January 2016 - Echobase-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Migration du dépôt de source
by Tony Chemit Jan. 18, 2016

Jan. 18, 2016

Mathieu, J'ai migré notre dépôt de source sous gitlab [1]. Je t'ai crée un compte sur le projet tu as dû recevoir un courriel pour configurer ton compte. J'ai aussi fait en sorte que l'édition du site refonctionne [2]. Pour éditer la documentation, il faut désormais que tu utilises ton compte gitlab (mdoray / ???). Dis-moi si tout est ok pour to à ce niveau. tony. [1] https://gitlab.nuiton.org/codelutin/echobase [2] http://echobase.codelutin.com/v/latest -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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Re: [Echobase-devel] [EchoBase - Anomalie #7865] Impossible d'importer des données acoustiques
by Tony Chemit Jan. 14, 2016

Jan. 14, 2016

On Thu, 14 Jan 2016 09:55:41 +0100 admin(a)forge.codelutin.com wrote: Hello, Il s'agit d'un problème de dimensionnement de la mémoire, il faut en allouer plus au tomcat lancé. Ça devient compliqué qu'à chaque fois qu'il y a un problème sur votre serveur, cela revienne chez nous. Voir ça avec Olivier, please. Merci. tony. > La demande #7865 a été mise à jour par Mathieu Doray. > > Version cible changé de 2.11 à 3.0 > % réalisé changé de 100 à 50 > > J'ai corrigé le fichier d'import de données acoustiques, qui se trouve dans le chaos ici : http://upload.codelutin.com/file.php?h=Re4c5dea36d47a4dc7c67c4a2d6305856 > > L'import se lance bien, mais après un long moment j'ai : > > type Rapport d''exception > > message > > description Le serveur a rencontré une erreur interne () qui l'a empêché de satisfaire la requête. > > exception > > java.lang.reflect.InvocationTargetException > sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) > sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) > sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) > java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:606) > com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invokeAction(DefaultActionInvocation.java:450) > com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invokeActionOnly(DefaultActionInvocation.java:289) > org.apache.struts2.interceptor.BackgroundProcess$1.run(BackgroundProcess.java:57) > java.lang.Thread.run(Thread.java:744) > > cause mère > > java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space > java.util.IdentityHashMap.resize(IdentityHashMap.java:469) > java.util.IdentityHashMap.put(IdentityHashMap.java:445) > org.hibernate.engine.internal.EntityEntryContext.addEntityEntry(EntityEntryContext.java:105) > org.hibernate.engine.internal.StatefulPersistenceContext.addEntry(StatefulPersistenceContext.java:505) > org.hibernate.event.internal.AbstractSaveEventListener.performSaveOrReplicate(AbstractSaveEventListener.java:251) > org.hibernate.event.internal.AbstractSaveEventListener.performSave(AbstractSaveEventListener.java:194) > org.hibernate.event.internal.AbstractSaveEventListener.saveWithGeneratedId(AbstractSaveEventListener.java:137) > org.hibernate.event.internal.DefaultSaveOrUpdateEventListener.saveWithGeneratedOrRequestedId(DefaultSaveOrUpdateEventListener.java:209) > org.hibernate.event.internal.DefaultSaveEventListener.saveWithGeneratedOrRequestedId(DefaultSaveEventListener.java:55) > org.hibernate.event.internal.DefaultSaveOrUpdateEventListener.entityIsTransient(DefaultSaveOrUpdateEventListener.java:194) > org.hibernate.event.internal.DefaultSaveEventListener.performSaveOrUpdate(DefaultSaveEventListener.java:49) > org.hibernate.event.internal.DefaultSaveOrUpdateEventListener.onSaveOrUpdate(DefaultSaveOrUpdateEventListener.java:90) > org.hibernate.internal.SessionImpl.fireSave(SessionImpl.java:715) > org.hibernate.internal.SessionImpl.save(SessionImpl.java:707) > org.hibernate.internal.SessionImpl.save(SessionImpl.java:702) > org.nuiton.topia.persistence.internal.support.HibernateTopiaJpaSupport.save(HibernateTopiaJpaSupport.java:191) > org.nuiton.topia.persistence.internal.AbstractTopiaDao.create(AbstractTopiaDao.java:241) > org.nuiton.topia.persistence.internal.AbstractTopiaDao.create(AbstractTopiaDao.java:276) > org.nuiton.topia.persistence.internal.AbstractTopiaDao.create(AbstractTopiaDao.java:250) > fr.ifremer.echobase.services.service.UserDbPersistenceService.createData(UserDbPersistenceService.java:281) > fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.AbstractImportDataService.createCellData(AbstractImportDataService.java:416) > fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.AcousticImportService.createCellData(AcousticImportService.java:744) > fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.AcousticImportService.createElementaryCellData(AcousticImportService.java:587) > fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.AcousticImportService.importMoviesFile(AcousticImportService.java:435) > fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.AcousticImportService.startImport(AcousticImportService.java:95) > fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.AcousticImportService.startImport(AcousticImportService.java:70) > fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.AbstractImportDataService.doImport(AbstractImportDataService.java:105) > fr.ifremer.echobase.ui.actions.importData.AbstractLaunchImport.startAction(AbstractLaunchImport.java:83) > fr.ifremer.echobase.ui.actions.importData.AbstractLaunchImport.startAction(AbstractLaunchImport.java:38) > fr.ifremer.echobase.ui.actions.AbstractWaitAndExecAction.execute(AbstractWaitAndExecAction.java:159) > sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) > sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) > > note La trace complète de la cause mère de cette erreur est disponible dans les fichiers journaux de Apache Tomcat/7.0.28. > > ---------------------------------------- > Anomalie #7865: Impossible d'importer des données acoustiques > http://forge.codelutin.com/issues/7865#change-34625 > > * Auteur: Mathieu Doray > * Statut: En attente validation client > * Priorité: Normal > * Assigné à: Tony Chemit > * Catégorie: > * Version cible: 3.0 > * Version(s) constatée(s): > * Complexité: > ---------------------------------------- > Je remplis tous les champs du formulaire d'import des données acoustiques, j'attache un fichier texte, je clique sur OK, et je reste sur la même page avec une erreur comme quoi aucun des champs n'a été bien rempli (cf PJ) > > ---Fichiers----------------------------- > Screenshot - 05012016 - 16_52_15.png (287 ko) > > -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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[ANN] - EchoBase 2.11 released
by Tony Chemit Jan. 12, 2016

Jan. 12, 2016

The EchoBase team is pleased to announce the echobase-2.11 release! The French Institute for the Exploitation of the Sea (Ifremer) has designed an open software suite for storing fisheries acoustic data and computing acoustic indicators for survey-based ecosystem monitoring. It comprises a postgreSQL database designed to store acoustic, navigation and fishing data from ecosystemic surveys (EchoBase) and a suite of R codes (EchoR) for computing fish population indicators based on Echobase data. Documentation of the project can be found here: https://echobase.codelutin.com Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o Impossible d'importer des données acoustiques Issue: 7865. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. o Pb de vesselName à l'import de données d'opération Issue: 7863. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. o Pb lors du clonage ou de la création d'une base dans l'interface java Issue: 7862. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/echobase/files * echobase-embedded-2.11.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/3597 * echobase-referentiel-2.11.echobase - http://forge.codelutin.com/attachments/download/3598 * echobase-ui-2.11-full.war - http://forge.codelutin.com/attachments/download/3599 * echobase-ui-2.11-lizmap.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/3600 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -EchoBase team

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Fwd: Re: [EchoBase - Anomalie #7865] Impossible d'importer des données acoustiques
by Mathieu Doray Jan. 12, 2016

Jan. 12, 2016

les données acoustiques http://upload.codelutin.com/file.php?h=R896392eead685274f586a50cee009cba Le 12/01/2016 14:03, admin(a)forge.codelutin.com a écrit : > La demande #7865 a été mise à jour par Tony Chemit. > > % réalisé changé de 0 à 50 > > Je viens de tester et ça fonctionne, enfin l'import se déclanche bien. Peux-tu me fournir le fichier des données acoustiques ? moi pas avoir dans le pack que tu m'as fourni. > > Merci. > > ---------------------------------------- > Anomalie #7865: Impossible d'importer des données acoustiques > http://forge.codelutin.com/issues/7865#change-34543 > > * Auteur: Mathieu Doray > * Statut: Constatée > * Priorité: Normal > * Assigné à: Tony Chemit > * Catégorie: > * Version cible: 3.0 > * Version(s) constatée(s): > ---------------------------------------- > Je remplis tous les champs du formulaire d'import des données acoustiques, j'attache un fichier texte, je clique sur OK, et je reste sur la même page avec une erreur comme quoi aucun des champs n'a été bien rempli (cf PJ) > > ---Fichiers----------------------------- > Screenshot - 05012016 - 16_52_15.png (287 ko) > > -- - no title specified Mathieu Doray, PhD Ifremer Unité Ecologie et Modèles pour l'Halieutique rue de l'Ile d'Yeu B.P. 21105 44311 Nantes Cedex 03 mathieu.doray(a)ifremer.fr Tel./Phone: 02 40 37 41 65 / International: 332 40 37 41 65 Fax : 02.40.37.40.01 / International: 332 40 37 40 01 CV / resume: http://annuaire.ifremer.fr/cv/17093/

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