Calibrar : Erreur de chargement de la fonction setup_calibration
Bonjour à tous, Je voudrais lancer une calibration sur datarmor. Le code R se plante car il ne trouve pas la fonction calibration_setup de la librairie calibrar. Je pense tout de même que j'ai bien accès au répertoire : NICO_REPO=/home1/datawork/nbarrier/libs/R/lib. Ci-joint mes fichiers log, le pbs et le .R. Si quelqu'un a une idée, merci par avance. Dedah.
ca ressemble à un problème de syntaxe dans le chemin d'accès en unix /home1/datawork/nbarrier/libs/R/lib mais en R ?? J'ai fait des tests. Quand je lance R sur datarmor getwd() [1] "X:/ISIS_Travail/CalibrISIS_WestMed2412" setwd("/home1/datawork/smahevas")ne fonctionne pas ni setwd("$DATAWORK/smahevas") je ne sais pas quelle syntaxe il faut utiliser mais c'est le problème... Désolée de ne pas plus t'aider mais tu peux approfondir cette piste. Sinon tu as un pb dans le fichier pbs : il faut que tu corriges export ISIS_BD=$DATAWORK/myISISdb ---> $SCRATCH/myISISdb a+ Steph 08/10/2024 à 15:27, dedah.ahmed-babou@ird.fr a écrit :
Bonjour à tous, Je voudrais lancer une calibration sur datarmor. Le code R se plante car il ne trouve pas la fonction calibration_setup de la librairie calibrar. Je pense tout de même que j'ai bien accès au répertoire : NICO_REPO=/home1/datawork/nbarrier/libs/R/lib.
Ci-joint mes fichiers log, le pbs et le .R.
Si quelqu'un a une idée, merci par avance.
Dedah.
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-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR DECOD (Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l'océan) IFREMER/HALGO/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 2 40 37 41 81 - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................
Merci Steph pour ces remarques. Bonne fin de journée. A+ De: "Stephanie MAHEVAS" <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr> À: "isis-fish-users" <isis-fish-users@list.isis-fish.org> Envoyé: Mardi 8 Octobre 2024 18:46:24 Objet: Re: [Isis-fish-users] Calibrar : Erreur de chargement de la fonction setup_calibration ca ressemble à un problème de syntaxe dans le chemin d'accès en unix /home1/datawork/nbarrier/libs/R/lib mais en R ?? J'ai fait des tests. Quand je lance R sur datarmor getwd() [1] "X:/ISIS_Travail/CalibrISIS_WestMed2412" setwd("/home1/datawork/smahevas") ne fonctionne pas ni setwd("$DATAWORK/smahevas") je ne sais pas quelle syntaxe il faut utiliser mais c'est le problème... Désolée de ne pas plus t'aider mais tu peux approfondir cette piste. Sinon tu as un pb dans le fichier pbs : il faut que tu corriges export ISIS_BD=$DATAWORK/myISISdb ---> $SCRATCH/myISISdb a+ Steph 08/10/2024 à 15:27, [ mailto:dedah.ahmed-babou@ird.fr | dedah.ahmed-babou@ird.fr ] a écrit : Bonjour à tous, Je voudrais lancer une calibration sur datarmor. Le code R se plante car il ne trouve pas la fonction calibration_setup de la librairie calibrar. Je pense tout de même que j'ai bien accès au répertoire : NICO_REPO=/home1/datawork/nbarrier/libs/R/lib. Ci-joint mes fichiers log, le pbs et le .R. Si quelqu'un a une idée, merci par avance. Dedah. _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list [ mailto:Isis-fish-users@list.isis-fish.org | Isis-fish-users@list.isis-fish.org ] [ https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users | https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users ] Archives et moteur de recherche: [ http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/ | http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/ ] -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR DECOD (Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l'océan) IFREMER/HALGO/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) [ https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ | https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ ] Tel: (33) 2 40 37 41 81 - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users Archives et moteur de recherche: http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/
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