October 2015 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

[ANN] IsisFish 4.4.0.0-rc-3 (pour test)
by Eric Chatellier 08 Dec '15

08 Dec '15

Bonjour, Je viens de préparer une nouvelle version de test : 4.4.0.0-rc-3. Cette version n'est pas compatible avec les précédentes, donc les regions déjà migrées en 4.4 devront être migrées à nouveau. Le dossier isis-fish-data ne compilera entierrement qu'avec la version "rc-3" à cause des changements sur la region. Elle contient en particulier des améliorations graphiques: * #7149: Détecter la non présence de "package" dans un script * #7230: Cannot restore sensitivity analysis factor on rule * #7223: Ajouter une option pour supprimer les resultats en fin de simulation (après les exports). * #7224: Ajouter des champs dans la region pour changer la methode de calcul de F * #7210: Add result storage to manage resultat as script files * #7222: Ajouter le calcul de landing weight Téléchargement: * http://forge.codelutin.com/attachments/download/3290/isis-fish-4.4.0.0-rc-3… Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Modification en cours concernant le recrutement
by Eric Chatellier 27 Oct '15

27 Oct '15

Bonjour, Voici la liste des modifications à apporter pour finaliser la version 4.4. Equation de recrutement ----------------------- L'idée principale est de simplifier l'utilisation des données en utilisant l'indice du mois dans la saison (donc 0, 1...) et non un calcul compliqué en utilisant (step, etalement, et gap). Modification: * Remplacer la map ReproductionDataMap en RecruitementInputMap * dans cette map, utiliser les indices de la saison de *reproduction* Exemple, pour une saison de reproduction Janvier/Février, un gap de 6 mois, et un etalement de 3 mois, l'equation de reproduction sera appelée 4 fois (nombre de mois reproduction + nombre de mois d'étalement - 1). les indices seront les suivants: - Juillet (0: données correspondant à l'étalement de Janvier) - Aout (0: données correspondant à l'étalement de Janvier, 1: données correspondant à l'étalement de Février) - Septembre (0: données correspondant à l'étalement de Janvier, 1: données correspondant à l'étalement de Février) - Octobre (0: pas de données, 1: données correspondant à l'étalement de Février) On remarque qu'au premier appel et au dernier appel, les données ne sont pas complete. Il n'y a pas encore (ou plus) d'étalement de la reproduction sur le mois courant. RecruitementData ---------------- La solution choisie a été de TOUJOURS disposer des données (biomasse, abondance, reproduction) correspondant au mois de reproduction, et d'une nouvelle donnée "recruitementContribution" qui n'est valable que pendant la période de recrutement. Si la saison de reproduction a deux mois, l’équation de recrutement sera appeler avec deux valeurs d'indice (0 et 1), mais parmis ces deux valeurs, recruitementContribution ne sera pas toujours disponible. Il a été décider d'utiliser "null" pour "recruitementContribution" dans le cas où l’équation est appelée hors période de recrutement. Appel de l'equation ------------------- L'equation ne sera pas appélée si aucun mois ne porte sur une période de recrutement, et donc que la map RecruitementInputMap ne contient que des valeurs ou "recruitementContribution" est null. Parametres ---------- Liste des parametres de l'equation de recrutement: step pop recruitementInputs result Liste des parametres de RecruitementInput: biomass aboundance, recruitementContribution Exemple (1 seul mois de repro) ------------------------------ double k = 120000; RecruitmentInput r0 = recruitmentInputs.get(0); MatrixND biomass = r0.getBiomass(); double allBiomass = biomass.sumAll(); Double p = r0.getRecruitmentContibution(); if (p != null) { double res = k * allBiomasss * p; for (Zone z : pop.getRecruitmentZone()) { result.setValue(pop.getPopulationGroup().get(0), res); } } return 0; Exports ------- Historiquement, les exports fonctionnaient à la fin de la simulation. Mais si les résultats n'étaient pas disponibles à ce moment là, ce n'est plus possible. La version 4.4 ajoute la possibilité de faire les exports par "pas de temps", et donc de fonctionner dans tous les cas. Pour la version 4.4: réecrire les export par pas de temps autant que possible. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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resmanager.getMatrix()
by Sigrid Lehuta 27 Oct '15

27 Oct '15

J'ai changé pour MatrixND Bavril = context.getResultManager().getMatrix(avril,pop,MatrixBiomass.NAME).copy().reduceDims(0); et ca ne compile pas, j ai le message : 1. ERROR in C:\Users\slehuta\AppData\Local\Temp\checkPopulationReproductionEquation1789731001865344068Equation.java (at line 32) MatrixND Bavril = context.getResultManager().getMatrix(avril,pop,MatrixBiomass.NAME).copy().reduceDims(0); ^^^^^^^^^^^^^ MatrixBiomass cannot be resolved to a variable ---------- 1 problem (1 error) Le 27 octobre 2015 15:26, Sigrid Lehuta <sigridlehuta(a)gmail.com> a écrit : > OK je crois avoir identifié le pb : > est ce que cette commande appelee ds l equation de repro fonctionne tjs > avec la nouvelle structure de resultats ? > MatrixND Bavril = > context.getResultManager().getMatrix(avril,pop,"matrixBiomass").copy().reduceDims(0); > > Le 27 octobre 2015 11:32, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a > écrit : > >> Le 27/10/2015 09:26, Sigrid Lehuta a écrit : >> > Rectificatif, >> > je crois que le recrutement par défaut ne fonctionne plus. >> > lorsque je mets seulement "return 0;" ds l equation de recrutement, je >> n'ai >> > aucun recrus... >> Je viens de tester, je n'ai pas ce problème. >> >> L'equation de recrutement n'est pas appelée dans tous les cas, mais le >> recrutement calculé est toujours calculé comme avant. >> >> Même en testant avec "return 0;", j'ai bien des donneés dans les >> résultats. >> >> -- >> Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-devel mailing list >> Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel >> > >

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MAJ wiki
by Sigrid Lehuta 27 Oct '15

27 Oct '15

Hello j ai modifié le wiki a la page des nouveautés V4.4 pour completer les explications sur la nouvelle eq de recrutement. Je souhaite ajouter 2 exemples de scripts, sur la page de dépot de scripts/equations. J ai tout préparer a part que je ne sais pas joindre un fichier. les 2 equations sont attachées a ce message peux tu t'en charger ? merci

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TestV4.4
by Sigrid Lehuta 27 Oct '15

27 Oct '15

test equation de recruitment passé avec (presque total) succes ! - Ca fait ce qu'on veut ! - Le probleme est independant de l equation de recrutement et concerne les multiplications de matrice. En effet, la multiplication de la matrice de repro par la matrice MappingReproRecu cf code en dessous ( zrzr.transpose().mult(oeufsm);) ne fonctionne pas. impossible de comprendre comment utiliser .mult efficacement. j ai essayé d'échanger les matrices et de transposer, rien a faire! L'API dit que .mult(matrixND) s applique a 2 matrice 2D. ici on a une matrice 1D et une matrice 2D, peut etre est ce la raison de l echec. on doit pouvoir multiplier une 2D par une 1d aussi normalement... Qu'en dit le fabriquant de la librairie MatrixND? Du coup obligé de passer par un iterateur pour faire ce qu on veut. c'est dommage. Je check FOther. A++ CODE de L EQUATION /// exemple oeufs 2 mois de repro // on veut appliquer une serie temporelle de M MatrixND zrzr = pop.getMappingZoneReproZoneRecru(); int y = context.getSimulationControl().getStep().getYear(); if(y%2 == 1){ zrzr = zrzr.divs(2); } for(MatrixIterator i = result.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); i.setValue(0);} MatrixHelper.fill(result,0); double nbM = recruitmentInputs.size(); double res = 0; PopulationGroup g0 = pop.getPopulationGroup().get(0); for(int m=0; m<nbM; m++){ Double p = recruitmentInputs.get(m).getRecruitementContribution(); if(p !=null){ MatrixND oeufsm = recruitmentInputs.get(m).getRepro().copy(); // ATTENTION a ne pas modifier la matrice originale oeufsm = oeufsm.mults(p); zrzr.transpose().mult(oeufsm); for(MatrixIterator it = oeufsm.iterator(); it.hasNext();) { it.next(); result.setValue(g0,it.getSemanticsCoordinates()[0], it.getValue()+result.getValue(g0,it.getSemanticsCoordinates()[0])); } } } return 0; Le 22 octobre 2015 17:19, Sigrid Lehuta <sigridlehuta(a)gmail.com> a écrit : > Déjà !!! > Super! > par contre je vais surement pas pouvoir tester avant lundi... je suis > impatiente ! > > > Le 22 octobre 2015 14:07, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a > écrit : > >> Le 22/10/2015 11:42, Sigrid Lehuta a écrit : >> > >> > >> > Ou doit se trouver l'équation ? >> > >> > Espece/Population/Stocks >> > en dessous de Calcul de F >> > >> > Quel sont ses parametres ? >> > >> > Les mêmes que pour l'equation de mortalité Naturelle : context, pop, >> group, zone. >> > >> > >> > Et qui/comment s'appele l'equation ? (ou comment influt-elle sur la >> > simulation). >> > >> > Elle s'appelle fishingMortalityOtherFleets (Foth) >> > (dans nombreux cas elle retourne une matrice de 0, c'est la valeur par >> défaut) >> > >> > et partout où l'equation de mortalité natuelle est appelée, tu appelles >> aussi >> > Foth et tu sommes les 2 avant de faire le calcul. >> > >> > OK? >> > >> >> C'est fait ici : >> >> http://forge.codelutin.com/attachments/download/3445/isis-fish-4.4.0.0-r430… >> >> Tu va devoir supprimer les regions, pour qu'elles soient à nouveau >> migrées en >> version 4.4 depuis une version 4.3 >> >> -- >> Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-devel mailing list >> Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel >> > >

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A discuter (Steph) : ajout V4.4
by Sigrid Lehuta 22 Oct '15

22 Oct '15

Salut, desolee je me reveille tard pour des modifs a la V4.4. En fait j aurais besoin d'une case Fishing mortality Other (Foth) (dans le nouvel onglet stock par exemple). Actuellement la mortalité par pêche des flottilles non modelisées est decrite dans l'equation de mortalité naturelle. Mais ce système a ses limites. Je préfèrerais les séparer à l'avenir. L'interet c'est que Foth peut etre récupéré et modifié par les règles de gestion sans toucher à M. et puis c'est plus propre. L'équation de mortalité par pêche Other aurait la meme forme que la mortalité naturelle (une valeur par group et zone) et son résultat serait ajouté à celui de l'equation de mortalité naturelle. Merci de vos retours rapides. Sigrid

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Important : calcul fishingMortalityPerGroup
by Sigrid Lehuta 15 Oct '15

15 Oct '15

Salut, je suis sur la vérif de la nouvelle version, je t'envoie les résultats au plus vite. En attendant, il y a une erreur dans le calcul de fishingMortalityPerGroup. je l'avais corrigée chez moi mais j 'ai oublié de la faire remonter pour la V4.4. Dans SiMatrix, ligne 1201: MatrixND abundancePopRef = resManager.getMatrix(refStep, pop, MatrixAbundance.NAME); doit être remplacé par : MatrixND abundancePopRef = resManager.getMatrix(refStep, pop, MatrixAbundanceBeginMonth.NAME); Merci

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