Bonjour, Est-ce que vous avez une piste sur ce problème SVP? Sinon, sans rapport, je recherche de la doc sur l'objet PROPERTY_PRIMARY_CATCH, et globalement sur ce qu'est "primaryCatch", qui est utilisé dans targetSpecies, pour savoir ce qu'on entend par "primary". Néanmoins, l'API et le src ne me disent rien sur leurs contenus. Où est-ce que je peux trouver ces infos? Bon après-midi, Audric Le 12/06/2017 19:06, Audric Vigier a écrit :

Autre ajout : les exports de captures et rejets (nombre ou poids) sont tronqués au beau milieu d'une ligne, pendant le pas de temps 10 (novembre 0), leur dernière ligne est donc incomplète ; les exports d'abondance et biomasse s'arrêtent au pas de temps 10, mais leur dernière ligne est entière, les exports de recrutement ne se font pas (fichier créé et vide). Ce sont tous des ExportStep. Le 12/06/2017 16:26, Audric Vigier a écrit :

...

Bonjour,

Je travaille sur la région et une simu disponibles à ce lien pendant 14 jours : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=aa0a3d40-ff68-5bbb-a210-fef116eba902

J'ai changé les engins des métiers de langoustiniers (Metier_Lang_...) pour des "chalut jumeau langoustine", au lieu de "chalut jumeau gdG". Les fonctions de sélectivité et le facteur de standardisation changent entre ces engins. Le problème, c'est que depuis ce changement, la simulation avance jusqu'en décembre 0, puis bloque à l'étape "Compute landings and discards". Je suis forcé d'arrêter la simu à la main. Il me reste autant de processus Java fantômes qui tournent pour rien que de simus qui ont bloqué, même après fermeture d'ISIS. Il n'y a pas d'erreur dans le debug. Que peut-il se passer?

Bon après-midi,

Audric

-- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier@ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

Je ne le retrouve pas dans Metier ni MetierSeasonInfo, donc ce n'est peut-être plus un de leurs arguments. Et puis dans l'interface je ne peux définir que des espèces cibles pour un métier, pas des "primary". Du coup ce "primary" signifie que c'est une espèce cible? une espèce qui cumule + de x% de captures pour un pas de temps/saison/métier? Le 14/06/2017 15:40, smahevas a écrit :

Primary species etait un argument de metier (je n'ai pas regarde si ca l'etait toujours). Il a avait ete defini pour le comportement des pecheurs. Par exemple dans la regle TAC : si le TAC d'une espece est atteint et que pour le metier cette espece est une Primary species alors l'effort dedie à ce metier sera reporte sur un autre metier de sa strategie, sinon cette espece sera capturée puis rejetee.

Le 2017-06-14 15:05, Audric Vigier a écrit :

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Bonjour,

Est-ce que vous avez une piste sur ce problème SVP?

Sinon, sans rapport, je recherche de la doc sur l'objet PROPERTY_PRIMARY_CATCH, et globalement sur ce qu'est "primaryCatch", qui est utilisé dans targetSpecies, pour savoir ce qu'on entend par "primary". Néanmoins, l'API et le src ne me disent rien sur leurs contenus. Où est-ce que je peux trouver ces infos?

Bon après-midi,

Audric

Le 12/06/2017 19:06, Audric Vigier a écrit :

...

Autre ajout : les exports de captures et rejets (nombre ou poids) sont tronqués au beau milieu d'une ligne, pendant le pas de temps 10 (novembre 0), leur dernière ligne est donc incomplète ; les exports d'abondance et biomasse s'arrêtent au pas de temps 10, mais leur dernière ligne est entière, les exports de recrutement ne se font pas (fichier créé et vide). Ce sont tous des ExportStep. Le 12/06/2017 16:26, Audric Vigier a écrit :

...

Bonjour,

Je travaille sur la région et une simu disponibles à ce lien pendant 14 jours : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=aa0a3d40-ff68-5bbb-a210-fef116eba902

J'ai changé les engins des métiers de langoustiniers (Metier_Lang_...) pour des "chalut jumeau langoustine", au lieu de "chalut jumeau gdG". Les fonctions de sélectivité et le facteur de standardisation changent entre ces engins. Le problème, c'est que depuis ce changement, la simulation avance jusqu'en décembre 0, puis bloque à l'étape "Compute landings and discards". Je suis forcé d'arrêter la simu à la main. Il me reste autant de processus Java fantômes qui tournent pour rien que de simus qui ont bloqué, même après fermeture d'ISIS. Il n'y a pas d'erreur dans le debug. Que peut-il se passer?

Bon après-midi,

Audric

-- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier@ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

OK effectivement il est encore là, ça colle bien au type boolean que renvoie un getPrimaryCatch(). Du coup le sens derrière "principale" dépend de l'utilisateur. Je viens de faire tourner une simu avec une règle qui utilise un getPrimaryCatch(), donc je suppose que ça fonctionne encore. Justement, je voulais vérifier! Merci pour l'info Bon aprèm Le 14/06/2017 15:48, smahevas a écrit :

cela s'appelle Especes Principales pour ce metier dans l'interface saison de metier. Il faut cocher ou pas pour chaque saison, chaque espece. Je ne sais pas si ca marche encore....

Le 2017-06-14 15:40, smahevas a écrit :

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Primary species etait un argument de metier (je n'ai pas regarde si ca l'etait toujours). Il a avait ete defini pour le comportement des pecheurs. Par exemple dans la regle TAC : si le TAC d'une espece est atteint et que pour le metier cette espece est une Primary species alors l'effort dedie à ce metier sera reporte sur un autre metier de sa strategie, sinon cette espece sera capturée puis rejetee.

Le 2017-06-14 15:05, Audric Vigier a écrit :

Bonjour,

Est-ce que vous avez une piste sur ce problème SVP?

Sinon, sans rapport, je recherche de la doc sur l'objet PROPERTY_PRIMARY_CATCH, et globalement sur ce qu'est "primaryCatch", qui est utilisé dans targetSpecies, pour savoir ce qu'on entend par "primary". Néanmoins, l'API et le src ne me disent rien sur leurs contenus. Où est-ce que je peux trouver ces infos?

Bon après-midi,

Audric

Le 12/06/2017 19:06, Audric Vigier a écrit :

Autre ajout : les exports de captures et rejets (nombre ou poids) sont tronqués au beau milieu d'une ligne, pendant le pas de temps 10 (novembre 0), leur dernière ligne est donc incomplète ; les exports d'abondance et biomasse s'arrêtent au pas de temps 10, mais leur dernière ligne est entière, les exports de recrutement ne se font pas (fichier créé et vide). Ce sont tous des ExportStep. Le 12/06/2017 16:26, Audric Vigier a écrit :

Bonjour,

Je travaille sur la région et une simu disponibles à ce lien pendant 14 jours : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=aa0a3d40-ff68-5bbb-a210-fef116eba902

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Bon après-midi,

Audric

_______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org <mailto:Isis-fish-users@list.isis-fish.org> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Le 14/06/2017 16:42, Eric Chatellier a écrit :

Le 14/06/2017 à 15:05, Audric Vigier a écrit :

...

Bonjour,

Est-ce que vous avez une piste sur ce problème SVP? Je n'ai pas vraiment de piste parce que c'est vrai qu'il n'y a pas d'erreur.

Et je ne peux pas relancer les simulations car il me manque le contenu du dossier S:/ApplicationsISIS/AppliMerlu_Langoustine_Sole/2017_MSE_SS3_Merlu/Calibration C'est bizarre, je n'appelle les fichiers de ce répertoire que dans des règles de gestion, et cette simu n'en a pas. Voici quand même le répertoire.

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Le 15/06/2017 12:24, Eric Chatellier a écrit :

Le 14/06/2017 à 16:55, Audric Vigier a écrit :

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Le 14/06/2017 16:42, Eric Chatellier a écrit :

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Le 14/06/2017 à 15:05, Audric Vigier a écrit :

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Bonjour,

Est-ce que vous avez une piste sur ce problème SVP? Je n'ai pas vraiment de piste parce que c'est vrai qu'il n'y a pas d'erreur.

Et je ne peux pas relancer les simulations car il me manque le contenu du dossier S:/ApplicationsISIS/AppliMerlu_Langoustine_Sole/2017_MSE_SS3_Merlu/Calibration C'est bizarre, je n'appelle les fichiers de ce répertoire que dans des règles de gestion, et cette simu n'en a pas. Voici quand même le répertoire. C'est en en tete du fichier d'optimisation. C'est ça que j'essaye de relancer.

Il me manque aussi le fichier objectives.CatchInWeightPerLengthProfileAndWeightings (il n'est pas dans la simulation). Je ne fais pas d'optimisation sur cette simulation là pour le moment, je vérifie son contenu avant de passer à l'optim. J'ai eu le souci en faisant tourner la simulation une seule fois, sans règle, sans optim.

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Le 15/06/2017 15:19, Eric Chatellier a écrit :

Le 15/06/2017 à 12:52, Audric Vigier a écrit :

...

Je ne fais pas d'optimisation sur cette simulation là pour le moment, je vérifie son contenu avant de passer à l'optim. J'ai eu le souci en faisant tourner la simulation une seule fois, sans règle, sans optim. Ok, j'ai trouvé l'origine du problème.

Dans SiMatrix#fishingMortalityPerGroup(), il y a le code:

ObjectiveFunction f = new ObjectiveFunctionBaranov(Cgroup, Mgroup, NgroupRef); Fgroup = MinimisationUtil.fmin(0.0, 2.0, 1.0e-10, f); // step ??

Dans ce cas, Cgroup = Nan et ça part en boucle infinie (la boucle while).

Ensuite, si on regarde dans tes exports CapturesPoids.csv et CapturesNombre.csv, il y a effectivement des valeurs NaN.

Tu peux essayer de déterminer pourquoi tu as des NaN ?

Les NaN ne concernent que les captures de langoustine. Comme on enlève NaN langoustines au step 0, l'abondance de langoustines est de NaN dès le step1.... pourtant ça ne devient dérangeant qu'au step 11. En ce qui concerne le "pourquoi" ces NaN, là je ne sais pas. Les captures de NaN concernent de multiples métiers que je n'avais pas modifiés, et qui parfois pêchent plusieurs populations. Depuis ce bug, j'ai modifié ma base sur d'autres aspects (sélectivités d'autres métiers, je force la sélectivité de la classe 0 à 0 pour tout le monde). En repartant de cette base modifiée, si je fixe la sélectivité des langoustiniers comme je voulais le faire (ce qui devrait provoquer le bug), je n'arrive pas à reproduire l'erreur, il n'y a plus de NaN dans les exports. Je ne sais pas pourquoi l'erreur n'est plus là, d'autant plus que je n'ai modifié que des sélectivités de merlus, pas de langoustines. Bref, mystère! Merci de t'être penché sur cette bizarrerie Bon après-midi, Audric

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