calibration une capturabilite, deuxieme...
Bonjour, J'ai tenté de modifier le script de Sigrid pour la calibration avec un capturabilité par espèce. D'abord, quand je vérifie la syntaxe dans ISIS, ca me marque que la compilation est réussie mais avec un message : « Note: C:\Documents and Settings\jandre\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexOneCatchability.java uses unchecked or unsafe operations. Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details." Quand je tente la calibration, ben ca marche pas. La table Historic.csv n'apparait pas. Le debug pointe vers la ligne du script qui écrit le historic file ( org.nuiton.util.FileUtil.writeString(exportHistoric, exportHisto);). J'ai tenté d'omettre cette ligne juste pour voir si ca tournerai sans, mais la je comprends même plus le debug.... Le tout en PJ... Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) Marine Research Laboratories, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre@utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>
Le 06/04/2011 05:07, Jessica Andre a écrit :
Bonjour,
J’ai tenté de modifier le script de Sigrid pour la calibration avec un capturabilité par espèce.
D’abord, quand je vérifie la syntaxe dans ISIS, ca me marque que la compilation est réussie mais avec un message :
« Note: C:\Documents and Settings\jandre\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexOneCatchability.java uses unchecked or unsafe operations.
Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details.”
Quand je tente la calibration, ben ca marche pas. La table Historic.csv n’apparait pas. Le debug pointe vers la ligne du script qui écrit le historic file ( org.nuiton.util.FileUtil.writeString(exportHistoric, exportHisto);). J’ai tenté d’omettre cette ligne juste pour voir si ca tournerai sans, mais la je comprends même plus le debug….
Bonjour, Le script s'arreterais sur une NullPointerException à la ligne double iniStep = q.get(1)-q.get(0); mais je ne vois pas ce qui peut être null ici :( le debug.txt correspond-t-il bien a script ? Sinon, pouvez vous m'envoyer votre base et le fichier Observedlandings1998_2005.csv pour que je puisse tester ? Merci. -- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
Oui, le debug correspond bien. J'ai lance les 2 simulations exprès. La base de donnée, Observedlandings1998_2005.csv et garfishInit.csv (nombre nitiaux pour le lancement de simu) sont attachés. J'ai testé la calibration sur la population "garfish SSE". Merci! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Eric Chatellier Sent: Wednesday, 6 April 2011 5:43 PM To: isis-fish-users@list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] calibration une capturabilite, deuxieme... Le 06/04/2011 05:07, Jessica Andre a écrit :
Bonjour,
J'ai tenté de modifier le script de Sigrid pour la calibration avec un capturabilité par espèce.
D'abord, quand je vérifie la syntaxe dans ISIS, ca me marque que la compilation est réussie mais avec un message :
« Note: C:\Documents and Settings\jandre\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexOneCatchability.java uses unchecked or unsafe operations.
Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details."
Quand je tente la calibration, ben ca marche pas. La table Historic.csv n'apparait pas. Le debug pointe vers la ligne du script qui écrit le historic file ( org.nuiton.util.FileUtil.writeString(exportHistoric, exportHisto);). J'ai tenté d'omettre cette ligne juste pour voir si ca tournerai sans, mais la je comprends même plus le debug..
Bonjour, Le script s'arreterais sur une NullPointerException à la ligne double iniStep = q.get(1)-q.get(0); mais je ne vois pas ce qui peut être null ici :( le debug.txt correspond-t-il bien a script ? Sinon, pouvez vous m'envoyer votre base et le fichier Observedlandings1998_2005.csv pour que je puisse tester ? Merci. -- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Oui, le debug correspond bien. J'ai lance les 2 simulations exprès. La base de donnée, Observedlandings1998_2005.csv et garfishInit.csv (nombre nitiaux pour le lancement de simu) sont attachés. J'ai testé la calibration sur la population "garfish SSE".
Quand je tente la calibration, ben ca marche pas. La table Historic.csv n'apparait pas. Le debug pointe vers la ligne du script qui écrit le historic file ( org.nuiton.util.FileUtil.writeString(exportHistoric, exportHisto);). Le bug du FileUtil.writeString est connu et sera résolu dans la version 3.4.0.0 de IsisFish. Pour le contourner pour l'instant, il faut que le nom du dossier Historic.csv comporte un répertoire sinon ca plante. par exemple : "test/Historic.csv", mais pas juste "Historic.csv".
De plus, il vaut mieux deplacer le code "File exportHistoric = new File (param_nameHistoFile);" dans la methode afterSimulation, sinon la configuration du parametre param_nameHistoFile n'est pas prise en compte.
Bonjour,
Le script s'arreterais sur une NullPointerException à la ligne double iniStep = q.get(1)-q.get(0); mais je ne vois pas ce qui peut être null ici :( Sinon, votre plan fonctionne, et je n'ai pas d'erreur sur la ligne "double iniStep = q.get(1)-q.get(0);"
J'en suis à la 23eme simulation et le fichier "Historic.csv" existe. -- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
Ah ah! Merci Eric, ca marche maintenant! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Eric Chatellier Sent: Thursday, 7 April 2011 6:55 PM To: isis-fish-users@list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] calibration une capturabilite, deuxieme...
Oui, le debug correspond bien. J'ai lance les 2 simulations exprès. La base de donnée, Observedlandings1998_2005.csv et garfishInit.csv (nombre nitiaux pour le lancement de simu) sont attachés. J'ai testé la calibration sur la population "garfish SSE".
Quand je tente la calibration, ben ca marche pas. La table Historic.csv n'apparait pas. Le debug pointe vers la ligne du script qui écrit le historic file ( org.nuiton.util.FileUtil.writeString(exportHistoric, exportHisto);). Le bug du FileUtil.writeString est connu et sera résolu dans la version 3.4.0.0 de IsisFish. Pour le contourner pour l'instant, il faut que le nom du dossier Historic.csv comporte un répertoire sinon ca plante. par exemple : "test/Historic.csv", mais pas juste "Historic.csv".
De plus, il vaut mieux deplacer le code "File exportHistoric = new File (param_nameHistoFile);" dans la methode afterSimulation, sinon la configuration du parametre param_nameHistoFile n'est pas prise en compte.
Bonjour,
Le script s'arreterais sur une NullPointerException à la ligne double iniStep = q.get(1)-q.get(0); mais je ne vois pas ce qui peut être null ici :( Sinon, votre plan fonctionne, et je n'ai pas d'erreur sur la ligne "double iniStep = q.get(1)-q.get(0);"
J'en suis à la 23eme simulation et le fichier "Historic.csv" existe. -- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
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