- Echobase-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Nouvelle version Echobase : 4.0.14
by Jean Couteau March 20, 2018

March 20, 2018

Bonjour, nous avons produit une nouvelle version d'Echobase que tu trouveras ici : https://forge.codelutin.com/attachments/download/5119/echobase-embedded-4.0… https://forge.codelutin.com/attachments/download/5120/echobase-referentiel-… https://forge.codelutin.com/attachments/download/5121/echobase-ui-4.0.14-fu… https://forge.codelutin.com/attachments/download/5122/echobase-ui-4.0.14-li… La procédure de mise à jour reste la même que d'habitude : http://echobase.codelutin.com/v/latest/update.html Bonne journée. Jean

1 0

Nouvelle version Echobase : 4.0.13
by Jean Couteau March 2, 2018

March 2, 2018

Bonjour, nous avons produit une nouvelle version d'Echobase que tu trouveras ici : https://forge.codelutin.com/attachments/download/5072/echobase-embedded-4.0… https://forge.codelutin.com/attachments/download/5073/echobase-referentiel-… https://forge.codelutin.com/attachments/download/5074/echobase-ui-4.0.13-fu… https://forge.codelutin.com/attachments/download/5075/echobase-ui-4.0.13-li… La procédure de mise à jour reste la même que d'habitude : http://echobase.codelutin.com/v/latest/update.html Avec cette version, j'importe correctement les biometry, et j'exporte correctement pour le CIEM Bonne journée. Jean

1 0

Nouvelle version Echobase : 4.0.12
by Jean Couteau March 1, 2018

March 1, 2018

Bonjour, nous avons produit une nouvelle version d'Echobase que tu trouveras ici : https://forge.codelutin.com/attachments/download/5065/echobase-embedded-4.0… https://forge.codelutin.com/attachments/download/5066/echobase-referentiel-… https://forge.codelutin.com/attachments/download/5067/echobase-ui-4.0.12-fu… https://forge.codelutin.com/attachments/download/5068/echobase-ui-4.0.12-li… La procédure de mise à jour reste la même que d'habitude : http://echobase.codelutin.com/v/latest/update.html Bonne journée. Jean

1 0

Re: [Echobase-devel] Finalisation EchoBase Atlantos
by Julien Ruchaud Oct. 26, 2017

Oct. 26, 2017

Hello Ok c'est noté. Reviens vers moi à ton retour, on regardera ensemble. Julien Le Wed, 25 Oct 2017 18:50:10 +0200, Mathieu Doray <mathieu.doray(a)ifremer.fr> a écrit : > Salut Julien, > > Je reviens vers toi pour se prévoir un temps ensemble pour finaliser > EchoBase Atlantos. > > Il reste 2 choses à faire pour que l'export xml vers le site du CIEM > soit opérationnel : > > - il y a eu une (légère) modification du format xml requis (cf mail > ci-dessous) > > - il faut adapter le format des "SaCategory" au référentiel. > > Je pense que ça va être chaud de voir ça d'ici la fin de l'année, > mais j'anticipe pour qu'on puisse se trouver un moment en début > d'année prochaine. > > J'espère que ton intervention pourra être couverte par la maintenance > non urgente que nous avions prévue pour le logiciel. > > Je pars pour 10 jours mais serai dispo à partir du 06/11 pour en > discuter. > > Bonne soirée > > Mathieu > > > > > > -------- Message transféré -------- > Sujet : Changes to the acoustic biotic format > Date : Thu, 12 Jan 2017 09:17:17 +0000 > De : Hjalte Parner <hjalte(a)ices.dk> > Pour : Mathieu Doray <Mathieu.Doray(a)ifremer.fr> > Copie à : Anna Osypchuk <anna.osypchuk(a)ices.dk>, Mehdi Abbasi > <mehdi.abbasi(a)ices.dk> > > > > Dear Mathieu, > > Happy New Year – hope you have made it into the new year in good > shape J > > FYI We have experienced a few misinterpretation from some of the > other groups when trying to make sense out of the current acoustic > biotic format. > > Therefore we have been forced to make the following changes to the > format. > > 1.CatchSampleNumber has been replaced with CatchSpeciesCategory and > will be mandatory both within the Catch and Biology records. > > 2.CatchCategoryWeight has been removed from the Catch records. > > 3.CatchSpeciesTotalWeight has been renamed to > CatchSpeciesCategoryWeight. > > 4.CatchSpeciesTotalNumber has been renamed to > CatchSpeciesCategoryNumber. > > 5.BiologyIndividualLength has been renamed to BiologyLengthClass. > > As the changes primarily are related to rename of some of the biology > fields, it shouldn’t make any major issues for you. The biggest > change is that we apart from removing the CatchCategoryWeight, also > have removed the CatchSampleNumber and replace that field with the > original CatchSpeciesCategory which conceptually is the same and is > mandatory both in the catch and biology records and should default to > 1 if no categories are being used. The CatchSampleNumber simply > created to many misunderstandings. > > The next time you upload biotic files, please use the ‘new’ format > which as always is described using the following link: > > http://www.ices.dk/marine-data/Documents/Acoustic/ICES_Acoustic_data_format… > > We have already taken care of ‘transforming’ your current data within > the acoustic database for you. > > Don’t hesitate to contact us if you have any questions. > > Best regards, > > Hjalte > > P.S. If you like a good example, you can just download you own biotic > data file from data within database through the data portal. > > Hjalte Parner > Data Scientist > > International Council for the Exploration of the Sea > > Email hjalte.parner(a)ices.dk <mailto:hjalte.parner@ices.dk> > > > > Web: www.ices.dk <http://www.ices.dk/> > > Tel: +45 3338 6737 > > > > Fax: +45 3393 4215 > > H.C. Andersens Boulevard 44-46 > 1553 Copenhagen V. Denmark > > ICESLogo >

1 0

EchoBase 4.0.9 released
by Julien Ruchaud Dec. 14, 2016

Dec. 14, 2016

Re Voilà la version 4.0.9 avec les dernières corrections liés à l'export accoustic est disponible. Bonne journée Julien

1 0

EchoBase 4.0.7 released
by Julien Ruchaud Dec. 2, 2016

Dec. 2, 2016

Hello La version 4.0.7 avec les derniers correctifs est disponible. Attention il faut pas oublier de copier echobase-embedded-4.0.7.war sur le serveur. Bonne journée Julien

1 1

Résumé
by Julien Ruchaud Nov. 23, 2016

Nov. 23, 2016

Hello Je refais un mail pour plus de clarté : - Ticket #8799 pour le voyage name ça a été fait. - Ticket #8797 et #8789 pour les imports de donnée fismap et esdu-région, il faut vérifier la version sur le serveur. Est-ce que tu as bien passé la commander pour redéployer ? - Ticket #8796 pour l'import biometry, il manque un sampledatatype avec le nom specimenIndex en base, de plus il y a une opération qui n'existe pas en base que tu fais référence dans le fichier, dit moi si tu veux une erreur dans ce cas là ? - Pour les traductions, nous avons toujours un soucis pour pouvoir éditer les fichiers en ligne. J'ai fait la modification pour remplacer atlantos par ICES. - J'ai mis à jour la documentation en donnant un exemple pour dans l'arborescence des fichiers. - Pour les codes bateaux dans l'export, il suffit de mettre les bon code dans la table vessel de vérifier la table de vocabulaire. J'attends ton feu vert pour refaire une version. Sinon l'export beotic est bon. ++ Julien

3 4

Export atlantos
by Julien Ruchaud Nov. 23, 2016

Nov. 23, 2016

Hello J'ai pris du temps pour regarder tranquillement les soucis sur echobase. Pour les tickets, j'ai fait le tour, il reste quelques questions et quelques tris. Coté Atlantos : Pour le fichier Biotic, il reste que des soucis de vocabulaire : http://acoustic.ices.dk/ValidationReport/Index/Biotic/1110213263_Validation… Par contre le fichier Acoustic me pose plus de soucis http://acoustic.ices.dk/ValidationReport/Index/Acoustic/1110110516_Validati… - Il manque les données de calibration d'où des erreurs, j'ai vérifié et nous avons rien en base. - Le sample doit être unique, en regardant de plus prêt nous avons des ChannelDepthUpper et ChannelDepthLower avec toujours la même valeur sur des samples dans les même logs. Je pense que le calcul n'est pas bon, on se base sur DepthRefSurfaceStart mais il semble pas être présent en base. Je te mets un exmple : <Sample> <ChannelDepthUpper>0.0</ChannelDepthUpper> <ChannelDepthLower>10.0</ChannelDepthLower> <PingAxisInterval>1</PingAxisInterval> <PingAxisIntervalType IDREF="AC_PingAxisIntervalType_distance"/> <PingAxisIntervalUnit IDREF="AC_PingAxisIntervalUnit_nmi"/> <SvThreshhold>-60</SvThreshhold> <Instrument IDREF="fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument#1330625148007#0.3528879184092666"/> <Calibration IDREF=""/> <DataAcquisition IDREF="fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition#1478621739234#0.947582744139111"/> <DataProcessing IDREF="fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing#1478621739234#0.7028887092597972"/> <PingAxisIntervalOrigin IDREF="AC_PingAxisIntervalOrigin_end"/> <Data> <SaCategory IDREF="AC_SaCategory_D4"/> <Type IDREF="AC_AcousticDataType_C"/> <Unit IDREF="AC_DataUnit_m2nmi-2"/> <Value>0</Value> </Data> </Sample> <Sample> <ChannelDepthUpper>0.0</ChannelDepthUpper> <ChannelDepthLower>10.0</ChannelDepthLower> <PingAxisInterval>1</PingAxisInterval> <PingAxisIntervalType IDREF="AC_PingAxisIntervalType_distance"/> <PingAxisIntervalUnit IDREF="AC_PingAxisIntervalUnit_nmi"/> <SvThreshhold>-60</SvThreshhold> <Instrument IDREF="fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument#1330625148007#0.3528879184092666"/> <Calibration IDREF=""/> <DataAcquisition IDREF="fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition#1478621739234#0.947582744139111"/> <DataProcessing IDREF="fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing#1478621739234#0.7028887092597972"/> <PingAxisIntervalOrigin IDREF="AC_PingAxisIntervalOrigin_end"/> <Data> <SaCategory IDREF="AC_SaCategory_D4"/> <Type IDREF="AC_AcousticDataType_C"/> <Unit IDREF="AC_DataUnit_m2nmi-2"/> <Value>0</Value> </Data> </Sample> Il me faut tes éclaircissements sur les différents points pour pouvoir avancer. Merci Julien

4 23

Re: [Echobase-devel] ICES Acoustic Portal - Validation Report - File 'Acoustic_2015PELGAS2015.xml'
by Julien Ruchaud Nov. 8, 2016

Nov. 8, 2016

Tout d'abord pour info, la version 4.0.3 est disponible. Il y a pas mal d'erreur mais en regardant de plus près, ce n'est pas catastrophique : 4751 erreurs pour Biotic avec 3415 erreurs de format sur les types (entier, float, ...) et 1334 erreurs de reference SpecWoRMS après cela il reste 2 erreurs. 11944 erreurs sur Accoustic avec 1990 erreurs de log non unique et 9950 erreurs de ChannelDepthUpper should be less than ChannelDepthLower soit 4 erreurs restantes. On en rediscute demain. Julien Le Tue, 8 Nov 2016 18:27:33 +0100, Mathieu Doray <mathieu.doray(a)ifremer.fr> a écrit : > j'ai tenté l'import des fichiers xml dans le portail ICES : > http://acoustic.ices.dk/ > > et il m'a renvoyé des liens vers des "validation reports" que je te > retransmet > > Bonne soirée et merci > > Mathieu > > > > -------- Message transféré -------- > Sujet : ICES Acoustic Portal - Validation Report - File > 'Acoustic_2015PELGAS2015.xml' > Date : Tue, 8 Nov 2016 18:24:48 +0100 > De : accessions(a)ices.dk > Pour : mathieu.doray(a)ifremer.fr > Copie à : accessions(a)ices.dk > > > > ICES has recieved your file 'Acoustic_2015PELGAS2015.xml'. The > validation report is now available. > > To see the validation results and to proceed with upload, please go > to > > > > For any question or comments, please contact accessions(a)ices.dk. > > Kind regards, > ICES Data Centre > > International Council for the Exploration of the Sea > Email: accessions(a)ices.dk > Web: http://www.ices.dk > > Tel: +45 3338 6718 Fax: +45 3393 4215 > H.C.Andersens Boulevard 44 - 46 > 1553 Copenhagen V.Denmark > > Read the latest ICES Data Centre e - News > http://www.ices.dk/marine-data/Pages/default.aspx > > ------------------------------------------------------------------------ > This email has been generated by ICES Acoustic Portal

1 0

Version 4.0.2
by Julien Ruchaud Nov. 8, 2016

Nov. 8, 2016

Hello La version 4.0.2 est disponible, elle comporte les modifications suivantes : - Correction sur les opérations - Export biology pour Atlantos - Fix sur le champ dataQuality - Modification pour LengthCategorySize Tu peux la déployer avec la ligne de commande habituel. Julien

1 0