Author: echatellier Date: 2015-04-29 16:06:24 +0000 (Wed, 29 Apr 2015) New Revision: 238 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/238 Log: Use jrst snapshot and highlightjs to format java code Added: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements40.rst trunk/src/site/rst/v4/user/changes/migrationv3v4.rst Removed: trunk/src/site/rst/v4/user/changements40.rst trunk/src/site/rst/v4/user/migrationv3v4.rst Modified: trunk/pom.xml trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js trunk/src/site/rst/v4/index.rst trunk/src/site/site_en.xml trunk/src/site/site_fr.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) +++ trunk/pom.xml 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -138,7 +138,7 @@ <maven.jar.main.class>fr.ifremer.isisfish.IsisFish</maven.jar.main.class> <license.licenseName>gpl_v3</license.licenseName> <license.organizationName>Ifremer, Codelutin</license.organizationName> - + <jrstPluginVersion>2.2-SNAPSHOT</jrstPluginVersion> <siteDeployClassifier/> </properties> Modified: trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js =================================================================== --- trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) +++ trunk/src/site/resources/js/maven-isisfish.js 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -22,10 +22,8 @@ * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. * #L% */ -$(function () { - var metas = $('#projectMetas'); - +function piwik(piwikEnabled) { var piwikEnabled = metas.attr('piwikEnabled'); if (piwikEnabled) { //Piwik Tracking Code @@ -48,7 +46,9 @@ }); //Piwik Tracking Code } +} +function scmWebEditor(metas) { var scmwebeditorenabled = metas.attr('scmwebeditorenabled'); var scm = metas.attr('scm'); if (scmwebeditorenabled && scm.indexOf("/trunk") > -1) { @@ -94,4 +94,22 @@ var ul2 = $('#navcolumn'); ul2.append(html2); } +} + +function hlJava() { + $(document).ready(function() { + $('pre code').each(function(i, block) { + hljs.highlightBlock(block); + }); + }); +} + +$(function () { + + var metas = $('#projectMetas'); + piwik(metas); + scmWebEditor(metas); + + hlJava(); + }); Modified: trunk/src/site/rst/v4/index.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/index.rst 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) +++ trunk/src/site/rst/v4/index.rst 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -32,6 +32,7 @@ * `Manuel utilisateur`_ * `Changements version 4.0`_ * `Migration 3.x vers 4.0`_ +* `Changements version 4.4`_ * `Tutoriaux`_ * `Manuel développeur`_ * `Documentation des APIs`_ @@ -48,6 +49,7 @@ .. _Documentation des APIs: user/API.html .. _Exemples de scripts ISIS: user/scripts.html .. _Exemples de scripts R: user/scriptsR.html -.. _Changements version 4.0: user/changements40.html -.. _Migration 3.x vers 4.0: user/migrationv3v4.html +.. _Changements version 4.0: user/changes/changements40.html +.. _Migration 3.x vers 4.0: user/changes/migrationv3v4.html +.. _Changements version 4.4: user/changes/changements44.html .. _Note aux utilisateurs de CAPARMOR: user/tutorials/utilCaparmor.html Deleted: trunk/src/site/rst/v4/user/changements40.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changements40.rst 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changements40.rst 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -1,83 +0,0 @@ -.. - -.. * #%L -.. * IsisFish -.. * -.. * $Id$ -.. * $HeadURL$ -.. * %% -.. * Copyright (C) 2011 - 2014 Ifremer, CodeLutin, Chatellier Eric -.. * %% -.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify -.. * it under the terms of the GNU General Public License as -.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the -.. * License, or (at your option) any later version. -.. * -.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, -.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of -.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the -.. * GNU General Public License for more details. -.. * -.. * You should have received a copy of the GNU General Public -.. * License along with this program. If not, see -.. * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. -.. * #L% -.. - - -Changements v 4.0 -================= - -Cette page détaille les changements majeurs introduits dans la version 4.0. - -.. contents:: - -Nouvelles equations -------------------- - -De nouvelles equations font leur apparition dans les regions: - - * Ogive de maturité (sur les populations, remplace le groupe de maturite de la V3) - * Taux de reproduction (sur les population, remplace le taux de reproduction des groupes) - * Capturabilité (permet de remplir la matrice de capturabilité à partir d'une equation) - -Group screening ---------------- - -Le group screening a été ajouter pour permettre de faire evoluer un groupe -de facteur suivant les mêmes modalités. -Plus de détail sur le groupe screening sur `cette page <user/groupscreening.html>`_. - -Facteurs --------- - -La mise à facteur des parametres de regions a également et améliorée et completée. -Il est maintenant possible : - - * de mettre en facteur les règles - * de mettre en facteur les parametres de règles - * de définir une equation en facteur discret (impossible en V3) - * de mettre en facteur les populations de départ - -VCS Communauté --------------- - -A coté du VCS Officiel, apparait un nouveau dépôt de scripts le "VCS Communauté". - -Ce dépôt contiendra les scripts commité par utilisateurs et même commité par -certains utilisateurs sur ce dépôt. Les utilisateurs authentifiés pourrons -commiter les scripts qu'ils jugerons satisfaisants et les autres utilisateurs -pourrons récuperer ces scripts ce qui facilitera leur diffusion. - -Renommage des scripts ---------------------- - -Certains objects on été renommé pour apporter plus de clarté: - - * Date a été renommé en TimeStep (a cause de l'object java : java.util.Date) - * AnalysePlan a été renommé en SimulationPlan (pour distinguer des analyses de sensibilité) - * SensitivityCalculator a été renommé en SensitivityAnalysis - -Et beaucoup d'autre bugs... ---------------------------- - -De nombreux autre bugs ont été corrigés. Plus de détail sur cette page : -http://forge.codelutin.com/projects/versions/85. Copied: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements40.rst (from rev 227, trunk/src/site/rst/v4/user/changements40.rst) =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements40.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements40.rst 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -0,0 +1,83 @@ +.. - +.. * #%L +.. * IsisFish +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2011 - 2015 Ifremer, CodeLutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - + +Changements v 4.0 +================= + +Cette page détaille les changements majeurs introduits dans la version 4.0. + +.. contents:: + +Nouvelles equations +------------------- + +De nouvelles equations font leur apparition dans les regions: + + * Ogive de maturité (sur les populations, remplace le groupe de maturite de la V3) + * Taux de reproduction (sur les population, remplace le taux de reproduction des groupes) + * Capturabilité (permet de remplir la matrice de capturabilité à partir d'une equation) + +Group screening +--------------- + +Le group screening a été ajouter pour permettre de faire evoluer un groupe +de facteur suivant les mêmes modalités. +Plus de détail sur le groupe screening sur `cette page <user/groupscreening.html>`_. + +Facteurs +-------- + +La mise à facteur des parametres de regions a également et améliorée et completée. +Il est maintenant possible : + + * de mettre en facteur les règles + * de mettre en facteur les parametres de règles + * de définir une equation en facteur discret (impossible en V3) + * de mettre en facteur les populations de départ + +VCS Communauté +-------------- + +A coté du VCS Officiel, apparait un nouveau dépôt de scripts le "VCS Communauté". + +Ce dépôt contiendra les scripts commité par utilisateurs et même commité par +certains utilisateurs sur ce dépôt. Les utilisateurs authentifiés pourrons +commiter les scripts qu'ils jugerons satisfaisants et les autres utilisateurs +pourrons récuperer ces scripts ce qui facilitera leur diffusion. + +Renommage des scripts +--------------------- + +Certains objects on été renommé pour apporter plus de clarté: + + * Date a été renommé en TimeStep (a cause de l'object java : java.util.Date) + * AnalysePlan a été renommé en SimulationPlan (pour distinguer des analyses de sensibilité) + * SensitivityCalculator a été renommé en SensitivityAnalysis + +Et beaucoup d'autre bugs... +--------------------------- + +De nombreux autre bugs ont été corrigés. Plus de détail sur cette page : +http://forge.codelutin.com/projects/versions/85. Copied: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/migrationv3v4.rst (from rev 227, trunk/src/site/rst/v4/user/migrationv3v4.rst) =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/migrationv3v4.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/migrationv3v4.rst 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -0,0 +1,133 @@ +.. - +.. * #%L +.. * IsisFish +.. * +.. * $Id: index.rst 3124 2010-11-29 18:14:09Z chatellier $ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2011 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - + +Migration 3.x vers 4.0 +====================== + +Le changement de version d'IsisFish directement vers la version 4 a été +conditionné par des modifications importantes du modèle de données ne pouvant +être automatisé et nécéssitant une intervention de l'utilisateur pendant +ou après la migration. + +Changements +----------- + +Liste des changements majeurs: + +Renommage de Date en TimeStep + L'object Date interne a IsisFish faisant conflit avec un autre object Date + disponible en Java, celui ci a été renommé en TimeStep. Hormis le renommage, + il contient les mêmes informations et s'utilise de la même façon. + +Renommage de AnalyzePlan en SimulationPlan + Pour mieux distinguer les plans d'analyses des plans d'analyse de sensibilité + les Plan d'analyse ont été renommés en plan de simulation. Les SensitivityCalulator + ont été renommé en SensitivityAnalysis. + +Suppression du groupe de maturité + Le groupe de maturité (définit sur une population parmit les groupes) a été + supprimé et remplacé par une nouvelle equation "Ogive de maturité". + +Suppresion du champ taux de reproduction + Le champ taux de reproduction d'un groupe de population a été supprimé et + est devenu une equation disponible sur la population. + + +Migration de base de données +---------------------------- + +Pour migrer les regions d'une version 3 à une version 4, il faut les exporter +dans la version 3 et les réimporter dans la version 4 (les versions 3 et 4 +peuvent être lancées en même temps). + +Lors de l'import, une migration de base de données vous sera demandé. + +.. image:: ../migrationdb.png + +Si, lors de cette migration, des equations ne compile plus, l'assistant demandera +la correction du contenu de l'equation. + +Exemple avec l'utilisation de ``Date`` qui doit être modifié en ``TimeStep``: + +.. image:: ../migrationequation.png + + +Migration des scripts (compilation) +----------------------------------- + +Les scripts personnalisé présent dans le dossier ``$HOME/isis-database-3`` doivent +être déplacé dans le dossier ``$HOME/isis-fish-4/isis-community-database``. + +Après avoir relancé IsisFish, dans l'onglet script, deux dépots de scripts sont +disponibles. Les scripts tout juste copié devraient apparaitre dans le dépôts +"VCS Communauté". + +Il est ensuite possible de compiler tout les scripts pour vérifier ceux qui +ne compilerait plus dans la nouvelle version d'IsisFish. +Pour cela utiliser la fonction "Verifier tous les scripts" disponible dans le +menu "code". + +Les erreurs qui sont suceptibles de se produire sont: + +cannot find symbol symbol : class Date + Peut etre corrigé en remplacant ``Date`` par ``TimeStep`` + +cannot find symbol symbol: class AnalyzePlanIndependent + Peut être corrigé un remplacant AnalyzePlanIndependent par SimulationPlanIndependent + +cannot find symbol symbol: class AnalyzePlan + Peut être corrigé un remplacant AnalyzePlan par SimulationPlan + +warning: [deprecation] getMonth() in java.util.Date has been deprecated + Ne doit plus apparaitre après l'utilisation de TimeStep + +cannot find symbol symbol : method next() + Ne doit plus apparaitre après l'utilisation de TimeStep + +cannot find symbol symbol : method setReproductionRate(double) + Cette méthod n'existe plus car ReproductionRate est maintenant une equation + de la population + +cannot find symbol symbol : method setMaturityGroup(PopulationGroup) + Cette méthod n'existe plus car le groupe de maturité a été remplacé par + l'equation d'Ogive de maturité + +**Attention à également changer la déclaration du package "package analyzeplan;" +ou "package sensitivitycalculator;" pour les plans de simulation et d'analyse +de sensibilité car cela ne cause pas d'erreur de compilation.** + +Migration des règles (paramètres) +--------------------------------- + +Si certaines regles manipulaient auparevent les parametres "groupe de maturite" +ou "taux de reproduction", il faut maintenant prendre en compte que ces +parametres sont maintenant devenus des équations situées sur la population et +non plus sur les groupes. + +Il est toujours possible de récupérer la valeur pour un groupe : +group.getMaturityOgive(); + +Par contre pour modifier une valeur, il faut utiliser la population : +pop.setMaturityOgiveEquation(equation); Deleted: trunk/src/site/rst/v4/user/migrationv3v4.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/migrationv3v4.rst 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/migrationv3v4.rst 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -1,133 +0,0 @@ -.. - -.. * #%L -.. * IsisFish -.. * -.. * $Id: index.rst 3124 2010-11-29 18:14:09Z chatellier $ -.. * $HeadURL$ -.. * %% -.. * Copyright (C) 2011 - 2014 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric -.. * %% -.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify -.. * it under the terms of the GNU General Public License as -.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the -.. * License, or (at your option) any later version. -.. * -.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, -.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of -.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the -.. * GNU General Public License for more details. -.. * -.. * You should have received a copy of the GNU General Public -.. * License along with this program. If not, see -.. * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. -.. * #L% -.. - - -Migration 3.x vers 4.0 -====================== - -Le changement de version d'IsisFish directement vers la version 4 a été -conditionné par des modifications importantes du modèle de données ne pouvant -être automatisé et nécéssitant une intervention de l'utilisateur pendant -ou après la migration. - -Changements ------------ - -Liste des changements majeurs: - -Renommage de Date en TimeStep - L'object Date interne a IsisFish faisant conflit avec un autre object Date - disponible en Java, celui ci a été renommé en TimeStep. Hormis le renommage, - il contient les mêmes informations et s'utilise de la même façon. - -Renommage de AnalyzePlan en SimulationPlan - Pour mieux distinguer les plans d'analyses des plans d'analyse de sensibilité - les Plan d'analyse ont été renommés en plan de simulation. Les SensitivityCalulator - ont été renommé en SensitivityAnalysis. - -Suppression du groupe de maturité - Le groupe de maturité (définit sur une population parmit les groupes) a été - supprimé et remplacé par une nouvelle equation "Ogive de maturité". - -Suppresion du champ taux de reproduction - Le champ taux de reproduction d'un groupe de population a été supprimé et - est devenu une equation disponible sur la population. - - -Migration de base de données ----------------------------- - -Pour migrer les regions d'une version 3 à une version 4, il faut les exporter -dans la version 3 et les réimporter dans la version 4 (les versions 3 et 4 -peuvent être lancées en même temps). - -Lors de l'import, une migration de base de données vous sera demandé. - -.. image:: ../migrationdb.png - -Si, lors de cette migration, des equations ne compile plus, l'assistant demandera -la correction du contenu de l'equation. - -Exemple avec l'utilisation de ``Date`` qui doit être modifié en ``TimeStep``: - -.. image:: ../migrationequation.png - - -Migration des scripts (compilation) ------------------------------------ - -Les scripts personnalisé présent dans le dossier ``$HOME/isis-database-3`` doivent -être déplacé dans le dossier ``$HOME/isis-fish-4/isis-community-database``. - -Après avoir relancé IsisFish, dans l'onglet script, deux dépots de scripts sont -disponibles. Les scripts tout juste copié devraient apparaitre dans le dépôts -"VCS Communauté". - -Il est ensuite possible de compiler tout les scripts pour vérifier ceux qui -ne compilerait plus dans la nouvelle version d'IsisFish. -Pour cela utiliser la fonction "Verifier tous les scripts" disponible dans le -menu "code". - -Les erreurs qui sont suceptibles de se produire sont: - -cannot find symbol symbol : class Date - Peut etre corrigé en remplacant ``Date`` par ``TimeStep`` - -cannot find symbol symbol: class AnalyzePlanIndependent - Peut être corrigé un remplacant AnalyzePlanIndependent par SimulationPlanIndependent - -cannot find symbol symbol: class AnalyzePlan - Peut être corrigé un remplacant AnalyzePlan par SimulationPlan - -warning: [deprecation] getMonth() in java.util.Date has been deprecated - Ne doit plus apparaitre après l'utilisation de TimeStep - -cannot find symbol symbol : method next() - Ne doit plus apparaitre après l'utilisation de TimeStep - -cannot find symbol symbol : method setReproductionRate(double) - Cette méthod n'existe plus car ReproductionRate est maintenant une equation - de la population - -cannot find symbol symbol : method setMaturityGroup(PopulationGroup) - Cette méthod n'existe plus car le groupe de maturité a été remplacé par - l'equation d'Ogive de maturité - -**Attention à également changer la déclaration du package "package analyzeplan;" -ou "package sensitivitycalculator;" pour les plans de simulation et d'analyse -de sensibilité car cela ne cause pas d'erreur de compilation.** - -Migration des règles (paramètres) ---------------------------------- - -Si certaines regles manipulaient auparevent les parametres "groupe de maturite" -ou "taux de reproduction", il faut maintenant prendre en compte que ces -parametres sont maintenant devenus des équations situées sur la population et -non plus sur les groupes. - -Il est toujours possible de récupérer la valeur pour un groupe : -group.getMaturityOgive(); - -Par contre pour modifier une valeur, il faut utiliser la population : -pop.setMaturityOgiveEquation(equation); Modified: trunk/src/site/site_en.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_en.xml 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) +++ trunk/src/site/site_en.xml 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -68,7 +68,9 @@ </menu> <footer> - <script type="text/javascript" src="http://code.jquery.com/jquery-1.11.2.min.js"></script> + <script type="text/javascript" src="http://code.jquery.com/jquery-1.11.3.min.js"></script> + <link rel="stylesheet" href="http://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlight.js/8.5/styles/default.min.cs..." /> + <script src="http://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlight.js/8.5/highlight.min.js"></script> <script type="text/javascript" src="/js/maven-isisfish.js"></script> <div id='projectMetas' projectversion='${project.version}' Modified: trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_fr.xml 2015-04-28 14:07:49 UTC (rev 237) +++ trunk/src/site/site_fr.xml 2015-04-29 16:06:24 UTC (rev 238) @@ -117,7 +117,9 @@ </menu> <footer> - <script type="text/javascript" src="http://code.jquery.com/jquery-1.11.2.min.js"></script> + <script type="text/javascript" src="http://code.jquery.com/jquery-1.11.3.min.js"></script> + <link rel="stylesheet" href="http://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlight.js/8.5/styles/default.min.cs..." /> + <script src="http://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlight.js/8.5/highlight.min.js"></script> <script type="text/javascript" src="/js/maven-isisfish.js"></script> <div id='projectMetas' projectversion='${project.version}'