Re: [Isis-fish-users] new rule: can't load class

Salut, oh oui, bien sûre, j'ai l'attaché. Fabian Stephanie MAHEVAS a écrit :

Salut tu peux nous envoyer le script? steph

Le 31/05/2012 09:32, Fabian ZIMMERMANN a écrit :

...

Bonjour,

j'essaie d'intégrer une nouvelle règle "ForcingAnnualF". Il y a toujours des erreurs dans le script, mais il était possible de l'ouvrir et travailler en ISIS. Mais après redémarrer ça ne marche plus, si j'essaie d'ouvrir la règle ISIS est comme "gelé", tout est bloqué.

Dans le debug file je trouve:

INFO [main] (CompileHelper.java:110) loadClass - Can't load class: rules.ForcingAnnualF java.lang.ClassNotFoundException: rules.ForcingAnnualF

Qu'est ce que peut causer ça ? Et qu'est ce que je peux faire pour le réparer ?

Merci d’avance !

Fabian

PS: J'ai testé les "approches normales" comme redémarrer ISIS, l'ordinateur, update Java, etc. _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

package rules; import static org.nuiton.i18n.I18n._; import static org.nuiton.i18n.I18n.n_; import java.io.File; import java.io.FileReader; import java.util.Arrays; import java.util.Collection; import java.util.List; import java.util.Map; import java.util.ArrayList; import java.util.HashSet; import java.util.Set; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.nuiton.math.matrix.MapFunction; import org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory; import org.nuiton.math.matrix.MatrixND; import org.nuiton.math.matrix.MatrixIterator; import org.nuiton.util.FileUtil; import scripts.ResultName; import scripts.RuleUtil; import scripts.SiMatrix; import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; import fr.ifremer.isisfish.entities.EffortDescription; import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier; import fr.ifremer.isisfish.entities.Population; import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup; import fr.ifremer.isisfish.entities.Species; import fr.ifremer.isisfish.entities.Strategy; import fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyMonthInfo; import fr.ifremer.isisfish.entities.TargetSpecies; import fr.ifremer.isisfish.entities.Zone; import fr.ifremer.isisfish.rule.AbstractRule; import fr.ifremer.isisfish.simulator.MetierMonitor; import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationParameter; import fr.ifremer.isisfish.simulator.PopulationMonitor; import fr.ifremer.isisfish.simulator.ResultManager; import fr.ifremer.isisfish.types.TimeStep; import fr.ifremer.isisfish.types.Month; import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; /** * GraviteVPUE1Anchois.java * * Created: 26 aout 2008 * * @author anonymous <anonymous@labs.libre-entreprise.org> * @version $Revision: 1.2 $ * * Based on: $Date: 2008-10-23 08:59:38 $ by : $Author: Stephanie $ * Updated: $Date: 2012-05-29 */ public class ForcingAnnualF extends AbstractRule { /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ static private Log log = LogFactory.getLog(ForcingAnnualF.class); @Doc("Considered species") public Species param_species = null; @Doc(value = "do the doc of F species1") public String F_Group_Species1 = "Inputs/F_Group_Hake.csv"; @Doc(value = "do the doc of Catches species1") public String Prop_F_Str_Species1 = "Inputs/PropCatch_Strategy_Hake.csv"; protected File FSpecies1; protected File PropFSpecies1; protected MatrixND matrixFSpecies1; protected MatrixND matrixPropFSpecies1; // protected List<Metier> metiers; // interdit de faire des set sur les strategies de la map, il faut recuperer les strategies de la date courante // protected Map<String, Strategy> mesStrategies; public String[] necessaryResult = { // put here all necessary result for this rule // example: // ResultName.MATRIX_BIOMASS, // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET, //ResultName.MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET, //ResultName.MATRIX_EFFORT_PER_STRATEGY_MET, ResultName.MATRIX_FISHING_MORTALITY, // garder la , }; public String[] getNecessaryResult() { return this.necessaryResult; } /** * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur la regle. * * @return L'aide ou la description de la regle */ public String getDescription() throws Exception { return _("Setting the Fishing Mortality per population, group, str and metier using Monthly_F_Group_Species1 and Monthly_Prop_F_PerStrategy"); /* Algorithm : 1. reading the two ascii files Monthly_F_Group_Species1 = matrix (NgGroup , NbSimulationYears) containing Species1_Fishing mortality per month and per group Monthly_Prop_F_Str_Species1 = matrix (NbStr, 12*NbSimulationYears) containing the proportion of F exerted by each strategy per month on each group these values can be derived from the proportion of catch 2. at each time step, from Isis variables compute p(str,metier) = PropStrMonth(str,metier,date)/sumOverMetiers PropStrMonth(str,metier,date) From rule's inputs : p(str,g) = matrixMonthlyPropFSpecies1(str,g,step) Compute F(pop,g,str,m,z_pop) = [NbCells(z_pop)/NbCells(zPresence_pop(step))]*p(str,g) *p(str,metier)* matrixMonthlyFSpecies1[g,step.getYear()] */ } /** * function used to initialise MatrixND to NaN double */ private MapFunction nanFunction = new MapFunction() { public double apply(double value) { return Double.NaN; } }; /** * Appele au demarrage de la simulation, cette methode permet d'initialiser * des valeurs * * @param simulation * La simulation pour lequel on utilise cette regle */ public void init(SimulationContext context) throws Exception { TimeStep step = new TimeStep(0); SimulationParameter param = context.getSimulationStorage() .getParameter(); int lastTimeStep = param.getNumberOfYear()* Month.NUMBER_OF_MONTH; List<TimeStep> steps = new ArrayList<TimeStep>();// comment mettre la liste des steps de la simulation? for (int i=1; i<=lastTimeStep;i++){ steps.add(step); step.next(); } param_species = (Species) context.getDB().findByTopiaId(param_species.getTopiaId()); PopulationMonitor popMon = context.getPopulationMonitor(); List<Population> pops = popMon.getPopulation(param_species); List<PopulationGroup> groups = pops.getPopulationGroup();// A VERIFIER liste des groupes de species 1 List<Strategy> strs = SiMatrix.getSiMatrix(context).getStrategies(step); // for (Population pop : param_species.getPopulation()) { // if (pop.getSpecies().equals(param_species)) { // List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); // List<Strategy> strs = SiMatrix.getSiMatrix(context).getStrategies(step); // } //} // Population pop = species.getPopulation(); // A VERIFIER liste des groupes de species 1 // load coefficients of relation others file in a matrix if (F_Group_Species1 == null || "".equals(F_Group_Species1)) { FSpecies1= FileUtil.getFile(".*.csv", "fichier 0 csv separateur ';'"); } else { FSpecies1 = new File(F_Group_Species1); } if (Prop_F_Str_Species1 == null || "".equals(Prop_F_Str_Species1)) { PropFSpecies1= FileUtil.getFile(".*.csv", "fichier 0 csv separateur ';'"); } else { PropFSpecies1 = new File(Prop_F_Str_Species1); } // creation de mes strategies qui ne contient pas les espagnols //mesStrategies = new HashMap<String, Strategy>(); //for(Strategy str : strs) { // mesStrategies.put(str.getName(), str); //} matrixFSpecies1 = MatrixFactory.getInstance().create( "matAnnualFSpecies1", new List[] { groups, steps }, new String[] { "Groups", "Steps" }); matrixPropFSpecies1 = MatrixFactory.getInstance().create( "matrixPropCatchSpecies1", new List[] { strs,groups, steps }, new String[] { "Strategies", "Groups","TimeStep" }); matrixFSpecies1.importCSV(new FileReader(FSpecies1), new int[] { 0, 0 }); matrixPropFSpecies1.importCSV(new FileReader(PropFSpecies1), new int[] { 0, 0, 0 }); // comment le fichier doit-il etre structuré? log.info("matrixMonthlyFSpecies1 : " + matrixFSpecies1); log.info("matrixMonthlyPropFSpecies1 : " + matrixPropFSpecies1); } /** * La condition qui doit etre vrai pour faire les actions * * @param simulation * La simulation pour lequel on utilise cette regle * @return vrai si on souhaite que les actions soit faites */ public boolean condition(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) throws Exception { return true; // on y passe a chaque pas de temps } /** * Si la condition est vrai alors cette action est executee avant le pas de * temps de la simulation. * * @param simulation * La simulation pour lequel on utilise cette regle */ // Booleen permettant de ne boucler que sur un seul metier dans la preaction : boolean first = true; public void preAction(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) throws Exception { if (log.isDebugEnabled()) { log.debug("first = " + first + "step:" + step); } log.info("first = " + first + " ,on passe dans la preaction ?"); if (first) { // on passe dans preaction pour la premiere fois log.info("Oui, preaction : "); List<Strategy> strs = SiMatrix.getSiMatrix(context).getStrategies( step); param_species = (Species) context.getDB().findByTopiaId(param_species.getTopiaId()); SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); PopulationMonitor popMon = context.getPopulationMonitor(); Population pop = siMatrix.getPopulation(step); List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); List<Zone> zones = pop.getPopulationZone(); List<Metier> metiers = SiMatrix.getSiMatrix(context).getMetiers( step); MatrixND N = popMon.getN(pop); ResultStorage resultmanager = context.getSimulationStorage() .getResultStorage(); //on commence par creer une instance de resultats de matrice Fishing Mortality MatrixND FishingMortality = MatrixFactory .getInstance() .create( ResultName.MATRIX_FISHING_MORTALITY, new List[] { strs, metiers,groups,zones }, new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers"),n_("Groups"),n_("Zones") }); log.info("Avant Calcul FishingMortality " + FishingMortality); // calcul de propNbcell(zone)/Nbcell(ZonePresence) par group MatrixND NbCellZonePresencePerGroupPop = MatrixFactory .getInstance() .create( "matNbCellZonePresencePerGroupPop", new List[] { groups }, new String[] {n_("Groups") }); log.info("Avant Calcul NbCellZonePresencePerGroupPop " + NbCellZonePresencePerGroupPop); int NbCellPerPopGroup = 0; for (PopulationGroup group : groups) { for (Zone zone : zones) { if (N.getValue(pop,group,zone,step) != 0) NbCellPerPopGroup += zone.sizeCell(); } NbCellZonePresencePerGroupPop.setValue(group,NbCellPerPopGroup); NbCellPerPopGroup = 0; } log.info("Apres Calcul NbCellZonePresencePerGroupPop " + NbCellZonePresencePerGroupPop); MatrixND SommePropStr = MatrixFactory .getInstance() .create( "matSommePropStr", new List[] { strs }, new String[] {n_("Strategies") }); log.info("Avant Calcul SommePropStr " + SommePropStr); double somme = 0; for (Strategy str : strs) { log.info("Boucle de calcul de PropStr : " + str.getName()); StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(step .getMonth()); Collection<EffortDescription> strMet = str .getSetOfVessels().getPossibleMetiers(); for (EffortDescription ed : strMet) { Metier strMetier = ed.getPossibleMetiers(); double prop = smi.getProportionMetier(strMetier); somme += prop; } SommePropStr.setValue(str,somme); somme = 0; //remise à 0 } log.info("Apres Calcul SommePropStr " + SommePropStr); // calul de F(pop,group,str,metier,zone) for (PopulationGroup group : groups) { double NbCellGroup = NbCellZonePresencePerGroupPop.getValue(group); double FpopGroup = matrixFSpecies1.getValue(group,step); for (Zone zone : zones) { if (N.getValue(pop,group,zone,step) != 0) { double propZone = zone.sizeCell()/NbCellGroup; for (Strategy str : strs) { StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(step .getMonth()); Collection<EffortDescription> strMet = str .getSetOfVessels().getPossibleMetiers(); double propStr = SommePropStr.getValue(str); double propFstr = matrixPropFSpecies1.getValue(str,group,step); for (EffortDescription ed : strMet) { Metier strMetier = ed.getPossibleMetiers(); double prop = smi.getProportionMetier(strMetier); double FPopGroupZoneStrMet = propZone*FpopGroup*(prop/propStr)*propFstr; FishingMortality.setValue(str,strMetier,group,zone,FPopGroupZoneStrMet); } } } } // remplissage de FishingMortality dans le resultManager resultmanager.addResult(step,pop,ResultName.MATRIX_FISHING_MORTALITY,FishingMortality); first = false; }// fin de first= true if (log.isDebugEnabled()) { log.debug("fin ForcingMonthlyF avant"); } } } /** * Si la condition est vrai alors cette action est executee apres le pas de * temps de la simulation. * * @param simulation * La simulation pour lequel on utilise cette regle */ public void postAction(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) throws Exception { first = true; } }