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Tests 19/10/2021
by Sylvain PETEK Oct. 19, 2021

Oct. 19, 2021

Bonjour à tous, Voici ce que j'ai noté aujourd’hui 19/10: Ø Au niveau d’un document précédemment enregistré, j’ai voulu modifier sa fiche pour changer le type de document > Erreur interne à la validation Ø Au niveau de la Recherche de documents: o Je fais une recherche sur Suberea + pays = Polynésie française § Il me sort bien les photos des organismes § Si je clique sur une colonne pour la trier > Erreur interne Ø Au niveau de la Recherche : o Je fais une recherche sur les stations en saisissant : SR1? > il ne me sort aucun résultat alors que je devrais avoir SR10 et SR11 Ø Connecté en tant qu’utilisateur Sylvain PETEK UT : o Je fais une recherche sur Wallis* : § Au niveau des données rien ne sort > Normal (je n’ai pas les droits sur Wallis 2018) § Au niveau des documents : les docs de la Campagne Wallis 2018 apparaissent alors que je n’ai pas les droits dessus >> et j’arrive à aller sur la fiche campagne Wallis 2018 Merci d’avance, Bonne soirée, Sylvain

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Tests 18/10/2021
by Sylvain PETEK Oct. 19, 2021

Oct. 19, 2021

Bonjour à tous, Suite des tests à différents niveaux, voici ce que j'ai noté aujourd’hui 18/10: Ø Tests au niveau de la Recherche de données : o J’ai fait une recherche * + pays = Polynésie française : § Au niveau de la carte il manque beaucoup de stations : 18 affichées < > 589 dans le tableau § Il n’y a aucun résultat pour: · Purifications · Tests biologiques · Molécules Même en ayant reconstruit l’index (alors que ça sort sur l’instance IRD). Ø Tests au niveau de la Recherche de documents: o Serait-il possible d’ajouter sur chaque tableau de résultats, une case permettant de sélectionner tous les documents d’un tableau d’un coup, pour pouvoir procéder à l’export Zip plus facilement? o Quand on fait une recherche sur un type de document, exemple : « Photo in situ », après avoir cliqué sur Rechercher, le champ « Type de document » est remis sur le premier de la liste à savoir « Article » > Serait-il possible qu’il reste sur le choix du document qui vient d’être fait, plutôt que de le réinitialiser ? o De la même manière que pour les tableaux de données, serait-il possible de mettre les liens quand ils existent pour les stations, spécimens, lots, etc… ? o L’export en Zip marche bien o Le visionnage des images fonctionne bien : la visionneuse permet de parcourir les images présentes sur la page quel que soit le tableau. Est-il possible de modifier ce comportement, pour que la visionneuse enchaine vers les photos de la page suivante d’un tableau, plutôt que d’enchainer sur les images du tableau suivant sur la page ? o J’ai fait une recherche * + pays = Polynésie française, et je suis passé sur l’onglet Recherche de Documents : § Il manque des résultats au niveau de : · Campagnes : 1 document alors que je devrais en avoir plus de 25 · Purifications : 0 document alors que je devrais en avoir ~5 · Tests biologiques : 0 document alors que je devrais en avoir au moins 1 · Molécules : 0 document alors que je devrais en avoir ~12-13 § Au niveau de Stations, Spécimens quand j’ai voulu passer à la page 2 > Erreur Interne o Recherche de Documents, pour BSM-FIDJI (et pour d’autres noms de Campagne) > Erreur interne o J’ai lancé une recherche directement dans l’onglet Recherche de documents, avec * et Type de document = Article > Erreur interne Ø Interface Station : o La carte vient chevaucher/masquer le texte : Demo : Cantharella IRD : Ø Interface Campagne : BSM-FIDJI o au niveau de la carte, des stations sont manquantes : Campagne BSM-FIDJI : Google Earth à partir du fichier GPS stocké sur la fiche Campagne : o Le lien pour exporter en PNG ne fonctionne pas Merci d’avance, Bonne soirée, Sylvain

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Retours sur les tests
by Jean Couteau Oct. 18, 2021

Oct. 18, 2021

Sylvain, voici tous mes retours sur tes tests. L'instance de démo est à jours avec ces modifications (et les soucis de disponibilité corrigés). Il ne reste que : - le rafraichissement des interfaces - le soucis dans le tableau molecules. A noter que si tu cliques sur l'import (sans avoir de fichier), cela rafraichit la page et le problème disparait (c'est un contournement pour les tests, il nous faudra corriger la cause). # Fonction d’import <> fichier CSV : - Personnes : essai import du fichier ListPersonnesPageHeaders-Essai1.csv > Erreur interne -> Corrigé - Stations : essai import fichier ListStationsPageHeaders-Essai1.csv o le code pays est demandé > de quel code s’agit-il ? Peut-être mettre un lien vers la liste des codes pays, après l’info bulle ? -> Lien vers la liste ISO des code pays ajoutée (sur tous les imports, concerne également les personnes par exemple o Au niveau de la longitude il n’accepte pas O, voir si possible d’ajouter O, ou alors changer l’entête de la colonne pour mettre E/W à la place de E/O -> J'ai changé l'entête de la colonne, la valeur déjà utilisée étant W (cela conservera la cohérence) o Pour long/lat, au niveau du message d’erreur, préciser le champ qui génère l’erreur -> c'est déjà le cas, qu'est ce qui pose problème ? o Pour le référentiel, vu qu’il n’y a qu’une seule valeur possible : WGS84, supprimer la colonne et préciser dans l’info bulle que les coordonnées sont dans ce référentiel, surtout que la saisie est « bizarre » [[WGS84]] et elle me renvoie une erreur (même en supprimant la valeur) -> Normalement WGS84 aurait dû fonctionner. Pour l'instant j'ai supprimé la colonne et ajouté dans l'info-bulle - Specimens : essai import fichier ListSpecimensPageHeaders-Essai1.csv o Le Nom et le Prénom de l’identificateur ne sont pas des champs obligatoires. Dans mon fichier je ne l’ai pas renseigné et ça me renvoie une erreur : -> Effectivement, c'est corrigé o Essai import ListSpecimensPageHeaders-Essai2.csv > Erreur interne -> Effectivement, c'est corrigé - Lots : essai import fichier ListLotsPageHeaders-Essai1.csv o Pour les champs Ech Collection, Ech Identification, Ech Phylogenie, pour lesquels on attend oui / non, au niveau du message d’erreur il faudrait préciser de quel champ il s’agit, sinon on ne sait pas forcément où se situe l’erreur. -> Modifié o essai import fichier ListLotsPageHeaders-Essai5.csv > avec 168 lignes pour 30,2 ko ça renvoie l’erreur ci-dessous concernant la taille du fichier. Peut-on augmenter cette limite ? -> Passage de la limite à 1 MB (on était déjà passé de 10 à 20kB) - Extractions : o avant d’importer un fichier, j’ai voulu cliquer sur nouvelle extraction > Erreur interne -> Je n'ai pas réussi à reproduire, sur la demo ou en local o Essai d’import du fichier ListExtractionsPageHeaders-Essai1.csv, renvoie l’erreur ci-dessous alors que je me sers du fichier d’exemple : -> Corrigé, ça m'a permis d'identifier un autre soucis que j'ai corrigé. - Purifications : essai import fichier ListPurificationsPageHeaders-Essai1.csv o Au niveau du message d’erreur il faudrait remplacer repere par Numéro fraction pour que ça corresponde au champ en question -> Modifié o Suite à l’import du fichier Purification ci-dessus, le système marque « Import effectué », mais le site « tourne en boucle » -> C'est malheureusement dû au besoin de redémarrage dont il faut que j'identifie la cause précise (il doit y avoir une connexion à la base de donnée non libérée à un endroit) o Au niveau de la purification (SPPurEs01) importée via ListPurificationsPageHeaders-Essai1.csv § Lorsque l’on consulte la Purification en question, en mode édition : les différents champs correspondant aux paramètres de la purification n’apparaissent pas (même en changeant la méthode). En essayant de saisir une nouvelle purification à la main, j’ai le même comportement. -> On n'a rien changé. A vérifier en production o Essai import fichier ListPurificationsPageHeaders-Essai2.csv > avec 133 lignes pour 38 ko ça renvoie l’erreur ci-dessous concernant la taille du fichier. Peut-on augmenter cette limite ? è Cette limitation en taille a l’air d’être générale quelle que soit la fonction d’import. -> Effectivement, cela a été passé à 1Mb pour tous les imports o Lorsque l’on vient d’importer une / des purifications, elles n’apparaissent pas dans le tableau récapitulatif des purifications. Pour les « voir » on est obligé d’aller cliquer sur Purification dans le menu pour rafraichir le tableau. è C’est un comportement général au niveau des différentes interfaces, on est obligé d’aller rafraichir manuellement pour faire apparaitre les nouvelles données. -> Reste à faire o Essai import fichier ListPurificationsPageHeaders-Essai4.csv, dans ce cas de figure j’ai donné la même Ref. Purification, pour 2 purifications différentes (2 produits différents), ce que le système détecte bien : Serait-il possible de modifier le message d’erreur pour avoir dans ce cas : « L.3 : La référence de purification ‘SPPurEs03’ a déjà été donnée pour le produit W1-F01-sf01 » -> Modifié o Essai import fichier ListPurificationsPageHeaders-Essai5.csv -> RAS o Essai import fichier ListPurificationsPageHeaders-Essai6.csv, dans ce cas de figure j’ai redonné une Réf. Fraction déjà existante dans le système > Erreur interne -> Corrigé o Essai import fichier ListPurificationsPageHeaders-Essai7.csv -> RAS - Molécules : o Au niveau du fichier CSV ou dans l’info-bulle, il faudrait préciser que pour la formule développée il faut rentrer le code InChI ? Dans le CSV on pourrait mettre « code InChI » à la place de « Formule développée » ? -> Changé dans le CSV o Essai import fichier ListMoleculesPageHeaders-Essai1.csv, il me signale l’erreur sur la campagne que j’ai rentré « Exemple » à la place de « EXEMPLE » § Serait-il possible d’éviter que la casse soit discriminante ? -> Modifié o Suite à l’import réalisé avec ListMoleculesPageHeaders-Essai2.csv, il y a un problème d’affichage des molécules dans le tableau : § A la consultation de la fiche molécule importée > Erreur interne -> Le code InChI était invalide et l'import continuait quand même -> la formule développée était nulle et ce cas n'était pas géré dans les interfaces (la formule n'est pas obligatoire en base, mais toujours renseignée donc ça n'avait pas été identifié précédemment). J'ai corrigé la gestion d'erreur. Désormais Code InChI invalide = erreur et pas d'import. o Suite à l’import réalisé avec ListMoleculesPageHeaders-Essai4.csv, en ayant supprimé le code InChI § A la consultation de la fiche molécule importée > Erreur interne -> Idem au dessus. è Pour le moment tous les imports « réussis » de molécules renvoient une erreur interne à la consultation -> Idem

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Tests 15/10/2021
by Sylvain PETEK Oct. 15, 2021

Oct. 15, 2021

Bonjour à tous, Suite des tests à différents niveaux, voici ce que j'ai noté, avec ci-joint les fichiers testés: Connecté en tant qu’utilisateur « Sylvain PETEK UT » : Ø Tests de la gestion des droits sur les fonctions d’import : - Lots : essai import fichier ListLotsPageHeaders-Essai7-droit.csv, en ayant indiqué une campagne et 2 spécimens pour lesquels je n’ai pas les droits, et dont l’une des références est en minuscule o Visiblement le spécimen qu’il ne trouve pas correspond à celui en minuscule > serait-il possible d’éviter que la casse soit discriminante ? o Pour la campagne (BSM-NC) et le premier spécimen auquel je n’ai pas accès normalement, il ne signale pas d’erreur. o Essai import fichier ListLotsPageHeaders-Essai8-droit.csv, en ayant corrigé la référence du spécimen en minuscule > l’import se fait sans erreur, alors que je n’aurai pas dû pouvoir faire l’import… § Conséquence : j’obtiens l’accès aux spécimens P214 et P216 pour lesquels je n’ai pas les droits normalement, et par voie de conséquence à leur station de prélèvement, et à la fiche campagne BSM-NC, auquel je n’avais pas accès auparavant. - D’une manière générale, il faudrait qu’il y ait une vérification des droits pour pouvoir importer des données liées à d’autres préexistantes, sinon on contourne la gestion des droits. Ø Tests Administrateur de Campagne : o Sur la campagne BSM-PF, j’ai mis Sylvain PETEK UT <https://cantharella.demo.codelutin.com/campagne/view?44-2.-Campagne.adminis…> comme administrateur. § Ca fonctionne, même si <https://cantharella.demo.codelutin.com/campagne/view?44-2.-Campagne.adminis…> Sylvain PETEK UT est en ligne, il accède bien à la fiche campagne. o Connecté en tant que Sylvain PETEK UT, pour cette campagne BSM-PF : § Lorsque j’y accède en consultation, il n’y a pas le bouton « Modifier » en bas de page pour que je puisse modifier la campagne. > Il faut que je clique dans le menu sur Campagnes pour pouvoir passer en mode édition via le tableau des campagnes. > Depuis le mode Consultation, si je clique sur « précédent » au niveau du navigateur, il ne me propose pas l’icône édition au niveau du tableau des campagnes : § Une fois en mode Edition, lorsque je souhaite ajouter des droits d’accès à qq’un, en l’occurrence PETEK U Sylvain > il ne me propose qu’une liste restreinte d’échantillons, alors qu’il y en a 70… § Si l’on va sur la fiche utilisateur de Sylvain PETEK UT, on ne visualise pas qu’il a les droits sur la campagne BSM-PF. - Lorsque je lance une recherche sur cette campagne BSM-PF en tant qu’Administrateur de campagne > le système s’est mis en défaut – inaccessible Ø Tests au niveau de la Recherche : o En faisant une recherche « * » > le système s’est mis en défaut – inaccessible (le 15/10) o Si on fait la recherche uniquement sur un/des échantillons ou une espèces> ça ne le localise pas sur la carte. § Il faudrait que les stations présentes au niveau des spécimens et des lots s’affichent sur la carte. o Au niveau de la carte affichée : § si une seule station sort à l’issue de la recherche, le zoom est trop « fort », et du coup la carte ne s’affiche pas. Il faudrait dé-zoomer d’un cran pour que la carte s’affiche. § si aucune station ne sort, le zoom est très haut, centré sur l’antarctique > serait-il possible de le redescendre un peu, avec un centrage par défaut « classique » sur l’Atlantique? § Le lien pour exporter en PNG ne fonctionne pas § Certaines stations ne sont pas affichées, par exemple ci-dessous pour une recherche sur la campagne LOF-SOCIETE, il manque 3 stations /7 au niveau de cette île, alors qu’elles apparaissent bien sur la carte de l’interface campagne, et que les stations « manquantes » figurent bien dans le tableau Stations à l’issue de la recherche. En faisant une « recherche dans la zone affichée » on arrive bien à les faire apparaître. Interface Campagne LOF-SOCIETE Recherche sur LOF-SOCIETE Ø Au niveau des cartes d’une manière générale : o Serait-il possible d’avoir un zooming « plus fin », de manière à pouvoir ajuster plus finement la carte ? o Concernant le fichier KML exporté, serait-il possible d’y faire figurer les références des stations, car sinon on ne sait pas de quelle station il s’agit o Concernant le fichier GeoJSON exporté, serait-il également possible d’y faire figurer les références des stations ? o Serait-il possible d’avoir une fonctionnalité qui permette d’afficher ou non toutes les étiquettes des stations, plutôt que de devoir cliquer une à une pour savoir de quelle station il s’agit ? o Est-ce que les fichiers PNG exportés pourraient être en 1920 x 1080 (ou un format avoisinant) ? Ø Interface Campagne (testée sur BSM-Fidji) : - Au niveau de la carte : o Serait-il possible d’aligner le bord gauche avec le bord des tableaux ? o Les étiquettes des stations ne s’affichent pas quand on clique dessus. o Serait-il possible d’avoir une fonctionnalité qui permette d’afficher ou non toutes les étiquettes des stations, plutôt que de devoir cliquer une à une pour savoir de quelle station il s’agit ? Ø Interface Station (testée sur PFS04) : - Au niveau de la carte : o Quand il n’y a pas de coordonnées GPS, la carte ne s’affiche pas, et il y a malgré tout les liens (qui lorsque l’on clique dessus renvoient vers la page d’accueil) o En l’absence de coordonnées GPS, serait-il possible d’afficher la carte en la centrant sur le pays (qui est une donnée obligatoire), sans repère ? Ø Interface Molécule : o Serait-il possible de mettre la barre d’outil de ChemDoodle au-dessus de la fenêtre ? Ø Problème d’affichage du menu : A plusieurs reprises, en accédant à une interface (sous Firefox et/ou Edge), je me suis retrouvé avec un problème d’affichage du Menu comme ci-dessous, qui ne se solutionne pas en rafraichissant la page : Ø Ajout de documents >1Mo et < 5Mo réussi Merci d’avance, Bonne fin de journée et bon WE, Sylvain

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Tests 13/10/2021 : Fcts import
by Sylvain PETEK Oct. 14, 2021

Oct. 14, 2021

Bonjour à tous, Suite des tests au niveau des fonctions d'import : Voici ce que j'ai noté, avec ci-joint les fichiers testés: - Purifications : o Au niveau de la purification (SPPurEs01 <https://cantharella.demo.codelutin.com/purification/list?3-1.-ListPurificat…> ) importée via ListPurificationsPageHeaders-Essai1.csv § Toutes les fractions ont bien été importées et on peut en rajouter à la main si besoin § Lorsque l’on consulte la Purification en question, en mode édition : les différents champs correspondant aux paramètres de la purification n’apparaissent pas (même en changeant la méthode). En essayant de saisir une nouvelle purification à la main, j’ai le même comportement. Demo Cantharella (IRD) o Essai import fichier ListPurificationsPageHeaders-Essai2.csv > avec 133 lignes pour 38 ko ça renvoie l’erreur ci-dessous concernant la taille du fichier. Peut-on augmenter cette limite ? è Cette limitation en taille a l’air d’être générale quelle que soit la fonction d’import. o Lorsque l’on vient d’importer une / des purifications, elles n’apparaissent pas dans le tableau récapitulatif des purifications. Pour les « voir » on est obligé d’aller cliquer sur Purification dans le menu pour rafraichir le tableau. è C’est un comportement général au niveau des différentes interfaces, on est obligé d’aller rafraichir manuellement pour faire apparaitre les nouvelles données. o Essai import fichier ListPurificationsPageHeaders-Essai4.csv, dans ce cas de figure j’ai donné la même Ref. Purification, pour 2 purifications différentes (2 produits différents), ce que le système détecte bien : Serait-il possible de modifier le message d’erreur pour avoir dans ce cas : « L.3 : La référence de purification ‘SPPurEs03’ a déjà été donnée pour le produit W1-F01-sf01 » o Essai import fichier ListPurificationsPageHeaders-Essai5.csv § L’import de plusieurs purifications différentes au sein d’un même fichier fonctionne § Le système prend bien en compte les purifications déjà saisies/importées précédemment (essai d’import du même fichier) o Essai import fichier ListPurificationsPageHeaders-Essai6.csv, dans ce cas de figure j’ai redonné une Réf. Fraction déjà existante dans le système > Erreur interne o Essai import fichier ListPurificationsPageHeaders-Essai7.csv § Les différentes erreurs du fichier ont bien été remontées - Molécules : o Au niveau du fichier CSV ou dans l’info-bulle, il faudrait préciser que pour la formule développée il faut rentrer le code InChI ? Dans le CSV on pourrait mettre « code InChI » à la place de « Formule développée » ? o Essai import fichier ListMoleculesPageHeaders-Essai1.csv, il me signale l’erreur sur la campagne que j’ai rentré « Exemple » à la place de « EXEMPLE » § Serait-il possible d’éviter que la casse soit discriminante ? o Suite à l’import réalisé avec ListMoleculesPageHeaders-Essai2.csv, il y a un problème d’affichage des molécules dans le tableau : § A la consultation de la fiche molécule importée > Erreur interne o Suite à l’import réalisé avec ListMoleculesPageHeaders-Essai4.csv, en ayant supprimé le code InChI § A la consultation de la fiche molécule importée > Erreur interne è Pour le moment tous les imports « réussis » de molécules renvoient une erreur interne à la consultation Voilà pour le moment le tour des tests sur les fonctions d’import. Bonne AM, Sylvain

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Démo Cantharella > non accessible
by Sylvain PETEK Oct. 13, 2021

Oct. 13, 2021

Bonjour, J'ai essayé de me reconnecter ce matin, le système tourne en boucle. Merci d'avance pour votre intervention. Bonne journée, Sylvain -----Message d'origine----- De : Cantharella-devel <cantharella-devel-bounces(a)list.forge.codelutin.com> De la part de Jean Couteau Envoyé : mardi 12 octobre 2021 11:47 À : cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com Objet : [Cantharella-devel] Démo Cantharella disponible Bonjour Sylvain, nous avons terminé les développements et avons mis en place une instance de demo sur laquelle tu as déjà un compte (ce sont d'anciennes données de prod donc ça doit être tes identifiants de prod) : https://cantharella.demo.codelutin.com Tu peux maintenant effectuer les tests. N'hésite pas à nous poser des questions si besoin ou remonter les soucis rencontrés. Bonne journée. Jean _______________________________________________ Cantharella-devel mailing list Cantharella-devel(a)list.forge.codelutin.com http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/cantharella-devel

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Premiers Tests : Fcts import
by Sylvain PETEK Oct. 12, 2021

Oct. 12, 2021

Bonjour à tous, Je reviens vers vous suite à une première série de tests, au niveau des fonctions d'import. Voici ce que j'ai noté, avec ci-joint les fichiers testés: Ø Fonction d’import <> fichier CSV : - Personnes : essai import du fichier ListPersonnesPageHeaders-Essai1.csv > Erreur interne - Stations : essai import fichier ListStationsPageHeaders-Essai1.csv o le code pays est demandé > de quel code s’agit-il ? Peut-être mettre un lien vers la liste des codes pays, après l’info bulle ? o Au niveau de la longitude il n’accepte pas O, voir si possible d’ajouter O, ou alors changer l’entête de la colonne pour mettre E/W à la place de E/O o Pour long/lat, au niveau du message d’erreur, préciser le champ qui génère l’erreur o Pour le référentiel, vu qu’il n’y a qu’une seule valeur possible : WGS84, supprimer la colonne et préciser dans l’info bulle que les coordonnées sont dans ce référentiel, surtout que la saisie est « bizarre » [[WGS84]] et elle me renvoie une erreur (même en supprimant la valeur) - Specimens : essai import fichier ListSpecimensPageHeaders-Essai1.csv o Le Nom et le Prénom de l’identificateur ne sont pas des champs obligatoires. Dans mon fichier je ne l’ai pas renseigné et ça me renvoie une erreur : o Essai import ListSpecimensPageHeaders-Essai2.csv > Erreur interne - Lots : essai import fichier ListLotsPageHeaders-Essai1.csv o Pour les champs Ech Collection, Ech Identification, Ech Phylogenie, pour lesquels on attend oui / non, au niveau du message d’erreur il faudrait préciser de quel champ il s’agit, sinon on ne sait pas forcément où se situe l’erreur. o essai import fichier ListLotsPageHeaders-Essai5.csv > avec 168 lignes pour 30,2 ko ça renvoie l’erreur ci-dessous concernant la taille du fichier. Peut-on augmenter cette limite ? o Prend bien en compte : § Que les dates ne peuvent pas être dans le futur § Quand une référence de lot existe déjà - Extractions : o avant d’importer un fichier, j’ai voulu cliquer sur nouvelle extraction > Erreur interne o Essai d’import du fichier ListExtractionsPageHeaders-Essai1.csv, renvoie l’erreur ci-dessous alors que je me sers du fichier d’exemple : - Purifications : essai import fichier ListPurificationsPageHeaders-Essai1.csv o Prend bien en compte : § Que le N° de fraction doit être unique o Au niveau du message d’erreur il faudrait remplacer repere par Numéro fraction pour que ça corresponde au champ en question o Suite à l’import du fichier Purification ci-dessus, le système marque « Import effectué », mais le site « tourne en boucle » Voilà pour aujourd’hui. Bonne fin de journée, Sylvain

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Démo Cantharella disponible
by Jean Couteau Oct. 12, 2021

Oct. 12, 2021

Bonjour Sylvain, nous avons terminé les développements et avons mis en place une instance de demo sur laquelle tu as déjà un compte (ce sont d'anciennes données de prod donc ça doit être tes identifiants de prod) : https://cantharella.demo.codelutin.com Tu peux maintenant effectuer les tests. N'hésite pas à nous poser des questions si besoin ou remonter les soucis rencontrés. Bonne journée. Jean

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Re: [Cantharella-devel] Stockage des documents
by Adrien Cheype May 6, 2014

May 6, 2014

Bonjour, Éternel débat : stockage des fichiers dans la base ou le système de fichier ? http://wiki.postgresql.org/wiki/BinaryFilesInDB Si vous préférez stocker les fichiers dans la base, je n'y vois pas d'inconvénient. J'ai personnellement toujours enregistré les fichiers à part dans le système de fichier mais dans le contexte de Cantharella, le stockage dans la base suivrait une certaine logique. L'autre question qui se pose alors est : en bytea ou en BLOB (oid) ? Dans notre cas de fichier peu volumineux (cf. limitation de taille définie dans les spécs.), les deux alternatives peuvent convenir. La principale différence étant que pour bytea, les données restent dans une colonne de la table tandis que pour les BLOB, les données sont externalisées dans une table système et référencées par un oid. D'un côté, Bytea semblent être plus facile à mettre en place mais pourrait engendrer certains problèmes de performance lors de requête sur l'ensemble des documents (preload), de l'autre BLOB semble garder toujours de bonnes performances (on demand) même avec des données plus volumineuses mais nécessite de mettre en place un système de suppression automatique des BLOB lorsque la référence (oid) est supprimé (trigger, rule). Adrien Le 14/02/2013 03:23, Eric Chatellier a écrit : > Bonjour, > > Je viens de mettre à jour le serveur avec le début des > interfaces de gestion et visualisation des documents (seulement > pour les molécules avant de le généraliser). > > Concernant le stockage des fichiers attachés, peut-on > les stocker directement dans la base de données ? > > Cela simplifierais la gestion et la cohérence pour l'ajout > et la suppression. > > Techniquement, le modèle de données serait typé en byte[] > voire en InputStream (voire si vraiment ca ne fonctionne pas > en java.sql.Blob) et annoté en @Lob > -- Adrien Cheype Ingénieur en Systèmes d'Information Service « Informatique Scientifique et Appui aux Partenaires du Sud » Direction du Système d'Information (DSI) http://www.ird.fr/dsi/ http://www.ird.fr/informatique-scientifique/ INSTITUT DE RECHERCHE POUR LE DEVELOPPEMENT BP A5 - 98848 Nouméa - Nouvelle Calédonie Tél. +687 260 789

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Tests sur le problème de mémoire actuel
by Eric Chatellier April 30, 2014

April 30, 2014

Bonjour, J'ai effectué différents test concernant le problème de mémoire qui paralyse Cantharella. Le problème "semble" venir dans page de liste qui: - soit charge trop d'entité (toutes la liste d'un seul coup) - soit ne libére pas les listes chargées (mecanisme wicket de serialisation des pages) - soit quelque chose d'autre n'est pas libéré C'est forcement lié au pièce jointe dans le sens où le contenu des pièces jointe étant dans les entités, le contenu binaire est chargé, même s'il ne sert pas tant qu'on ne visualise ou modifie pas une fiche (specimen, molecules...). Il se produit plus vite avec les pièces jointes, mais ce n'est pas la cause d'origine. J'ai testé: - de détacher les listes dans les modèles de liste : la liste est rechargé à chaque fois, ca rend l'application très lente, mais au final, ca ne résoud pas le problème (peut-être qu'il arrive plus tard, mais c'est pas sûr - de déplacer le contenu binaire dans une nouvelle entité non navigable depuis le document. Cela ne charge jamais le contenu binaire sauf quand on a vraiment besoin. Par contre, cela change trop le fonctionnement pour l'edition/ajout/suppression/modification des documents avec le mecanisme de wicket (usecase). C'est wicket qui sauvegarde le contenu des entités modifiées, et on ne peut pas se permettre de faire des appels service 'autre' que celui de sauvegarde final de l'entité (specimen). - de désactiver le mecanisme de serialisation des page dans wicket (pas pris le temps de pousser vraiment car c'est compliqué). - de mettre à jour wicket (et toutes les autres librairies). C'est fait, mais cela ne corrige pas le problème. Je ne trouve pas de bonnes solutions à la gestion des contenus binaires dans wicket. Et je ne suis même pas certains que le problème soit là non plus: - il est possible que hibernate n'aime pas que l'on charge plein de byte[] d'affilé, et à force, il sature. En surchargeant le setter su contenu binaire pour ne pas le stocker (il est chargé quand même, mais pas stocké dans wicket, et donc non serialisé), le problème se produit quand même. Voilà où j'en suis. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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