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Re: [Isis-fish-devel] Demande/Question n°129734 : Mise à jour du module R sur caparmor
by Eric Chatellier 24 Feb '12

24 Feb '12

Bonjour, Avez vous eu le temps de traiter ce ticket ? Cordialement, Le 16/02/2012 11:18, assistance(a)ifremer.fr a écrit : > Bonjour, > > Votre demande n°129734 concernant " Mise à jour du module R sur caparmor " a bien été prise en compte. > > Nous faisons le nécessaire au plus vite. > > Bonne journée. > > --------------------------------------------------------- > Dear user, > > Your question n°129734 about " Mise à jour du module R sur caparmor " has been received. > > You will get an answer as soon as possible. > > Regards. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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MorrisClean crée un RData avec 2AS différentes ?
by Loic GASCHE 16 Feb '12

16 Feb '12

Bonjour, Après l'épopée des parenthèses de ces derniers jours, me revoilà avec encore plus de questions bizarres ! J'ai fait tourner des AS plus conséquentes pour comparer la méthode Morris avec MorrisClean, et je me retrouve avec quelque chose d'assez étrange : Pour ma première AS (Morris) j'ai bien le RData correspondant, mais pour ma seconde AS (MorrisClean) le RData contient à la fois les résultats de cette AS et ceux de l'AS précédente réalisée avec la méthode de Morris. Cela n'était pas arrivé avec mes petites AS de test de MorrisClean précédentes. Pour couronner le tout je me retrouve avec un debug de 750Mo que je n'arrive pas à ouvrir : http://upload.codelutin.com/file.php?h=R50edb0458e6dedd730679fc81f20365a Voilà... encore une fausse manip' ? Loïc -- Loïc Gasche Doctorant Unité Ecologie et Modèles pour l'Halieutique (EMH) IFREMER - Centre de Nantes

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Mise à jour du module R sur caparmor
by Eric Chatellier 16 Feb '12

16 Feb '12

Bonjour, Dans le cadre de l'application IsisFish, nous allons être amenés à utiliser R sur caparmor. Nous utilisons actuellement pour cela le module déjà disponible sur caparmor: module load R/2.11.1-gnu mais la version 2.11 est un peu obsolète pour nos besoins. Serait-il possible d'ajouter un nouveau module R avec une version plus récente de R ? Idéalement R >= 2.13. Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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adresse email pour la liste
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr 06 Feb '12

06 Feb '12

Hello les lutins, je suis menacee d'expulsion de mon adresse mail ifremer, je souhaite donc si possible migrer les mails isis sur une autre boite. J ai voulu le faire via le site en modifiant mon compte mais j ai perdu mon mot de passe et j ai tjs pas l email de rappel (apres 4 jours). Du coup est ce que je me cree un nouveau compte ou avez vous moyen de traficoter mon ancien et de retrouver mon mot de passe? La nouvelle adresse sera sigridlehuta(a)gmail.com. Tenez moi au courant. Amities, Sigrid -- Sigrid Lehuta Post-doctorante, Institut de Recherche du Golfe du Maine, USA contact : + 1-207-228-1695 / slehuta(a)ifremer.fr / slehuta(a)gmri.org http://www.gmri.org/people/bio.asp?ID=344 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html

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Problème de Morris
by Jean Couteau 25 Jan '12

25 Jan '12

-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA1 Bonjour, Loic, suite à ton coup de fil, j'ai regardé en détail ce qui pourrait créer les problèmes que tu as rencontrés et je ne vois malheureusement pas ce qui peut arriver. Tu peux m'envoyer ton debug et tes RData ? Jean -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v2.0.18 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ iQEcBAEBAgAGBQJPH77nAAoJEFOQdnjKiPj3o5AH/ja0AnPnWUL2HNIRjchlvg2V g40I15nSjuEsOvwnufRPnrOBgErjNQSVrNsi1lJK418D8Gj3ueuY+9+djiIjhHSX sXMccDKR6OKyTekb+e8enE2WtjFlxWvkKbcDXpRUKs1QzeYm8WbMd40B5Iv0D8Vo 3Lxx2h0aK7Tv/l0BJmmccqMPs+jiHdqmTzR6aU0cktF9VPRfFTk2m11rAt1nlow4 P/ri6DTSXXWaHk1ClNbuBH5YyDGzHCCsvJeuXGGHIVtFPPXjFnaEZTZtad1ckuL1 XKIFjGuS0jzJg7gSlenve6Cnx95zHQnfkO+SO4kbRtR8HshWVFsHVIpeNW+V11E= =0Ox8 -----END PGP SIGNATURE-----

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Morris Clean
by Jean Couteau 24 Jan '12

24 Jan '12

-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA1 Bonjour, Loic, j'ai bossé sur le nettoyage des résultats des AS Morris. Tu trouveras en PJ la nouvelle méthode que tu peux mettre dans tes scripts community pour tester. Si tu me dis que c'est bon, je remplace le Morris actuel par celui-ci. Jean -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v2.0.18 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ iQEcBAEBAgAGBQJPHW+ZAAoJEFOQdnjKiPj31xAIAINi/10HPoBmJcPvfFB5GAPp EOK7bqOoGKmMRvGqbSEDDl6v/kyaLEqh9qNE43RuSyiEWSMfNbhRv6/yNPzwLMn9 lrkffso8GqXvBma0B2ZA8eHA/u2Mcqx1InKmpKXG63ZoTTSrhLC0bT8NS1QiIEBu PPGSVDZpJwraGuj6/2zQl5LkJL30uc6n/g1DtJenKryewT53k7EbeNecHcZSh7FY FTyCFJjBct2XQIVAKQwRizomE6g8BDRl3g6dSaqjIjZkKGAAQZ/CLLuy9uMzbQ/f Go2f/Tc3OzMIwi/psykma56vHgnlp0VWBRsdb30gsMrSc97hM0D2pfiQY7VFQ5E= =rC5L -----END PGP SIGNATURE-----

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Impossible de sauvegarder les modifications des noms des (TargetFactors) pour les métiers
by Loic GASCHE 24 Jan '12

24 Jan '12

Bonjour, J'ai essayé Vendredi et à nouveau ce matin de modifier les noms des facteurs de ciblage dans l'onglet Métiers\Espèces capturables, et cela ne marche pas pour un de mes groupes. Pour la plie et la Sole, aucun soucis : il suffit de sélectionner une saison, une espèce et le bon facteur cible, puis de cliquer sur sauver, et le facteur de ciblage est recréé avec un nom adéquat de type : "Netting7D-Plaice(janvier-décembre)". Par contre pour le groupe "Others", impossible de sauvegarder après modification, et ISIS donne un message d'erreur (en PJ). En particulier, je ne comprends pas trop ce qu'il veut dire par : a different object with the same identifier value was already associated with the session: [fr.ifremer.isisfish.entities.MetierImpl#fr.ifremer.isisfish.entities.Metier#1224510919688#0.670902666868445] ? Car le nom est bien changé pour le groupe "Others" aussi donc il est unique (par ex : Beaming7E-Others(janvier-décembre))... Help ? Loïc -- Loïc Gasche Doctorant Unité Ecologie et Modèles pour l'Halieutique (EMH) IFREMER - Centre de Nantes Erreur Message: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible de sauver les modifications Level: SEVERE Stack Trace: Impossible de sauver les modifications fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier.save(InputSaveVerifier.java:265) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier.checkEdit(InputSaveVerifier.java:127) fr.ifremer.isisfish.ui.input.tree.FisheryTreeSelectionModel.willContinueSelection(FisheryTreeSelectionModel.java:108) fr.ifremer.isisfish.ui.input.tree.FisheryTreeSelectionModel.setSelectionPath(FisheryTreeSelectionModel.java:55) javax.swing.JTree.setSelectionPath(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI.selectPathForEvent(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.handleSelection(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.mousePressed(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$000(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) org.hibernate.NonUniqueObjectException: a different object with the same identifier value was already associated with the session: [fr.ifremer.isisfish.entities.MetierImpl#fr.ifremer.isisfish.entities.Metier#1224510919688#0.670902666868445] org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAOImpl.update(TopiaDAOImpl.java:310) fr.ifremer.isisfish.entities.MetierAbstract.update(MetierAbstract.java:55) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) org.hibernate.proxy.pojo.javassist.JavassistLazyInitializer.invoke(JavassistLazyInitializer.java:197) fr.ifremer.isisfish.entities.MetierImpl_$$_javassist_21.update(MetierImpl_$$_javassist_21.java) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier.save(InputSaveVerifier.java:242) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier.checkEdit(InputSaveVerifier.java:127) fr.ifremer.isisfish.ui.input.tree.FisheryTreeSelectionModel.willContinueSelection(FisheryTreeSelectionModel.java:108) fr.ifremer.isisfish.ui.input.tree.FisheryTreeSelectionModel.setSelectionPath(FisheryTreeSelectionModel.java:55) javax.swing.JTree.setSelectionPath(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI.selectPathForEvent(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.handleSelection(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.mousePressed(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$000(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) a different object with the same identifier value was already associated with the session: [fr.ifremer.isisfish.entities.MetierImpl#fr.ifremer.isisfish.entities.Metier#1224510919688#0.670902666868445] org.hibernate.engine.StatefulPersistenceContext.checkUniqueness(StatefulPersistenceContext.java:638) org.hibernate.event.def.DefaultSaveOrUpdateEventListener.performUpdate(DefaultSaveOrUpdateEventListener.java:305) org.hibernate.event.def.DefaultSaveOrUpdateEventListener.entityIsDetached(DefaultSaveOrUpdateEventListener.java:246) org.hibernate.event.def.DefaultSaveOrUpdateEventListener.performSaveOrUpdate(DefaultSaveOrUpdateEventListener.java:112) org.hibernate.event.def.DefaultSaveOrUpdateEventListener.onSaveOrUpdate(DefaultSaveOrUpdateEventListener.java:93) org.hibernate.impl.SessionImpl.fireSaveOrUpdate(SessionImpl.java:685) org.hibernate.impl.SessionImpl.saveOrUpdate(SessionImpl.java:677) org.hibernate.impl.SessionImpl.saveOrUpdate(SessionImpl.java:673) org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAOImpl.update(TopiaDAOImpl.java:306) fr.ifremer.isisfish.entities.MetierAbstract.update(MetierAbstract.java:55) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) org.hibernate.proxy.pojo.javassist.JavassistLazyInitializer.invoke(JavassistLazyInitializer.java:197) fr.ifremer.isisfish.entities.MetierImpl_$$_javassist_21.update(MetierImpl_$$_javassist_21.java) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier.save(InputSaveVerifier.java:242) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier.checkEdit(InputSaveVerifier.java:127) fr.ifremer.isisfish.ui.input.tree.FisheryTreeSelectionModel.willContinueSelection(FisheryTreeSelectionModel.java:108) fr.ifremer.isisfish.ui.input.tree.FisheryTreeSelectionModel.setSelectionPath(FisheryTreeSelectionModel.java:55) javax.swing.JTree.setSelectionPath(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI.selectPathForEvent(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.handleSelection(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.mousePressed(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$000(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source)

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ISIS ne veut pas faire son AS avec la V4.0.0.3 ?
by Loic GASCHE 20 Jan '12

20 Jan '12

Bonjour, J'ai voulu faire une AS pour vérifier que le problème de sélection des TargetFactor avait bien disparu de la V4.0.0.3. A première vue tout est OK : j'ai pu sélectionner tous mes TargetFactors et faire tourner les simulations. Par contre l'analyse de sensibilité ne se fait pas à la fin des simulations. Dans le debug il y a le message suivant : ERROR [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:710) analyzeSensitivityResult - Can't call analyse result fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.SensitivityException: Can't evaluate results at sensitivityanalysis.SensitivityCalculatorRMorris.analyzeResult(SensitivityCalculatorRMorris.java:332) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.analyzeSensitivityResult(SimulationMonitor.java:705) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.doPostSimulationOperation(SimulationMonitor.java:626) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.waitAndCheckProgression(SimulationMonitor.java:479) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationMonitor.run(SimulationMonitor.java:424) Caused by: org.nuiton.j2r.RException: Error in `row.names<-.data.frame`(`*tmp*`, value = c("null_TargetFactor__targetFactorEquation_result", : les duplications dans 'row.names' ne sont pas autorisées qui semble indiquer d'où vient le soucis. Je n'ai pas trouvé où se trouve cet élément à problèmes dans le code d'ISIS. Ce qui est surprenant est que cette erreur est déjà apparue dans mon debug d'hier, et j'avais déjà des soucis avec les AS. Quelle est la cause de ce message d'erreur ? Est-il bien à l'origine du fait que les AS ne tournent pas ? Comme remédier à ce problème ? Loïc

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simu 0 qui ne se fait pas dans une AS et impossible à relancer ?
by Loic GASCHE 20 Jan '12

20 Jan '12

Bonjour, L'AS que j'avais lancé cette nuit (celle avec les problèmes de Targetfactor) n'avait pas fonctionné, puisque malgré la réalisation de toutes les simulations je n'ai eu aucun calcul de sensibilité et le RData n'a pas été modifié. Mais comme mon PC a planté entre temps je n'ai pas pu avoir trop d'infos... Donc j'ai relancé la même AS, en enlevant les TargetFactors au cas où (et deux éléments sur des taux de reproduction qui ne me semblaient pas trop utiles). Les simulations ont tourné, sauf la simulation 0, ce qui fait que encore une fois je n'ai aucun calcul d'AS possible. Le plus embêtant est que je ne peux pas relancer cette simulation dans ISIS (en la sélectionnant le bouton "redémarrer" reste grisé). en jetant un coup d'oeil dans le debug on trouve ça : lignes 3847-3848 : INFO [Thread-277] (SubProcessSimulationLauncher.java:295) run - dans un sous processus> INFO [main] (SimulationStorage.java:684) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\lgasche\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1326965358636-preparation.zip in directory C:\Users\lgasche\isis-fish-4\isis-database\simulations and rename from ^.*?/(.*)$ to as_as_V4.0.02_AS1_2012-01-18-16-30_10_2012-01-19-10-29_0/$1 INFO [Thread-277] (SubProcessSimulationLauncher.java:295) run - dans un sous processus>ERROR [main] (InProcessSimulatorLauncher.java:148) simulate - Can't do simulation as_as_V4.0.02_AS1_2012-01-18-16-30_10_2012-01-19-10-29_0 Il y a aussi d'autres morceaux du debug qui semblent anormaux, même si je ne comprends pas tout : pleins de ça : ERROR [AWT-EventQueue-0] (TopiaFiresSupport.java:440) fireOnPostRead - Can't fireOnPostRead org.hibernate.LazyInitializationException: could not initialize proxy - no Session mais aussi ça, lignes 473-474 : Caused by: org.nuiton.j2r.RException: Error in `row.names<-.data.frame`(`*tmp*`, value = c("BeamTrawl_standardisationFactor", : les duplications dans 'row.names' ne sont pas autorisées et ça, lignes 3760-3761 : Note: C:\Users\lgasche\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1326965358636-preparation\scripts\SiMatrix.java uses unchecked or unsafe operations. Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details. Heu voilà... Help ? Loïc

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retour du bug de sélection des TargetFactor dans la V4.0.0.2 ?
by Loic GASCHE 19 Jan '12

19 Jan '12

Bonjour, Je n'arrive pas à retrouver nos échanges précédents à ce sujet, donc j'espère que je ne suis pas entrain de dire des bêtises... Comme la dernière fois, je souhaite inclure dans mon AS les facteurs de ciblage de différents métiers pour différentes espèces. Donc je vais sélectionner les TargetFactors dans l'onglet Metiers puis Espèces capturables. Au début le problème apparaissait dès le premier TargetfFactor sélectionné si je me souviens bien, et je crois qu'Eric avait réglé le soucis. Maintenant je peux bien sélectionner tous les TargetfFactor pour un métier, mais impossible de les sélectionner pour les métiers suivants. Est-ce bien un bug ? Loïc

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