On Wed, 29 Jan 2020 11:49:41 +0100 Mathieu DORAY <Mathieu.Doray@ifremer.fr> wrote:
Le 28/01/2020 à 16:42, Jean Couteau a écrit :
j'avance, tout est bien importé sauf les biometry pour Pelgas 2015. Pourrais-tu me les envoyer ?
En PJ
Super, ça s'importe bien !
Il faudrait mettre à jour la doc en ligne d'EB avec les nouveaux champs des fichiers d'import. Le "sizeCategory" n'est par exemple pas présent dans les colonnes requises de BiometrySample <http://echobase.codelutin.com/v/latest/importData.html#biometrysample>
Doc mise à jour chez moi
Le "sizeCategory"de BiometrySample est égal à zéro pour toutes les données PELGAS2016
Ok, sauf que j'ai une opération manquante du coup (U0386), présente dans le fichier biometry mais pas operations.
Quand j'exporte les résultats, pour le D4, j'ai souvent du NA et donc pas de data à l'export -> erreur. Donc : 1. Est-ce normal de pas avoir de data ? oui, ça veut dire qu'il n'y avait pas de poisson dans la couche proche de la surface 2. Si pas de data, est-ce que je ne devrais pas ne pas exporter le sample ? 3. Si il faut quand même exporter, qu'est-ce que je mets ? Il faudrait exporter quand même le sample en mettant la valeur à zéro au lieu de NA
Ok, nickel.
L'export des echotypes dans le Vocabulary échoue car le SpeciesCategory n'est pas un entier. Pour rappel, nous utilisons alors le champ id de l'echotype qui est une chaîne de caractère et, dans mes imports vaut : 1,5,G ou vide. Du coup, les valeurs G ou vide posent problème. On avait fait ça au mois d'avril, mais peut-être n'est-ce pas bon.
Le "SpeciesCategory" de l'export CIEM echotype correspond à la colonne "id" de la table "echotype" d'EB. La valeur de cette colonne "id" doit correspondre à la colonne "label" de la table "VocabularyCIEM". Il faut exporter le "code" de la table "VocabularyCIEM" correspondant comme "SpeciesCategory" de l'export CIEM echotype.
Ok, donc : - 0 -> AC_CatchCategory_1 - G -> AC_CatchCategory_2, mais chaîne vide ? et 5 ? Quelle est la valeur par défaut ?
Il devrait y avoir des "0" et "G" dans la colonne "id" de la table "echotype" d'EB. Je n'ai que des "0" dans ma version de la base pour 2015, ce qui n'est pas normal.
Effectivement, j'ai fait la modif,mais tu ne l'as pas encore Jean