Author: echatellier Date: 2012-05-29 19:01:28 +0200 (Tue, 29 May 2012) New Revision: 84 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/isis-fish-docs/84 Log: Fix rst synthax Modified: trunk/src/site/rst/contact.rst trunk/src/site/rst/download.rst trunk/src/site/rst/history.rst trunk/src/site/rst/history/changelog.rst trunk/src/site/rst/v2/user/ScriptHilaire.rst trunk/src/site/rst/v3/devel/SyntaxeOption.rst trunk/src/site/rst/v3/index.rst trunk/src/site/rst/v3/user/inputs.rst trunk/src/site/rst/v3/user/isisFishData.rst trunk/src/site/rst/v4/devel/index.rst trunk/src/site/rst/v4/index.rst trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst trunk/src/site/rst/v4/user/installation.rst trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst trunk/src/site/rst/v4/user/scriptsR.rst trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/firstLaunch.rst trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/parameterising.rst trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/simulationPlan.rst trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/useAPI.rst trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/utilCaparmor.rst Modified: trunk/src/site/rst/contact.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/contact.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/contact.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -51,7 +51,7 @@ `Statistiques d utilisation des listes`_ -.. _Statistiques d utilisation des listes:: listStats.html +.. _Statistiques d utilisation des listes: listStats.html Les listes pour les utilisateurs ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ @@ -96,7 +96,7 @@ .. _créer un compte: http://forge.codelutin.com/account/register .. _Report de bugs: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues?set_filter=1&tracker_id=1 -.. _Demande d'amélioration :http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues?set_filter=1&tracker_id=2 +.. _Demande d'amélioration: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues?set_filter=1&tracker_id=2 .. _Roadmap: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap .. _isis-fish-devel@list.isis-fish.org: http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel .. _isis-fish-bugreport@list.isis-fish.org: http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-bugreport Modified: trunk/src/site/rst/download.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/download.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/download.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -70,4 +70,4 @@ `Site du projet`_ -.. _Site du projet::http://flr-project.org/doku.php?id=applications:isisflr +.. _Site du projet: http://flr-project.org/doku.php?id=applications:isisflr Modified: trunk/src/site/rst/history/changelog.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/history/changelog.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/history/changelog.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -31,5 +31,5 @@ Depuis la version 4, la liste des changements passé et à venir sont directement générés depuis la `forge`_. -.. _cette page:../v3/changelog.html -.. _forge:http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap?completed=1 +.. _cette page: ../v3/changelog.html +.. _forge: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap?completed=1 Modified: trunk/src/site/rst/history.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/history.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/history.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -40,8 +40,9 @@ * `Version 2`_ * `Version 3`_ - .. _historique::history/history.html - .. _journal des modifications::history/changelog.html - .. _Version 1::v1/changelog.html - .. _Version 2::v2/index.html - .. _Version 3::v3/index.html \ No newline at end of file + .. _historique: history/history.html + .. _journal des modifications: history/changelog.html + .. _Version 1: v1/changelog.html + .. _Version 2: v2/index.html + .. _Version 3: v3/index.html + \ No newline at end of file Modified: trunk/src/site/rst/v2/user/ScriptHilaire.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v2/user/ScriptHilaire.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v2/user/ScriptHilaire.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -107,7 +107,6 @@ Opérations mathématiques et concaténations ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - Les opérations mathématiques classiques telles que +, -, *, / sont définies sur les variables numériques, ainsi que l'opérateur % qui donne le reste de la division euclidienne Modified: trunk/src/site/rst/v3/devel/SyntaxeOption.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v3/devel/SyntaxeOption.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v3/devel/SyntaxeOption.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -210,7 +210,7 @@ --export|-o 'export dans un nouveau fichier (fileZip) des formules d'un certain type de forumle (formule=xxx) avec possibilité d'effectuer un filtre (name) ou - pas (*)' +pas (*)' # --vcs '<update|commit|state> [file:file+]' Modified: trunk/src/site/rst/v3/index.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v3/index.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v3/index.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -45,7 +45,7 @@ Cette version n'est plus disponible en téléchargement. -.. _FAQ:user/FAQ.html -.. _Documentation utilisateur:user/index.html -.. _Documentation développeur:devel/index.rst -.. _Note pour le passage de la version 3.1.3 a la version 3.2.0: documentation/changeVersion.html \ No newline at end of file +.. _FAQ: user/FAQ.html +.. _Documentation utilisateur: user/index.html +.. _Documentation développeur: devel/index.rst +.. _Note pour le passage de la version 3.1.3 a la version 3.2.0: documentation/changeVersion.html Modified: trunk/src/site/rst/v3/user/inputs.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v3/user/inputs.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v3/user/inputs.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -1361,7 +1361,7 @@ récupérable. #. **continuer** vers les types de navires Une fois terminées les modifications sur les types de trajets de la pêcherie, - on passe à l'étape suivante de la configuration : les types de navires. + on passe à l'étape suivante de la configuration : les types de navires. 10. **saisie des types de navires** =================================== @@ -1583,7 +1583,7 @@ #. **annuler** : Pour annuler les modifications effectués sur cet écran. -**Les équations renceontrées dans les pêcheries** +**Les équations rencontrées dans les pêcheries** ================================================ On donne ici les figures des différents éditeurs d'équations rencontrés dans Modified: trunk/src/site/rst/v3/user/isisFishData.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v3/user/isisFishData.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v3/user/isisFishData.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -191,25 +191,25 @@ Dépot de clef publique ssh sur le labs ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - Que ce soit en cliquant sur le lien pour accéder au labs ou en acceptant de - déposer la clef suite à la génération d'une nouvelle clef, la démarche pour - enregistrer votre clef est la même. +Que ce soit en cliquant sur le lien pour accéder au labs ou en acceptant de +déposer la clef suite à la génération d'une nouvelle clef, la démarche pour +enregistrer votre clef est la même. - Tout d'abord le contenu de votre clef publique est inséré dans le presse-papier, - puis un navigateur s'ouvrira sur votre page de login sur le labs. +Tout d'abord le contenu de votre clef publique est inséré dans le presse-papier, +puis un navigateur s'ouvrira sur votre page de login sur le labs. .. image:: images/add_ssh_key_00.png - Une fois authentifié, vous serez automatiquement redirigé sur votre page de - dépot de clef ssh. +Une fois authentifié, vous serez automatiquement redirigé sur votre page de +dépot de clef ssh. .. image:: images/add_ssh_key_01.png - Il vous suffit alors de positionner le curseur sur le dernier caractère de la - zone d'édition (1) (si vous aviez déjà des clefs d'enregistrées) et de coller le - contenu du presse-papier (Ctrl-v), puis valider sur le bouton **Mettre à jour** (2). +Il vous suffit alors de positionner le curseur sur le dernier caractère de la +zone d'édition (1) (si vous aviez déjà des clefs d'enregistrées) et de coller le +contenu du presse-papier (Ctrl-v), puis valider sur le bouton **Mettre à jour** (2). - Vous clef sera active dans les deux heures. +Vous clef sera active dans les deux heures. Validation de la configuration ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Modified: trunk/src/site/rst/v4/devel/index.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/devel/index.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v4/devel/index.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -29,5 +29,5 @@ * `Architecture globale`_ * `Architecture Mexico-Plan d analyse`_ -.. _Architecture globale:: architecture.html -.. _Architecture Mexico-Plan d analyse:: architectureMexico.html +.. _Architecture globale: architecture.html +.. _Architecture Mexico-Plan d analyse: architectureMexico.html Modified: trunk/src/site/rst/v4/index.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/index.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v4/index.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -50,3 +50,4 @@ .. _Exemples de scripts R: user/scriptsR.html .. _Changements version 4.0: user/changements40.html .. _Migration 3.x vers 4.0: user/migrationv3v4.html +.. _Note aux utilisateurs de CAPARMOR: user/tutorials/utilCaparmor.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -333,6 +333,7 @@ Ne serait-il pas plus judicieux de faire impacter uniquement la zone intersection entre la zone metier et la zone pop :: + (N(Zpop,t+1) ~= N(Zpop,t)-F(met)*(N(Zpop,t)*(inter(Zmet,Zpop)/Zpop)) ? Si on veut évaluer l’impact d’une AMP Zg incluse dans Zpop, @@ -350,9 +351,9 @@ * Distinguer 2 zones de population Z1=Zpop-Zg et Z2=Zg, a pour conséquence que l’abondance de Z2 ne sera pas impactée par les captures dans Z1 (permet de modéliser le fait que les poissons dans Z2 sont inféodés à cette zone):: + + N(Z1,t+1) ~= N(Z1,t)-F(met)* N(Z1,t), N(Z2,t+1)= N(Z2,t+1)-exp(-M/12) N(Z2,t) (si pas de migrations) - N(Z1,t+1) ~= N(Z1,t)-F(met)* N(Z1,t), N(Z2,t+1)= N(Z2,t+1)-exp(-M/12) N(Z2,t) (si pas de migrations) - * Pour décrire un phénomène de refuge, il faudrait peut-être rajouter une migration des individus de Z1 dans Z2 en densité dépendance... ? Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/installation.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/installation.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/installation.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -234,4 +234,4 @@ `Installation d'ISIS-Caparmor`_ -.. _Installation d'ISIS-Caparmor::installation-isis-caparmor.pdf +.. _Installation d'ISIS-Caparmor: installation-isis-caparmor.pdf Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -28,12 +28,12 @@ Cette page a pour vocation d'accueillir des scripts non génériques des utilisateurs qui souhaitent les partager. -Merci d'indiquer - * l'auteur, - * la version pour laquelle le script fonctionne, - * la région, - * de préciser, pour les plans d'analyse, de quel type ils sont (exploration, analyse de sensibilité,...) - * et de produire un descriptif de l'action du script. +Merci d'indiquer: +* l'auteur, +* la version pour laquelle le script fonctionne, +* la région, +* de préciser, pour les plans d'analyse, de quel type ils sont (exploration, analyse de sensibilité,...) +* et de produire un descriptif de l'action du script. Plans de simulation ------------------- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/scriptsR.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/scriptsR.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/scriptsR.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -40,4 +40,4 @@ `Script R pour le traitement des sorties`_ -.. _Script R pour le traitement des sorties:: ../downloads/traitementSorties.R +.. _Script R pour le traitement des sorties: ../downloads/traitementSorties.R Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/firstLaunch.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/firstLaunch.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/firstLaunch.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -41,7 +41,7 @@ `Diaporama pour visualisation hors-ligne`_ -.. _Diaporama pour visualisation hors-ligne:: ../../downloads/demo.odp +.. _Diaporama pour visualisation hors-ligne: ../../downloads/demo.odp -.. TODO JC20100604 Make the links to each page \ No newline at end of file +.. TODO JC20100604 Make the links to each page Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/parameterising.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/parameterising.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/parameterising.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -35,6 +35,6 @@ `Télécharger la base zippée`_ -.. _Télécharger l'exemple en PDF:: ../../downloads/ExempleParametrisation.pdf +.. _Télécharger l'exemple en PDF: ../../downloads/ExempleParametrisation.pdf -.. _Télécharger la base zippée:: ../../downloads/Testparam.zip \ No newline at end of file +.. _Télécharger la base zippée: ../../downloads/Testparam.zip Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/simulationPlan.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/simulationPlan.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/simulationPlan.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -131,7 +131,7 @@ `Fichiers parametres et matrice`_ -.. _Fichiers parametres et matrice:: ../../downloads/Exemple_directory.zip +.. _Fichiers parametres et matrice: ../../downloads/Exemple_directory.zip *Le script de plan de simulation* (écrit à partir de l'éditeur de scripts) permet de récupérer et modifier les valeurs des paramètres en fonction de la @@ -147,7 +147,7 @@ `Script d'analyse de sensibilite`_ -.. _Script d'analyse de sensibilite:: ../../downloads/Exemple_PlanSimulation.java +.. _Script d'analyse de sensibilite: ../../downloads/Exemple_PlanSimulation.java Plans sequentiels : exemple de calibration par la méthode du simplexe --------------------------------------------------------------------- @@ -168,7 +168,7 @@ `Script de calibration`_ -.. _Script de calibration:: ../../downloads/calibration.java +.. _Script de calibration: ../../downloads/calibration.java Lancement d'un Plan d'analyse ----------------------------- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/useAPI.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/useAPI.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/useAPI.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -132,4 +132,4 @@ pop.getNaturalDeathRate().setContent(mortalitenaturelle); -.. _Modele ISIS-Fish:: ../isisFishModel.html +.. _Modele ISIS-Fish: ../isisFishModel.html Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/utilCaparmor.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/utilCaparmor.rst 2012-05-29 16:09:40 UTC (rev 83) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/utilCaparmor.rst 2012-05-29 17:01:28 UTC (rev 84) @@ -47,7 +47,7 @@ ------------------------------------- Si la simulation s'est terminée mais les résultats n'ont pas été rapatriés, il -faut récupérer le fichier simulation-sim_...-result.zip en le copiant sur le +faut récupérer le fichier simulation-sim...-result.zip en le copiant sur le serveur d'échange par exemple :: cp *-result.zip /home/navidad/partages/echange/sigrid @@ -55,4 +55,4 @@ Commandes Unix -------------- Une page web bien utile pour les commandes Unix en general : -http://www.infres.enst.fr/%7Edanzart/unix_abrege.html#exemples \ No newline at end of file +http://www.infres.enst.fr/%7Edanzart/unix_abrege.html#exemples