Le 23 juin 2011 14:29, Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr> a écrit :

Bonjour Camille

il me semble qu'il faudrait que tu fasses tu approfondisses la methode du simplex avant de vouloir la programmer. Il y a pas mal (doux euphémisme) de bouquins sur le sujet et il suffit de taper algorithme du simplexe dans google pour avoir des pdf compréhensibles sur le sujet.

Pour résumer il s'agit d'un algorithme d'optimisation d'un critere (ici la somme des différences au carré entre les captures simulées et celles observées) sur un parametre à plusieurs dimensions (ici la capturabilité à deux dimensions : capturabilité des juvéniles et capturabilité des matures).
Donc tu choisis des valeurs initiales pour chacune des dimensions de ton parametres et le code calcule ton critere pour chaque valeur initiale. Tu identifies la valeur initiale qui minimise le critere. Il y a plein d'autres valeurs possibles pour chacune des dimension. tu vas donc en essayer d'autres. l'algorithme du simplex te les choisit automatiquement en s'inspirant des valeurs initiales testées et des valeurs de critères obtenus....

DONC LES VALEURS INITIALES SONT des valeurs possibles des capturabilités que tu cherches
M1 = (valeur1 de capturabilité juvéniles,valeur1 de capturabilité matures)
ect ....
stephanie

camille de la Vega a écrit :

Re bonjour !

J'ai une question à propos de la méthode utilisée dans le script du simplex. La définition des trois paramètres lignes 55 à 60 :
" //initial points of the simplex
public Population param_Population = null;
public String param_M1 = "2.42e-5;2.11e-6";// devient un parametre du plan d analyse
public String param_M2 = "2.34e-5;2.59e-6";// devient un parametre du plan d analyse
public String param_M3 = "2.59e-5;2.41e-6";// devient un parametre du plan d analyse
//public String param_pas = "1e-5";// devient un parametre du plan d analyse
"
qu'est ce que ces points initiaux représentent exactement ? Qu'est ce qui est demandé comme valeurs pour ces paramètres ?
Merci,
Camille

Le 21 juin 2011 17:45, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr <mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>> a écrit :

Camille,
voici le script dont tu as besoin (normalement ;-).
Tu vas voir je n'ai pas changé grand chose. Essaie de comprendre
la difference, sinon demande moi.
voici le lien vers l'API des matrices :
http://maven-site.nuiton.org/nuiton-matrix/nuiton-matrix/apidocs/
regarde matrixFactory methode create()
autre chose: tu ne calibres que sur les captures de certaines
strategies (2,3,4,5) (ligne 297), est ce bien ce que tu veux faire ?
sinon je t ai mis le bon code en commentaire.

A+

camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com

<mailto:cam.delavega@gmail.com>> a écrit :

Je vais essayer d'être plus claire.

Dans ISIS, j'ai tous les paramètres qui servent à calculer
l'effort de
pêche. Je ne peux en modifier aucun exepter la capturabilité.

Les effectifs initiaux utilisés sont ceux de 2001 à 2003 moyennés.

Je veux que ISIS FISH simule des captures (sur 1 an) qui
soient égale aux
captures observées par le CIEM entre 2001 et 2003.
Donc, je donne au simplex le fichier avec les captures moyennes
observées sur ces 3 années par classe de taille.
Et je voudrais que le simplex ajuste les capturabilités
jusqu'à ce que
l'effort de pêche soit tel qu' ISIS FISH simule les bonnes
valeurs de
captures c'est à dire les mêmes valeures que les captures
observées entre
2001 et 2003 en moyenne.

Mais en fait je n'ai pas besoin de 55 valeurs de capturabilité
différente.
Je voudrais avoir 2 valeurs de capturabiltié : une pour les
tailles en
dessous de 42cm et une pour les tailles au dessus de 42 cm (ce qui
représenterait une valeur de capturabilité pour les matures et
une pour les
immatures). Comme on a des classes de taille de 2cm, group.Id
serait 21. Je
pensais que c'est ce que faisaient les lignes 367 à 372.

Donc en fait, j'ai une matrice d'une ligne et de 55 colonnes.
Avec la ligne
qui correspond à une année.
Alors que ISIS va me sortir 12 lignes avec 55 colonnes. Avec
chaque ligne
qui correspond à un mois.

C'est ça le problème ? C'est pour ça que les coordonnées ne
sont pas bon
après la première simulation ?
Du coup il faut faire quoi ? Parce que je n'ai pas les valeurs
de captures
observées par mois... Si je mets [12,55] alors qu'il n'y a
qu'une ligne dans
le fichier excel ça va pas marcher...

Le 21 juin 2011 15:26, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr

<mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>> a écrit :

Alors, mes 55 groupes c'est mes groupe de longueur. J'ai
des captures

observées par classes de taille sur 3 années (2001 à
2003) et je veux que
le
simplex ajuste les capturabilités par classe de taille
pour retrouver les
mêmes captures quand je simule sur 1 an.

pas sur de comprendre ...

Peut être que dans le fichier csv il faut que je mette
les trois années
sans
les moyennées directement? Ca me ferai une matrice 3,55.

Tout est possible, y'a que toi qui sait ce que tu
veux/dois faire !
quand tu sais, on modifiera le code en consequence.

Le 21 juin 2011 15:05, <Sigrid.Lehuta@ifremer.fr

<mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.fr>> a écrit :

Salut Camille,

cf les mails récents de Bastien.
J imagine que ta matrice de captures observées
(ton fichier csv) n'a qu
une
dimension (captures / groupes?, tu as 55
groupes!!!). Néanmoins ton code
java crée une matrice a 2 dimensions [1,55].
(lignes 105-106)
Ensuite j imagine que tu as somme ta matrice de
debarquements simules
comme
il faut et qu'elle n a qu une dimension. du coup
quand tu boucles sur les
deux a la fois les coordonnées de l une ne sont
pas compatibles avec
celle
de l autre.

il faut que tu modifies dans l init la dimension
de ta matrice de
debarquements observés quand tu la crees.

remarque : j espere que c est pas 55 groupes mais
55 pas de temps car
sinon
tu ne sommes pas ta matrice de débarquements
observés correctement...

Le mieux ca serait que tu expliques exactement, qu
est ce que sur quoi tu
calibres et sur quoi tu calibres, qu on verifie
tout ca.

camille de la Vega <cam.delavega@gmail.com

<mailto:cam.delavega@gmail.com>> a écrit :

Merci pour votre réponse.

Donc je dois avoir [1,55] et [0,0]. Mais je
ne vois pas dans le
script ou
est demandé la coordonnées [0]. Je ne sais pas
ou je dois rectifier le
code.

Le 21 juin 2011 11:22, Eric Chatellier
<chatellier@codelutin.com
<mailto:chatellier@codelutin.com>> a

écrit
:

Le 21/06/2011 10:13, camille de la Vega a écrit :

> Bonjour,
>
> La simulation avec le plan de simulation
"simplex" s'arrète à
simulation_0.
> D'après le debug, il manque quelque
chose dans la matrice des
captures
> observées mais je ne sais pas ce que
c'est ( le [0] dan la matrice
1,55
).
L'erreur veut dire que l'élément que vous
demandez
que la matrice n'est pas demandé avec le
bon nombre de dimension.

matriceDemarquement fait [1, 55]
alors que la coordonnées est [0]

elle devrait ressembler a [0, 0]
ou matrice dimension devrait n'avoir
qu'une seule dimension.

--
Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com

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