Author: echatellier Date: 2016-07-27 17:30:39 +0200 (Wed, 27 Jul 2016) New Revision: 301 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/301 Log: Mise ?\195?\160 jour du manuel utilisateur (les screenshots principalement) Added: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/inputEquation_10_MaturityOgive.png trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/inputEquation_11_ReproductionRate.png trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/inputEquation_12_FishingMortalityOtherFleets.png trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/inputEquation_13_Reproduction.png trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/inputEquation_14_Recruitment.png trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/input_03_menuMexico.png trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/input_06_inputZonesVariables.png trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/input_14_inputPopulations_tabSeasonStade.png trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/input_16_inputPopulations_tabRecruitment.png 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=================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/input_30_inputStrategies.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/input_31_inputStrategiesMonthInfo.png =================================================================== (Binary files differ) Added: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/input_40_observation.png =================================================================== (Binary files differ) Index: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/input_40_observation.png =================================================================== --- trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/input_40_observation.png 2016-06-29 13:56:31 UTC (rev 300) +++ trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/input_40_observation.png 2016-07-27 15:30:39 UTC (rev 301) Property changes on: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/input_40_observation.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type ## -0,0 +1 ## +image/png \ No newline at end of property Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/mainWindow.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/resultTab.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/resultWindowGraph.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/resultWindowMap.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/result_00.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/result_01.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/result_02.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/result_03.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/result_04.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/scriptTab.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/script_00.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/script_00.xcf =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/script_01_menuFile.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/script_01_menuFile.xcf =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/script_02_menuFile_new.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/script_03_combo_new.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/script_04_new.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/script_05_importConfirm.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/script_06_exportConfirm.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/script_07_menuEdit.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/script_08_menuServer.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/script_09_menuCode.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/script_10_verifSyntax_ok.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/script_11_verifSyntax_ko.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/sensitivityTab.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/sensitivity_00.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/sensitivity_01_menuSimulation.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/sensitivity_02_parameters.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/sensitivity_02_sensitivityFactors.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousNumber.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteEquation.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteMatrix.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteNumber.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/sensitivity_04_sensitivityMethod.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/sensitivity_05_tabExportResult.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/sensitivity_06_tabResultChoice.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/sensitivity_07_tabAdvancedParams.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/sensitivity_08_results.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulationTab.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_00.png =================================================================== (Binary files differ) Added: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_01_regles.png =================================================================== (Binary files differ) Index: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_01_regles.png =================================================================== --- trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_01_regles.png 2016-06-29 13:56:31 UTC (rev 300) +++ trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_01_regles.png 2016-07-27 15:30:39 UTC (rev 301) Property changes on: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_01_regles.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type ## -0,0 +1 ## +image/png \ No newline at end of property Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_01_tabParams.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_03_tabPreSimulScript.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_04_tabAnalyzePlan.png =================================================================== (Binary files differ) Added: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_04_tabSimulationPlan.png =================================================================== (Binary files differ) Index: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_04_tabSimulationPlan.png =================================================================== --- trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_04_tabSimulationPlan.png 2016-06-29 13:56:31 UTC (rev 300) +++ trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_04_tabSimulationPlan.png 2016-07-27 15:30:39 UTC (rev 301) Property changes on: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_04_tabSimulationPlan.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type ## -0,0 +1 ## +image/png \ No newline at end of property Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_05_tabExportResult.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_06_tabResultChoice.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_07_tabAdvancedParams.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_08_tabQueue.png =================================================================== (Binary files differ) Deleted: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_dialog_00_filter.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_dialog_01_consoleLog.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/resources/v4/user/usermanual/simulation_dialog_02_sendMail.png =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/GUI.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/GUI.rst 2016-06-29 13:56:31 UTC (rev 300) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/GUI.rst 2016-07-27 15:30:39 UTC (rev 301) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2010 Ifremer, Code Lutin +.. * Copyright (C) 1999 - 2016 Ifremer, Code Lutin .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -37,11 +37,11 @@ Cette fenêtre contient six onglets : +- de saisie de région - de lancement de simulation +- de lancement d'analyse de sensibilité - de rendu des résultats -- de saisie de région - de saisie de script, règles de gestion, export, plan d'analyse, ... -- de lancement d'analyse de sensibilité - de queue de simulation Il est aussi possible d'ouvrir ces onglets dans une nouvelle fenêtre depuis le @@ -58,7 +58,7 @@ Le menu fenêtre --------------- -Les six sous-menus sont l'équivalent des quatres onglets. Ils ouvrent l'onglet +Les six sous-menus sont l'équivalent des six onglets. Ils ouvrent l'onglet correspondant dans une nouvelle fenêtre. Le menu configuration @@ -68,8 +68,9 @@ * Configuration générale * Configuration VCS * Configuration de l'utilisation de Caparmor +* Configuration de l'utilisation de R -Pour certaines options il faut relancer ISIS-Fish pour que les +Pour certaines options, il faut relancer ISIS-Fish pour que les nouvelles valeurs soient prises en compte, comme par exemple la langue. @@ -80,8 +81,6 @@ * Ce site * La documentation des différentes API -* La fenêtre des logs de l'application (utile en cas d'erreur ou de comportement - anormal) * La fenêtre d'informations sur le simulateur. La barre de statut @@ -172,8 +171,7 @@ Tous ces scripts sont des fichiers textes sur le système de fichier. Il est donc possible d'utiliser n'importe quel éditeur pour -les modifier. Voir -http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/othertools.html +les modifier. Voir `Autres outils <../../othertools.html>`_ pour plus d'explications. Lancement d'analyse de sensibilité Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/analysisPlan.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/analysisPlan.rst 2016-06-29 13:56:31 UTC (rev 300) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/analysisPlan.rst 2016-07-27 15:30:39 UTC (rev 301) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2010 Ifremer, Code Lutin +.. * Copyright (C) 1999 - 2016 Ifremer, Code Lutin .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -85,8 +85,12 @@ Exemple ======= -Plan d'analyse qui permet de fixer un nombre maximal de simulation:: +Plan d'analyse qui permet de fixer un nombre maximal de simulation: +.. class:: java + +:: + public class Max implements SimulationPlan { public int param_max = 10; @@ -115,8 +119,12 @@ Récupération d'une simulation précédente ======================================== -Exemple:: +Exemple: +.. class:: java + +:: + // récupération de la simulation n SimulationStorage firstSim = context.getSimulation(n); @@ -131,8 +139,12 @@ Récupération des résultats d'une simulation =========================================== -Exemple:: +Exemple: +.. class:: java + +:: + ResultStorage results = sim.getResultStorage(); MatrixND n = results.getMatrix(ResultName.MATRIX_ABUNDANCE); @@ -139,8 +151,12 @@ Modification de la base de données pour la prochaine simulation =============================================================== -Exemple:: +Exemple: +.. class:: java + +:: + TopiaContext db = nextSimulation.getStorage(); MetierDAO dao = IsisFishDAOHelper.getMetierDAO(db); Metier metier = dao.findByName("Mon metier"); @@ -149,8 +165,12 @@ Méthode next qui modifie le paramètre de l'engin ================================================ -Exemple:: +Exemple: +.. class:: java + +:: + public boolean next(SimulationPlanContext context, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception { String [] values = new String[]{"10", "20", "30"}; int number = nextSimulation.getParameter().getSimulationPlanNumber(); Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/inputs.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/inputs.rst 2016-06-29 13:56:31 UTC (rev 300) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/inputs.rst 2016-07-27 15:30:39 UTC (rev 301) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2010 Ifremer, Code Lutin +.. * Copyright (C) 1999 - 2016 Ifremer, Code Lutin .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -53,7 +53,7 @@ Une pêcherie contient une région. On peut soit créer entièrement la région en renseignant son nom (zone 2) puis -en cliquant sur le bouton **Nouvelle région** (zone 3). +en cliquant sur le bouton **Créer** (zone 3). On peut aussi sélectionner une région existante localement dans la liste déroulante (zone 4). @@ -82,12 +82,10 @@ #. **Importer une région** : - Importer une région précédemment exportée depuis une autre instance d'IsisFish v3. + Importer une région précédemment exportée depuis une autre instance d'IsisFish. #. **Importer une région et la rennommer** : - Importer une région précédemment exportée depuis une autre instance d'IsisFish v3 et + Importer une région précédemment exportée depuis une autre instance d'IsisFish et renommer le nom de la région. -#. **Importer une région de la V2 d'IsisFish** : - Importer une région précédemment exportée depuis une autre instance d'IsisFish v2. #. **Importer la région d'une simulation** : Importer une région depuis une simulation localement existante. Une interface de sélection de simulation s'affiche. @@ -144,6 +142,7 @@ #. saisie des types de navire #. saisie des flottilles #. saisie des stratégies +#. saisie des observations 1. **Création** ou **sélection** de région @@ -172,13 +171,12 @@ étendue de chaque maille en latitude (valeur réelle) #. résolution spatiale (**longitude**) : étendue de chaque maille en longitude (valeur réelle) -#. liste des cartes : TODO +#. liste des cartes : Liste des cartes a utiliser (sous formes de calques) à la place de la carte du monde par défaut. #. **Ajouter une carte** : Si vous désirez changer la carte par défaut pour une carte plus précise, cliquez sur Ajouter carte et sélectionnez la carte à ajouter grâce au menu défilant. - Il n'est nécessaire d'ajouter que la carte au format shp néanmoins les deux cartes shp et ssx doivent être situées dans le - même dossier + Les formats de carte acceptées sont : shp, e00, mif, rpf, cadrg, cib, vmap, dcw, vpf #. **Supprimer la carte** : Pour supprimer une carte précédemment ajoutée. #. **Commentaires** : @@ -291,7 +289,10 @@ ATTENTION : il est possible de créer des zones population se chevauchant pour une même population +.. image:: input_06_inputZonesVariables.png +L'onglet *Variables* sert à définir des informations supplémentaires, comme par exemple, l'habitât de la zone. + 4. **Saisie des ports** ======================= @@ -362,12 +363,12 @@ ensuite dépendent de la Dynamique choisie. Les populations peuvent soit avoir une dynamique en âge, soit avoir une dynamique en stades (incluant aussi la structuration en longueur). -#. **Code rubbin** TODO -#. **CEE** TODO +#. **Code rubbin** Code rubbin de l'espèce +#. **CEE** CEE #. **Structuré en age** : Dynamique de la population en age, cela correspondant au nombre de classes d'âge. -#. **Structuré** en longueur : +#. **Structuré en longueur** : Dynamique de la population en longueur, cela correspond au nombre de classes de longueur. #. **Commentaires** : @@ -397,11 +398,14 @@ #. onglet de saisie des paramètres de base de la population #. onglet de saisie des zones de la population #. onglet de saisie des saisons de la population -#. onglet de saisie des équations de population +#. onglet de saisie des équations du trait de vie de population #. onglet de saisie des équations de reproduction de la population #. onglet de saisie des groupes de populations #. onglet de saisie des équations de capturabilité de la population #. onglet de saisie des migrations de la population +#. onglet de saisie des équations de prix +#. onglet de saisie des informations de gestion de stock +#. onglet de saisie des variables #. **population** dans la navigation : Vous pouvez choisir dans la zone de navigation des objets de la pêcherie, les populations à éditer. @@ -452,14 +456,33 @@ .. image:: inputEquation_07_Immigration.png +#. **équation de sélectivité d'un engin** : + + .. image:: inputEquation_08_GearSelectivity.png + +#. **équation de d'ogive de maturité** : + + .. image:: inputEquation_10_MaturityOgive.png + +#. **équation du taux de reproduction** : + + .. image:: inputEquation_11_ReproductionRate.png + +#. **équation de mortalité par pêche Other** : + + .. image:: inputEquation_12_FishingMortalityOtherFleets.png + #. **équation de reproduction** : Une équation donnant le nombre d'œufs émis en fonction de l'abondance des reproducteurs et d'autres paramètres dont, par exemple le coefficient de la fécondité. - .. image:: inputEquation_08_GearSelectivity.png + .. image:: inputEquation_13_Reproduction.png +#. **équation de recrutement** : + .. image:: inputEquation_14_Recruitment.png + Onglet **Saisie des populations** ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -492,23 +515,21 @@ vérifier les paramètres grâce à la table. Si les paramètres de croissance ont été modifiés, ne pas oublier de sauver. #. **Sauver comme modèle** : - Pour sauver une équation de type croissance dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/growth TODO) + Pour sauver une équation de type croissance dans les scripts d'ISIS-Fish Si la fonction de croissance créée peut a priori être réutilisée pour d'autres espèces, il peut être utile de la sauver comme modèle en utilisant ce bouton. #. **Ouvrir l'éditeur** : - Pour ouvrir l'éditeur d'équation de croissance (voir figure - input_XX_equationGrowth). + Pour ouvrir l'éditeur d'équation de croissance #. **Sauver comme modèle** : - Pour sauver une équation de type décroissance inverse dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/reversegrowth TODO) + Pour sauver une équation de type décroissance inverse dans les scripts d'ISIS-Fish Si la fonction de croissance inverse créée peut a priori être réutilisée pour d'autres espèces il peut être utile de la sauver comme modèle en utilisant ce bouton. #. **Ouvrir l'éditeur** : - Pour ouvrir l'éditeur d'équation de croissance inverse (voir figure - input_XX_equationReverseGrowth). + Pour ouvrir l'éditeur d'équation de croissance inverse. #. **Nom** : Pour renseigner le nom de la population (voir remarque sur les noms des objets d'une pêcherie). @@ -518,13 +539,6 @@ #. **Nombre de groupes** : Une fois les classes de la population créées, on voit ici le nombre de groupes de la population. -#. **Groupe de maturité** : - Pour choisir le groupe de maturité. Il faut avoir créé les classes de la - population avant. Il s'agit de l'âge auquel 50% de la population est mature. - - Saisir l'âge de maturité des individus. Cette valeur pourra être utilisée - comme variable dans l'équation de reproduction. L'âge de maturité est - exprimée en années. #. **plusGroup** : Pour définir une population de type **plusGroup** Cocher la case si la dernière classe de la population est définie comme un @@ -572,12 +586,12 @@ #. **Liste des groupes** : Cette liste déroulante contient l'ensemble des groupes connus pour cette espèces (ils ont été générés pendant la création des classes). +#. **Taux de mortalité naturelle** du groupe sélectionné : + Il s'agit du résultat de l'équation de mortalité naturelle par année. #. **Poids principal** du groupe sélectionné : Il s'agit du poids moyen de la classe (en kg). -#. **Prix** du groupe sélectionné : - Il s'agit du prix moyen de la classe (en euros par kg). -#. **Taux de mortalité naturelle** du groupe sélectionné : - Il s'agit du résultat de l'équation de mortalité naturelle par année. +#. **Ogive de maturité** du groupe sélectionné : + Il s'agit du résultat de l'équation d'ovige de maturité. #. **Taux de reproduction** du groupe sélectionné : Intensité relative de la reproduction durant les mois de la saison de reproduction (i.e la proportion de matures se reproduisant durant le mois @@ -586,12 +600,14 @@ oublier de multiplier le poids moyen d'un individu de la classe et par le sexe ratio dans l'équation de reproduction). - par femelle (ne pas oublier de multiplier ensuite par le sexe ratio). - par individus. +#. **Prix** du groupe sélectionné : + Il s'agit du prix moyen de la classe (en euros par kg). #. **Age** du groupe sélectionné : Si la population est structurée en stades, cette valeur est l'âge moyen d'une classe (en années). #. **Longueur** du groupe sélectionné : Si la population est structurée en âge, cette valeur est la longueur moyenne - de la classe d'âge (en ???). + de la classe d'âge. #. **Commentaires** : permet d'ajouter des commentaires. #. **Sauver** : @@ -611,21 +627,26 @@ #. **Liste des populations** : Cette liste déroulante contient l'ensemble des équations de mortalité naturelles connues pour cette espèce. -#. **équation de taux de mortalité naturelle** : +#. **Équation de taux de mortalité naturelle** : Pour éditer sans passer par l'éditeur d'équations, l'équation de mortalité naturelle. -#. **liste des populations** : +#. **Liste des populations** : Cette liste déroulante contient l'ensemble des équations de poids moyen connues pour cette espèce. -#. **équation de poids moyen** : +#. **Équation de poids moyen** : Pour éditer sans passer par l'éditeur d'équations, l'équation de poids moyen. #. **Liste des populations** : - Cette liste déroulante contient l'ensemble des équations de prix + Cette liste déroulante contient l'ensemble des équations d'ogive de maturité connues pour cette espèce. -#. **équation de prix** : - Pour éditer sans passer par l'éditeur d'équations, l'équation de prix. +#. **Équation d'ogive de maturité** : + Pour éditer sans passer par l'éditeur d'équations, l'équation d'ogive de maturité. +#. **Liste des populations** : + Cette liste déroulante contient l'ensemble des équations de taux de reproduction + connues pour cette espèce. +#. **Équation de taux de reproduction** : + Pour éditer sans passer par l'éditeur d'équations, l'équation de taux de reproduction. #. **Sauver comme modèle** pour équation de taux de mortalité naturelle - pour sauver une équation de type taux de mortalité naturelle dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/NaturalDeathRate TODO) + pour sauver une équation de type taux de mortalité naturelle dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/NaturalDeathRate) Si la fonction créée peut a priori être réutilisée pour d'autres population il peut être utile de la sauver comme modèle en utilisant ce bouton. @@ -632,7 +653,7 @@ #. **Ouvrir l'éditeur** pour équation de taux de mortalité naturelle : pour ouvrir l'éditeur d'équation de croissance (voir figure input_XX_equationNaturalDeathRate TODO). #. **Sauver comme modèle** pour équation de poids principal - pour sauver une équation de type poids principal dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/meanWeight TODO). + pour sauver une équation de type poids principal dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/meanWeight). Si la fonction créée peut a priori être réutilisée pour d'autres population il peut être utile de la sauver comme modèle en utilisant ce bouton. @@ -639,13 +660,20 @@ #. **Ouvrir l'éditeur** pour équation de poids principal pour ouvrir l'éditeur d'équation de poids principal(voir figure input_XX_equationMeanWeight). -#. **Sauver comme modèle** pour équation de prix : - pour sauver une équation de type prix dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/price TODO) +#. **Sauver comme modèle** pour équation d'ogive de maturité : + pour sauver une équation de type ogive de maturité dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/maturityOgive) Si la fonction créée peut a priori être réutilisée pour d'autres population il peut être utile de la sauver comme modèle en utilisant ce bouton. -#. **Ouvrir l'éditeur** pour équation de prix - pour ouvrir l'éditeur d'équation de prix (voir figure input_XX_equationPrice). +#. **Ouvrir l'éditeur** pour équation de d'ogive de maturité + pour ouvrir l'éditeur d'équation d'ogive de maturité. +#. **Sauver comme modèle** pour équation de taux de reproduction : + pour sauver une équation de type taux de reroduction dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/reproductionRate) + + Si la fonction créée peut a priori être réutilisée pour d'autres population + il peut être utile de la sauver comme modèle en utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'éditeur** pour équation de taux de reproduction + pour ouvrir l'éditeur d'équation de taux de reproduction. #. **Sauver** sauver les modifications sur les équations de la population #. **Annuler** @@ -730,7 +758,6 @@ Onglet **Saisie des saisons** (population en longueur) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -TODO faire screenshot pour ce type de classe On définit ici les saisons pour une population structurée en longueur. @@ -742,6 +769,14 @@ #. **Plage de la saison** : On définit la saison en utilisant le curseur. Les mois en jaune correspondant aux mois sélectionnés de la saison. +#. **Non spatialisé/Spatialisé** : + Permet de changer la structure de la matrice de coefficient. +#. **Calculer le coefficient** : + Calcul le coefficient. +#. **Voir les coefficients spatialisés** : + Afficher une version spatialisée de la matrice. +#. **Matrice** : + Matrice d'edition des coefficients. #. **Reproduction** : Pour une saison donnée, si cette case est cochée, un tableau décrivant la distribution de la reproduction apparaît, chaque cellule doit être renseignée @@ -752,17 +787,6 @@ Les valeurs dans le tableau ne sont enregistrées qu'après avoir validé en appuyant sur la touche **Entrée**. Les paramètres ont cependant besoin d'être sauvés en cliquant sur le bouton **Sauver**. -#. **Changement de groupe** : - Sélectionner si le changement de classe doit se faire de manière spatialisée - ou non (cocher la case appropriée). - Renseigner la matrice de coefficient de changement de classes. Si la matrice - est spatialisée, la taille de la matrice sera le nombre de zones de présence * le nombre de groupes. - Pour chaque mois le coefficient correspond à la proportion d'individus passant - de la classe i (en ligne) à la classe j(en colonne). Ces coefficients peuvent - être définis par zones. - Les valeurs dans le tableau ne sont enregistrées qu'après avoir validé en - appuyant sur la touche **Entrée**. Les paramètres ont cependant besoin - d'être sauvés en cliquant sur le bouton **Sauver**. #. **Commentaires** : Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone. Chaque commentaire est lié à une saison, il est ainsi possible d'ajouter @@ -868,12 +892,6 @@ Saisie des migrations, émigrations et immigrations sur les groupes de la population. -Jusqu'à la version 2.2.2, les migrations, immigrations et émigrations sont -définies comme des coefficients ou des effectifs relatifs à chaque classe. -À partir de la version 2.2.2, il est possible de décrire ces migrations à -l'aide d'équations ayant pour arguments les groupes, les zones de départ et -d'arrivée et les matrices d'effectifs. - Les migrations se réalisent instantanément au début de la saison sélectionnée. (voir les différents articles sur ISIS-Fish) @@ -1109,7 +1127,7 @@ #. **Supprimer** : Pour supprimer un engin de la pêcherie. Attention cette opération est irréversible, une fois supprimé, l'engin n'est pas récupérable. -#. **engins dans la navigation** : +#. **Engins dans la navigation** : positionnement de l'engin dans les objets de la pêcherie. #. **Continuer** vers les métiers : Une fois le paramétrage de l'engin terminé, continuer vers la prochaine étape @@ -1411,6 +1429,10 @@ #. **Coûts fixe** : Pour renseigner les **coûts fixes** imputés à chaque propriétaire d'un bateau de la flottille en euros par an. +#. **Liste des equations** : + Liste des equations efficacité technique disponible pour la population +#. **Editeur d'equation** : + Contenu de l'equation efficatité technique #. **Commentaires** : Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone. Chaque commentaire est lié à une flottille, il est ainsi possible d'ajouter @@ -1426,7 +1448,7 @@ Position de la flottille dans la zone de navigation des objet de la pêcherie. #. **continuer** vers les stratégies : Une fois terminées les modifications sur les flottilles de la pêcherie, on - passe à la dernière étape de la configuration : les stratégies. + passe à l'étape suivante de la configuration : les stratégies. Onglet **Métiers pratiqués** ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -1450,7 +1472,7 @@ Pour annuler les modifications effectuées depuis la dernière sauvegarde. #. **Continuer** vers les stratégies : Une fois terminées les modifications sur les flottilles de la pêcherie, - on passe à la dernière étape de la configuration : les stratégies. + on passe à l'étape suivante de la configuration : les stratégies. Onglet **Paramètres des métiers** ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -1486,12 +1508,19 @@ Pour renseigner le coût de réparation et de maintenance des engins de pêche par jour pour un bateau de cette flottille pratiquant ce métier (en euros par jour). -#. **Coût de revient à terre** : +#. **Coût d'accastillage** : Pour renseigner le coût de débarquement (taux) lié au métier et au port - de la stratégie. + de la flottille. #. **Autres coûts** : Pour indiquer les autres coûts d'exploitation de cette flottille pratiquant ce métier (en euros par heure). +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder les modifications effectuées sur les paramêtres. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications effectuées depuis la dernière sauvegarde. +#. **Continuer** vers les stratégies : + Une fois terminées les modifications sur les flottilles de la pêcherie, + on passe à l'étape suivante de la configuration : les stratégies. Remarque : Tous les paramètres économiques n'ont pas besoin d'être renseignés afin de faire tourner une simulation, il est possible de faire tourner une @@ -1525,6 +1554,12 @@ #. **Proportion de la flottille** : Pour renseigner la proportion du nombre de bateaux de la flottille qui suivent cette stratégie. +#. **Utiliser une equation d'inativité** : + Cocher cette case pour utiliser une equation d'inactivité +#. **Liste des equations** d'inativité disponible dans la région +#. **Editeur** contenant l'equation d'inactivité +#. **Sauver comme modèle** l'equation en cours d'edition +#. **Ouvrir l'editeur** pour modifier l'equation avec des informations supplémentaires #. **Commentaires** : Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone. Chaque commentaire est lié à une stratégie, il est ainsi possible d'ajouter @@ -1565,3 +1600,33 @@ Pour sauvegarder les modifications effectués sur cet écran. #. **Annuler** : Pour annuler les modifications effectués sur cet écran. +#. **Continuer** vers les observations : + Une fois terminées les modifications sur les stratégies de la pêcherie, + on passe à l'étape suivante de la configuration : les observations. + +Onglet **Saisie des observations** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_40_observation.png + +Cet écran permet d'ajouter des données observées visant à pouvoir être utiliser dans une simulation pour les comparer +à des résultats obtenus. + +#. **Nouveau** : + On commence toujours par crée une observation avant d'en modifier les + caractéristiques. Une fois créée, l'observation apparaît dans la zone de + navigation des objets de la pêcherie avec un nom générique. +#. **Nom de l'observation** : + Pour indiquer le nom de l'observation, comme les autres noms d'objets dans + la pêcherie, il est préférable que le nom soit normalisé. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone. + Chaque commentaire est lié à une observation, il est ainsi possible d'ajouter + un commentaire pour chaque observation préalablement définie. +#. **Nouvelle matrice** : + Ce bouton permet d'initialiser une nouvelle matrice en précisant ses dimensions. Les dimensions doivent être de + la forme "x*y". +#. **Editeur de matrice** : + Après création de la matrice, les données sont editable et peuvent être modifiées. +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder les modifications effectués sur cet écran. Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/launcher.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/launcher.rst 2016-06-29 13:56:31 UTC (rev 300) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/launcher.rst 2016-07-27 15:30:39 UTC (rev 301) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2010 Ifremer, Code Lutin +.. * Copyright (C) 1999 - 2016 Ifremer, Code Lutin .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -231,7 +231,7 @@ Cet onglet contient l'interface de configuration des plans d'analyse à appliquer pendant la simulation. -.. image:: simulation_04_tabAnalyzePlan.png +.. image:: simulation_04_tabSimulationPlan.png #. **Liste des plans existants localement** @@ -317,16 +317,8 @@ du simulateur pour une prochaine simulation. TODO -Filtre de simulation --------------------- - -.. image:: simulation_dialog_00_filter.png - -TODO - Créer une nouvelle simulation ----------------------------- -TODO Après cette description détaillé de tout la configuration, un petit tuto pour réaliser ''en trois clics'' une simulation. Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/results.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/results.rst 2016-06-29 13:56:31 UTC (rev 300) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/results.rst 2016-07-27 15:30:39 UTC (rev 301) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2010 Ifremer, Code Lutin +.. * Copyright (C) 1999 - 2016 Ifremer, Code Lutin .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -37,10 +37,8 @@ .. image:: result_00.png -#. le menu (pour le moment uniquement l'action pour quitter la fenêtre). #. la liste déroulante des simulations présentes en local. -#. la bouton pour permettre de filter les simulations (voir TODO ). - Il s'agit de la même interface que dans le lanceur de simulation. +#. zone permattant de filter les simulations par leur nom. #. Pour ouvrir dans la zone centrale les résultats de la simulation. Il faut avant tout avoir sélectionner une simulation. #. Pour supprimer une simulation sélectionnée. Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/scripts.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/scripts.rst 2016-06-29 13:56:31 UTC (rev 300) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/usermanual/scripts.rst 2016-07-27 15:30:39 UTC (rev 301) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2010 Ifremer, Code Lutin +.. * Copyright (C) 1999 - 2016 Ifremer, Code Lutin .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -111,56 +111,7 @@ Cette action n'est disponible que lorsqu'un script est sélectionné dans l'éditeur. On la retrouve aussi dans la barre d'action. - -3. **Importer** des scripts -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - -Permet d'importer des scripts à partir d'une archive de scripts préalablement -exportée par IsisFish. - -L'application demande un fichier d'import de scripts. - -Ensuite un dialogue de confirmation apparaît - -.. image:: script_05_importConfirm.png - -#. On retrouve ici la liste des scripts trouvés dans le fichier qui sont déjà - présents localement. -#. Vous pouvez sélectionner ou deselectionner les scripts que vous voulez - écraser localement. -#. En bas à droite, on peut effectuer cette opération sur l'ensemble des scripts - de la liste. -#. Indique le chemin du fichier d'import. -#. Pour lancer l'import (seront importer tous les fichiers non présents - localement, plus ceux dont vous avez confirmé l'écrasement). -#. Pour ne pas effectuer l'import. - -4. **Exporter** des scripts -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - -Exporter des scripts qui pourront ensuite être importer dans une autre instance -d'IsisFish. Cette action n'est disponible que lorsqu'au moins un script est -sélectionné. Pour exporter tous les scripts d'un type, il suffit de -sélectionner le noeud du type de script dans l'arborescence des script. - -L'application demande un répertoire où stocker le fichier d'export. - -Ensuite un dialogue de confirmation apparaît - -#. On retrouve ici la liste des scripts à exporter, il est de sélectionner ou - déselectionner des scripts à exports grâce aux cases à cocher sur la gauche. -#. En bas à droite, on peut effectuer cette opération sur l'ensemble des scripts - de la liste. -#. le chemin du fichier d'export, par défaut le nom d'export suit le pattern - suivant : exportScript-YYYY-MM-DD-mm-ss.zip. -#. Vous pouvez changer le répertoire du ficher d'export (le nom sera appliqué - sur le nouveau répertoire choisi). -#. pour lancer l'export -#. pour ne pas effectuer l'export. - -.. image:: script_06_exportConfirm.png - -5. **Supprimer localement** un script +3. **Supprimer localement** un script ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Permet de supprimer des scripts localement, sans les supprimer sur le serveur @@ -168,12 +119,6 @@ .. danger:: A utiliser avec précaution! - -6. **Fermer** le gestionnaire -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - -Fermer le gestionnaire de scripts. - menu **Edit** ============= @@ -220,17 +165,7 @@ permet d'afficher dans la zone (5) les différences entre votre version locale d'un script et la dernière version enregistrée sur le serveur distant. -3. **mettre à jour** un serveur depuis le serveur -~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - -permet de récupérer la dernière version à partir du serveur distant. - -Pour exécuter cette action vous ne devez pas avoir modifié localement le script -(dans ce cas, il faudra d'abord revenir à la version précédente voir operation -de synchronisation au serveur). Cette opération est aussi présente dans la barre -d'actions. - -4. **supprimer** localement et sur le serveur distant +3. **supprimer** localement et sur le serveur distant ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ permet de supprimer un script localement mais aussi sur le serveur distant. @@ -265,7 +200,13 @@ vérification, même si la compilation s'est bien déroulée. -2. **Evaluer** du code +2. **Vérifier** du code sur tous les scripts +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Cette action est la même que l'option précédente, sauf qu'elle verifie la syntaxe sur tous les scripts locaux pour +détecter des erreur de compilation. + +3. **Evaluer** du code ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Permet d'évaluer un script possédant une méthode main. @@ -290,7 +231,7 @@ .. image:: script_04_new.png -après la création d'une règle **ReturnZero** +edition du script **TailleMin.java** .. image:: script_10_verifSyntax_ok.png