Bonjour, J'essaie d'utiliser un script d'optimization (voir à ce lien : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=adf4ad9d-2b2e-95dc-27a1-72d5ac29550e ). C'est un algorithme génétique, avec des générations de 20 simulations. Sur mon PC, 3 simulations ISIS + le processus gérant ces simulations peuvent tourner en parallèle. Le problème, c'est que je n'arrive pas à faire tourner une génération jusqu'à la fin à cause d'un conflit d'accès à la base de données : Database may be already in use: "Locked by another process: C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_SmallAvailability_Oldtarget1Year_TestGA5Gen_2017-08-15-16-20_19/data/data.lock.db". Possible solutions: close all other connection(s); use the server mode [90020-194] Lorsque ça arrive, la simulation et le processus java associé ne se terminent jamais. Ce n'est pas la première fois que j'ai eu cette erreur, et j'ai déjà limité au maximum l'usage de TopiaContext et les accès à la base de données (ce qui explique aussi pourquoi mon script est si peu générique à certains endroits). J'ai réduit les accès à la base de données au minimum (il y en a uniquement dans la fonction changeDB() ), et je ne vois pas quoi faire d'autres pour éviter d'accéder à la base de données alors qu'elle est déjà utilisée. Qu'est-ce que je peux envisager d'autre? Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier@ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)
Bonjour, je viens de changer d'ordi et en re-téléchargeant ISIS sur ce PC je rencontre des difficultés: Il semblerait qu'ISIS ne puisse pas charger les packages java associés. En PJ les messages d'erreurs que je reçois lors de l'installation. PS: j'utilise la version java: "1.8.0_121"
On Wed, 16 Aug 2017 11:14:41 +0200 pissac <Pierre.Issac@ifremer.fr> wrote:
Bonjour, je viens de changer d'ordi et en re-téléchargeant ISIS sur ce PC je rencontre des difficultés:
Il semblerait qu'ISIS ne puisse pas charger les packages java associés.
En PJ les messages d'erreurs que je reçois lors de l'installation.
PS: j'utilise la version java: "1.8.0_121"
L'erreur n'est pas très clair, mais il semble que tu n'as pas de répertoire de données pour Isis. As-tu un répertoire isis-fish-4 à la racine de ton $HOME, as-tu bien dedans: isis-build isis-community-database isis-database isis-monitoring -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin@codelutin.com http://www.codelutin.com
En effet il y avait de ça et un peu d'un problème rencontré par Steph avec un espace dans le nom du repertoire de dezippage : on a supprimé le isis-fish-4 et renommé le répertoire et au nouveau lancement ça fonctionne. Merci Le 16 août 2017 à 16:36, Benjamin POUSSIN <poussin@codelutin.com> a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 11:14:41 +0200 pissac <Pierre.Issac@ifremer.fr> wrote:
Bonjour, je viens de changer d'ordi et en re-téléchargeant ISIS sur ce PC je rencontre des difficultés:
Il semblerait qu'ISIS ne puisse pas charger les packages java associés.
En PJ les messages d'erreurs que je reçois lors de l'installation.
PS: j'utilise la version java: "1.8.0_121"
L'erreur n'est pas très clair, mais il semble que tu n'as pas de répertoire de données pour Isis. As-tu un répertoire isis-fish-4 à la racine de ton $HOME, as-tu bien dedans: isis-build isis-community-database isis-database isis-monitoring
-- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin@codelutin.com http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Re-bonjour, On a modifié l'algorithme depuis, en ré-utilisant ce que Benjamin nous a indiqué dans le message de 08/06 (utiliser un pré-script). Sur des générations de 5 ou 3 simulations cette fois-ci, le problème se produit sur la dernière simulation, avec toujours la base de données verrouillée. Si je supprime les simulations à problème dans l'interface, que je tue les processus Java associés, et que je relance des optimizations, il y a + de simulations qui s'arrêtent pour ce problème de base de données. Pourtant, la base de données n'est plus appelée désormais...On sèche sur le problème. Le nouvel algo est en PJ (pour région, simu, debug, voir message précédent, la simu peut tourner sans les règles de gestion). Audric Le 16/08/2017 10:03, Audric Vigier a écrit :
Bonjour,
J'essaie d'utiliser un script d'optimization (voir à ce lien : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=adf4ad9d-2b2e-95dc-27a1-72d5ac29550e ). C'est un algorithme génétique, avec des générations de 20 simulations. Sur mon PC, 3 simulations ISIS + le processus gérant ces simulations peuvent tourner en parallèle. Le problème, c'est que je n'arrive pas à faire tourner une génération jusqu'à la fin à cause d'un conflit d'accès à la base de données :
Database may be already in use: "Locked by another process: C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_SmallAvailability_Oldtarget1Year_TestGA5Gen_2017-08-15-16-20_19/data/data.lock.db". Possible solutions: close all other connection(s); use the server mode [90020-194]
Lorsque ça arrive, la simulation et le processus java associé ne se terminent jamais. Ce n'est pas la première fois que j'ai eu cette erreur, et j'ai déjà limité au maximum l'usage de TopiaContext et les accès à la base de données (ce qui explique aussi pourquoi mon script est si peu générique à certains endroits). J'ai réduit les accès à la base de données au minimum (il y en a uniquement dans la fonction changeDB() ), et je ne vois pas quoi faire d'autres pour éviter d'accéder à la base de données alors qu'elle est déjà utilisée. Qu'est-ce que je peux envisager d'autre?
Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest)
E-mail :audric.vigier@ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)
_______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
-- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier@ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)
On Wed, 16 Aug 2017 10:03:20 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Database may be already in use: "Locked by another process: C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_SmallAvailability_Oldtarget1Year_TestGA5Gen_2017-08-15-16-20_19/data/data.lock.db". Possible solutions: close all other connection(s); use the server mode [90020-194]
Cette erreur est étrange, car la base de données est une base créé exclusivement pour la simulation, donc à part elle pas grand monde ne doit y accèder. Tu n'aurais pas plutôt ouvert l'accès à la base et pas fermé ? Exemple tu modifies la base avant le lancement de la simulation, mais tu ne la ferme pas, et donc quand un nouveau thread (CPU) est utilisé pour la simulation et qu'il essaie d'y accéder la base est encore ouverte pour l'autre CPU (peut-être dans un script d'optimisation). -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin@codelutin.com http://www.codelutin.com
On Wed, 16 Aug 2017 10:03:20 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Database may be already in use: "Locked by another process: C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_SmallAvailability_Oldtarget1Year_TestGA5Gen_2017-08-15-16-20_19/data/data.lock.db". Possible solutions: close all other connection(s); use the server mode [90020-194] Cette erreur est étrange, car la base de données est une base créé exclusivement pour la simulation, donc à part elle pas grand monde ne doit y accèder. Tu n'aurais pas plutôt ouvert l'accès à la base et pas fermé ?
Exemple tu modifies la base avant le lancement de la simulation, mais tu ne la ferme pas, et donc quand un nouveau thread (CPU) est utilisé pour la simulation et qu'il essaie d'y accéder la base est encore ouverte pour l'autre CPU (peut-être dans un script d'optimisation). Dans le script d'optim je n'ouvre plus la base, je ne travaille qu'avec les SimulationStorage et SimulationParameter pour changer les valeurs de
Le 16/08/2017 16:33, Benjamin POUSSIN a écrit : paramètres, qui sont fermés dès que possible, avant le lancement de la simu (l272, closeStorage()). Le pré-script ne contient que des context.setComputeValue . Les règles de gestion non plus n'utilisent pas la base. Ce qui est étrange, c'est que le même code est utilisé pour toutes les simulations, mais systématiquement la base de la dernière simu est verrouillée.
-- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier@ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)
On Wed, 16 Aug 2017 16:41:24 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Le 16/08/2017 16:33, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 10:03:20 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Database may be already in use: "Locked by another process: C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_SmallAvailability_Oldtarget1Year_TestGA5Gen_2017-08-15-16-20_19/data/data.lock.db". Possible solutions: close all other connection(s); use the server mode [90020-194]
Tu n'as que ça comme message d'erreur ??? Tu n'as pas une jolie trace avec des noms de fichier java et des numéro de ligne qui nous permettrait de savoir qui essaie d'accéder à la base et qui n'y arrive pas ? ...
Dans le script d'optim je n'ouvre plus la base, je ne travaille qu'avec les SimulationStorage et SimulationParameter pour changer les valeurs de paramètres, qui sont fermés dès que possible, avant le lancement de la simu (l272, closeStorage()).
A priori, vu que tu n'accèdes pas aux données le closeStorage ne sert à rien. -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin@codelutin.com http://www.codelutin.com
Le 16/08/2017 17:02, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 16:41:24 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Le 16/08/2017 16:33, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 10:03:20 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Database may be already in use: "Locked by another process: C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_SmallAvailability_Oldtarget1Year_TestGA5Gen_2017-08-15-16-20_19/data/data.lock.db". Possible solutions: close all other connection(s); use the server mode [90020-194]
Tu n'as que ça comme message d'erreur ??? Tu n'as pas une jolie trace avec des noms de fichier java et des numéro de ligne qui nous permettrait de savoir qui essaie d'accéder à la base et qui n'y arrive pas ?
... Si bien sûr, j'ai le debug, envoyé dans un mail précédent. J'ai encore reproduit l'erreur, donc voilà son debug (ici c'est pour un algo avec des générations de 3 simulations). Toujours des problèmes de lock qui empêchent à certaines simulations de tourner.
Dans le script d'optim je n'ouvre plus la base, je ne travaille qu'avec les SimulationStorage et SimulationParameter pour changer les valeurs de paramètres, qui sont fermés dès que possible, avant le lancement de la simu (l272, closeStorage()). A priori, vu que tu n'accèdes pas aux données le closeStorage ne sert à rien.
-- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier@ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)
Hello, on rencontre le meme probleme avec Pierre sur une autre base et un autre script en 4.4.1.0 snapshot MAIS PAS en 4.4.0.2. (Audric est en 4.4.1. rc1) je pense que le probleme est apparu avec la nouvelle version car j ai fait toutes mes calib avec des scripts tres similaire en 4.4.0 sans rencontrer le pb. Vois tu d ou ca peut venir ? Si oui serait il possible d avoir une 4.4.1 corrigée en urgence ? en effet la 4.4.1 permet la lecture des matrices avec semantics et pas la 4.4.0 et tous les scripts des garcons utilisent cette nouvelle methode d import revolutionnaire et merveilleuse. MERCI ! Le 16 août 2017 à 17:45, Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> a écrit :
Le 16/08/2017 17:02, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 16:41:24 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Le 16/08/2017 16:33, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 10:03:20 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Database may be already in use: "Locked by another process: C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_s imuGdGCalib2010NoAlgoCorr_SmallAvailability_Oldtarget1Year_ TestGA5Gen_2017-08-15-16-20_19/data/data.lock.db". Possible solutions: close all other connection(s); use the server mode [90020-194]
Tu n'as que ça comme message d'erreur ???
Tu n'as pas une jolie trace avec des noms de fichier java et des numéro de ligne qui nous permettrait de savoir qui essaie d'accéder à la base et qui n'y arrive pas ?
...
Si bien sûr, j'ai le debug, envoyé dans un mail précédent. J'ai encore reproduit l'erreur, donc voilà son debug (ici c'est pour un algo avec des générations de 3 simulations). Toujours des problèmes de lock qui empêchent à certaines simulations de tourner.
Dans le script d'optim je n'ouvre plus la base, je ne travaille qu'avec
les SimulationStorage et SimulationParameter pour changer les valeurs de paramètres, qui sont fermés dès que possible, avant le lancement de la simu (l272, closeStorage()).
A priori, vu que tu n'accèdes pas aux données le closeStorage ne sert à rien.
-- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest)
E-mail : audric.vigier@ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)
_______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
On Wed, 16 Aug 2017 17:45:38 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Le 16/08/2017 17:02, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 16:41:24 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Le 16/08/2017 16:33, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 10:03:20 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Database may be already in use: "Locked by another process: C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_SmallAvailability_Oldtarget1Year_TestGA5Gen_2017-08-15-16-20_19/data/data.lock.db". Possible solutions: close all other connection(s); use the server mode [90020-194]
Tu n'as que ça comme message d'erreur ??? Tu n'as pas une jolie trace avec des noms de fichier java et des numéro de ligne qui nous permettrait de savoir qui essaie d'accéder à la base et qui n'y arrive pas ?
... Si bien sûr, j'ai le debug
Dans le debug, le probleme vient juste après qu'il ait dezipper la région pour la simulation :(. Donc c'est impossible qu'un autre process accède aussi la base. Je soupçonne qu'on zip avec un fichier de lock, mais dans ce cas je ne comprends pas pourquoi ce ne sont pas toutes les simulations qui échoue. Essaies de lancer isis, et ne fait rien d'autre que de lancer la simulation. C'est peut-etre des actions dans l'interface de saisie ou autre qui ferme mal la base. Je suis en train de chercher -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin@codelutin.com http://www.codelutin.com
On Wed, 16 Aug 2017 17:45:38 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Le 16/08/2017 17:02, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 16:41:24 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Le 16/08/2017 16:33, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 10:03:20 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Database may be already in use: "Locked by another process: C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_SmallAvailability_Oldtarget1Year_TestGA5Gen_2017-08-15-16-20_19/data/data.lock.db". Possible solutions: close all other connection(s); use the server mode [90020-194]
Tu n'as que ça comme message d'erreur ??? Tu n'as pas une jolie trace avec des noms de fichier java et des numéro de ligne qui nous permettrait de savoir qui essaie d'accéder à la base et qui n'y arrive pas ?
... Si bien sûr, j'ai le debug Dans le debug, le probleme vient juste après qu'il ait dezipper la région pour la simulation :(. Donc c'est impossible qu'un autre process accède aussi la base.
Je soupçonne qu'on zip avec un fichier de lock, mais dans ce cas je ne comprends pas pourquoi ce ne sont pas toutes les simulations qui échoue.
Essaies de lancer isis, et ne fait rien d'autre que de lancer la simulation. C'est peut-etre des actions dans l'interface de saisie ou autre qui ferme mal la base.
Je suis en train de chercher "Et pourtant, elle tourne...". Si je lance la simu qui a planté sans le
Le 17/08/2017 09:57, Benjamin POUSSIN a écrit : script d'optim, pas de souci. Egalement : si je lance l'algo avec des générations de 5 simulations, systématiquement la 5ème plante, mais pas toujours la 3ème. Si je réduit à des générations de 3 simulations, ces 3 simus étant identiques aux 3 premières simulations des générations de 5 simus, la 3ème va planter systématiquement... -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier@ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)
Hello, apres verif ce matin, je confirme, mes calib tournent en V4.4.0 mais pas en 4.4.1. Test de ce matin avec la rc1 : sur 10 simus de la 1ere generation 3 n ont pas tourné (1,2,9). debug en pj. La seconde generation se lance en 4.4.0. Le 17 août 2017 à 10:02, Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> a écrit :
Le 17/08/2017 09:57, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 17:45:38 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Le 16/08/2017 17:02, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 16:41:24 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Le 16/08/2017 16:33, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 10:03:20 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
> Database may be already in use: "Locked by another process: > C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_s > imuGdGCalib2010NoAlgoCorr_SmallAvailability_Oldtarget1Year_ > TestGA5Gen_2017-08-15-16-20_19/data/data.lock.db". > Possible solutions: close all other connection(s); use the server > mode > [90020-194] > Tu n'as que ça comme message d'erreur ??? Tu n'as pas une jolie trace avec des noms de fichier java et des numéro de ligne qui nous permettrait de savoir qui essaie d'accéder à la base et qui n'y arrive pas ?
...
Si bien sûr, j'ai le debug
Dans le debug, le probleme vient juste après qu'il ait dezipper la région pour la simulation :(. Donc c'est impossible qu'un autre process accède aussi la base.
Je soupçonne qu'on zip avec un fichier de lock, mais dans ce cas je ne comprends pas pourquoi ce ne sont pas toutes les simulations qui échoue.
Essaies de lancer isis, et ne fait rien d'autre que de lancer la simulation. C'est peut-etre des actions dans l'interface de saisie ou autre qui ferme mal la base.
Je suis en train de chercher
"Et pourtant, elle tourne...". Si je lance la simu qui a planté sans le script d'optim, pas de souci. Egalement : si je lance l'algo avec des générations de 5 simulations, systématiquement la 5ème plante, mais pas toujours la 3ème. Si je réduit à des générations de 3 simulations, ces 3 simus étant identiques aux 3 premières simulations des générations de 5 simus, la 3ème va planter systématiquement...
-- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest)
E-mail : audric.vigier@ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)
_______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
On Thu, 17 Aug 2017 10:25:19 +0200 Sigrid Lehuta <sigridlehuta@gmail.com> wrote:
Hello, apres verif ce matin, je confirme, mes calib tournent en V4.4.0 mais pas en 4.4.1. Test de ce matin avec la rc1 : sur 10 simus de la 1ere generation 3 n ont pas tourné (1,2,9). debug en pj. La seconde generation se lance en 4.4.0.
Donc vu que c'est la même région et le même script, ce n'est pas la nouvelle fonctionnalité de chargement de matrice qui n'existait pas avant. Si tu ne fermes pas isis, tu devrais retrouver dans le répertoire tmp des fichiers: isis-*.zip (ils sont effacé lors de la fermeture d'isis) Tu pourrais m'envoyer ceux qui te paraissent pertinent (les simu qui ont planté) et un zip d'une simu qui n'a pas planter. -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin@codelutin.com http://www.codelutin.com
On Thu, 17 Aug 2017 10:59:34 +0200 Benjamin POUSSIN <poussin@codelutin.com> wrote:
On Thu, 17 Aug 2017 10:25:19 +0200 Sigrid Lehuta <sigridlehuta@gmail.com> wrote:
Hello, apres verif ce matin, je confirme, mes calib tournent en V4.4.0 mais pas en 4.4.1. Test de ce matin avec la rc1 : sur 10 simus de la 1ere generation 3 n ont pas tourné (1,2,9). debug en pj. La seconde generation se lance en 4.4.0.
Donc vu que c'est la même région et le même script, ce n'est pas la nouvelle fonctionnalité de chargement de matrice qui n'existait pas avant.
Si tu ne fermes pas isis, tu devrais retrouver dans le répertoire tmp des fichiers: isis-*.zip (ils sont effacé lors de la fermeture d'isis)
Tu pourrais m'envoyer ceux qui te paraissent pertinent (les simu qui ont planté) et un zip d'une simu qui n'a pas planter.
En fait, non pas besoin, ça peut pas venir de là non plus :( En fait si isis faisait bien ce qu'il y a dans le code tout devrait bien se passer :D Le problème avec les optimisations est qu'on créer la simulation pour pouvoir la modifier via le script d'optim. Ensuite on zip ce répertoire (sans la base de données, mais avec un export de celle-ci). Et on ferme bien la simulation. Ensuite soit la simulation (le zip) est envoyer sur une autre machine pour ce faire (ex: caparmor) et il n'y a pas de soucis, soit la simulation est faite sur la même machine et du coup on dézippe sur ce qui existait déjà, ce n'est pas un problème vu qu'on avait bien fait attention de fermé la simulation après avoir fait le zip. Mais non, y'a un truc qui cloche :(. Mais je ne vois pas quoi, à part peut-être une histoire de timeout sur le lock qui met un peu trop de temps à se retirer :(. Je viens de vous envoyer (Sigrid, Audric) une version d'isis en privé pour que vous testiez. Le principe est que si on essaie de faire une simulation et que la base est déjà utilisé par une autre processus alors les processus se partagent la base. Vu que normalement il ne devrait y avoir qu'un processus sur cette base ça ne devrait pas poser de problème. J'attends vos retours. ps: l'autre solution, si celle-ci ne fonctionne pas est d'utiliser un autre nom de simulation pour la préparation, mais il y a possiblement plus d'impact à tester dans le code. -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin@codelutin.com http://www.codelutin.com
On Thu, 17 Aug 2017 12:43:06 +0200 Benjamin POUSSIN <poussin@codelutin.com> wrote:
Je viens de vous envoyer (Sigrid, Audric) une version d'isis en privé pour que vous testiez.
Voici le lien pour le télécharger https://upload.codelutin.com/file.php?h=R3c5cf3305075a53fb639e8e915b610bf Il faut le mettre à la place de votre fichier actuelle dans l'installation d'isis (renommer celui qui y est déjà et mettre celui la avec le nom qu'avait l'autre fichier) lancer isis, lancer une optimisation, et regarder le résultat (me prévenir sur la liste user dans la suite du thread) -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin@codelutin.com http://www.codelutin.com
Le 17/08/2017 13:40, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Thu, 17 Aug 2017 12:43:06 +0200 Benjamin POUSSIN <poussin@codelutin.com> wrote:
Je viens de vous envoyer (Sigrid, Audric) une version d'isis en privé pour que vous testiez. Voici le lien pour le télécharger https://upload.codelutin.com/file.php?h=R3c5cf3305075a53fb639e8e915b610bf
Il faut le mettre à la place de votre fichier actuelle dans l'installation d'isis (renommer celui qui y est déjà et mettre celui la avec le nom qu'avait l'autre fichier)
lancer isis, lancer une optimisation, et regarder le résultat (me prévenir sur la liste user dans la suite du thread) J'ai toujours les mêmes symptômes. Sur 3 simulations, les 2 dernières ne se lancent pas. Dans le debug, l'erreur ne concerne plus des locks mais des ACTIVERULE (en PJ).
-- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier@ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)
il semble que mon message a été bloqué. je re transfert sans la pj. ---------- Message transféré ---------- De : Sigrid Lehuta <sigridlehuta@gmail.com> Date : 17 août 2017 à 10:25 Objet : Re: [Isis-fish-users] Simulations en parallèle À : isis-fish-users@list.isis-fish.org Hello, apres verif ce matin, je confirme, mes calib tournent en V4.4.0 mais pas en 4.4.1. Test de ce matin avec la rc1 : sur 10 simus de la 1ere generation 3 n ont pas tourné (1,2,9). debug en pj. La seconde generation se lance en 4.4.0. Le 17 août 2017 à 10:02, Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> a écrit :
Le 17/08/2017 09:57, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 17:45:38 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Le 16/08/2017 17:02, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 16:41:24 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
Le 16/08/2017 16:33, Benjamin POUSSIN a écrit :
On Wed, 16 Aug 2017 10:03:20 +0200 Audric Vigier <Audric.Vigier@ifremer.fr> wrote:
> Database may be already in use: "Locked by another process: > C:/Users/avigier/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_s > imuGdGCalib2010NoAlgoCorr_SmallAvailability_Oldtarget1Year_T > estGA5Gen_2017-08-15-16-20_19/data/data.lock.db". > Possible solutions: close all other connection(s); use the server > mode > [90020-194] > Tu n'as que ça comme message d'erreur ??? Tu n'as pas une jolie trace avec des noms de fichier java et des numéro de ligne qui nous permettrait de savoir qui essaie d'accéder à la base et qui n'y arrive pas ?
...
Si bien sûr, j'ai le debug
Dans le debug, le probleme vient juste après qu'il ait dezipper la région pour la simulation :(. Donc c'est impossible qu'un autre process accède aussi la base.
Je soupçonne qu'on zip avec un fichier de lock, mais dans ce cas je ne comprends pas pourquoi ce ne sont pas toutes les simulations qui échoue.
Essaies de lancer isis, et ne fait rien d'autre que de lancer la simulation. C'est peut-etre des actions dans l'interface de saisie ou autre qui ferme mal la base.
Je suis en train de chercher
"Et pourtant, elle tourne...". Si je lance la simu qui a planté sans le script d'optim, pas de souci. Egalement : si je lance l'algo avec des générations de 5 simulations, systématiquement la 5ème plante, mais pas toujours la 3ème. Si je réduit à des générations de 3 simulations, ces 3 simus étant identiques aux 3 premières simulations des générations de 5 simus, la 3ème va planter systématiquement...
-- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest)
E-mail : audric.vigier@ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)
_______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
participants (4)
-
Audric Vigier -
Benjamin POUSSIN -
pissac -
Sigrid Lehuta