[Echobase-commits] r326 - in trunk/echobase-services/src: main/java/fr/ifremer/echobase/services main/resources/i18n test/java/fr/ifremer/echobase/services test/resources/import-data/catchesData test/resources/import-data/operation

Author: tchemit Date: 2012-02-20 23:17:44 +0100 (Mon, 20 Feb 2012) New Revision: 326 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/326 Log: continue data import Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseService.java trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/totalsample.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/gearmetadatavalue.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/operation.csv Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) @@ -49,6 +49,8 @@ import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticDataImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticDataImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.nuiton.util.csv.Import; import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; @@ -69,6 +71,10 @@ */ public class AcousticDataImportService extends AbstractImportDataService<AcousticDataImportConfiguration> { + /** Logger. */ + private static final Log log = + LogFactory.getLog(AcousticDataImportService.class); + @Override protected String getImportLabel() { return l_(getLocale(), ImportDataMode.AccousticData.getI18nKey()); @@ -260,6 +266,9 @@ if (cellType == 4) { + if (log.isDebugEnabled() ) { + log.debug("Esdu cell (" + esduCellId + ")"); + } // this is a esdu cell row // create esdu cell @@ -288,10 +297,16 @@ String elementaryCellId = esduCellId + "_" + cellNum; + if (log.isDebugEnabled()) { + log.debug("elementary cell (" + elementaryCellId + ")"); + } if (esduCell == null) { - throw new IllegalStateException( - "No esdu cell where to attach the " + - "elementary cell " + elementaryCellId); + throw new ImportException( + l_(getLocale(), "echobase.importError.esduCell.notfound", + esduCellId, + voyage.getName(), + elementaryCellId + )); } // create the elementary cell Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) @@ -223,17 +223,17 @@ Sample sample = operation.getSample(category, sampleType); -// if (sample != null) { -// -// // can not have twice same sample -// throw new ImportException( -// l_(getLocale(), "echobase.importError.duplicate.sample", -// operation.getId(), -// sampleType.getName(), -// species.getBaracoudaCode(), -// sizeCategory.getName())); -// } + if (sample != null) { + // can not have twice same sample + throw new ImportException( + l_(getLocale(), "echobase.importError.duplicate.sample", + operation.getId(), + sampleType.getName(), + species.getBaracoudaCode(), + sizeCategory.getName())); + } + if (sample == null) { // must create it Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseService.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseService.java 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) @@ -25,7 +25,7 @@ package fr.ifremer.echobase.services; /** - * Contract to place on each EchBase service to push the {@code serviceContext} + * Contract to place on each EchoBase service to push the {@code serviceContext} * inside the service. * * @author tchemit <chemit@codelutin.com> Modified: trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) +++ trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) @@ -30,6 +30,7 @@ echobase.common.voyageFile= echobase.importError.can.only.import.one.voyage.atime= echobase.importError.duplicate.sample= +echobase.importError.esduCell.notfound= echobase.importError.fromFile= echobase.importError.no.transit.between.date= echobase.importError.no.transit.imported= Modified: trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) +++ trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) @@ -29,6 +29,7 @@ echobase.common.voyageFile=Fichier des voyages echobase.importError.can.only.import.one.voyage.atime=Vous ne pouvez pas importer plus d'un voyage à la fois. echobase.importError.duplicate.sample=L'opération %s ne peut pas contenir deux échantillons de même type %s, espèce %s et taille %s +echobase.importError.esduCell.notfound=Pas de cellule esdu %s déclarée pour la campagne %s lors de l'iomport d'une cellule élémentaire %s echobase.importError.fromFile=Erreur lors de l'import du fichier %s \: %s echobase.importError.no.transit.between.date=Pas de transit trouvé pour le voyage %s entre les dates %s et %s echobase.importError.no.transit.imported=Aucun transit importé Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) @@ -29,6 +29,8 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearMetadata; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CatchesDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; @@ -76,14 +78,19 @@ CatchesDataImportService service = getService(CatchesDataImportService.class); + //FIXME : Il reste des NA + //FIXME : remove this when db will have such data + service.create(getDAO(Species.class), Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, "CARI-DAX"); + service.create(getDAO(Species.class), Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, "CENT-NIR"); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); CsvFileImportResult importResult = result.get(0); - assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 821, 0, 821); - assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 1231, 0, 1231); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 800, 0, 800); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 1198, 0, 1198); } @Test Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) @@ -82,6 +82,7 @@ OperationImportService service = getService(OperationImportService.class); + //FIXME : Encore des chalut mal nommé Chalut aa/bb au lieu de aaxbb //FIXME : remove this when db will have such data service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "AverageSpeed"); service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "VesselHeading"); Modified: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/totalsample.csv =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/totalsample.csv 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) +++ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/totalsample.csv 2012-02-20 22:17:44 UTC (rev 326) @@ -1,412 +1,401 @@ "operationID";"baracoudacode";"sizeCategory";"sampleWeight";"numberSampled";"meanLength";"meanWeight";"noPerKg";"sortedWeight" -"P0372";"DIVE-RS1";"0";0.75;0;0;0;0;0.75 -"P0372";"ENGR-ENC";"0";16.03;941;136.96;17;58.66;16.03 -"P0372";"LOPH-BUD";"0";"4.0e-03";2;55;2;500;"4.0e-03" -"P0372";"MOLA-MOL";"0";12.12;3;396.66;4040;0.24;12.12 -"P0372";"SCOM-SCO";"0";0.06;1;220;65;15.38;0.06 -"P0377";"BOOP-BOO";"0";0.52;3;253.33;173;5.76;0.52 -"P0377";"ENGR-ENC";"0";25.6;2572;118.91;10;100.48;25.6 -"P0377";"ILLE-COI";"0";0.29;1;180;295;3.38;0.29 -"P0377";"MERL-MCC";"0";17.2;50;334.2;344;2.9;17.2 -"P0377";"MICR-POU";"0";0.58;14;192.85;41;24.13;0.58 -"P0377";"SARD-PIL";"0";0.86;14;205.71;61;16.27;0.86 -"P0377";"SCOM-JAP";"0";40.2;129;332.6;310;3.22;40.2 -"P0377";"SCOM-SCO";"0";36.07;102;363.33;354;2.82;36.07 -"P0377";"TODA-EBL";"0";0.11;2;0;55;18.18;0.11 -"P0377";"TRAC-TRU";"0";229.6;1127;286.68;204;4.9;229.6 -"P0378";"ENGR-ENC";"0";41;3426;117.85;12;83.55;41 -"P0378";"MERL-MCC";"0";5.98;58;233.96;103;9.69;5.98 -"P0378";"MICR-POU";"0";0.19;1;310;195;5.12;0.19 -"P0378";"SARD-PIL";"0";39;632;200.54;62;16.2;39 -"P0378";"SCOM-JAP";"0";0.18;2;225;92;10.81;0.18 -"P0378";"SCOM-SCO";"0";9.72;32;344.68;304;3.29;9.72 -"P0378";"TRAC-TRU";"0";1.46;80;116;18;54.79;1.46 -"P0379";"ENGR-ENC";"0";525.62;32608;131.86;16;62.03;189.6 -"P0379";"EUTR-GUR";"0";0.94;8;253.33;113;8.82;0.34 -"P0379";"MERL-MCC";"0";7.04;36;287.69;195;5.11;2.54 -"P0379";"SARD-PIL";"0";26.05;363;208.85;72;13.92;9.4 -"P0379";"SCOM-JAP";"0";24.61;252;222.96;98;10.24;8.88 -"P0379";"SCOM-SCO";"0";262.81;686;366.73;383;2.61;94.8 -"P0379";"TRAC-TRU";"0";372.04;9570;162.8;39;25.72;134.2 -"P0383";"DIVE-RS2";"0";2.34;1170;0;2;500;2.34 -"P0383";"MICR-POU";"0";23.31;34281;45;1;1470.58;23.31 -"P0383";"MOLA-MOL";"0";4.92;1;420;4920;0.2;4.92 -"P0383";"MYCT-OPX";"0";0.09;97;50;1;1000;0.09 -"P0383";"SCOM-SCO";"0";0.58;780;45;1;1333.33;0.58 -"P0384";"CAPR-APE";"0";2.42;113;91.37;21;46.77;0.62 -"P0384";"ENGR-ENC";"0";982.86;60771;134.56;16;61.83;251.6 -"P0384";"MERL-MCC";"0";1.87;20;220;96;10.41;0.48 -"P0384";"MERL-MCC";"G";4.3;8;406.25;538;1.86;4.3 -"P0384";"SARD-PIL";"0";19.14;277;208.59;69;14.48;4.9 -"P0384";"SCOM-JAP";"0";115.94;1395;210.11;83;12.03;29.68 -"P0384";"SCOM-SCO";"0";30.93;102;343.84;305;3.28;7.92 -"P0384";"TRAC-TRU";"0";329.31;17522;126.94;19;53.2;84.3 -"P0384";"TRAC-TRU";"G";1.64;8;300;210;4.76;0.42 +"P0523";"ALLO-TEZ";"0";0.02;4;0;6;160;0.02 "P0385";"ALLO-TEZ";"0";0.03;7;0;5;200;0.03 -"P0385";"ASPI-OBS";"0";0.16;1;280;160;6.25;0.16 -"P0385";"ENGR-ENC";"0";2.36;170;128.92;14;72.16;2.36 -"P0385";"GALE-GAL";"0";2.76;2;655;1380;0.72;2.76 -"P0385";"MERL-MCC";"0";2.73;48;196.25;57;17.58;2.73 -"P0385";"SARD-PIL";"0";1.78;23;212.39;77;12.92;1.78 -"P0385";"SARD-SAR";"0";1.44;1;530;1440;0.69;1.44 -"P0385";"SCOM-SCO";"0";1.09;4;327.5;272;3.66;1.09 -"P0385";"SEPI-OLZ";"0";0.01;6;0;2;400;0.01 -"P0385";"TRAC-TRU";"0";4.72;177;141.35;27;37.5;4.72 -"P0389";"ENGR-ENC";"0";39.9;2576;133.1;15;64.56;39.9 -"P0389";"MERL-MCC";"0";1.01;9;245.55;113;8.86;1.01 -"P0389";"MOLA-MOL";"0";21.32;5;404;4264;0.23;21.32 -"P0389";"POLL-POL";"0";3.14;1;830;3140;0.31;3.14 -"P0389";"SARD-PIL";"0";17.9;266;203.05;67;14.87;17.9 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-51,12 +54,9 @@ "THALASSA II";"P0505";"SURF";"22/05/2011 05:45:10";46.5396551;-4.9833545;46.5666412;-4.9372575;"22/05/2011 06:53:04";46.512669;-5.0294515;"76x70" "THALASSA II";"P0506";"NUL";"22/05/2011 12:05:37";46.89181565;-4.33279955;46.9203095;-4.2784823;"22/05/2011 13:22:21";46.8633218;-4.3871168;"76x70" "THALASSA II";"P0509";"SURF";"24/05/2011 17:23:57";46.7755839;-5.06538785;46.739707;-5.1170042;"24/05/2011 18:30:39";46.8114608;-5.0137715;"76x70" -"THALASSA II";"P0510";"CLAS";"25/05/2011 07:27:42";46.9686228;-5.2053616;46.9372413;-5.2458797;"25/05/2011 08:34:33";47.0000043;-5.1648435;"76x70" -"THALASSA II";"P0511";"SURF";"25/05/2011 13:04:56";47.03671115;-5.5070321;47.0667233;-5.4681422;"25/05/2011 14:07:39";47.006699;-5.545922;"76x70" +"THALASSA II";"P0535";"CLAS";"28/05/2011 16:43:48";45.67605565;-1.8722945;45.6879498;-1.8414218;"28/05/2011 17:20:31";45.6641615;-1.9031672;"76x70" "THALASSA II";"P0512";"CLAS";"25/05/2011 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