Bonjour les "ISISusers", c'est encore moi ! Voici l'objet de ma nouvelle bouteille à la mer : J'essaye de réaliser la calibration des accessibilités d'une espèce de raie (Raja clavata). Dans mon modèle, la population n'a qu'un groupe (groupe 0). Il y a une erreur dans la simulation 31 sur les 55 de la première génération : 2023-06-06 12:57:08,299 ERROR [SimThread Calib_Raja_2015_AlGen_Prep_i31] (SqlExceptionHelper.java:142) logExceptions - Table "POPULATION" non trouvée Table "POPULATION" not found; SQL statement: select population0_.topiaId as topiaid1_11_, population0_.topiaVersion as topiaver2_11_, population0_.topiaCreateDate as topiacre3_11_, population0_.name as name4_11_, population0_.geographicId as geograph5_11_, population0_.plusGroup as plusgrou6_11_, population0_.growth as growth7_11_, population0_.growthReverse as growthre8_11_, population0_.comment as comment9_11_, population0_.meanWeight as meanwei10_11_, population0_.price as price11_11_, population0_.naturalDeathRate as natural12_11_, population0_.fishingMortalityOtherFleets as fishing13_11_, population0_.caractBioComment as caractb14_11_, population0_.reproductionEquation as reprodu15_11_, population0_.monthGapBetweenReproRecrutement as monthga16_11_, population0_.recruitmentDistribution_name as recruit17_11_, population0_.recruitmentDistribution_dim as recruit18_11_, population0_.recruitmentDistribution_dimNames as recruit19_11_, population0_.recruitmentDistribution_semantics as recruit20_11_, population0_.recruitmentDistribution_data as recruit21_11_, population0_.recruitmentEquation as recruit22_11_, population0_.recruitmentComment as recruit23_11_, population0_.zonesComment as zonesco24_11_, population0_.seasonsComment as seasons25_11_, population0_.capturabilityComment as captura26_11_, population0_.migrationComment as migrati27_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_name as mapping28_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_dim as mapping29_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_dimNames as mapping30_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_semantics as mapping31_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_data as mapping32_11_, population0_.capturability_name as captura33_11_, population0_.capturability_dim as captura34_11_, population0_.capturability_dimNames as captura35_11_, population0_.capturability_semantics as captura36_11_, population0_.capturability_data as captura37_11_, population0_.capturabilityEquationUsed as captura38_11_, population0_.capturabilityEquation as captura39_11_, population0_.maturityOgiveEquation as maturit40_11_, population0_.reproductionRateEquation as reprodu41_11_, population0_.fbarGroupMin as fbargro42_11_, population0_.fbarGroupMax as fbargro43_11_, population0_.abundanceReferenceMonth as abundan44_11_, population0_.computeFOnLandings as compute45_11_, population0_.species as species46_11_ from population population0_ where population0_.name=? limit ? [42102-199] 2023-06-06 12:57:08,306 ERROR [SimThread Calib_Raja_2015_AlGen_Prep_i31] (InProcessSimulatorLauncher.java:483) localSimulateSameThread - Error during simulation javax.persistence.PersistenceException: org.hibernate.exception.SQLGrammarException: could not prepare statement Cela évoque-t-il quelque chose à quelqu'un ? Ci-joint également : * les debugs : pbs, R, et le debug ISIS contenant l'erreur (les autres n'en contiennent pas, a priori) * les deux règles utilisées lors de la calibration * la region utilisée * les répertoires master et data_calib utilisés * le script R "calibr_run" * le script main * la simu isis préparée Merci pour toute aide :)
Bonjour, Je n'ai pas la cause, mais c'est un problème pour ouvrir la région (comme si elle n'existait pas ou était vide). Cela se produit tout le temps ? sur datarmor seulement ? Le 06/06/2023 à 15:34, aricouar a écrit :
Bonjour les "ISISusers", c'est encore moi !
Voici l'objet de ma nouvelle bouteille à la mer :
J'essaye de réaliser la calibration des accessibilités d'une espèce de raie (Raja clavata). Dans mon modèle, la population n'a qu'un groupe (groupe 0). Il y a une erreur dans la simulation 31 sur les 55 de la première génération :
2023-06-06 12:57:08,299 ERROR [SimThread Calib_Raja_2015_AlGen_Prep_i31] (SqlExceptionHelper.java:142) logExceptions - Table "POPULATION" non trouvée Table "POPULATION" not found; SQL statement: select population0_.topiaId as topiaid1_11_, population0_.topiaVersion as topiaver2_11_, population0_.topiaCreateDate as topiacre3_11_, population0_.name as name4_11_, population0_.geographicId as geograph5_11_, population0_.plusGroup as plusgrou6_11_, population0_.growth as growth7_11_, population0_.growthReverse as growthre8_11_, population0_.comment as comment9_11_, population0_.meanWeight as meanwei10_11_, population0_.price as price11_11_, population0_.naturalDeathRate as natural12_11_, population0_.fishingMortalityOtherFleets as fishing13_11_, population0_.caractBioComment as caractb14_11_, population0_.reproductionEquation as reprodu15_11_, population0_.monthGapBetweenReproRecrutement as monthga16_11_, population0_.recruitmentDistribution_name as recruit17_11_, population0_.recruitmentDistribution_dim as recruit18_11_, population0_.recruitmentDistribution_dimNames as recruit19_11_, population0_.recruitmentDistribution_semantics as recruit20_11_, population0_.recruitmentDistribution_data as recruit21_11_, population0_.recruitmentEquation as recruit22_11_, population0_.recruitmentComment as recruit23_11_, population0_.zonesComment as zonesco24_11_, population0_.seasonsComment as seasons25_11_, population0_.capturabilityComment as captura26_11_, population0_.migrationComment as migrati27_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_name as mapping28_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_dim as mapping29_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_dimNames as mapping30_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_semantics as mapping31_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_data as mapping32_11_, population0_.capturability_name as captura33_11_, population0_.capturability_dim as captura34_11_, population0_.capturability_dimNames as captura35_11_, population0_.capturability_semantics as captura36_11_, population0_.capturability_data as captura37_11_, population0_.capturabilityEquationUsed as captura38_11_, population0_.capturabilityEquation as captura39_11_, population0_.maturityOgiveEquation as maturit40_11_, population0_.reproductionRateEquation as reprodu41_11_, population0_.fbarGroupMin as fbargro42_11_, population0_.fbarGroupMax as fbargro43_11_, population0_.abundanceReferenceMonth as abundan44_11_, population0_.computeFOnLandings as compute45_11_, population0_.species as species46_11_ from population population0_ where population0_.name=? limit ? [42102-199] 2023-06-06 12:57:08,306 ERROR [SimThread Calib_Raja_2015_AlGen_Prep_i31] (InProcessSimulatorLauncher.java:483) localSimulateSameThread - Error during simulation javax.persistence.PersistenceException: org.hibernate.exception.SQLGrammarException: could not prepare statement
Cela évoque-t-il quelque chose à quelqu'un ?
Ci-joint également :
* les debugs : pbs, R, et le debug ISIS contenant l'erreur (les autres n'en contiennent pas, a priori)
* les deux règles utilisées lors de la calibration
* la region utilisée
* les répertoires master et data_calib utilisés
* le script R "calibr_run"
* le script main
* la simu isis préparée
Merci pour toute aide :)
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-- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
Bonjour, Cela s'est produit pour les quatre années que j'ai essayé de calibrer, et toujours sur Datarmor. Je n'ai pas essayé de lancer de calibration sur ma machine (je ne sais d'ailleurs pas comment on fait). Comme l'a fait remarquer Stéphanie, il était peut-être excessif de lancer un Algorithme génétique pour calibrer cette espèce qui n'a besoin que d'un paramètre. En revanche, j'ai un autre problème à soumettre. Lorsque j'ai voulu calibrer la sole (7 paramètres) pour 4 années différentes, j'obtiens des erreurs au bout d'un grand nombre de générations : 136 pour l'année 2015, 139 pour 2016, 45 puis 85 (je l'ai testé 2 fois) pour 2017 et enfin 42 puis 71 pour 2018 (idem). Étrange, non ? Ces erreurs interviennent après un très long temps de calcul sur datarmor : 44, 43,12 et 8 heures respectivement. Ci-joint les debugs R et debugs ISIS. Il semble que ce soit le même type d'erreur, non ? Merci. Le 07/06/2023 à 17:11, Eric Chatellier a écrit :
Bonjour,
Je n'ai pas la cause, mais c'est un problème pour ouvrir la région (comme si elle n'existait pas ou était vide).
Cela se produit tout le temps ? sur datarmor seulement ?
Le 06/06/2023 à 15:34, aricouar a écrit :
Bonjour les "ISISusers", c'est encore moi !
Voici l'objet de ma nouvelle bouteille à la mer :
J'essaye de réaliser la calibration des accessibilités d'une espèce de raie (Raja clavata). Dans mon modèle, la population n'a qu'un groupe (groupe 0). Il y a une erreur dans la simulation 31 sur les 55 de la première génération :
2023-06-06 12:57:08,299 ERROR [SimThread Calib_Raja_2015_AlGen_Prep_i31] (SqlExceptionHelper.java:142) logExceptions - Table "POPULATION" non trouvée Table "POPULATION" not found; SQL statement: select population0_.topiaId as topiaid1_11_, population0_.topiaVersion as topiaver2_11_, population0_.topiaCreateDate as topiacre3_11_, population0_.name as name4_11_, population0_.geographicId as geograph5_11_, population0_.plusGroup as plusgrou6_11_, population0_.growth as growth7_11_, population0_.growthReverse as growthre8_11_, population0_.comment as comment9_11_, population0_.meanWeight as meanwei10_11_, population0_.price as price11_11_, population0_.naturalDeathRate as natural12_11_, population0_.fishingMortalityOtherFleets as fishing13_11_, population0_.caractBioComment as caractb14_11_, population0_.reproductionEquation as reprodu15_11_, population0_.monthGapBetweenReproRecrutement as monthga16_11_, population0_.recruitmentDistribution_name as recruit17_11_, population0_.recruitmentDistribution_dim as recruit18_11_, population0_.recruitmentDistribution_dimNames as recruit19_11_, population0_.recruitmentDistribution_semantics as recruit20_11_, population0_.recruitmentDistribution_data as recruit21_11_, population0_.recruitmentEquation as recruit22_11_, population0_.recruitmentComment as recruit23_11_, population0_.zonesComment as zonesco24_11_, population0_.seasonsComment as seasons25_11_, population0_.capturabilityComment as captura26_11_, population0_.migrationComment as migrati27_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_name as mapping28_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_dim as mapping29_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_dimNames as mapping30_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_semantics as mapping31_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_data as mapping32_11_, population0_.capturability_name as captura33_11_, population0_.capturability_dim as captura34_11_, population0_.capturability_dimNames as captura35_11_, population0_.capturability_semantics as captura36_11_, population0_.capturability_data as captura37_11_, population0_.capturabilityEquationUsed as captura38_11_, population0_.capturabilityEquation as captura39_11_, population0_.maturityOgiveEquation as maturit40_11_, population0_.reproductionRateEquation as reprodu41_11_, population0_.fbarGroupMin as fbargro42_11_, population0_.fbarGroupMax as fbargro43_11_, population0_.abundanceReferenceMonth as abundan44_11_, population0_.computeFOnLandings as compute45_11_, population0_.species as species46_11_ from population population0_ where population0_.name=? limit ? [42102-199] 2023-06-06 12:57:08,306 ERROR [SimThread Calib_Raja_2015_AlGen_Prep_i31] (InProcessSimulatorLauncher.java:483) localSimulateSameThread - Error during simulation javax.persistence.PersistenceException: org.hibernate.exception.SQLGrammarException: could not prepare statement
Cela évoque-t-il quelque chose à quelqu'un ?
Ci-joint également :
* les debugs : pbs, R, et le debug ISIS contenant l'erreur (les autres n'en contiennent pas, a priori)
* les deux règles utilisées lors de la calibration
* la region utilisée
* les répertoires master et data_calib utilisés
* le script R "calibr_run"
* le script main
* la simu isis préparée
Merci pour toute aide :)
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-- Antoine RICOUARD\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\|/////// PhD student~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~/|\~~~ — @ — ~~~~ FREMER - PDG-RBE-MARBEC-LHM~~~~~~~~~~~~~~/_|_\~~~~/|\~~~~~ Station de Sète - Avenue Jean Monnet~~~~~\___/~~ ~~ ~~ CS 30171 - 34203 Sète Cedex~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ ~~~~ Tel.: 06.48.71.03.95 ~~~~~~~~ ~~~~~~ ~~~~~~~~~ Email: antoine.ricouard@ifremer.fr ~~~~~~~
Bonjour, En effet, ce sont les mêmes erreurs à chaque fois, mais il ne semble pas se produire à chaque simulation. J'ai l'impression que c'est un problème extérieur à Isis. Est-ce que cela pourrait provenir de restriction de datarmor sur les temps de calcul ou d'espace de stockage ? En tout cas, je n'ai pas trop d'info autre que le debug qui ne dit pas grand chose. Le 07/06/2023 à 18:19, Antoine RICOUARD a écrit :
Bonjour,
Cela s'est produit pour les quatre années que j'ai essayé de calibrer, et toujours sur Datarmor. Je n'ai pas essayé de lancer de calibration sur ma machine (je ne sais d'ailleurs pas comment on fait).
Comme l'a fait remarquer Stéphanie, il était peut-être excessif de lancer un Algorithme génétique pour calibrer cette espèce qui n'a besoin que d'un paramètre.
En revanche, j'ai un autre problème à soumettre. Lorsque j'ai voulu calibrer la sole (7 paramètres) pour 4 années différentes, j'obtiens des erreurs au bout d'un grand nombre de générations : 136 pour l'année 2015, 139 pour 2016, 45 puis 85 (je l'ai testé 2 fois) pour 2017 et enfin 42 puis 71 pour 2018 (idem). Étrange, non ?
Ces erreurs interviennent après un très long temps de calcul sur datarmor : 44, 43,12 et 8 heures respectivement. Ci-joint les debugs R et debugs ISIS.
Il semble que ce soit le même type d'erreur, non ?
Merci.
Le 07/06/2023 à 17:11, Eric Chatellier a écrit :
Bonjour,
Je n'ai pas la cause, mais c'est un problème pour ouvrir la région (comme si elle n'existait pas ou était vide).
Cela se produit tout le temps ? sur datarmor seulement ?
Le 06/06/2023 à 15:34, aricouar a écrit :
Bonjour les "ISISusers", c'est encore moi !
Voici l'objet de ma nouvelle bouteille à la mer :
J'essaye de réaliser la calibration des accessibilités d'une espèce de raie (Raja clavata). Dans mon modèle, la population n'a qu'un groupe (groupe 0). Il y a une erreur dans la simulation 31 sur les 55 de la première génération :
2023-06-06 12:57:08,299 ERROR [SimThread Calib_Raja_2015_AlGen_Prep_i31] (SqlExceptionHelper.java:142) logExceptions - Table "POPULATION" non trouvée Table "POPULATION" not found; SQL statement: select population0_.topiaId as topiaid1_11_, population0_.topiaVersion as topiaver2_11_, population0_.topiaCreateDate as topiacre3_11_, population0_.name as name4_11_, population0_.geographicId as geograph5_11_, population0_.plusGroup as plusgrou6_11_, population0_.growth as growth7_11_, population0_.growthReverse as growthre8_11_, population0_.comment as comment9_11_, population0_.meanWeight as meanwei10_11_, population0_.price as price11_11_, population0_.naturalDeathRate as natural12_11_, population0_.fishingMortalityOtherFleets as fishing13_11_, population0_.caractBioComment as caractb14_11_, population0_.reproductionEquation as reprodu15_11_, population0_.monthGapBetweenReproRecrutement as monthga16_11_, population0_.recruitmentDistribution_name as recruit17_11_, population0_.recruitmentDistribution_dim as recruit18_11_, population0_.recruitmentDistribution_dimNames as recruit19_11_, population0_.recruitmentDistribution_semantics as recruit20_11_, population0_.recruitmentDistribution_data as recruit21_11_, population0_.recruitmentEquation as recruit22_11_, population0_.recruitmentComment as recruit23_11_, population0_.zonesComment as zonesco24_11_, population0_.seasonsComment as seasons25_11_, population0_.capturabilityComment as captura26_11_, population0_.migrationComment as migrati27_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_name as mapping28_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_dim as mapping29_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_dimNames as mapping30_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_semantics as mapping31_11_, population0_.mappingZoneReproZoneRecru_data as mapping32_11_, population0_.capturability_name as captura33_11_, population0_.capturability_dim as captura34_11_, population0_.capturability_dimNames as captura35_11_, population0_.capturability_semantics as captura36_11_, population0_.capturability_data as captura37_11_, population0_.capturabilityEquationUsed as captura38_11_, population0_.capturabilityEquation as captura39_11_, population0_.maturityOgiveEquation as maturit40_11_, population0_.reproductionRateEquation as reprodu41_11_, population0_.fbarGroupMin as fbargro42_11_, population0_.fbarGroupMax as fbargro43_11_, population0_.abundanceReferenceMonth as abundan44_11_, population0_.computeFOnLandings as compute45_11_, population0_.species as species46_11_ from population population0_ where population0_.name=? limit ? [42102-199] 2023-06-06 12:57:08,306 ERROR [SimThread Calib_Raja_2015_AlGen_Prep_i31] (InProcessSimulatorLauncher.java:483) localSimulateSameThread - Error during simulation javax.persistence.PersistenceException: org.hibernate.exception.SQLGrammarException: could not prepare statement
Cela évoque-t-il quelque chose à quelqu'un ?
Ci-joint également :
* les debugs : pbs, R, et le debug ISIS contenant l'erreur (les autres n'en contiennent pas, a priori)
* les deux règles utilisées lors de la calibration
* la region utilisée
* les répertoires master et data_calib utilisés
* le script R "calibr_run"
* le script main
* la simu isis préparée
Merci pour toute aide :)
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