September 2015 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

[ANN] IsisFish 4.4.0.0-rc-3 (pour test)
by Eric Chatellier Dec. 8, 2015

Dec. 8, 2015

Bonjour, Je viens de préparer une nouvelle version de test : 4.4.0.0-rc-3. Cette version n'est pas compatible avec les précédentes, donc les regions déjà migrées en 4.4 devront être migrées à nouveau. Le dossier isis-fish-data ne compilera entierrement qu'avec la version "rc-3" à cause des changements sur la region. Elle contient en particulier des améliorations graphiques: * #7149: Détecter la non présence de "package" dans un script * #7230: Cannot restore sensitivity analysis factor on rule * #7223: Ajouter une option pour supprimer les resultats en fin de simulation (après les exports). * #7224: Ajouter des champs dans la region pour changer la methode de calcul de F * #7210: Add result storage to manage resultat as script files * #7222: Ajouter le calcul de landing weight Téléchargement: * http://forge.codelutin.com/attachments/download/3290/isis-fish-4.4.0.0-rc-3… Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Modification en cours concernant le recrutement
by Eric Chatellier Oct. 27, 2015

Oct. 27, 2015

Bonjour, Voici la liste des modifications à apporter pour finaliser la version 4.4. Equation de recrutement ----------------------- L'idée principale est de simplifier l'utilisation des données en utilisant l'indice du mois dans la saison (donc 0, 1...) et non un calcul compliqué en utilisant (step, etalement, et gap). Modification: * Remplacer la map ReproductionDataMap en RecruitementInputMap * dans cette map, utiliser les indices de la saison de *reproduction* Exemple, pour une saison de reproduction Janvier/Février, un gap de 6 mois, et un etalement de 3 mois, l'equation de reproduction sera appelée 4 fois (nombre de mois reproduction + nombre de mois d'étalement - 1). les indices seront les suivants: - Juillet (0: données correspondant à l'étalement de Janvier) - Aout (0: données correspondant à l'étalement de Janvier, 1: données correspondant à l'étalement de Février) - Septembre (0: données correspondant à l'étalement de Janvier, 1: données correspondant à l'étalement de Février) - Octobre (0: pas de données, 1: données correspondant à l'étalement de Février) On remarque qu'au premier appel et au dernier appel, les données ne sont pas complete. Il n'y a pas encore (ou plus) d'étalement de la reproduction sur le mois courant. RecruitementData ---------------- La solution choisie a été de TOUJOURS disposer des données (biomasse, abondance, reproduction) correspondant au mois de reproduction, et d'une nouvelle donnée "recruitementContribution" qui n'est valable que pendant la période de recrutement. Si la saison de reproduction a deux mois, l’équation de recrutement sera appeler avec deux valeurs d'indice (0 et 1), mais parmis ces deux valeurs, recruitementContribution ne sera pas toujours disponible. Il a été décider d'utiliser "null" pour "recruitementContribution" dans le cas où l’équation est appelée hors période de recrutement. Appel de l'equation ------------------- L'equation ne sera pas appélée si aucun mois ne porte sur une période de recrutement, et donc que la map RecruitementInputMap ne contient que des valeurs ou "recruitementContribution" est null. Parametres ---------- Liste des parametres de l'equation de recrutement: step pop recruitementInputs result Liste des parametres de RecruitementInput: biomass aboundance, recruitementContribution Exemple (1 seul mois de repro) ------------------------------ double k = 120000; RecruitmentInput r0 = recruitmentInputs.get(0); MatrixND biomass = r0.getBiomass(); double allBiomass = biomass.sumAll(); Double p = r0.getRecruitmentContibution(); if (p != null) { double res = k * allBiomasss * p; for (Zone z : pop.getRecruitmentZone()) { result.setValue(pop.getPopulationGroup().get(0), res); } } return 0; Exports ------- Historiquement, les exports fonctionnaient à la fin de la simulation. Mais si les résultats n'étaient pas disponibles à ce moment là, ce n'est plus possible. La version 4.4 ajoute la possibilité de faire les exports par "pas de temps", et donc de fonctionner dans tous les cas. Pour la version 4.4: réecrire les export par pas de temps autant que possible. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Sept. 30, 2015

Sept. 30, 2015

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Journée annuelle des utilisateurs/développeurs ISIS
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr Sept. 29, 2015

Sept. 29, 2015

Bonjour à tous comme tous les ans nous organisons la journée des utilisateurs/développeurs ISIS. Au menu des réjouissances, évolutions, applications, projets en cours et à venir! Cette année la ISIS's party se tiendra le 15 décembre à Nantes en salle 3. Merci de bloquer cette date dans votre agenda et pour ceux qui viennent de loin d'engager leur mission. A très bientôt Stéphanie et Sigrid

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