July 2014 - Isis-fish-commits - mailman.cloud.codelutin.com

r4093 - in trunk: . src/main/java/fr/ifremer/isisfish
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 30 Jul '14

30 Jul '14

Author: echatellier Date: 2014-07-30 12:25:30 +0200 (Wed, 30 Jul 2014) New Revision: 4093 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4093 Log: Prepare next iteration Modified: trunk/pom.xml trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2014-07-30 09:25:51 UTC (rev 4092) +++ trunk/pom.xml 2014-07-30 10:25:30 UTC (rev 4093) @@ -513,8 +513,8 @@ <distributionManagement> <site> - <id>doc.${platform}</id> - <url>${our.site.repository}/isis-fish</url> + <id>${siteDeployId}</id> + <url>${siteDeployUrl}</url> </site> </distributionManagement> Modified: trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java =================================================================== --- trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java 2014-07-30 09:25:51 UTC (rev 4092) +++ trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java 2014-07-30 10:25:30 UTC (rev 4093) @@ -128,7 +128,7 @@ * migration de donnees demande automatiquement un changement de version * d'application. */ - protected final static Version version = new Version(4, 3, 1, 0); + protected final static Version version = new Version(4, 3, 1, 1); protected final static Version majorVersion = new Version(version.getNumber(0)); protected final static Version databaseVersion = new Version(

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[ANN] - IsisFish 4.3.1.0 released
by codelutin.com Release Notification 30 Jul '14

30 Jul '14

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.3.1.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://doc.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Optimisation de simulateur par cellule Issue: 5497. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. o Ajouter une estimation du temps de simulation restant durant la simulation Issue: 5499. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. o Optimiser tous les calculs économiques (GravityModel) Issue: 5500. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. o Pouvoir afficher les résulats de n'importe quelle simulation (même si on a plus les scripts en local ou la base) Issue: 5503. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. o Don't use file for hashcode Equation content during simulation Issue: 4831. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. o Ajouter dans la configuration la possibilité de choisir le type d'implantation de matrice (dense, creuse) Issue: 5421. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. o Ajout d'un nouveau type de stockage des resultats dans un format pseudo CSV compressé Issue: 5422. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. o Ajout de plus de statistiques dans le résumer de simulation Issue: 5423. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. o Réécriture de méthode dans SiMatrix pour de meilleurs performance. Issue: 5424. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. o Improve windows bat script to set R_HOME and PATH Issue: 828. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Simplification du filtre de recherche de simulations Issue: 424. Thanks to Jean Couteau. Resolved by echatellier. o Ajouter la distribution de recrutement par zone et de distribution de reproduction en facteur Issue: 4054. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Replace prescript bsh interpreter by compiled java Issue: 4289. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Ajouter le support des scripts de calibration Issue: 4803. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Support jsch proxy command to allow using caparmor outside ifremer network Issue: 5243. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Ré-écriture de la règle TailleMin pour de meilleurs performance Issue: 5495. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. o Diminuer la taille du cache Issue: 5501. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. o Ajout du nom du type d'équation dans le nom du fichier Java généré Issue: 5552. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. Fixed Bugs: o Il manque la cause des erreurs dans la StackTrace du message affiché à l'utilisateur Issue: 5502. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. o When stop simulation, no end date and no statistics in log Issue: 3953. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. o PopulationMonitor.getDiscard retourne toujours null Issue: 5504. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. o Améliorer les performances gobales de simulation Issue: 4647. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o quand recharge ancienne simulation, isis ne garde pas le simulateur associé Issue: 3955. Thanks to Sigrid Lehuta. Resolved by echatellier. o Equation factor are not working during sensitivity analysis Issue: 5207. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o les groupes de facteurs continus se "dégroupent" en chargeant une ancienne AS Issue: 5239. Resolved by echatellier. o Les plans de simulations continuent alors que la simulation n'a pas encore été téléchargées depuis caparmor Issue: 5244. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Réintroduire la possibilité de définir des facteurs continus sur des matrices Issue: 5245. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o La matrice résultat d'abondance ne contient pas de nom de dimension Issue: 5498. Thanks to Benjamin Poussin. Resolved by bpoussin. o NPE in method StrategyMonthInfoImpl#getMetierWithProportion() Issue: 5464. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by bpoussin. Changes: o Faire du profiling de temps de simulation pour déterminer où les simulations passent du temps Issue: 3937. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by bpoussin. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.3.1.0-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/2120 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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r4092 - trunk
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 30 Jul '14

30 Jul '14

Author: echatellier Date: 2014-07-30 11:25:51 +0200 (Wed, 30 Jul 2014) New Revision: 4092 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4092 Log: [maven-release-plugin] prepare for next development iteration Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2014-07-30 09:25:45 UTC (rev 4091) +++ trunk/pom.xml 2014-07-30 09:25:51 UTC (rev 4092) @@ -11,7 +11,7 @@ <groupId>fr.ifremer</groupId> <artifactId>isis-fish</artifactId> - <version>4.3.1.0</version> + <version>4.3.1.1-SNAPSHOT</version>  <dependencies> @@ -688,9 +688,9 @@   <scm> - <connection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/tags/isis-fish-4.3.1.0</connection> - <developerConnection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/tags/isis-fish-4.3.1.0</developerConnection> - <url>https://svn.codelutin.com/isis-fish/tags/isis-fish-4.3.1.0</url> + <connection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/trunk</connection> + <developerConnection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/trunk</developerConnection> + <url>https://svn.codelutin.com/isis-fish/trunk</url> </scm> <repositories>

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r4091 - in tags: . isis-fish-4.3.1.0
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 30 Jul '14

30 Jul '14

Author: echatellier Date: 2014-07-30 11:25:45 +0200 (Wed, 30 Jul 2014) New Revision: 4091 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4091 Log: [maven-release-plugin] copy for tag isis-fish-4.3.1.0 Added: tags/isis-fish-4.3.1.0/ Property changes on: tags/isis-fish-4.3.1.0 ___________________________________________________________________ Added: svn:mergeinfo + /branches/4.0.0-svnkit:3665-3698 /branches/4.0.1:3616-3968 /branches/4.1:3601-3670 Added: svn:ignore + maven.log target velocity.log .classpath .project isis-fish.ipr isis-fish.iws isis-fish.iml .settings bin nbproject Inputs_Langoustine .idea

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r4090 - trunk
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 30 Jul '14

30 Jul '14

Author: echatellier Date: 2014-07-30 11:25:39 +0200 (Wed, 30 Jul 2014) New Revision: 4090 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4090 Log: [maven-release-plugin] prepare release isis-fish-4.3.1.0 Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2014-07-30 09:19:33 UTC (rev 4089) +++ trunk/pom.xml 2014-07-30 09:25:39 UTC (rev 4090) @@ -11,7 +11,7 @@ <groupId>fr.ifremer</groupId> <artifactId>isis-fish</artifactId> - <version>4.3.1.0-SNAPSHOT</version> + <version>4.3.1.0</version>  <dependencies> @@ -688,9 +688,9 @@   <scm> - <connection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/trunk</connection> - <developerConnection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/trunk</developerConnection> - <url>https://svn.codelutin.com/isis-fish/trunk</url> + <connection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/tags/isis-fish-4.3.1.0</connection> + <developerConnection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/tags/isis-fish-4.3.1.0</developerConnection> + <url>https://svn.codelutin.com/isis-fish/tags/isis-fish-4.3.1.0</url> </scm> <repositories>

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r4089 - trunk
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 30 Jul '14

30 Jul '14

Author: echatellier Date: 2014-07-30 11:19:33 +0200 (Wed, 30 Jul 2014) New Revision: 4089 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4089 Log: Revert release Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2014-07-30 09:10:08 UTC (rev 4088) +++ trunk/pom.xml 2014-07-30 09:19:33 UTC (rev 4089) @@ -11,7 +11,7 @@ <groupId>fr.ifremer</groupId> <artifactId>isis-fish</artifactId> - <version>4.3.1.0</version> + <version>4.3.1.0-SNAPSHOT</version>  <dependencies> @@ -688,9 +688,9 @@   <scm> - <connection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/tags/isis-fish-4.3.1.0</connection> - <developerConnection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/tags/isis-fish-4.3.1.0</developerConnection> - <url>https://svn.codelutin.com/isis-fish/tags/isis-fish-4.3.1.0</url> + <connection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/trunk</connection> + <developerConnection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/trunk</developerConnection> + <url>https://svn.codelutin.com/isis-fish/trunk</url> </scm> <repositories>

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r4088 - trunk
by maven-release＠users.forge.codelutin.com 30 Jul '14

30 Jul '14

Author: maven-release Date: 2014-07-30 11:10:08 +0200 (Wed, 30 Jul 2014) New Revision: 4088 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4088 Log: [maven-release-plugin] prepare release isis-fish-4.3.1.0 Modified: trunk/pom.xml Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2014-07-30 09:05:46 UTC (rev 4087) +++ trunk/pom.xml 2014-07-30 09:10:08 UTC (rev 4088) @@ -11,7 +11,7 @@ <groupId>fr.ifremer</groupId> <artifactId>isis-fish</artifactId> - <version>4.3.1.0-SNAPSHOT</version> + <version>4.3.1.0</version>  <dependencies> @@ -480,7 +480,7 @@ <projectId>isis-fish</projectId> <platform>codelutin.com</platform> <siteLocales>fr,en</siteLocales> - <siteDeployClassifier/> + <siteDeployClassifier /> <maven.jar.main.class>fr.ifremer.isisfish.IsisFish</maven.jar.main.class> <license.licenseName>gpl_v3</license.licenseName> <license.organizationName>Ifremer, Codelutin</license.organizationName> @@ -688,9 +688,9 @@   <scm> - <connection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/trunk</connection> - <developerConnection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/trunk</developerConnection> - <url>https://svn.codelutin.com/isis-fish/trunk</url> + <connection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/tags/isis-fish-4.3.1.0</connection> + <developerConnection>scm:svn:https://svn.codelutin.com/isis-fish/tags/isis-fish-4.3.1.0</developerConnection> + <url>https://svn.codelutin.com/isis-fish/tags/isis-fish-4.3.1.0</url> </scm> <repositories>

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r4087 - trunk/src/test/java/fr/ifremer/isisfish/mexico
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 30 Jul '14

30 Jul '14

Author: echatellier Date: 2014-07-30 11:05:46 +0200 (Wed, 30 Jul 2014) New Revision: 4087 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4087 Log: Fix date in test to not fail because of date difference Modified: trunk/src/test/java/fr/ifremer/isisfish/mexico/MexicoHelperTest.java Modified: trunk/src/test/java/fr/ifremer/isisfish/mexico/MexicoHelperTest.java =================================================================== --- trunk/src/test/java/fr/ifremer/isisfish/mexico/MexicoHelperTest.java 2014-07-30 08:47:48 UTC (rev 4086) +++ trunk/src/test/java/fr/ifremer/isisfish/mexico/MexicoHelperTest.java 2014-07-30 09:05:46 UTC (rev 4087) @@ -319,9 +319,11 @@ @Test public void testExportImport() throws IOException, IsisFishException, TopiaException { + Date date = new Date(); + // first export DesignPlan testDesignPlan = getTestDesignPlan(false, false); - String xml1 = MexicoHelper.getDesignPlanAsXML(testDesignPlan); + String xml1 = MexicoHelper.getDesignPlanAsXML(testDesignPlan, "date", date.toString()); if (log.isDebugEnabled()) { log.debug("xml 1 = " + xml1); } @@ -332,7 +334,7 @@ // topia context can be null in tests DesignPlan plan = MexicoHelper.getDesignPlanFromXML(testFile, regionContext); - String xml2 = MexicoHelper.getDesignPlanAsXML(plan); + String xml2 = MexicoHelper.getDesignPlanAsXML(plan, "date", date.toString()); if (log.isDebugEnabled()) { log.debug("xml 2 = " + xml2); }

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r4086 - in trunk: . src/main/java/fr/ifremer/isisfish
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 30 Jul '14

30 Jul '14

Author: echatellier Date: 2014-07-30 10:47:48 +0200 (Wed, 30 Jul 2014) New Revision: 4086 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4086 Log: Fix Locale converter error Modified: trunk/pom.xml trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java Modified: trunk/pom.xml =================================================================== --- trunk/pom.xml 2014-07-29 20:51:13 UTC (rev 4085) +++ trunk/pom.xml 2014-07-30 08:47:48 UTC (rev 4086) @@ -26,8 +26,15 @@ <dependency> <groupId>org.nuiton</groupId> + <artifactId>nuiton-converter</artifactId> + <version>1.0</version> + <scope>compile</scope> + </dependency> + + <dependency> + <groupId>org.nuiton</groupId> <artifactId>nuiton-config</artifactId> - <version>3.0-SNAPSHOT</version> + <version>3.0-alpha-3</version> <scope>compile</scope> </dependency> @@ -81,21 +88,21 @@ <dependency> <groupId>org.nuiton</groupId> <artifactId>nuiton-profiling</artifactId> - <version>3.0-SNAPSHOT</version> + <version>3.0</version> <scope>compile</scope> </dependency> <dependency> <groupId>org.nuiton.matrix</groupId> <artifactId>nuiton-matrix</artifactId> - <version>2.5-SNAPSHOT</version> + <version>2.5</version> <scope>compile</scope> </dependency> <dependency> <groupId>org.nuiton.matrix</groupId> <artifactId>nuiton-matrix-gui</artifactId> - <version>2.5-SNAPSHOT</version> + <version>2.5</version> <scope>compile</scope> </dependency> Modified: trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java =================================================================== --- trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java 2014-07-29 20:51:13 UTC (rev 4085) +++ trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java 2014-07-30 08:47:48 UTC (rev 4086) @@ -25,8 +25,8 @@ package fr.ifremer.isisfish; +import static org.nuiton.i18n.I18n.n; import static org.nuiton.i18n.I18n.t; -import static org.nuiton.i18n.I18n.n; import java.io.File; import java.net.MalformedURLException; @@ -40,12 +40,15 @@ import java.util.Locale; import java.util.Map; -import fr.ifremer.isisfish.actions.ValidateSimulationAction; import org.apache.commons.beanutils.ConvertUtils; import org.apache.commons.lang3.time.DurationFormatUtils; -import org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.nuiton.config.ApplicationConfig; import org.nuiton.config.ConfigOptionDef; +import org.nuiton.converter.ConverterUtil; +import org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector; +import org.nuiton.math.matrix.DoubleSparseHashVector; import org.nuiton.util.StringUtil; import org.nuiton.util.Version; @@ -54,6 +57,7 @@ import fr.ifremer.isisfish.actions.OtherAction; import fr.ifremer.isisfish.actions.SimulationAction; import fr.ifremer.isisfish.actions.VCSAction; +import fr.ifremer.isisfish.actions.ValidateSimulationAction; import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationControl; import fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher; @@ -63,7 +67,6 @@ import fr.ifremer.isisfish.util.IsisCacheBackend; import fr.ifremer.isisfish.util.IsisCacheBackendOnGuava; import fr.ifremer.isisfish.vcs.VCS; -import org.nuiton.math.matrix.DoubleSparseHashVector; /** * Isis fish configuration. @@ -75,7 +78,10 @@ * by : $Author: bpoussin $ */ public class IsisConfig extends ApplicationConfig { - + + /** Class logger. */ + static private Log log = LogFactory.getLog(IsisConfig.class); + /** * Config step after init. * @@ -181,7 +187,16 @@ protected long startingTime = System.currentTimeMillis(); public IsisConfig() { - + + // fix missing converter for locale + try { + ConverterUtil.registerConverter(Locale.class); + } catch (Exception ex) { + if (log.isWarnEnabled()) { + log.warn("Can't register locale converter", ex); + } + } + for (Option o : Option.values()) { if (o.defaultValue != null) { setDefaultOption(o.key, o.defaultValue);

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r4085 - trunk/src/main/resources/i18n
by bpoussin＠users.forge.codelutin.com 29 Jul '14

29 Jul '14

Author: bpoussin Date: 2014-07-29 22:51:13 +0200 (Tue, 29 Jul 2014) New Revision: 4085 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/repository/revisions/4085 Log: ajout de la documentation des nouveaux parametres Modified: trunk/src/main/resources/i18n/isis-fish_fr_FR.properties Modified: trunk/src/main/resources/i18n/isis-fish_fr_FR.properties =================================================================== --- trunk/src/main/resources/i18n/isis-fish_fr_FR.properties 2014-07-29 15:39:48 UTC (rev 4084) +++ trunk/src/main/resources/i18n/isis-fish_fr_FR.properties 2014-07-29 20:51:13 UTC (rev 4085) @@ -230,13 +230,13 @@ isisfish.config.main.subSimulator.description=Nom du simulateur en sous processus isisfish.config.main.userMail.description=le courriel de l'utilisateur isisfish.config.main.userName.description=le nom - prénom de l'utilisateur -isisfish.config.mapped.result.matrix.vector.class.description= -isisfish.config.simulation.matrix.threshold.use.sparse.class.description= -isisfish.config.simulation.matrix.use.lazy.vector.description= -isisfish.config.simulation.matrix.vector.class.description= -isisfish.config.simulation.matrix.vector.sparse.class.description= -isisfish.config.simulation.store.result.cachestep.description= -isisfish.config.simulation.store.result.ondisk.description= +isisfish.config.mapped.result.matrix.vector.class.description=(OBSOLETE) Type de matrice à utiliser pour la lecture des résultats du fichier results.mapped +isisfish.config.simulation.matrix.threshold.use.sparse.class.description=seuil d'utilisation des matrices dense/creuse. Sous ce seuil, des matrices denses sont utilisé (matrix.vector.class), au dessu de ce seuil des matrices creusent sont utilisées (matrice.vector.sparse.class) +isisfish.config.simulation.matrix.use.lazy.vector.description=indique si l'on utilise ou non le copy-on-write. La copie de matrice est alors à coût nul tant qu'on ecrit pas sur une des deux matrices. Il est recommandé de laissé à la valeur par défaut. +isisfish.config.simulation.matrix.vector.class.description=Type de matrice à utiliser pour les matrices denses. +isisfish.config.simulation.matrix.vector.sparse.class.description=Type de matrice à utiliser pour les matrices creuses. +isisfish.config.simulation.store.result.cachestep.description=Nombre de pas de temps gardé en mémoire durant la simulation. Si le résultat n'est plus en mémoire, il est alors relu sur le disque s'il existe, ce qui est un peu plus coûteux. +isisfish.config.simulation.store.result.ondisk.description=Nombre de résultat à conserver sur disque. Lorsque vous faites des simulations distantes pour un plan d'analyse et que vous souhaitez travailler sur les résultats des simulations après la simulation, il faut que les résultats soient stockés sur disque. isisfish.config.ssh.key.file=Clé SSH isisfish.config.ssh.key.file.description=Emplacement de la clé privée SSH isisfish.config.title=Préférences

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