Bonjour, Après une tentative infructueuse de lancement d'une As depuis le serveur linux, il apparait que celui-ci n'arrive pas à accéder à R. Donc deux questions: - Est-ce que R est installé sur le serveur de Steph ? - Comment sais où trouver le R_Home et le Path sous linux, pour pouvoir dire à ISIS où chercher (ou comment je les définis s'il faut le faire) ? Loïc
Oui R est installé. Il y a une petite doc envoyée par Eric pour savoir comment faire. Elle est dans le cahier associé au serveur. Steph Le 11/12/2013 18:11, Loic GASCHE a écrit :
Bonjour,
Après une tentative infructueuse de lancement d'une As depuis le serveur linux, il apparait que celui-ci n'arrive pas à accéder à R.
Donc deux questions:
- Est-ce que R est installé sur le serveur de Steph ? - Comment sais où trouver le R_Home et le Path sous linux, pour pouvoir dire à ISIS où chercher (ou comment je les définis s'il faut le faire) ?
Loïc _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
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Après avoir passé une bonne partie de la journée à essayer de configurer R, on il y a toujours une erreur au moment de lancer une AS. A priori ISIS est "content" avec les paramètres R qu'on lui donne (pas de case rouge) mais renvoie un message d'erreur quand on appuie sur "tester". Le R_HOME semble bon (/usr/lib64/R) et le PATH aussi ($R_HOME/bin). Après on ne sait pas à quoi correspond le r type (jni ?) donc on ne peut pas vraiment aller plus loin. Quelqu'un a une idée de la cause du problème 'et de comment le résoudre) ? Loïc Le 12/12/2013 08:42, Stephanie MAHEVAS a écrit :
Oui R est installé. Il y a une petite doc envoyée par Eric pour savoir comment faire. Elle est dans le cahier associé au serveur.
Steph Le 11/12/2013 18:11, Loic GASCHE a écrit :
Bonjour,
Après une tentative infructueuse de lancement d'une As depuis le serveur linux, il apparait que celui-ci n'arrive pas à accéder à R.
Donc deux questions:
- Est-ce que R est installé sur le serveur de Steph ? - Comment sais où trouver le R_Home et le Path sous linux, pour pouvoir dire à ISIS où chercher (ou comment je les définis s'il faut le faire) ?
Loïc _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Le 12/12/2013 17:05, Loic GASCHE a écrit :
Après avoir passé une bonne partie de la journée à essayer de configurer R, on il y a toujours une erreur au moment de lancer une AS.
A priori ISIS est "content" avec les paramètres R qu'on lui donne (pas de case rouge) mais renvoie un message d'erreur quand on appuie sur "tester".
Le R_HOME semble bon (/usr/lib64/R) et le PATH aussi ($R_HOME/bin).
Après on ne sait pas à quoi correspond le r type (jni ?) donc on ne peut pas vraiment aller plus loin.
Quelqu'un a une idée de la cause du problème 'et de comment le résoudre) ? Tu le lance comment isis ?
Il faut être dans le dossier isis et taper "./isis-fish64.sh". (et non lancer /chemin/isis-fish64.sh). -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com
Le 12/12/2013 18:19, Eric Chatellier a écrit :
Le 12/12/2013 17:05, Loic GASCHE a écrit :
Après avoir passé une bonne partie de la journée à essayer de configurer R, on il y a toujours une erreur au moment de lancer une AS.
A priori ISIS est "content" avec les paramètres R qu'on lui donne (pas de case rouge) mais renvoie un message d'erreur quand on appuie sur "tester".
Le R_HOME semble bon (/usr/lib64/R) et le PATH aussi ($R_HOME/bin).
Après on ne sait pas à quoi correspond le r type (jni ?) donc on ne peut pas vraiment aller plus loin.
Quelqu'un a une idée de la cause du problème 'et de comment le résoudre) ? Tu le lance comment isis ?
Il faut être dans le dossier isis et taper "./isis-fish64.sh". (et non lancer /chemin/isis-fish64.sh).
En lançant ISIS à partit du fichier . sh j'ai eu le message suivant : line 6 : debug.txt : Permission non accordée J'ai remarqué qu'effectivement le debug.txt n'est plus dans le dossier d'ISIS contenant le .bat et le .sh, mais sur mon disque Q:. Le truc est qu'on a défini le isis-fish-4 de mon disque Q comme le dossier par défaut, puis on a fait un lien depuis de dossier vers le home1 du serveur sur lequel il y a plein de place. Donc ca pourrait expliquer pourquoi le debug se retrouve sur mon disque Q. Par contre est-ce que ça explique le problème au lancement, je ne sais pas.
Le 12/12/2013 18:48, Loic GASCHE a écrit :
J'ai remarqué qu'effectivement le debug.txt n'est plus dans le dossier d'ISIS contenant le .bat et le .sh, mais sur mon disque Q:.
Le truc est qu'on a défini le isis-fish-4 de mon disque Q comme le dossier par défaut, puis on a fait un lien depuis de dossier vers le home1 du serveur sur lequel il y a plein de place. Donc ca pourrait expliquer pourquoi le debug se retrouve sur mon disque Q.
Par contre est-ce que ça explique le problème au lancement, je ne sais pas.
Je me souvient que c'est quelque chose qu'olivier modifiait. Dans le fichier isis-fish64.sh, il modifiait la ligne -Djava.library.path=jri64 en -Djava.library.path=/chemin/complet/vers/le/dossier/isis/jri64 C'est le dossier "jir64" qu'il ne trouve pas depuis là où tu lance isis. -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com
Le 12/12/2013 19:02, Eric Chatellier a écrit :
Le 12/12/2013 18:48, Loic GASCHE a écrit :
J'ai remarqué qu'effectivement le debug.txt n'est plus dans le dossier d'ISIS contenant le .bat et le .sh, mais sur mon disque Q:.
Le truc est qu'on a défini le isis-fish-4 de mon disque Q comme le dossier par défaut, puis on a fait un lien depuis de dossier vers le home1 du serveur sur lequel il y a plein de place. Donc ca pourrait expliquer pourquoi le debug se retrouve sur mon disque Q.
Par contre est-ce que ça explique le problème au lancement, je ne sais pas.
Je me souvient que c'est quelque chose qu'olivier modifiait.
Dans le fichier isis-fish64.sh, il modifiait la ligne -Djava.library.path=jri64 en -Djava.library.path=/chemin/complet/vers/le/dossier/isis/jri64
C'est le dossier "jir64" qu'il ne trouve pas depuis là où tu lance isis.
J'ai modifié isisfish64 (PJ) et maintenant... ISIS ne se lance plus du tout.
J'ai fait la correction. ISIS se lançait bien mais la configuration avait changée par rapport à celle qu'on voulait (il retournait mettre la database au même endroit qu'avant). J'ai refait pointer les exports vers le dossier qu'on voulait, au début ça ne marchait pas mais en relançant ma session ça a marché. Donc : j'arrive à faire tourner une AS sur le serveur, et les simus sont bien enregistrées sur home1 (le disque qu'on avait choisi avec benjamin). La config caparmor semble OK, je teste pour voir si ça marche aussi et si je peux choisir la queue de simu. Loïc Le 12/12/2013 20:01, Eric Chatellier a écrit :
J'ai modifié isisfish64 (PJ) et maintenant... ISIS ne se lance plus du tout. Il faut supprimer l'espace dans "-Djava.library.path= /home"
Après des petits soucis de simus qui ne semblaient pas vouloir se lancer sur caparmor (n'apparaissaient pas dans la liste des taches en faisant un qstat), j'ai a priori enfin réussi à lancer une petite AS. Pour tester, j'en avais aussi lancé une depuis mon pc portable avant. Les simus de l'AS lancée depuis mon portable sont entrain de tourner, celles de l'AS lancée depuis le serveur sont pour le moment "Queued". La question : est-il normal que ces simus, lancées en parallel 32 et apparaissant comme utilisant bien cette queue (que ce soit dans le qstat ou dans Variable_List) ne tournent que sur huit coeurs ? Faut-il attendre que d'autres coeurs se débloquent pour que les simus puissent en utiliser plus (jusqu'à 32) ? Ou l'AS aurait-elle du attendre d'en avoir 32 pour se lancer ? Loïc Le 13/12/2013 10:33, Loic GASCHE a écrit :
J'ai fait la correction.
ISIS se lançait bien mais la configuration avait changée par rapport à celle qu'on voulait (il retournait mettre la database au même endroit qu'avant).
J'ai refait pointer les exports vers le dossier qu'on voulait, au début ça ne marchait pas mais en relançant ma session ça a marché.
Donc : j'arrive à faire tourner une AS sur le serveur, et les simus sont bien enregistrées sur home1 (le disque qu'on avait choisi avec benjamin).
La config caparmor semble OK, je teste pour voir si ça marche aussi et si je peux choisir la queue de simu.
Loïc
Le 12/12/2013 20:01, Eric Chatellier a écrit :
J'ai modifié isisfish64 (PJ) et maintenant... ISIS ne se lance plus du tout. Il faut supprimer l'espace dans "-Djava.library.path= /home"
en effet, je modifie le isis-fish64.sh (sinon, ça ne se lance pas). Regarde dnas le cahier sur le bureau, la modif y est écrite. Olivier Le 2013-12-12 19:53, Loic GASCHE a écrit :
Le 12/12/2013 19:02, Eric Chatellier a écrit :
Le 12/12/2013 18:48, Loic GASCHE a écrit :
J'ai remarqué qu'effectivement le debug.txt n'est plus dans le dossier d'ISIS contenant le .bat et le .sh, mais sur mon disque Q:.
Le truc est qu'on a défini le isis-fish-4 de mon disque Q comme le dossier par défaut, puis on a fait un lien depuis de dossier vers le home1 du serveur sur lequel il y a plein de place. Donc ca pourrait expliquer pourquoi le debug se retrouve sur mon disque Q.
Par contre est-ce que ça explique le problème au lancement, je ne sais pas.
Je me souvient que c'est quelque chose qu'olivier modifiait.
Dans le fichier isis-fish64.sh, il modifiait la ligne -Djava.library.path=jri64 en -Djava.library.path=/chemin/complet/vers/le/dossier/isis/jri64
C'est le dossier "jir64" qu'il ne trouve pas depuis là où tu lance isis.
J'ai modifié isisfish64 (PJ) et maintenant... ISIS ne se lance plus du tout.
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Loic GASCHE -
oberthel -
Stephanie MAHEVAS