Salut Eric, Merci ca a l'air d'être exactement ce qu'on veut. - On aimerait en plus de l'abondance avoir acces à la biomasse a t-Delta - peux tu etre plus precis quant à la structure de abundanceAndRepros ? On a acces a tous les pas de temps de la saison de repro ? Le 7 avril 2015 17:03, Eric Chatellier <chatellier@codelutin.com> a écrit :
Le 26/01/2015 12:43, Stephanie MAHEVAS a écrit :
*voilà la conclusion. Est-ce que cela correspond à tes notes? *
*GetRecruitment : *migrations et changement de groupe s'opéraient sur les oeufs (groupe nul). Il est nécessaire de distinguer deux configurations : description d'une reproduction ou d'une relation stock-recrutement*. *
· *groupe 0 : groupe (age ou longueur) dans lequel apparaisse les individus qui peuvent subir de la mortalité par pêche, des migrations,
changements de classe (c'est à dire normalement le recrutement)*
· *on distingue deux équations : ponte (reproduction) et le recrutement*
· *ponte : équation appelée à chaque mois de la saison de reproduction, elle met à disposition l'abondance à t et retourne le nombre d'oeufs (matrice zone*temps). A chaque pas de temps entre l'instant de ponte et le recrutement, cette matrice subit uniqment la mortalité naturelle du groupe null. Au moment du recrutement elle subira une migration zoneRepro-zoneRecru.*
· *recrutement : équation appelée à chaque pas de temps de la saison recrutement (définie par saison de repro, etalement recru et delta), les recrues sont récupérées dans la matrice de ponte par défaut. Il est
des possible
d'écrire une relation stock-recrutement différente (constante, fonction d'autres parametres ou variables). Dans cette équation on accède aussi à l'abondance aux instants de la reproduction précédente (t-delta).*
Voici comment nous avons implémenté ce que nous avons compris:
- une équation de recrutement a été ajoutée dans la population - le code de recrutement reste inchangé (suite au dernier ajout de Benjamin) par défaut - l’équation de recrutement est appelée à tous les pas de temps
La signature de l’équation est la suivante: public double compute(SimulationContext context, TimeStep step, Population pop, AbundanceAndReproMap abundanceAndRepros, MatrixND result) throws Exception;
La matrice de recrutement "result" est celle calculée par IsisFish, si l’équation ne modifie pas cette matrice, l’équation n'a pas d'effet.
Un nouvelle objet "abundanceAndRepros" est disponible, il contient les abondances et la matrice de production de la saison correspondant au pas de temps courant (t - delta).
La nouvelle équation a donc normalement toutes les données nécessaire pour modifier le recrutement par défaut.
Si cela vous convient, je peux faire une version "4.4.0.0-rc1" de IsisFish pour tester cela.
-- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28
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