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[Fwd: your isis job killed 4 nodes on caparmor.]
by Sigrid LEHUTA 21 Oct '09

21 Oct '09

Je suis sensée faire quoi là ?? -------- Message original -------- Sujet : your isis job killed 4 nodes on caparmor. Date : Tue, 20 Oct 2009 22:10:35 +0200 De : Tina.Odaka(a)ifremer.fr Pour : slehuta(a)ifremer.fr, smahevas(a)ifremer.fr Copie à : cotty(a)ifremer.fr, bpre(a)ifremer.fr your isis job killed 4 nodes on caparmor. please do not forget to make standard output and standard error output saved in a file on /export/home12/ 's tmp directory or such. I asked that to the developper of isis, and he knows he killed the node before (for sometime!!) regards, tina r1i0n8:/var/spool/PBS/undelivered # ls -lart total 638904 drwxr-xr-x 8 root root 133 Oct 13 06:57 .. -rw------- 1 slehuta emh 247177216 Oct 20 14:58 66544.service4.OU -rw------- 1 slehuta emh 243961856 Oct 20 14:58 66545.service4.OU -rw------- 1 slehuta emh 278286336 Oct 20 14:58 66546.service4.OU -rw------- 1 cstruski emh 887 Oct 20 15:24 66225.service4.OU -rw------- 1 cstruski emh 887 Oct 20 15:27 66224.service4.OU -rw------- 1 cstruski emh 887 Oct 20 15:28 66226.service4.OU -rw------- 1 cstruski emh 887 Oct 20 15:30 66223.service4.OU drwxrwxrwt 2 root root 4096 Oct 20 15:30 . drwxr-xr-x 8 root root 133 Oct 12 21:22 .. -rw------- 1 slehuta emh 234369024 Oct 20 14:58 66543.service4.OU -rw------- 1 slehuta emh 300826624 Oct 20 14:59 66547.service4.OU -rw------- 1 slehuta emh 148013056 Oct 20 14:59 66548.service4.OU drwxrwxrwt 2 root root 78 Oct 20 14:59 . r1i2n10:/var/spool/PBS/undelivered # r1i0n2:/var/spool/PBS/undelivered # ls -l total 633736 -rw------- 1 cstruski emh 888 Oct 20 15:16 66220.service4.OU -rw------- 1 cstruski emh 888 Oct 20 15:11 66221.service4.OU -rw------- 1 cstruski emh 887 Oct 20 15:15 66222.service4.OU -rw------- 1 estreby delecpp 1412 Oct 20 15:00 66500.service4.OU -rw------- 1 slehuta emh 695959552 Oct 20 14:58 66542.service4.OU r1i0n2:/var/spool/PBS/undelivered # r1i0n1:/var/spool/PBS/undelivered # ls -l total 636588 -rw------- 1 previf1 gprevimer 658 Oct 18 05:21 64690.service4.OU -rw------- 1 fdufois ceact 320 Oct 20 16:13 65620.service4.OU -rw------- 1 previf1 gprevimer 658 Oct 20 05:21 66081.service4.OU -rw------- 1 ikhojast physed 881 Oct 20 15:22 66453.service4.OU -rw------- 1 cstruski emh 833 Oct 20 15:10 66513.service4.OU -rw------- 1 slehuta emh 785104896 Oct 20 15:01 66541.service4.OU r1i0n1:/var/spool/PBS/undelivered # -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Isis-Fish 3.2.0.8 est disponible.
by Eric Chatellier 20 Oct '09

20 Oct '09

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Cette version corrige un problème de fonctionnement des équations présent seulement dans la version 3.2.0.7. Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Configuration R (was: Re : Re : Re : Re : souci nouvelle version)
by Eric Chatellier 16 Oct '09

16 Oct '09

Eric Chatellier a écrit : > Merci, on a maintenant l'erreur. > > On fait, il reste une autre manipulation a faire (R n'est pas super > facile à installer :() > > Toujours dans les variables d'environnement (Menu démarrer>Panneau de > configuration>Basculer vers l'affichage classique>Système>Onglet > Avancé>Variables d'environnement) > Il faut modifier la variable "Path" et ajouter à la fin ";%R_HOME%\bin" > (sans les quotes) > > Par exemple: > %SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\System32\Wbem;%JAVA_HOME%\bin;%R_HOME%\bin > Bonjour, Pour une première utilisation de R par Isis, c'est loin d'être évident. Déjà, Isis se ferme car la librairie rJava que l'on utilise utilise "System.exit(1);" si elle ne trouve pas jri.dll :-( http://www.nuiton.org/issues/show/94 Apres, pour ce qui est de la configuration, il y a deux chose. Le R_HOME : je ne sais pas trop comment on pourrait le deviner Il a une forme C:\Program Files\R\R-2.9.2. On pourrait détecté dans le go.bat que la varaible n'existe pas ou quelque chose dans le genre. La seconde est la variable %PATH%, mais elle ne dépend que du R_HOME, et le fichier go.bat peut déjà la définir. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Migration les librairies utilisées par IsisFish
by Eric Chatellier 09 Oct '09

09 Oct '09

Bonjour, Les librairies Java Codelutin utilisées dans IsisFish (lutinutil, lutinmatrix, topia, lutinj2r) ont été déplacées sur un nouveau serveur de développement : nuiton.org Leurs noms et paquetage(Java) ont changé. Par exemple, lutinmatrix s'appele désormais nuiton-matrix et les packages ont changé de "org.codelutin" vers "org.nuiton". Nous allons donc prévoir une migration d'IsisFish pour profiter des évolutions faites sur ces nouvelles librairies. Pour les utilisateurs d'IsisFish, peu de chose changent. Seul les imports en début de fichier dans les scripts Java doivent être transformés en "org.nuiton". Les datas d'IsisFish seront migrés directement sur le dépôt. IsisFish effectuera tout seul la migration des scripts utilisateurs restant. Les utilisateurs n'auront donc presque rien à faire. Les bases de données seront également migrées. Isis désigne le numéro de la base par les deux premiers chiffres de la version. La prochaine version d'IsisFish sera donc probablement la 3.3.0.0. Un nouveau message sera envoyé avant que la migration n'ai vraiment lieu. Merci pour vos retours. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Isis-Fish 3.2.0.7 est disponible.
by Eric Chatellier 28 Sep '09

28 Sep '09

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Pour les utilisateurs utilisant déjà la banches 3.2, il n'est pas nécessaire d'effectuer la migration des scripts. Cependant, pour les utilisateurs utilisant toujours la version 3.1, merci de vous référer au précédent mail décrivant la migration. Cette version corrige principalement : * quelques problèmes avec les interfaces de saisie et de simulation * les plans d'analyse * l'utilisation de Caparmor Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Plan de Sigrid et caparmor
by Jean Couteau 28 Sep '09

28 Sep '09

On a bossé sur le plan de Sigrid et on a identifié un bug que nous avons corrigé (version 3.2.0.7-SNAPSHOT) (mise sur CAPARMOR et sur le poste de Stéphanie). Ce bug faisait que le plan ne créait pas toutes les simulations, il plantait pseudo-aléatoirement. A-priori ce bug est corrigé (on a relancé le plan 3 fois et les 228 simus ont été crées a chaque fois). Concernant les problèmes que nous avions eu sur les équations, 6 simulations ont déjà tournées sur Caparmor et bilan des courses : l'anchois meurt dans d'atroces souffrances en 3 ans et nous on a aucune trace d'équations qui ne fonctionneraient pas ou qui auraient des problèmes d'encoding (simulations effectuées en local sur une année ou sur caparmor sur 10 années) (que ce soit sur windows ou linux, et pour caparmor à partir de windows ou linux). Le plan étant en train de tourner sur Caparmor, on le laisse tourner pour que Sigrid ai les résultats en revenant (à partir du poste de Stéphanie). PS : 2 simus ont planté sur caparmor (7 et 18) elles ont été relancées, il faudra peut-être en relancer quelques unes qui auront planté sur caparmor mais dans l'ensemble, il n'y a pas l'air d'y avoir d'erreurs. Donc conclusion tout semble rouler. PS : j'espère qu'on a bien paramétré le plan, il faudra vérifier car les abondances semblent anormalement faibles (mais elles sont créées par le plan et varient autour de deux valeurs qui semblent correspondre aux deux fichiers d'inputs du plan) donc on sait pas trop quoi penser là dessus.

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mon plan de gestion qui faisait des betises sur caparmor
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr 25 Sep '09

25 Sep '09

hello desolee de ne pas avoir donné de nouvelles avant. est ce que stephanie a pu vous transmettre mon plan et les fichiers necessaires pour voir ce qui a raté ? sinon j essaierai de vous preparer et envoyer le pack. pouvez vous me rappeler l adresse du ftp code lutin ca serait surement plus simple. les erreurs rencontrees sous caparmor etaient : la non application inopinée en plein milieu de simu de la mortalite naturelle. le buggage sans log de certaines simus. en local j ai eu le probleme qu isis ne chargeait pas toutes les simus (exemple sur 228 il ne prepare que 6 et s arrete apres) il y a quelques problemes mineurs deja identifiéds je crois de rafraichissement des fenetres. et je me rappelle que de ca. merci de voir ca A+

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logo PAMPA
by Dominique PELLETIER 22 Sep '09

22 Sep '09

Bonjour à tous, Juste pour vous informer que la personne dont j'avais parlé pour proposer un logo ISIS est OK et m'envoie un devis. Je pense pouvoir financer celà sur mon projet. A Tchao Dominique -- Dominique Pelletier IFREMER BP 70 29280 Plouzané, France Tél. (33) 0298224684 Fax. (33) 0229008547

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Re: [Isis-fish-devel] [Isis-fish-users] equation de prix : comment utiliser un resultat dans l equation ???
by Eric Chatellier 09 Sep '09

09 Sep '09

Sigrid LEHUTA a écrit : >> Tu peux essayer avec : >> String name = >> scripts.ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP; Actuellement ça ne compile pas car les equations ne sont pas compilées avec les classpath des scripts (isis-database-3). Ça devrait ? -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel

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Nouvelle version d'IsisFish 3.2 disponible au telechargement
by Eric Chatellier 07 Sep '09

07 Sep '09

Bonjour, La nouvelle version d'IsisFish est a present disponible au telechargement. Il s'agit de la version 3.2. Cette version initie la branche 3.2 d'IsisFish, tous les utilisateurs sont invites a utiliser cette nouvelle version. Les versions 3.1 ne beneficieront plus d'aucun support. Avant de commencer ------------------ Cette version apporte de nouvelles fonctionnalites et de profonds changements. Avant toutes chose, il est conseille d'effectuer une sauvegarde de vos donnees a partir de la version 3.1.3 d'IsisFish. Action a effectuer: - exportez votre base de donnees de travail pour la V3.1.3 Dans l'interface de saisie de la pecherie, ouvrez votre region, et cliquez dans Fichier > Exporter la region et choisissez un repertoire pour enregistrer votre region - fermez maintenant IsisFish-3.1.3 - renommez le dossier "isis-database-3" en "isis-database-3.1.3" (ce dossier est normalement situe dans votre repertoire utilisateur, sous windows C:\Documents and settings\<user>\) Tele©chargement de la nouvelle version ------------------------------------- Rendez vous ensuite sur le site http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/. Dans le menu, dirigez vous ensuite sur "Telechargement". Et telechargez la derniere version (par exemple isis-fish-3.2.x.y-bin.zip). Decompressez l'archive que vous venez de telecharger. Apres avoir telecharge IsisFish -------------------------------- Lancez la nouvelle version en cliquant sur le fichier "go.bat" present dans le repertoire d'IsisFish apres decompression. IsisFish telecharge un nouveau "isis-database-3" et vous propose une migration de la base de donnees. Il vous proposera egalement cette migration pour toutes vos bases de donnees. Il est obligatoire d'accepter cette migration, sans quoi ces bases ne fonctionneront pas. Vous n'avez aucun problemes ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Dans le cas ou vous n'auriez aucun probleme apparent (IsisFish se lance) verifiez quand meme que le fichier debug.txt ne contient aucune erreur. S'il en contient, n'hesitez pas a demander de l'aide sur isis-fish-users(a)list.isis-fish.org en envoyant votre fichier debug.txt. Dirigez-vous dans l'interfaces des scripts et verifiez que vos scripts ne contiennent pas d'erreurs et compilent (en cliquant sur verifier). Vous avez des problemes ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Si vous avez des problemes (isis ne se lance pas, ou rien ne fonctionne). Envoyez un message a la liste isis-fish-users(a)list.isis-fish.org en precisant le comportement d'IsisFish ou les erreurs rencontrees et accompagnez votre message du fichier debug.txt. Apres le premier lancement -------------------------- Si le premier lancement d'IsisFish s'est bien passe, vous pouvez : - reimporter vos bases de donnees (en acceptant la migration demandee normalement) - faire tourner une simulation Si la simulation n'a pas fonctionne, vous pouvez demander de l'aide sur isis-fish-users(a)list.isis-fish.org en joignant votre fichier debug.txt Vous pouvez ensuite, recopier vos anciens scripts (plans d'analyses, regles, export) depuis le dossier "isis-database-3.1.3" que vous avez sauvegarde vers le dossier "isis-database-3". N'oubliez pas ensuite de valider tous vos scripts dans l'interfaces dans l'interface de gestion des scripts et de verifier qu'ils compilent bien. Informations complementaires ---------------------------- Les informations complementaires concernant IsisFish sont presentes sur le wiki. En particulier : - le manuel : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… - les changements : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel

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