- Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

[ANN] - ISIS-Fish 4.4.4.0 released
by Eric Chatellier 28 Jan '20

28 Jan '20

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.4.0 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- Changes in this version includes: Anomalie #7151: Détecter la modification externe des fichiers script Anomalie #7179: Ajouter une documentation concernant l'import des matrices Anomalie #8447: importer région ayant le même nom qu'un région existante Anomalie #9556: Simulation information : start/end Anomalie #10447: null child not allowed : le retour Anomalie #10448: ISIS NE PEUT PAS CHARGER LA LISTE DES POPULATIONS ET DES STRATEGIES Anomalie #10472: Erreur à l'ouverture des formules dans l'interface d'édition de scripts Anomalie #10630: Impossible de charger rJava depuis IsisFish à partir de Java 10 Evolution #3938: Séparer la liste metier season info zones en deux listes : sélectionnée / non sélectionnées Evolution #4288: Add synthax editor and checker for simulation prescript Evolution #9070: mettre dans Isis un Helper qui permette de lancer facilement des programmes externe Evolution #9225: Dans la méthode "Objective.eval" Ajouter 2ème paramètre SimulationStorage Evolution #9679: Ajouter un rapport de bug directement dans Isis Evolution #9745: Amélioration de la paramétrisation de la reproduction du modèle populationel Evolution #10432: Ajouter le bouton Compiler sur les equations dans les AS Evolution #10434: Sauvegarde des paramètres d'AS pour pouvoir revenir dessus plus tard Evolution #10437: Ne compiler que les equations réelement utilisées par les objets sélectionnée dans la simulation. Evolution #10439: Ajouter la possibilité d'avoir les logs d'un plan ou d'une AS dans un fichier dédié Evolution #10440: Ajouter les script de pre simu dans une AS Evolution #10458: Ne pas necessiter de connexion internet pour lancer une simulation Evolution #10459: Regrouper tous les fichiers de configuration dans le dossier isis-fish-4/config Tâche #10631: Assurer la compatibilité Java 11 Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/6015/isis-fish-4.4.4.0-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Re: [Isis-fish-devel] Fwd: Re: hebergement application R-shiny sur un serveur code lutin
by Sigrid LEHUTA 21 Jan '20

21 Jan '20

Salut eric, desolee j avais perdu ton mail. concernant le nom je pense que quelque chose comme pechalo-results.isis-fish.org serait bien plutot que code lutin si possible. Concernant la configuration, je ne sais pas moi meme le faire, mais j ai trouvé cette documentation qui a l'air assez precise *https://r.developpez.com/actu/89499/Installer-et-configurer-un-serveur-R-shiny-su-Ubuntu/* Dis moi si c'est clair pour toi (j'avoue que c est un peu trop technique pour moi). Puis je te deposer une premiere version des codes et données sur un ftp pour tester ? (la version definitive est prevue fin janvier). Merci > > -------- Message transféré -------- > Sujet : Re: [Isis-fish-devel] hebergement application R-shiny sur un > serveur code lutin > Date : Thu, 9 Jan 2020 09:58:22 +0100 > De : Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> > Répondre à : isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org > Organisation : Codelutin > Pour : isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org > > > > Le 08/01/2020 à 17:37, Sigrid LEHUTA a écrit : > > Bonjour à tous et Meilleurs Voeux pour 2020 ! > Bonjour et bonne année. > > > > En attendant de vous les transmettre de vive voix fin janvier, j'aurais une > > question : Serait-il possible d'héberger une application web R-shiny sur un > > serveur code lutin ? > > > > En effet nous utilisons des web app crées par la library R shiny pour diffuser > > les résultats de simulation ISIS-Fish aux professionnels. Nous avons besoin > > qu'elle soit accessible hors ifremer par des non ifremer ce que ne permet pas > > le réseau hyper securisé d'Ifremer. > > > > En pratique il s'agit d'installer sur vos serveurs la bonne version de R et > > les libraries qui vont bien et de stocker qq Ko de données. Cela vous semble > > t'il 1) pertinent et 2) faisable ? > > Je ne vois pas de difficultés à faire cela sur nos serveurs. > > Concernant l'adresse, faudrait-il une adresse en xxx.codelutin.com, ou > xxx.isis-fish.org pourrait faire l'affaire ? (je suppose que cela n'a pas de > rapport avec isis fish). > > Quelle serait l'adresse finale désirée ? > > Tu peux m'envoyer les données et les infos de mise en place si tu veux. > > -- > Éric Chatellier -www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 > > _______________________________________________ > Isis-fish-devel mailing list > Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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hebergement application R-shiny sur un serveur code lutin
by Sigrid LEHUTA 09 Jan '20

09 Jan '20

Bonjour à tous et Meilleurs Voeux pour 2020 ! En attendant de vous les transmettre de vive voix fin janvier, j'aurais une question : Serait-il possible d'héberger une application web R-shiny sur un serveur code lutin ? En effet nous utilisons des web app crées par la library R shiny pour diffuser les résultats de simulation ISIS-Fish aux professionnels. Nous avons besoin qu'elle soit accessible hors ifremer par des non ifremer ce que ne permet pas le réseau hyper securisé d'Ifremer. En pratique il s'agit d'installer sur vos serveurs la bonne version de R et les libraries qui vont bien et de stocker qq Ko de données. Cela vous semble t'il 1) pertinent et 2) faisable ? Merci ! Sigrid -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Dec '19

31 Dec '19

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Re: [Isis-fish-devel] Lot Isis-fish-devel, Vol 109, Parution 1
by Sigrid LEHUTA 16 Dec '19

16 Dec '19

Hello merci Jean, je pense que c'est bien comme ca. Peux tu me confirmer que l'on peut quand meme toujours vérifier les formules dans les interfaces de la base de données ? Le 19/11/2019 à 12:01, isis-fish-devel-request(a)list.isis-fish.org a écrit : > Envoyez vos messages pour la liste Isis-fish-devel à > isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org > > Pour vous (dés)abonner par le web, consultez > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel > > ou, par email, envoyez un message avec 'help' dans le corps ou dans le > sujet à > isis-fish-devel-request(a)list.isis-fish.org > > Vous pouvez contacter l'administrateur de la liste à l'adresse > isis-fish-devel-owner(a)list.isis-fish.org > > Si vous répondez, n'oubliez pas de changer l'objet du message afin > qu'il soit plus spécifique que "Re: Contenu du digest de > Isis-fish-devel..." > > > Thèmes du jour : > > 1. Impossible de gerer les formules dans l'interface de script > (Jean Couteau) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Mon, 18 Nov 2019 15:33:12 +0100 > From: Jean Couteau <couteau(a)codelutin.com> > To: "isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org" > <isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org> > Subject: [Isis-fish-devel] Impossible de gerer les formules dans > l'interface de script > Message-ID: <20191118153312.0330d65b@crapal> > Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 > > Bonjour à tous, > > sur le ticket #401 : https://forge.codelutin.com/issues/401. > > Pour l'instant j'ai : > - désactivé la vérification pour les formules (elles ne peuvent être > compilées depuis l'interface de script sans contexte) > - enlevé les formules de la vérification de tous les scripts (même > raison) > - enlevé la possibilité de créer une équation depuis l'interface de > script (on a besoin du contexte qu'on a pas dans l'interface de script). > > Les équations peuvent donc êtres gérées depuis l'interface de script > (commitées...), mais pas créées ou évaluées. Elles ne peuvent être > créées que depuis la base et enregistrées comme modèle. > > Est-ce correct ou faut-il faire d'autres choses ? > > Jean > > > ------------------------------ > > Subject: Pied de page des remises groupées > > _______________________________________________ > Isis-fish-devel mailing list > Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel > > > ------------------------------ > > Fin de Lot Isis-fish-devel, Vol 109, Parution 1 > *********************************************** -- NB : Please note that I do not work on Mondays Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.3.1 released
by Eric Chatellier 13 Dec '19

13 Dec '19

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.3.1 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- Changes in this version includes: #3917: Possibilité de créer des saisons qui se chevauchent #4504: Lancement d'une simu à partir d'une simu tirée d'une AS #4505: Lancement d'une simu non AS à partir d'une simu plus ancienne en AS : les anciens résultats sont pris en compte, pas les nouveaux #5942: Les fichiers temporaires ne sont pas supprimés du dossier temporaire #5984: Le rechargement de simulation utilise les scripts de la simulation au lieu des scripts modifié et plus à jour #5989: Lancer deux optimisations de suite ne fonctionne pas (script d'optimisation manquant) #6278: Les paramètres des AS sont pris en compte pour un rechargement de simulation depuis une AS. #6961: nouvelle formule stockee dans officiel et non dans commauté #7001: erreur à l'ouverture d'un fichier formule #7005: Export manual run not working anymore #8315: Importer la région d'une simulation #5176: Modification de l'ordre des règles Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/5972/isis-fish-4.4.3.1-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.3.0 released
by Eric Chatellier 19 Nov '19

19 Nov '19

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.3.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- Changes in this version includes: #386: Pas d'import Région Actions #401: Impossible de gerer les formules dans l'interface de script Actions #780: Refresh SensitivityAnalysis list in UI when a modification is done in script UI Actions #781: Refresh SensitivityExport list in UI when a modification is done in script UI Actions #4265: rafraichissement rule interface de lancement de simu Actions #10308: Equation de migration non sauvegardée Actions #10367: Changer l’équation d’inactivité ne recalcule pas le numberOfTrip Actions #10431: L'interface ne se rafraichit pas lors de l'ajout d'un carte Actions #10433: equation de migration dans la base et dans l'interface d'AS: sauvegarde ne fonctionne pas bien Actions #10435: Les règles créées n'apparaissent dans l'interface de lancement qu'après un redémarrage Actions #438: Recherche des scripts dependant par analyse du code compilé Actions #604: Dans les AS rajouter la possibilité de changer de distribution Actions #4900: Valeurs par défaut métiers pratiqués Actions #5178: Confirmation d'effacement des règles. Actions #10483: Mise à jour des librairies Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/5947/isis-fish-4.4.3.0-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Impossible de gerer les formules dans l'interface de script
by Jean Couteau 18 Nov '19

18 Nov '19

Bonjour à tous, sur le ticket #401 : https://forge.codelutin.com/issues/401. Pour l'instant j'ai : - désactivé la vérification pour les formules (elles ne peuvent être compilées depuis l'interface de script sans contexte) - enlevé les formules de la vérification de tous les scripts (même raison) - enlevé la possibilité de créer une équation depuis l'interface de script (on a besoin du contexte qu'on a pas dans l'interface de script). Les équations peuvent donc êtres gérées depuis l'interface de script (commitées...), mais pas créées ou évaluées. Elles ne peuvent être créées que depuis la base et enregistrées comme modèle. Est-ce correct ou faut-il faire d'autres choses ? Jean

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Sep '19

30 Sep '19

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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erreur lancement de calibrar
by Sigrid LEHUTA 19 Jul '19

19 Jul '19

Hello Eric, comme décrit au téléphone nous essayons de lancer calibrar sur mon compte datarmor. - La premiere generation s'est lancee et isis a cree un isis-fish-4 sur mon home. - Par contre je ne peux pas ouvrir ce dossier depuis windows : il me dit "isis-fish-4 n'est pas accessible Accès refusé". j'ai cependant acces a son contenu via putty et j y trouve bien mes 20 premieres simulations et les resultats. - L'algo s'est donc arreté apres la premiere generation avec ce message : Error in { : task 17 failed - "cannot open the connection" Calls: calibrate ... .optimES -> .calculateFitness -> %dopar% -> <Anonymous> Une idee de la cause ? Merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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