Bonjour, Je voulais vous faire part de quelques bugs que j'ai rencontré en essayant de lancer une simulation depuis R : Lorsque je lance une simulation sur R, le debug de la simulation s'affiche sur la console R au fur et à mesure que la simulation tourne mais n'apparaît pas dans le debug.txt (où se trouve le fichier .bat), et ce, même en ajoutant l'argument "log=debug.txt" dans la ligne de commande (cmd = paste("java",MEMORY,"-jar", exec, log, args, nomSimu, region, script,sep=" ")). Après avoir fait tourner la simulation sur R, je me suis rendue compte que le fichier parameters.properties dans le isis-fish-4 de la simulation qui venait de tourner était complètement différent de celui qui avait été utilisé pour lancer la simulation (12 mois simulés au lieu de 48, règle de gestion et export non pris en compte, pas le bon simulateur…). Quel que soit le parameters.properties utilisé pour lancer la simulation, le parameters.properties dans le isis-fish-4 des simulations lancées depuis R est toujours identique et ne tient pas compte de la réelle paramétrisation de la simulation (voir ci-dessous). #Parameters #Tue Dec 11 14:39:13 CET 2018 description= exports= generatedPreScript= isisFishVersion=4.4.2.1 libLogLevel=error numberOfMonths=12 numberOfSensitivitySimulation=-1 optimizationGeneration=-1 optimizationGenerationIndividual=-1 preScript=SimulationParameter params.......... regionName=Sole_SMAC resultDeleteAfterExport=false resultNames= scriptLogLevel=info sensitivityAnalysisOnlyKeepFirst=false simulLogLevel=info simulationPlanNumber=-1 simulatorName=DefaultSimulator.java useCache=true useOptimization=false usePreScript=true useSimulationPlan=false useStatistic=false Aussi, le script d'export "Captures_AgeStructure.java" (ci-joint) ne fonctionne pas lorsque la simulation est lancée depuis R (alors que tout fonctionne quand c'est lancé depuis l'interface). J'ai pu voir un message d'erreur au cours du déroulement du debug dans la console (ce message n'apparaît pas dans le debug.txt d'une simu lancée depuis l'interface) : 1. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 37) import resultinfos.MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The import resultinfos.MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved ---------- 2. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 58) MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet.NAME ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved to a variable ---------- 3. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 88) MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet.NAME); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved to a variable ---------- Merci d'avance pour votre retour! Cordialement, Sophie Leforestier
Bonjour, Je reviens sur mon précédent mail (ci-dessous), les points concernant l'absence du debug.txt et le parameters.properties ne sont toujours pas réglés. A propos du script d'export "Captures_AgeStructure" (ci-joint) qui ne fonctionne pas lorsque la simulation est lancée depuis R, j'ai remarqué que lorsque je sélectionne cet export, le fichier résultat "MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet" ne s'ajoute pas alors qu'il s'agit d'un "necessary result" dans le script. Quand je lance une simu sous R avec un export plus classique (ex: CapturesNombre.java), le résultat "MatrixAbundance" est donné par défaut. Merci Sophie -------- Message transféré -------- Sujet : bugs lancement simu depuis R Date : Wed, 12 Dec 2018 10:53:13 +0100 De : Sophie LEFORESTIER <Sophie.Leforestier@ifremer.fr> Organisation : IFREMER Pour : isis-fish-users@list.isis-fish.org Bonjour, Je voulais vous faire part de quelques bugs que j'ai rencontré en essayant de lancer une simulation depuis R : Lorsque je lance une simulation sur R, le debug de la simulation s'affiche sur la console R au fur et à mesure que la simulation tourne mais n'apparaît pas dans le debug.txt (où se trouve le fichier .bat), et ce, même en ajoutant l'argument "log=debug.txt" dans la ligne de commande (cmd = paste("java",MEMORY,"-jar", exec, log, args, nomSimu, region, script,sep=" ")). Après avoir fait tourner la simulation sur R, je me suis rendue compte que le fichier parameters.properties dans le isis-fish-4 de la simulation qui venait de tourner était complètement différent de celui qui avait été utilisé pour lancer la simulation (12 mois simulés au lieu de 48, règle de gestion et export non pris en compte, pas le bon simulateur…). Quel que soit le parameters.properties utilisé pour lancer la simulation, le parameters.properties dans le isis-fish-4 des simulations lancées depuis R est toujours identique et ne tient pas compte de la réelle paramétrisation de la simulation (voir ci-dessous). #Parameters #Tue Dec 11 14:39:13 CET 2018 description= exports= generatedPreScript= isisFishVersion=4.4.2.1 libLogLevel=error numberOfMonths=12 numberOfSensitivitySimulation=-1 optimizationGeneration=-1 optimizationGenerationIndividual=-1 preScript=SimulationParameter params.......... regionName=Sole_SMAC resultDeleteAfterExport=false resultNames= scriptLogLevel=info sensitivityAnalysisOnlyKeepFirst=false simulLogLevel=info simulationPlanNumber=-1 simulatorName=DefaultSimulator.java useCache=true useOptimization=false usePreScript=true useSimulationPlan=false useStatistic=false Aussi, le script d'export "Captures_AgeStructure.java" (ci-joint) ne fonctionne pas lorsque la simulation est lancée depuis R (alors que tout fonctionne quand c'est lancé depuis l'interface). J'ai pu voir un message d'erreur au cours du déroulement du debug dans la console (ce message n'apparaît pas dans le debug.txt d'une simu lancée depuis l'interface) : 1. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 37) import resultinfos.MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The import resultinfos.MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved ---------- 2. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 58) MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet.NAME ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved to a variable ---------- 3. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 88) MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet.NAME); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved to a variable ---------- Merci d'avance pour votre retour! Cordialement, Sophie Leforestier
Bonjour, je tente d'effectuer un plan de simulation qui test différentes valeurs de paramètres pour 3 variables avec différentes règles de gestion : je modifie l'abondance initiale, le recrutement et je test 6 scénarios de gestion. On teste donc toutes les combinaisons de paramètres possible. Cependant, le script qui lance toutes les combinaisons possible renvoie une erreur lorsque je lance les simulations. Je pense que c'est au niveau de la lecture des règles de gestion, dans la derniere partie du script de simulation, si vous pouviez m'éclairer la dessus. le plan de simu appelle une regle (Effort_2015_2017_GDL) qui force la pêche sur 2 ans, cette regle va lire 3 tableau csv : Total.Inactivite.effort Total.NbBateau.effort Total.Proportion.strategy Merci, Mathieu
Re-Bonjour, je viens de voir que mon problème vient de la lecture de l'équation de reproduction, à la ligne 384 : "String eqqs = eqq.getContent();" Isis ne parvient pas à compiler cette fonction, je ne comprend pas pourquoi, surtout que lorsque je compile le script il n'indique pas d'erreur Mathieu Le 17/12/2018 à 10:09, Mathieu GENU a écrit :
Bonjour,
je tente d'effectuer un plan de simulation qui test différentes valeurs de paramètres pour 3 variables avec différentes règles de gestion : je modifie l'abondance initiale, le recrutement et je test 6 scénarios de gestion. On teste donc toutes les combinaisons de paramètres possible. Cependant, le script qui lance toutes les combinaisons possible renvoie une erreur lorsque je lance les simulations. Je pense que c'est au niveau de la lecture des règles de gestion, dans la derniere partie du script de simulation, si vous pouviez m'éclairer la dessus.
le plan de simu appelle une regle (Effort_2015_2017_GDL) qui force la pêche sur 2 ans, cette regle va lire 3 tableau csv : Total.Inactivite.effort Total.NbBateau.effort Total.Proportion.strategy
Merci,
Mathieu
Le problème semble provenir du fait que vous récupérez la pop dans les parameter et non dans le storage. En faisant quelque chose comme : String populationId = nextSimulation.getParameter().getPopulations().get(0).getTopiaId(); PopulationDAO populationDAO = IsisFishDAOHelper.getPopulationDAO(db); Population pop = populationDAO.findByTopiaId(populationId); // modif la // capturabilite Equation eqq = pop.getReproductionEquation(); cela devrait fonctionner. Jean On Mon, 17 Dec 2018 10:09:02 +0100 Mathieu GENU <Mathieu.Genu@ifremer.fr> wrote:
Bonjour,
je tente d'effectuer un plan de simulation qui test différentes valeurs de paramètres pour 3 variables avec différentes règles de gestion : je modifie l'abondance initiale, le recrutement et je test 6 scénarios de gestion. On teste donc toutes les combinaisons de paramètres possible. Cependant, le script qui lance toutes les combinaisons possible renvoie une erreur lorsque je lance les simulations. Je pense que c'est au niveau de la lecture des règles de gestion, dans la derniere partie du script de simulation, si vous pouviez m'éclairer la dessus.
le plan de simu appelle une regle (Effort_2015_2017_GDL) qui force la pêche sur 2 ans, cette regle va lire 3 tableau csv : Total.Inactivite.effort Total.NbBateau.effort Total.Proportion.strategy
Merci,
Mathieu
ça marche avec cette correction, merci beaucoup, par contre on est tombé sur une nouvelle tuile, lorsque l'on veut modifier les engins et les zones dans une regle de cantonnement, ceux-ci ne sont pas modifiés. Malgré le fait que l'on modifie d'autres paramètres comme le mois de début et de fin de la regle qui eux sont bien modifiés. Merci encore, Mathieu Le 17/12/2018 à 15:25, Jean Couteau a écrit :
Le problème semble provenir du fait que vous récupérez la pop dans les parameter et non dans le storage. En faisant quelque chose comme :
String populationId = nextSimulation.getParameter().getPopulations().get(0).getTopiaId(); PopulationDAO populationDAO = IsisFishDAOHelper.getPopulationDAO(db); Population pop = populationDAO.findByTopiaId(populationId); // modif la // capturabilite Equation eqq = pop.getReproductionEquation();
cela devrait fonctionner.
Jean
On Mon, 17 Dec 2018 10:09:02 +0100 Mathieu GENU <Mathieu.Genu@ifremer.fr> wrote:
Bonjour,
je tente d'effectuer un plan de simulation qui test différentes valeurs de paramètres pour 3 variables avec différentes règles de gestion : je modifie l'abondance initiale, le recrutement et je test 6 scénarios de gestion. On teste donc toutes les combinaisons de paramètres possible. Cependant, le script qui lance toutes les combinaisons possible renvoie une erreur lorsque je lance les simulations. Je pense que c'est au niveau de la lecture des règles de gestion, dans la derniere partie du script de simulation, si vous pouviez m'éclairer la dessus.
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Merci,
Mathieu
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Le 17/12/2018 à 16:03, Mathieu GENU a écrit :
ça marche avec cette correction, merci beaucoup, par contre on est tombé sur une nouvelle tuile, lorsque l'on veut modifier les engins et les zones dans une regle de cantonnement, ceux-ci ne sont pas modifiés. Malgré le fait que l'on modifie d'autres paramètres comme le mois de début et de fin de la regle qui eux sont bien modifiés. Merci encore,
Mathieu
Le 17/12/2018 à 15:25, Jean Couteau a écrit :
Le problème semble provenir du fait que vous récupérez la pop dans les parameter et non dans le storage. En faisant quelque chose comme :
String populationId = nextSimulation.getParameter().getPopulations().get(0).getTopiaId(); PopulationDAO populationDAO = IsisFishDAOHelper.getPopulationDAO(db); Population pop = populationDAO.findByTopiaId(populationId); // modif la // capturabilite Equation eqq = pop.getReproductionEquation();
cela devrait fonctionner.
Jean
On Mon, 17 Dec 2018 10:09:02 +0100 Mathieu GENU <Mathieu.Genu@ifremer.fr> wrote:
Bonjour,
je tente d'effectuer un plan de simulation qui test différentes valeurs de paramètres pour 3 variables avec différentes règles de gestion : je modifie l'abondance initiale, le recrutement et je test 6 scénarios de gestion. On teste donc toutes les combinaisons de paramètres possible. Cependant, le script qui lance toutes les combinaisons possible renvoie une erreur lorsque je lance les simulations. Je pense que c'est au niveau de la lecture des règles de gestion, dans la derniere partie du script de simulation, si vous pouviez m'éclairer la dessus.
le plan de simu appelle une regle (Effort_2015_2017_GDL) qui force la pêche sur 2 ans, cette regle va lire 3 tableau csv : Total.Inactivite.effort Total.NbBateau.effort Total.Proportion.strategy
Merci,
Mathieu
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Il fallait passer par le DAO pour avoir le bon nom d'objet Zone centmetre = IsisFishDAOHelper.getZoneDAO(db).findByName("100m"); Gear OTB = IsisFishDAOHelper.getGearDAO(db).findByName("OTB"); Gear OTM = IsisFishDAOHelper.getGearDAO(db).findByName("OTM"); Gear OTT = IsisFishDAOHelper.getGearDAO(db).findByName("OTT"); // OTB String ruleName1 = "Cantonnement"; Properties propert1 = new Properties(); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.zone", centmetre.getTopiaId()); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.gear", OTB.getTopiaId()); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.beginStep", ""+0); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.endStep", ""+119); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.beginMonth", ""+4); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.endMonth", ""+6); RuleStorage ruleStorage1 = RuleStorage.getRule(ruleName1); Rule rule1 = ruleStorage1.getNewInstance(); RuleHelper.populateRule(ruleNum, nextSimulation.getStorage(), rule1, propert1); paramRules.add(rule1); Le 17/12/2018 à 16:18, Mathieu GENU a écrit :
Le 17/12/2018 à 16:03, Mathieu GENU a écrit :
ça marche avec cette correction, merci beaucoup, par contre on est tombé sur une nouvelle tuile, lorsque l'on veut modifier les engins et les zones dans une regle de cantonnement, ceux-ci ne sont pas modifiés. Malgré le fait que l'on modifie d'autres paramètres comme le mois de début et de fin de la regle qui eux sont bien modifiés. Merci encore,
Mathieu
Le 17/12/2018 à 15:25, Jean Couteau a écrit :
Le problème semble provenir du fait que vous récupérez la pop dans les parameter et non dans le storage. En faisant quelque chose comme :
String populationId = nextSimulation.getParameter().getPopulations().get(0).getTopiaId(); PopulationDAO populationDAO = IsisFishDAOHelper.getPopulationDAO(db); Population pop = populationDAO.findByTopiaId(populationId); // modif la // capturabilite Equation eqq = pop.getReproductionEquation();
cela devrait fonctionner.
Jean
On Mon, 17 Dec 2018 10:09:02 +0100 Mathieu GENU <Mathieu.Genu@ifremer.fr> wrote:
Bonjour,
je tente d'effectuer un plan de simulation qui test différentes valeurs de paramètres pour 3 variables avec différentes règles de gestion : je modifie l'abondance initiale, le recrutement et je test 6 scénarios de gestion. On teste donc toutes les combinaisons de paramètres possible. Cependant, le script qui lance toutes les combinaisons possible renvoie une erreur lorsque je lance les simulations. Je pense que c'est au niveau de la lecture des règles de gestion, dans la derniere partie du script de simulation, si vous pouviez m'éclairer la dessus.
le plan de simu appelle une regle (Effort_2015_2017_GDL) qui force la pêche sur 2 ans, cette regle va lire 3 tableau csv : Total.Inactivite.effort Total.NbBateau.effort Total.Proportion.strategy
Merci,
Mathieu
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on a un nouveau problème concernant le changement de l'équation de recrutement, on a bien une modification de la valeur du recrutement dans le debug mais celle-ci n'est pas visible dans les résultats, donc comme ci l'équation n'était pas mise à jour avec le setContent ligne 392 Le 17/12/2018 à 16:30, Mathieu GENU a écrit :
Il fallait passer par le DAO pour avoir le bon nom d'objet
Zone centmetre = IsisFishDAOHelper.getZoneDAO(db).findByName("100m"); Gear OTB = IsisFishDAOHelper.getGearDAO(db).findByName("OTB"); Gear OTM = IsisFishDAOHelper.getGearDAO(db).findByName("OTM"); Gear OTT = IsisFishDAOHelper.getGearDAO(db).findByName("OTT");
// OTB String ruleName1 = "Cantonnement"; Properties propert1 = new Properties(); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.zone", centmetre.getTopiaId()); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.gear", OTB.getTopiaId()); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.beginStep", ""+0); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.endStep", ""+119); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.beginMonth", ""+4); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.endMonth", ""+6);
RuleStorage ruleStorage1 = RuleStorage.getRule(ruleName1); Rule rule1 = ruleStorage1.getNewInstance(); RuleHelper.populateRule(ruleNum, nextSimulation.getStorage(), rule1, propert1); paramRules.add(rule1);
Le 17/12/2018 à 16:18, Mathieu GENU a écrit :
Le 17/12/2018 à 16:03, Mathieu GENU a écrit :
ça marche avec cette correction, merci beaucoup, par contre on est tombé sur une nouvelle tuile, lorsque l'on veut modifier les engins et les zones dans une regle de cantonnement, ceux-ci ne sont pas modifiés. Malgré le fait que l'on modifie d'autres paramètres comme le mois de début et de fin de la regle qui eux sont bien modifiés. Merci encore,
Mathieu
Le 17/12/2018 à 15:25, Jean Couteau a écrit :
Le problème semble provenir du fait que vous récupérez la pop dans les parameter et non dans le storage. En faisant quelque chose comme :
String populationId = nextSimulation.getParameter().getPopulations().get(0).getTopiaId(); PopulationDAO populationDAO = IsisFishDAOHelper.getPopulationDAO(db); Population pop = populationDAO.findByTopiaId(populationId); // modif la // capturabilite Equation eqq = pop.getReproductionEquation();
cela devrait fonctionner.
Jean
On Mon, 17 Dec 2018 10:09:02 +0100 Mathieu GENU <Mathieu.Genu@ifremer.fr> wrote:
Bonjour,
je tente d'effectuer un plan de simulation qui test différentes valeurs de paramètres pour 3 variables avec différentes règles de gestion : je modifie l'abondance initiale, le recrutement et je test 6 scénarios de gestion. On teste donc toutes les combinaisons de paramètres possible. Cependant, le script qui lance toutes les combinaisons possible renvoie une erreur lorsque je lance les simulations. Je pense que c'est au niveau de la lecture des règles de gestion, dans la derniere partie du script de simulation, si vous pouviez m'éclairer la dessus.
le plan de simu appelle une regle (Effort_2015_2017_GDL) qui force la pêche sur 2 ans, cette regle va lire 3 tableau csv : Total.Inactivite.effort Total.NbBateau.effort Total.Proportion.strategy
Merci,
Mathieu
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Après avoir fait : db.commitTransaction(); db.closeContext(); à la fin du script ça fonctionne Le 17/12/2018 à 16:58, Mathieu GENU a écrit :
on a un nouveau problème concernant le changement de l'équation de recrutement, on a bien une modification de la valeur du recrutement dans le debug mais celle-ci n'est pas visible dans les résultats, donc comme ci l'équation n'était pas mise à jour avec le setContent ligne 392
Le 17/12/2018 à 16:30, Mathieu GENU a écrit :
Il fallait passer par le DAO pour avoir le bon nom d'objet
Zone centmetre = IsisFishDAOHelper.getZoneDAO(db).findByName("100m"); Gear OTB = IsisFishDAOHelper.getGearDAO(db).findByName("OTB"); Gear OTM = IsisFishDAOHelper.getGearDAO(db).findByName("OTM"); Gear OTT = IsisFishDAOHelper.getGearDAO(db).findByName("OTT");
// OTB String ruleName1 = "Cantonnement"; Properties propert1 = new Properties(); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.zone", centmetre.getTopiaId()); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.gear", OTB.getTopiaId()); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.beginStep", ""+0); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.endStep", ""+119); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.beginMonth", ""+4); propert1.put("rule."+ruleNum+".parameter.endMonth", ""+6);
RuleStorage ruleStorage1 = RuleStorage.getRule(ruleName1); Rule rule1 = ruleStorage1.getNewInstance(); RuleHelper.populateRule(ruleNum, nextSimulation.getStorage(), rule1, propert1); paramRules.add(rule1);
Le 17/12/2018 à 16:18, Mathieu GENU a écrit :
Le 17/12/2018 à 16:03, Mathieu GENU a écrit :
ça marche avec cette correction, merci beaucoup, par contre on est tombé sur une nouvelle tuile, lorsque l'on veut modifier les engins et les zones dans une regle de cantonnement, ceux-ci ne sont pas modifiés. Malgré le fait que l'on modifie d'autres paramètres comme le mois de début et de fin de la regle qui eux sont bien modifiés. Merci encore,
Mathieu
Le 17/12/2018 à 15:25, Jean Couteau a écrit :
Le problème semble provenir du fait que vous récupérez la pop dans les parameter et non dans le storage. En faisant quelque chose comme :
String populationId = nextSimulation.getParameter().getPopulations().get(0).getTopiaId(); PopulationDAO populationDAO = IsisFishDAOHelper.getPopulationDAO(db); Population pop = populationDAO.findByTopiaId(populationId); // modif la // capturabilite Equation eqq = pop.getReproductionEquation();
cela devrait fonctionner.
Jean
On Mon, 17 Dec 2018 10:09:02 +0100 Mathieu GENU <Mathieu.Genu@ifremer.fr> wrote:
Bonjour,
je tente d'effectuer un plan de simulation qui test différentes valeurs de paramètres pour 3 variables avec différentes règles de gestion : je modifie l'abondance initiale, le recrutement et je test 6 scénarios de gestion. On teste donc toutes les combinaisons de paramètres possible. Cependant, le script qui lance toutes les combinaisons possible renvoie une erreur lorsque je lance les simulations. Je pense que c'est au niveau de la lecture des règles de gestion, dans la derniere partie du script de simulation, si vous pouviez m'éclairer la dessus.
le plan de simu appelle une regle (Effort_2015_2017_GDL) qui force la pêche sur 2 ans, cette regle va lire 3 tableau csv : Total.Inactivite.effort Total.NbBateau.effort Total.Proportion.strategy
Merci,
Mathieu
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Le 12/12/2018 à 15:44, Sophie LEFORESTIER a écrit :
Bonjour,
Je reviens sur mon précédent mail (ci-dessous), les points concernant l'absence du debug.txt et le parameters.properties ne sont toujours pas réglés.
Le fichier "debug.txt" peut être à un autre endroit car il est "là où on lance Isis" et pas forcement à coté du fichier .bat. Possiblement, dans le dossier "où s'execute R par défaut". Pour le "parameters.properties", je pense qu'Isis ne le prend pas en compte, et la simulation tourne avec les paramètres par défaut.
A propos du script d'export "Captures_AgeStructure" (ci-joint) qui ne fonctionne pas lorsque la simulation est lancée depuis R, j'ai remarqué que lorsque je sélectionne cet export, le fichier résultat "MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet" ne s'ajoute pas alors qu'il s'agit d'un "necessary result" dans le script. Quand je lance une simu sous R avec un export plus classique (ex: CapturesNombre.java), le résultat "MatrixAbundance" est donné par défaut.
-- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
On Wed, 12 Dec 2018 10:53:13 +0100 Sophie LEFORESTIER <Sophie.Leforestier@ifremer.fr> wrote:
Lorsque je lance une simulation sur R, le debug de la simulation s'affiche sur la console R au fur et à mesure que la simulation tourne mais n'apparaît pas dans le debug.txt (où se trouve le fichier .bat), et ce, même en ajoutant l'argument "log=debug.txt" dans la ligne de commande (cmd = paste("java",MEMORY,"-jar", exec, log, args, nomSimu, region, script,sep=" ")).
Bonjour, quelles sont les valeurs de toutes les variables exec, log... ? Le debug.txt n'apparait-il pas dans votre R_HOME ? Si le parameter.properties est dans le R_HOME, cela résout-il le problème ? Jean Couteau
participants (4)
-
Eric Chatellier -
Jean Couteau -
Mathieu GENU -
Sophie LEFORESTIER