* A corriger le fait qu'un echotype d��finit un groupe d'esp��ces et non pas est li�� �� une esp��ce. Il faut donc modifier le mod��le en cons��quence. Chaque ligne du fichier correspond �� une esp��ce d'un echotype, on doit retrouver donc l'��chotype �� rattacher au voyage �� partir de : - son id (dev) - son depthStratum (class) - son espece Import donn��es communes (transect) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Import qui permet de remplir les objets suivants : - Transect - Operation - OperationMetadataValue - GearMetadataValue Pr��-requis ========== - avoir en base le voyage �� utiliser - r��f��rentiel bien rempli Formulaire d'import =================== - s��lectionner le voyage �� utiliser - fournir le fichier casino D��roulement de l'import ======================= Le d��roulement est identique �� l'import compl��t sauf que les transects sont rattach��s aux transit d��j�� existants. On recherche le transit �� partir des ses bornes de date de d��but de fin en utilisant la date du transect. Import donn��es p��che (r��f��rentiel) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Import qui permet de remplir les objets suivants : - LengthAgeKey - LengthWeightKey Pr��-requis ========== - r��f��rentiel bien rempli Formulaire d'import =================== - fournir le fichier taille_poids - fournir le fichier taille_age D��roulement de l'import ======================= La proc��dure reste tr��s proche de celle utilis��e dans l'import des donn��es l��gendaires. Il suffit juste de retrouver les entit��s du r��f��rentiel qui vont bien. Import donn��es p��che (capture - mensuration) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Import qui permet de remplir les objets suivants : - Sample de type capture - mensuration - SampleData Pr��-requis ========== - avoir en base le voyage �� utiliser - r��f��rentiel bien rempli (on interdit la cr��ation du nouveau SpeciesCategory) Formulaire d'import =================== - s��lectionner le voyage �� utiliser - fournir les quatre fichiers provenant de RAPTRI - tblStation - xtblTri - tblMensuration - tblMensurationClasse D��roulement de l'import ======================= On retrouve l'op��ration �� partir du code de la station (premier fichier). On importe ici que des Sample de type : - total - unsorted - subsample La proc��dure reste tr��s proche de celle utilis��e dans l'import des donn��es l��gendaires. Import donn��es p��ches biom��trie ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Import qui permet de remplir les objets suivants : - Sample de type biom��trie (individuel) - SampleData Pr��-requis ========== - avoir en base le voyage �� utiliser - r��f��rentiel bien rempli (on interdit la cr��ation du nouveau SpeciesCategory) Formulaire d'import =================== - s��lectionner le voyage �� utiliser - fournir le fichier unique conforme au format echobase D��roulement de l'import ======================= Il faudra cr����er les samples pour les esp��ces donn��es et y rattacher les SampleData de chaque ligne. Clef m��tier operation + clef m��tier sampleDataType Import donn��es accoustique ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Import qui permet de remplir les objets suivants : - DataAcquisition - DataProcessing - Cell (de type ESDU et ��l��mentaire) - Data Pr��-requis ========== - avoir en base le voyage �� utiliser, ainsi que le transect qui va bien. - r��f��rentiel bien rempli. Formulaire d'import =================== - s��lectionner le voyage �� utiliser - s��lectionner le navire �� utiliser (on retrouve ainsi le transect �� utiliser) - renseigner les 2 champs utilis��es pour remplir des donn��es des DataAcquisition et DataProcessing - fournir l'unique fichier provenant de la base Movies D��roulement de l'import ======================= L'import permet de remplir les cellules de type ESDU et ��l��mentaires. L'ordre chronologique permet d'abord de cr����er une cellule de type ESDU puis les cellules qui suivent sont de type ��l��mentaire (jusqu'�� la prochaine nouvelle cellule ESDU). Pour retrouver un AcousticIntrument on utilisera une combinaison MOVIES_EILayer\sndset\sndname + MOVIES_EILayer\sndset\channelName Pour chaque acousticInstrument diff��rent, on cr��e un dataAcquisiton + 1 seul dataProcessing. puis on rattache les donn��es (cellule) au dataprocessing. Import donn��es accoustique (r��gion) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Import qui permet de remplir les objets suivants : - Cell (de type r��gion) Pr��-requis ========== - avoir en base le voyage �� utiliser, ainsi que le transect qui va bien. - r��f��rentiel bien rempli. Formulaire d'import =================== - s��lectionner le voyage �� utiliser - s��lectionner le navire �� utiliser (on retrouve ainsi le transect �� utiliser) - renseigner les 2 champs utilis��es pour remplir des donn��es des DataAcquisition et DataProcessing - fournir le fichier de d��finition des cellules Region - fournir le fichier de d��finition des association Region -> ESDU D��roulement de l'import ======================= On commence par cr��er les r��gions �� partir du premier fichier Ensuite en lisant le second fichier on peut retrouver les cellules �� associer en utilisant la date de la cellule. Import R��sultat ~~~~~~~~~~~~~~~ A venir ensuite... Suppression des imports ----------------------- Il faut r��fl��chir �� pouvoir supprimer tous les types d'imports. Action ------ - CodeLutin - fournir les informations pour se connecter �� demo - finir doc d'installation linux + windows XP et 7 - modifier le mod��le Echotype et l'import qui en d��coule - modifier la table TSParameters (rajout de nouveaux champs + suppression liens) -> import new (et plus baracouda) - r��flechir �� comment mettre des droits sur les tables - Ifremer - fournir les r��f��rentiels manquants - fournir nouvelle table TSParameters - les codes d'action pour l'import des common datas (CASINO) - le fichier echotype.txt - les mapping des nouveaux imports - la carte mentale qui r��sume les import des nouvelles donn��es Prochaine r��union : - Vendredi 20 janvier 14h00 �� l'Ifremer avec Mathieu