May 2014 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

inactivité et calcul de l'effort nominal
by Stephanie MAHEVAS 30 Oct '14

30 Oct '14

Re je suis allée regarder les equation spour calculer l'effort nominal. Aujourd'hui il n'est pas calculé avec l'equation d'inactivité. Il est simplement calculé avec la durée de la marée et de la durée inter-marées et la duré du mois courant. Il me semble que si on a une équation d'inactivité qui retournerait un temps d'inactivité, il serait bien de schunter ce calcul automatique en prenant simplement la durée du mois - le temps d'inactivité retourné par l'équation. qu'en pensez-vous? Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Utiliser des règles sous la V 4.3.0.0
by Audric Vigier 23 May '14

23 May '14

Bonjour, J'ai un souci pour utiliser des règles sous ISIS 4.3. J'ai essayé avec 3 règles différentes pour voir si la problème venait des règles, mais je ne peux pas les utiliser (et certaines sont dans le VCS officiel). J'essaye de lancer une simulation avec une règle. Lorsqu'elle se lance (interface des simus), la simu passe rapidement dans le bas de l'interface (ou desfois reste en haut), avec comme message "Rules initialisation:[rules.NomDeLaRegle@NumeroDeBit]" (e.g. [rules.TACpoids@cbdb96]) Dans le debug, il n'y a rien si la simu reste en haut, et je trouve une ERROR et un WARN si la simu passe en bas (voir le debug pour la simu sim_RealiteReelleVraie10param10ans_2014-04-23-17-01, avec la règle GraviteVPUE1LangEtGrossValueOtherSpeciesECOMOD). Il n'y a pas de souci avec ces règles sous la V 4.2 Je joins script de règle + inputs spécifiques à la règle + debug. Pour la region, j'ai pris GolfeDeGascogne. Bonne soirée, Audric

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Nom d'exports d'optimizations
by Audric VIGIER 21 May '14

21 May '14

Bonjour, J'ai remarqué qu'en utilisant les plans d'optimizations, le nom de l'export créé était toujours celui indiqué par défaut dans le script, ce qui devient vite gênant qui on fait tourner en parallèle plusieurs fois ce plan sur la même machine. Pourtant, le parameter.properties indique bien un nom de plan différent du nom par défaut. Je suis sous ISIS V4.3, la version 3977. J'ai mis en PJ un plan avec son inputs et un dossier de simulation générée avec ce plan. Il fonctionne avec la base golfe de Gascogne. Une idée d'où peut venir l'erreur? Audric

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Amélioration des lancements des simulations sur CapArmor
by Benjamin POUSSIN 19 May '14

19 May '14

Salut, Je viens de commit des modifications par rapport aux problèmes qui arrivent lorsque CapArmor n'est pas joignable. En fait, on réessayait, mais tout de suite, donc sa replantait tout de suite, jusqu'à faire planter Isis :(. Maintenant on réessaye durant un peu plus de 4h (50 fois en 4h) en prenant de plus en plus de temps entre chaque essai (10min au plus). Si au bout de c'est 50 essais on arrive toujours pas à soumettre le jobs a CapArmor la queue de simulation se met en pause pour les simulations CapArmor. Il est possible de relancer en appuyant sur le bouton 'pause/reprendre'. Donc au cas, ou CapArmor est indisponible 24h, on ne perd pas tout. Il me reste a tester avant de faire un release. -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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Proposition couplage Marxan-ISIS
by Yves Reecht 15 May '14

15 May '14

Bonjour à tous, Afin de la dynamiser un peu, je relance sur la liste cette discussion qui avait été commencée en /off/ (j'y synthétise les réponses à quelques questions que cette proposition avait déjà soulevées). Un petit mot de contexte pour ceux qui ne sont pas au courant : dans le cadre de mon postdoc, j'ai pour mission de faire un couplage entre une approche de planification spatiale de conservation (utilisant Marxan with Zones, qui permet d'optimiser le /design/ d'aires marines protégées) avec un modèle ISIS-Fish en Manche Est. La première étape est d'utiliser dans ISIS des zones de réduction d'effort définies par engin à l'aide de Marxan. Après discussion avec Stéphanie et Sigrid, il apparait que l'utilisation du simulateur par cellule est /(//i//)/ plus simple (inutile de redéfinir autant de métiers et zones métiers que de pourcentage de réduction d'effort par engin, comme ce serait le cas avec le simulateur par défaut) et /(ii)/ bien plus à même de retranscrire les effets d'une gestion spatialisée à une échelle fine. Il a donc été choisi de s'inspirer de l'actuel simulateur par cellule et de modifier les scripts afin d'introduire dans l'équation de mortalité par pêche un terme de limitation d'effort (dans SiMatrix) estimé, le cas échéant, à l'échelle de la cellule par évaluation d'intersection avec des zones de réduction d'effort pour l'engin courant. La limitation d'effort serait bien entendu fixée à zéro en l'absence de zones de limitation d'effort. J'ai donc codé, en m'inspirant d'un premier travail de préparation fait avec Éric, quelques modifications qui devraient permettre de réaliser ce couplage. Et je souhaiterais les soumettre à vos critiques et éventuelle approbation. Le code que vous trouverez ci-joint, adapté de la *version 4.2.1.2*, aspire à être le plus générique possible et se caractérise par : * un nouveau simulateur, SimulatorEffortByCellMarxanWithZones.java qui, comme le script du simulateur par cellule, ne fait que définir un tag dans le context : "effortByCellMarxanWithZones" = "true". * une modification de la fonction isEffortByCell() (lignes 342+ de DefaultSimulator.java) afin d'entrer en mode simulation par cellule également lorsque ce nouveau tag est défini. À noter que pour éviter cette modification il devrait être possible - et sûrement souhaitable - de définir deux tags effortMarxanWithZones et effortByCell distincts à l'aide du nouveau simulateur. Je vous l'envoie toutefois en l'état, en attendant d'avoir pu tester cette solution. * une nouvelle règle de gestion (ReductionEffortMwZPreSimu.java) qui définit en présimulation les zones de réduction d'effort et le paramètre (proportion) de réduction associé pour chaque engin, à partir d'un fichier de sorties Marxan (fichier joint effortRedISIS_3.csv, une ligne par zone : <engin>;<proportion réduction>;<Cell1>,<Cell2>,...). De plus, si la proportion de réduction d'effort est 1.0 sur une zone, celle-ci est ajoutée à la table NoActivity de l'engin. * une modification de SiMatrix.java qui se décline en deux parties : 1. ajout d'une fonction locale qui permet de tester si on est dans une simu Marxan (lignes 82+ ; teste le tag définit par le nouveau simulateur). 2. modification (lignes 885-912) de la fonction qui calcule la mortalité par pêche au niveau de la cellule (matrixFishingMortalityPerCell) : * ajout d'un facteur de réduction d'effort, à 0.0 par défaut, utilisé dans l'équation de mortalité. * modulation de ce facteur en fonction de l'intersection avec les zones de réduction d'effort de l'engin, uniquement si on est dans une simu Marxan (reste 0.0 sinon). Du coup le script reste parfaitement utilisable avec les autres simulateurs : * simulateur par défaut : cette fonction modifiée n'est simplement pas utilisée. * simulateur par cellule simple : l'effort est multiplié par (1.0 - 0.0) dans tous les cas. Les modifications apportées au code des fonctions fondamentales d'ISIS (hors règle) sont donc relativement légère et - à mon avis - faciles à maintenir : toute amélioration/correction de bug apporté(e) au simulateur par cellule bénéficierait systématiquement au simulateur "Marxan". Ces scripts ont été testés et donnent des sorties qui paraissent cohérentes avec la base Manche Est, datée du 21/10/2013, de Sigrid. Toutes vos remarques et suggestions seront les bienvenues. N'hésitez pas a demander des précisions si quelque chose ne semble pas clair. Yves -- ------------------------------------------------------------ Yves REECHT Laboratoire Ressources Halieutiques IFREMER - Centre Manche Mer du Nord 150, Quai Gambetta 62200 Boulogne-sur-Mer FRANCE tel. +33 (0)3 21 99 56 09 --------------------------------------------------)><))))°>

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Conflit local/Caparmor sur la V 4.3
by Audric Vigier 14 May '14

14 May '14

Bonjour, Ce matin, je faisais tourner sur une même machine des plans de simulations en local et des plans d'optimisation sur Caparmor. Comme Caparmor est très chargé aujourd'hui, je ne faisais pas beaucoup de simulations dessus, jusque là c'est normal. Cependant, j'ai eu l'impression que ça ralentissant mes simus locales aussi. Je me suis rendu compte que quand j'avais des simus en local et sur Caparmor, elles sont traitées dans un certain ordre. Ainsi si ISIS doit lancer une simu Caparmor puis une simu locale, il doit attendre d'avoir récupéré les résultats de la simu Caparmor avant d'exporter les résultats de la simu locale (j'ai l'impression que dans ce cas, la simu locale a tourné (j'aurais dû regarder le debug, mais j'ai encore oublié et relancé ISIS), mais les résultats ne sont pas exportés immédiatement). Du coup, mes simus locales avançaient au même rythme que les simus sur Caparmor : quand j'avais des jobs sur Caparmor, mes simus locales se faisaient et je voyais leurs résultats exportés, que je n'avais pas de job, je ne voyait aucune évolution dans l'interface pour les simus locales. Est-ce que c'est un comportement normal? Audric

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Plan de simulations indépendantes + V4.3 + Caparmor
by Audric Vigier 13 May '14

13 May '14

Bonsoir, Gros souci avec Caparmor avec un plan de simulation (en PJ). Lorsque j'ai lancé ce plan sur Caparmor, les simulations se sont lancées de manière indépendante mais sans limite : une à une, des simulations se sont lancées sur Caparmor, sans attendre que l'autre soit terminée, jusqu'à ce que plus de 200 simus aient été lancées, ce qui est bien plus que le nombre de coeurs auquel nous avons droit. Là, j'ai eu des centaines de messages d'erreur, plantage, et j'ai dû redémarrer(j'espère vraiment qu'aucun autre utilisateur n'avait de choses importantes en cours sur la machine)(je n'ai pas le debug comme j'ai relancé ISIS après redémarrage). Lorsque je fais la même chose en local, une à une, autant de simus que de coeurs dispos se lancent, se réalisent en même temps, se terminent, puis le même nombre de simus va se lancer, etc. C'est exactement ce qu'on veut. Donc le problème ne vient pas de mes scripts... Je suis contraint, pour utiliser ces plans sur caparmor, de le faire en dépendant (lorque je déclare ma classe : "[....] extends SimulationPlan"), ce qui nous fait perdre tout l'intérêt de la parallélisation puisqu'il faut attendre qu'une simu soit terminée pour lancer l'autre. Une solution pour utiliser ce plan de simus sur Caparmor avec des simus indépendantes? Bonne soirée, Audric

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Lancement d'un job qsub depuis un job qsub
by Eric Chatellier 12 May '14

12 May '14

Bonjour, Est-il possible depuis un job qsub de démarrer des nouveaux jobs qsub ? L'idée serait d'avoir le fonctionnement suivant : - lancement d'un job très long qui ne fait rien d'autre que lancer des sous simulations - chaque sous job est une simulation indépendante Il me semble que j'avais essayé, mais cela ne fonctionnait pas. Merci. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Modification de l'execution des plans pour lancement sur caparmor
by Eric Chatellier 12 May '14

12 May '14

Bonjour, Comme évoqué, IsisFish va subir une modification importante pour mieux prendre en charge la gestion des analyses de sensibilité et des calibrations dans le but d'avoir une execution globale sur caparmor. L'idée serait à terme, de paramétrer une calibration et de récupérer seulement le fichier de résultat intéressant (historique), ou seulement les exports d'AS. Nous sommes toujours en cours de réflexion sur ce point, dans ce n'est pas pour tout de suite. Dans l’immédiat, nous allons essayer de corriger un petit peu IsisFish pour qui n'interrompe plus un plan s'il n'arrive pas à lancer temporairement une simulation (à cause d'une erreur de communication ou un problème avec caparmor). Si possible dans la semaine. Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Fwd: Re: Erreur conservation dossier de simulations dans Caparmor
by Audric VIGIER 12 May '14

12 May '14

-------- Message original -------- Sujet: Re: Erreur conservation dossier de simulations dans Caparmor Date : Mon, 12 May 2014 14:17:30 +0200 De : Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Organisation : Codelutin Pour : Audric VIGIER <Audric.Vigier(a)ifremer.fr> Le 12/05/2014 12:40, Audric VIGIER a écrit : > Une autre erreur (?) sur Caparmor: > > dans mon dossier caparmor ()/home1/caparmor/avigier), les simulations qui se > sont terminées/plantées depuis plus d'une semaine sont encore là : par > exemple, ces dossiers existent encore : > > ./isis-fish-4beta/isis-database/simulations/sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT3Param10ansP2_2014-05-07-16-24_1022 > > ./isis-fish-4beta/isis-database/simulations/sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT3Param10ansP2_2014-05-07-16-24_1023 > > ./isis-fish-4beta/isis-database/simulations/sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT3Param10ansP2_2014-05-07-16-24_1024 > > ./isis-fish-4beta/isis-database/simulations/sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT3Param10ansP2_2014-05-07-16-24_1025 > > > alors que ça date de ce week-end. Est-ce que c'est normal? > > Ne devrait -il pas effacer les dossiers (qui sont d'ailleurs vides) apres la > fin du plan? C'est un bug temporaire, car normalement le "beta" n'est pas dans le nom du dossier (donc en attendant la release, ce ne fonctionnera pas). PS: Tu peux utiliser la liste plutôt que les mails directs ? -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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