November 2016 - Echobase-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Résumé
by Julien Ruchaud 23 Nov '16

23 Nov '16

Hello Je refais un mail pour plus de clarté : - Ticket #8799 pour le voyage name ça a été fait. - Ticket #8797 et #8789 pour les imports de donnée fismap et esdu-région, il faut vérifier la version sur le serveur. Est-ce que tu as bien passé la commander pour redéployer ? - Ticket #8796 pour l'import biometry, il manque un sampledatatype avec le nom specimenIndex en base, de plus il y a une opération qui n'existe pas en base que tu fais référence dans le fichier, dit moi si tu veux une erreur dans ce cas là ? - Pour les traductions, nous avons toujours un soucis pour pouvoir éditer les fichiers en ligne. J'ai fait la modification pour remplacer atlantos par ICES. - J'ai mis à jour la documentation en donnant un exemple pour dans l'arborescence des fichiers. - Pour les codes bateaux dans l'export, il suffit de mettre les bon code dans la table vessel de vérifier la table de vocabulaire. J'attends ton feu vert pour refaire une version. Sinon l'export beotic est bon. ++ Julien

3 4

Export atlantos
by Julien Ruchaud 23 Nov '16

23 Nov '16

Hello J'ai pris du temps pour regarder tranquillement les soucis sur echobase. Pour les tickets, j'ai fait le tour, il reste quelques questions et quelques tris. Coté Atlantos : Pour le fichier Biotic, il reste que des soucis de vocabulaire : http://acoustic.ices.dk/ValidationReport/Index/Biotic/1110213263_Validation… Par contre le fichier Acoustic me pose plus de soucis http://acoustic.ices.dk/ValidationReport/Index/Acoustic/1110110516_Validati… - Il manque les données de calibration d'où des erreurs, j'ai vérifié et nous avons rien en base. - Le sample doit être unique, en regardant de plus prêt nous avons des ChannelDepthUpper et ChannelDepthLower avec toujours la même valeur sur des samples dans les même logs. Je pense que le calcul n'est pas bon, on se base sur DepthRefSurfaceStart mais il semble pas être présent en base. Je te mets un exmple : <Sample> <ChannelDepthUpper>0.0</ChannelDepthUpper> <ChannelDepthLower>10.0</ChannelDepthLower> <PingAxisInterval>1</PingAxisInterval> <PingAxisIntervalType IDREF="AC_PingAxisIntervalType_distance"/> <PingAxisIntervalUnit IDREF="AC_PingAxisIntervalUnit_nmi"/> <SvThreshhold>-60</SvThreshhold> <Instrument IDREF="fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument#1330625148007#0.3528879184092666"/> <Calibration IDREF=""/> <DataAcquisition IDREF="fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition#1478621739234#0.947582744139111"/> <DataProcessing IDREF="fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing#1478621739234#0.7028887092597972"/> <PingAxisIntervalOrigin IDREF="AC_PingAxisIntervalOrigin_end"/> <Data> <SaCategory IDREF="AC_SaCategory_D4"/> <Type IDREF="AC_AcousticDataType_C"/> <Unit IDREF="AC_DataUnit_m2nmi-2"/> <Value>0</Value> </Data> </Sample> <Sample> <ChannelDepthUpper>0.0</ChannelDepthUpper> <ChannelDepthLower>10.0</ChannelDepthLower> <PingAxisInterval>1</PingAxisInterval> <PingAxisIntervalType IDREF="AC_PingAxisIntervalType_distance"/> <PingAxisIntervalUnit IDREF="AC_PingAxisIntervalUnit_nmi"/> <SvThreshhold>-60</SvThreshhold> <Instrument IDREF="fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument#1330625148007#0.3528879184092666"/> <Calibration IDREF=""/> <DataAcquisition IDREF="fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition#1478621739234#0.947582744139111"/> <DataProcessing IDREF="fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing#1478621739234#0.7028887092597972"/> <PingAxisIntervalOrigin IDREF="AC_PingAxisIntervalOrigin_end"/> <Data> <SaCategory IDREF="AC_SaCategory_D4"/> <Type IDREF="AC_AcousticDataType_C"/> <Unit IDREF="AC_DataUnit_m2nmi-2"/> <Value>0</Value> </Data> </Sample> Il me faut tes éclaircissements sur les différents points pour pouvoir avancer. Merci Julien

4 23

Re: [Echobase-devel] ICES Acoustic Portal - Validation Report - File 'Acoustic_2015PELGAS2015.xml'
by Julien Ruchaud 08 Nov '16

08 Nov '16

Tout d'abord pour info, la version 4.0.3 est disponible. Il y a pas mal d'erreur mais en regardant de plus près, ce n'est pas catastrophique : 4751 erreurs pour Biotic avec 3415 erreurs de format sur les types (entier, float, ...) et 1334 erreurs de reference SpecWoRMS après cela il reste 2 erreurs. 11944 erreurs sur Accoustic avec 1990 erreurs de log non unique et 9950 erreurs de ChannelDepthUpper should be less than ChannelDepthLower soit 4 erreurs restantes. On en rediscute demain. Julien Le Tue, 8 Nov 2016 18:27:33 +0100, Mathieu Doray <mathieu.doray(a)ifremer.fr> a écrit : > j'ai tenté l'import des fichiers xml dans le portail ICES : > http://acoustic.ices.dk/ > > et il m'a renvoyé des liens vers des "validation reports" que je te > retransmet > > Bonne soirée et merci > > Mathieu > > > > -------- Message transféré -------- > Sujet : ICES Acoustic Portal - Validation Report - File > 'Acoustic_2015PELGAS2015.xml' > Date : Tue, 8 Nov 2016 18:24:48 +0100 > De : accessions(a)ices.dk > Pour : mathieu.doray(a)ifremer.fr > Copie à : accessions(a)ices.dk > > > > ICES has recieved your file 'Acoustic_2015PELGAS2015.xml'. The > validation report is now available. > > To see the validation results and to proceed with upload, please go > to > > > > For any question or comments, please contact accessions(a)ices.dk. > > Kind regards, > ICES Data Centre > > International Council for the Exploration of the Sea > Email: accessions(a)ices.dk > Web: http://www.ices.dk > > Tel: +45 3338 6718 Fax: +45 3393 4215 > H.C.Andersens Boulevard 44 - 46 > 1553 Copenhagen V.Denmark > > Read the latest ICES Data Centre e - News > http://www.ices.dk/marine-data/Pages/default.aspx > > ------------------------------------------------------------------------ > This email has been generated by ICES Acoustic Portal

1 0

Version 4.0.2
by Julien Ruchaud 08 Nov '16

08 Nov '16

Hello La version 4.0.2 est disponible, elle comporte les modifications suivantes : - Correction sur les opérations - Export biology pour Atlantos - Fix sur le champ dataQuality - Modification pour LengthCategorySize Tu peux la déployer avec la ligne de commande habituel. Julien

1 0

Fichier acoustique
by Julien Ruchaud 03 Nov '16

03 Nov '16

Pour test. Julien

3 3

Fwd: log EB
by Mathieu Doray 02 Nov '16

02 Nov '16

et voilà -------- Message transféré -------- Sujet : log EB Date : Fri, 28 Oct 2016 10:26:06 +0200 De : mdoray <Mathieu.Doray(a)ifremer.fr> Pour : DORAY <Mathieu.Doray(a)ifremer.fr>

2 12