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Déploiement de la version 4.0-alpha-6
by Julien Ruchaud 05 Jul '16

05 Jul '16

Je viens de faire la version. Pour la déployer, il faut cette commande : sudo /var/local/echobase/bin/update-echobase.sh 4.0-alpha-6 Ce que contient la version : * Fix de la suppression des imports acoustic * Ajout de la date de fin dans les cellules Elementary * Ajout du numéro de cellule dans les cellules ESDU J'ai tester avec le fichier en modifiant la colonne EiLayer et en supprimant les cellules qui posaient des soucis comme les paramètres du data processing étaient différent. C'est ok de mon coté. J'ai mis 20min pour faire l'import de données et pareil pour la suppression. Tiens moi au courant du déploiement ? Si il y a un soucis, je peux passer Vendredi matin ou appel au 02 40 50 29 28. Julien Ruchaud Code Lutin

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Questions import acoustic
by Julien Ruchaud 05 Jul '16

05 Jul '16

Bonjour Je suis en train de regarder pour encore améliorer l'algo d'import acoustic. J'ai un doute en le lisant, on mets les données sur le premier transect disponible pour bateau, c'est ce qu'il faut ? Julien Ruchaud

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Cr réunion de ce matin
by Julien Ruchaud 30 Jun '16

30 Jun '16

Voici ce que j'ai noté : * Pour l'import acoustic : - depthStart sur la cellule ESDU est normal, ça donne l'offset - Ajouter dans le nom des cellules ESDU le numéro de position - Ajouter dans le nom des cellules élémentaires la date de fin, pour éviter l'erreur de duplication - Voir le soucis de suppression de l'import - (de ton coté) Garder toujours la même date sur EiLayer * Pour l'import des AncillaryInstrumentation : - Récupérer l'instrument sur le nom - Pour les voyages utilisé le nom du voyage et le nom du bateau pour identifier les transects Pour les imports de résultat pour les bouées : - Import sur une bouée seulement - Ajouter un import sur les echotypes Je tiens au courant pour la nouvelle version. Julien

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Import des résultat pour les bouées
by Julien Ruchaud 28 Jun '16

28 Jun '16

Bonjour Juste une question, je viens de commencer l'import des résultats pour les bouées, mais d'après le modèle je n'ai pas lien entre les bouées et les echotypes, est-ce normal ? Si oui, on se base alors sur l'ensemble des échotypes possibles en base, pour attaché un echotype sur le résultat. Bonne journée Julien Ruchaud Code Lutin

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Migration import de données
by Julien Ruchaud 21 Jun '16

21 Jun '16

# Import de référentiel * ajout colonne SpeciesCategory#lengthClass (#8297) * ajout colonne acousticInstrument#comments (#8171) * ajout colonne acousticInstrument#transducerBeamAngleMajor (#8171) * ajout colonne acousticInstrument#transducerBeamAngleMinor (#8171) * ajout colonne acousticInstrument#transducerBeamManufactuer (#8171) * ajout colonne acousticInstrument#transducerFrequency (#8171) * ajout colonne acousticInstrument#transducerPsi (#8171) * ajout colonne vessel#breadth (#8171) * ajout colonne vessel#comments (#8171) # Import de données ## SubSample * suppression colonne units (#8294) ## Transect * renommage comment en comments (#8171) ## Voyage * Changement de type de startPort et endPort (#8171) * Utilisation du code port et non le nom (#8171) ## Acoustic * Ajout du numéro de radiale (colonne ``label`` sur dataMetadata ``RadialNumber``) (#8222) ## Résults Esdu / Species / Size Category (#8297) * ajout colonne lengthClass * ajout colonne echotype

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RAF suite à la réunion
by Julien Ruchaud 16 Jun '16

16 Jun '16

De mon coté j'ai à faire ou finir : - 5 imports: * Faire l'import de mooring * Faire l'import de résultat de type ESDU/Echotype et ESDU/Echotype/CatégorieEspèce * Faire l'import AncillaryInstrumentation pour les transects et les mooring - mise à jour de la documentation * sur les nouveaux imports (5 imports + gear) * sur libreoffice - export au modèle Atlantos (en attente du modèle) - regarder les soucis du serveur qgis - valider l'export avec coser - régler les soucis d'import des fichiers accoustique de 400mo - aide pour l'écriture de requête et les intégrer par défaut dans l'interface Au niveau des jalons, je viens déployer une nouvelle version lundi prochain à 15h. L'idée c'est de tester avant ton départ le 8 juillet, les modifications des imports. Avant ton départ, je m'occupe de finir les imports. En espérant d'avoir les informations du format Atlantos, pour m'en occuper pendant ton absence avec les problème de performance, de coser et qgis. N'hésite pas à me dire si j'ai oublié quelques choses. Julien Ruchaud Code Lutin

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[ANN] - EchoBase 4.0-alpha-1 released
by Tony Chemit 13 May '16

13 May '16

The EchoBase team is pleased to announce the echobase-2.12.1 release! The French Institute for the Exploitation of the Sea (Ifremer) has designed an open software suite for storing fisheries acoustic data and computing acoustic indicators for survey-based ecosystem monitoring. It comprises a postgreSQL database designed to store acoustic, navigation and fishing data from ecosystemic surveys (EchoBase) and a suite of R codes (EchoR) for computing fish population indicators based on Echobase data. Documentation of the project can be found here: http://echobase.codelutin.com Requirements ------------ o Java 8 o Tomcat 8 Note d'installation ------------------- @Olivier: j'ai passé la version sur java 8. Notes de version ---------------- Première version de la 4.0. Elle contient principalement : o des mises à jour de version (passage en java 8 aussi) o amélioration sur les import de données (certains formats ont changés) o amélioration du contrôle des données importées o vérification de ne pas importer des doublons (non fini, il reste encore des zones d'ombre) Je n'ai pas encore modifié la documentation en conséquence, je m'en occupe début de semaine prochaine. Changes ------- Complete story: https://forge.codelutin.com/versions/971 Changes in this version include: New features: o Mise à jour des librairies Issue: 8168. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Passage en java 8 Issue: 8169. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Vérification des données importées Issue: 8170. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Migrate to ToPIA 3.0 Issue: 8089. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Modification de l'import SubSample Issue: 8294. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Modification de l'import biometry sample Issue: 8295. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Import résultat esdu (validation) Issue: 8296. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Import résultat esdu / espèces / taille (modification) Issue: 8297. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Import données acoustiques (modifications) Issue: 8298. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Fixed Bugs: o Vérifier que les échantillons hors-vrac sont tous importés Issue: 1659. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Changes: o Vérifier le formattage de la documentation Issue: 8178. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/echobase/files * echobase-embedded-4.0-alpha-1.zip - https://forge.codelutin.com/attachments/download/3924 * echobase-referentiel-4.0-alpha-1.echobase - https://forge.codelutin.com/attachments/download/3925 * echobase-ui-4.0-alpha-1-full.war - https://forge.codelutin.com/attachments/download/3926 * echobase-ui-4.0-alpha-1-lizmap.zip - https://forge.codelutin.com/attachments/download/3927 Downloads --------- Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Links ----- o Documentation : http://echobase.codelutin.com o Roadmap : https://forge.codelutin.com/projects/echobase/roadmap o Forge : https://forge.codelutin.com/projects/echobase Have fun! -EchoBase team -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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[CR] Réunion 5 avril 2016
by Tony Chemit 07 Apr '16

07 Apr '16

Hello, Voici les notes que j'ai prises lors cette réunion [1] . Ce n'est pas très formalisé, mais il y a l'essentiel. [1] https://gitlab.nuiton.org/codelutin/echobase/blob/develop/src/doc/reunions/… -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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[CR] Réunion 23 mars 2016
by Tony Chemit 07 Apr '16

07 Apr '16

Hello, Voici les notes que j'ai prises lors cette réunion [1] . Ce n'est pas très formalisé, mais il y a l'essentiel. [1] https://gitlab.nuiton.org/codelutin/echobase/blob/develop/src/doc/reunions/… -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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[ANN] - EchoBase 2.12.1 released
by Tony Chemit 23 Mar '16

23 Mar '16

The EchoBase team is pleased to announce the echobase-2.12.1 release! The French Institute for the Exploitation of the Sea (Ifremer) has designed an open software suite for storing fisheries acoustic data and computing acoustic indicators for survey-based ecosystem monitoring. It comprises a postgreSQL database designed to store acoustic, navigation and fishing data from ecosystemic surveys (EchoBase) and a suite of R codes (EchoR) for computing fish population indicators based on Echobase data. Documentation of the project can be found here: http://echobase.codelutin.com Note ---- @Olivier: j'ai redescendu la compatibilité de java en 7; donc tu peux redéployer sur le tomcat 7. @Olivier: j'ai corrigé le problème de déploiement des war et ils sont bien de nouveau accessibles depuis l'url indiquée dans la documentation de mise à jour (https://nexus.uiton.org/nexus/content/repositories/other-releases/fr/ifreme…) On passera en java 8 sur la prochaine version, so watch out and stay tuned! @Mathieu: Je clôture la version 3.0 et ouvre une 4.0 (Atlantos); je me charge de remplir les tickets qui dit lors de notre dernière réunion dans cette version chapeau. Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o Les war ne sont plus déployés sur le nexus Issue: 8139. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o La documentation n'est pas bien formatée Issue: 8167. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. o Impossible d'importer des données acoustiques Issue: 7865. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. o Impossible de démarrer l'application sous java 8 Issue: 8138. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Changes: o Utilisation pom 10 Issue: 8166. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/echobase/files * echobase-embedded-2.12.1.zip - https://forge.codelutin.com/attachments/download/3803 * echobase-referentiel-2.12.1.echobase - https://forge.codelutin.com/attachments/download/3804 * echobase-ui-2.12.1-full.war - https://forge.codelutin.com/attachments/download/3805 * echobase-ui-2.12.1-lizmap.zip - https://forge.codelutin.com/attachments/download/3806 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -EchoBase team -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

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