Bonjour Eric, Voici la réponse du responsable du Cluster. Si jamais vous préférer sortir de la liste user pour échanger à ce sujet, son adresse mail est jerome.lefevre@ird.fr De Jérôme Lefèvre (Administrateur Cluster Nouméa) Bonjour, Nous disposons d'un cluster à base de bi-pocesseur Opteron (4 cores par machine) totalisant 40 Cores, sous OS Fedora core 8 et gestionnaire de job PBS (Torque) Nous l'utilisons à des fins de calculs intensifs pour les codes Ocean/Atmosphère (WRF, MARS, ROMS ...). Le système OS installé est dégraissé (par exemple Java n'est pas installé), mais je peux l'ajouter si besoin. Pour le lancement, Bastien m'a parlé d'un module Java qui se charge de l'interaction avec Caparmor, c-a-d, je suppose, avec le gestionnaire de job installé sur Caparmor. Est-ce cela ? Comment faire en sorte que le module de lancement des jobs discute avec PBS ? Enfin, quelles sont les prerequis software pour permettre l'utilisation du logiciel Isis Fish sur notre cluster (voir descriptif Cluster pièce jointe) ? Idealement, on souhaiterait lancer isis Fish sur les noeuds du cluster en passant par le gestionnaire de Job PBS. On peut s'arranger pour installler les composant d'Isis Fish sur chaque noeuds de calcul ou alors sur l'espace HOME partagé par les noeuds via le système de fichier partagé NFS. La base de donnée IsisFish pouvant elle être installée sur l'espace partagé HOME. On ne pourra pas utiliser l'interface graphique sous Windows, l'environnement du cluster étant accessible que sous Linux. Merci Jérôme Lefèvre Bastien Preuss a écrit :
-----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : lundi 1 mars 2010 20:17 À : isis-fish-users@list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Cluster
Le 28/02/2010 22:36, Bastien Preuss a écrit :
Bonjour à tous,
Bonjour,
Une nouvelle question pour les informaticiens !
Après quelques échanges de mails, il semble donc quil ne me sera pas possible dutiliser Caparmor
Cependant, nous disposons dun Cluster ici, qui fait habituellement tourner des modèles hydrodynamiques.
La machine est disponible régulièrement, donc je pense pouvoir lutiliser.
La personne qui gère le cluster me demande si mon modèle peut être parallélisé et tourner sur plusieurs CPU, jimagine que cest déjà ce qui est fait avec Caparmor ?
En fait non, une simulation n'est pas parallélisable. Ce qui est "parallélisé" c'est les plans de simulation et les plans d'analyse. Plusieurs simulations tournent en même temps, mais chaque simulation utilise un seul coeur (processeur).
Je voulais donc 1) juste avoir cette petit confirmation.
Et 2) savoir comment techniquement je pourrais faire tourner Isis sur un Cluster ? Jimagine que je ne pourrais pas faire de lancement à distance ? Et quil me faudra installer ISIS sur le cluster puis venir avec une clef USB pour copier ma base et enfin lancer les simus directement à partir du terminal du cluster ?????
Ça dépend. Voulez vous faire tourné des simulations isolées ? Ou plutôt un ensemble de simulation ?
Pour ce qui de l'accès, on accede à caparmor via le protocole ssh (si c'est un serveur linux, il devait être présent), l'envoi de simulation, le lancement et la récupération des résultats se fait ainsi.
Par contre, sur caparmor, il y a un "ordonnanceur" de jobs, qui fait que même si on envoi 1000 simulations, il les fera 16 par 16 pour ne pas nuire aux performances du système. Pouvez vous vous renseigner pour savoir si un équivalent existe ?
Merci de vos éclaircissements.
Bonne journée.
Bastien