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[CR Mexico] point d'avance de la BAO du 16/12/2009
by Benjamin POUSSIN 18 Dec '09

18 Dec '09

Salut, Tout le monde est a peu pres d'accord avec le modele UML propose (piece jointe) (quelques petites modifications vont etre faites: status passe sur les processus, renommage de Interface). Le code source produit devrait bientot etre mis sur le svn de la forge. J'ai propose que des qu'ils ont une signature pour le process Simulater assez stable, nous fassions l'implantation pour Isis. J'ai aussi parler du besoin de description des facteurs possibles pour un modele pour qu'ensuite on puisse faire une interface utilisateur qui permette de les selectionner et les fixer simplement et ainsi creer le ExpDesign autrement qu'en ecrivant du XML a la main. Herve M. en ce moment est en train de faire une surcouche R a toute les methodes pour qu'elles est les memes signature (son souhait est vraiment d'avoir une librairie reutilisable meme dans un autre contexte que Mexico). Nous pourrons donc utiliser ce package a la place de sensitivite dans isis pour ne plus avoir toutes les methodes d'analyses ecrites par Jean (Une seule qui utilise le travail de Herve sera suffisant). Jean vu que tu as deja un peu fait cette surcouche dans tes methodes, tu pourrais peut-etre amener quelques elements a Herve. Rappel de la reunion du 16 fevrier (reunion physique, sans doute sur paris). La date est maintenue pour l'instant. -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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Group Screening
by Jean Couteau 18 Dec '09

18 Dec '09

Il faudrait voir à mettre en place la fonctionnalité de group screening, pour que les utilisateurs avancés puissent se servir de l'interface d'analyse de sensibilité (qui peut servir aux analyses simples, mais pas aux analyses complexes pour l'instant). Le group screening consiste à regrouper les facteurs en groupes et à les faire varier de la même manière pendant l'analyse de sensibilité. Pour déterminer les groupes, on sélectionne les facteurs qu'on a déjà déterminé dans l'interface (multi-sélection sur l'arbre des facteurs), un clic droit affiche un menu qui permet de grouper les facteurs. Trois cas se présentent alors : - Tous les facteurs sont continus : on crée le groupe, pas besoin d'intervention de l'utilisateur - Tous les facteurs sont discrets : on crée le groupe. L'utilisateur doit définir le nombre de modalités du groupe. Ce nombre de modalités doit être inférieur ou égal au nombre de modalités minimum des facteurs (exemple : si on a 3 facteurs de modalités 3, 4 et 5, le nombre de modalité du groupe sera 2 ou 3). Ensuite, pour chaque modalité du groupe, il faut définir quelle modalité est prise par chaque facteur. Exemple : pour la modalité 1 on va prendre la modalité 2 du facteur 1, la modalité 1 du facteur 2, la modalité 5 du facteur 3. - Les facteurs sont discrets et continus : pas possible de créer de groupe pour l'instant. Ensuite, pour l'AS, un groupe se comporte comme un facteur, on calcule le plan d'expérience dans R, et on remplace chaque groupe par les n facteurs qui le composent et qui prennent la modalité définie par le groupe. Cela est transparent pour l'utilisateur. Cette fonctionnalité n'est pas des plus urgentes, il vaut mieux avoir une version stable. Si quelqu'un voit des points à rajouter ou des questions. Jean

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Relancement des simulations
by Eric Chatellier 15 Dec '09

15 Dec '09

Bonjour, Après discussion avec Jean, une modification du fonctionnement du mécanisme de "relancement des simulations" serait souhaitable. Actuellement, on stock (en gros) seulement les id des simulations a vérifier. Ca fonctionne tant qu'il n'y a pas de problèmes. Le relancement des simulations fonctionne aussi, tant qu'on n'arrête pas isis. Dans le cas, ou isis a été arrêté entre temps, les données de lancement de la simulation ont été perdues (zip + prescript). Proposition de modification --------------------------- Pour chaque simulation démarré, stockage : - du zip (pour la relancer) - du fichier de paramètres (pour ne pas dezipper le zip pour lire les paramètres) - autre ressources (prescript...) Problèmes possibles ------------------- Ça peut prend pas mal d'espace disque (cas GdG) : - zip : 165k - paramètres : 8k - prescript : 3k Sur une analyse de sensibilité de 1500 simulations, ça fait une taille totale d'environ 250Mo. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-devel] [Isis-fish-users] Unsafe operations dans SiMatrix
by Eric Chatellier 09 Dec '09

09 Dec '09

Le 08/12/2009 19:05, Eric Chatellier a écrit : > Par exemple, votre simulation cet après midi "sim_Casiers_2009-12-08-12-28" > a échoué : > Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded > at java.nio.CharBuffer.wrap(CharBuffer.java:350 Ca vaut le coup de lancer les simulations avec l'option : "-XX:-UseGCOverheadLimit" > This message means that for some reason the garbage collector is > taking an excessive amount of time (by default 98% of all CPU time of > the process) and recovers very little memory in each run (by default > 2% of the heap). Apparemment, il a un probleme de mémoire dû au nombre important de mailles. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-devel] Fwd: depassement de quota disque sur home[1-6] de caparmor pour smahevas
by Eric Chatellier 05 Dec '09

05 Dec '09

Le 01/12/2009 21:48, Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr a écrit : > > euh...... vous pouvez faire plaisir à Tina avant qu'elle ne me raye > definitivement des utilisateurs de caparmor :-) J'ai ajouté deux boutons dans la fenêtre de configuration de Caparmor pour que les utilisateurs puissent libérer l'espace tout seul via Isis. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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[Fwd: Re: Fw: croquis poue isis fish]
by Dominique PELLETIER 05 Dec '09

05 Dec '09

Bonjour Isabelle, j'ai fait suivre tes propositions au groupe ISIS-Fish, et il y a plusieurs commentaires. Je te les fais suivre ci-dessous, et d'autant plus que par ailleurs, il se trouve qu'une autre personne a dessiné quelques projets de logo qui font l'objet de discussions. je te joins les dessins je mets la liste en copie, mais je ne sais pas si tu peux envoyer un mail à cette liste dont tu ne fais pas partie Bises Dominique Ma réponse à Sigrid (mail ci-dessous): -oui, je suis pas mal d'accord avec toi Sigrid. on peut pas tout faire coexister sur le logo. -il faut toutefois une identité car on est moins connu que les banques (désolée de vous décevoir). un peu du côté calcul et grille spatiale un peu du côté pêche -faire onduler la grille c'est une bonne idée mais pas si on a plus d'une grille -le gouvernail c'est joli, mais çà ne me semble pas l'idée essentielle et finalement je ne pense pas que les gens associeront celà à l'idée de la gestion -c'est vrai qu'il manque un petit côté écosystémique au logo (plusieurs espèces) un logo doit être simple de toutes façons! par ex. celui de PAMPA que je vous joins est simple et associe bien l'idée des poissons et des hommes, c'est Isabelle qui l'avait fait -------- Message original -------- Sujet: Re: [Isis-fish-devel] Fw: croquis poue isis fish Date: Fri, 20 Nov 2009 12:24:43 +0100 De: Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> Répondre à :: isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org Organisation: IFREMER Pour :: isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org Références: <20091118234602.32f8273e(a)codelutin.com> <4B065AEB.5060701(a)codelutin.com> <4B066C51.1070308(a)ifremer.fr> <4B067214.9040803(a)codelutin.com> Hello, j'aime beaucoup l'idée d'I. Ritz des 3 plans superposés avec la grille dans les deux premiers logos, mais comme vous le poisson ne me plait pas et ca manque de pêcheurs... et tout a fait d accord avec le coté année 80 ;-) Je retiens la proposition d'Emilie du graphique (dernier croquis) avec le bateau qui est vraiment chouette. Un mix des deux serait pas mal ;-) Pourquoi ne pas faire onduler la grille pour qu'elle ressemble a la surface de la mer et a la fois à une surface de réponse avec des axes derriere ? et ca ferait moins strict. Enfin j aime toujours autant l'idee du gouvernail dans le croquis 1. De mon experience en colloque les gens ont bien retenu le nom du modèle qui devra donc apparaitre, mais ils pensent souvent que c est mono-specifique et "figé" parce que deterministe et sans l environnement, le coté plateforme et flexibilité n est pas encore tres connu (mais ca c est dur a representer!). ils ont pas mal en tete je crois le coté spatial. Je crois qu ils le voient comme un gros truc compliqué, un logo simple améliorerait peut etre son image... En conclusion, je pense qu on aura sans doute du mal a faire tenir toutes les idees sur un logo... il vaut mieux a mon avis un dessin sympas qui evoque le sujet mais soit simple et facile a retenir. (les logos d orange et de la societe generale n evoquent en rien les entreprises mais tout le monde les reconnait au premier coup d oeil). Sans aller jusqu a aussi depouillé, A quoi servira le logo finalement ? a représenter le modèle utilisé pour obtenir les résultats dans des présentations ou posters, mais on sera de toutes façons obligés d expliquer ce que fait le modèle, le dessin ne suffira pas. Jean Couteau a écrit : > Re, >> On peut penser aussi à un crustacé, pas seulement un poisson. > Effectivement, mais le poisson correspond plus au nom je pense :D >> >> Le style crayonné présente l'avantage d'être chaleureux, tandis que >> les propositions d'I. Ritz comme je le dis dans les commentaires est >> un peu désincarné > Je suis entièrement d'accord, les propositions d'I. Ritz sont très > froides, pas très attractives je trouve. Elles me font penser a des > logos des années 80 aussi, pas assez jeune je dirais, pas assez > dynamique (le choix des couleurs y est peut-être pour quelque chose), > cependant l'idée de développement durable est très intéressante, c'est > une dimension qui manque dans les propositions d'Emilie. > > Sur ce lot je préfèrerais le dernier, celui avec les flèches en > violet, mais je suis pas super fan du poisson. >> Cependant, pour un logo, c'est peut-être préférable d'avoir une ligne >> nette, pour assurer la lisbilité à toutes les échelles, et notamment >> en petit. > Je suis encore une fois très d'accord, mais Emilie est une artiste à > la base donc elle préfère travailler au crayonné pour les ébauches > plutôt qu'informatiquement. Je pense qu'elle fera ses propositions > définitives dans un format plus 'clair'. >> Ce qui est bien dans le 4eme logo crayonné, c'est l'association >> graphique des courbes (bateau + graphique de résultat), et mettre le >> nom en vertical est original tout en restant >> très lisible (nb: Il faut que le F de fish soit en majuscule ) mais >> manque la ressource et le coloriage fera trop confus à petite échelle. > Effectivement, par contre il faudrait raccourcir la courbe pour ne pas > qu'elle se supperpose au nom. Rajouter la notion de ressource (poisson > ou crustacé) et utiliser des aplats de couleur plus que du crayonné > devrait pouvoir le rendre intéressant. Je trouve qu'il manque nénmoins > d'un peu de dynamisme, mais à le reregarder, en fait ça va et un > poisson sous la coque du navire permettetrait d'ajouter des courbes à > ce logo qui fait très carré finalement. > > Jean > _______________________________________________ > Isis-fish-devel mailing list > Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123) _______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel -- Dominique Pelletier IFREMER BP 70 29280 Plouzané, France Tél. (33) 0298224684 Fax. (33) 0229008547

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Re: [Isis-fish-devel] Problem with ISIS simulations on Caparmor
by Jean Couteau 04 Dec '09

04 Dec '09

Bernard PREVOSTO wrote: > Bonjour, > > en effet, je m'en souviens > le samedi on a eu un probleme sur le serveur disque > ce qui a entrainé des probleme sur PBS > au redemarrage, j'ai constaté que ces 3 jobs étaient en attente, > mais ne redémarraient pas > je les ai donc tué > Désolé de ne pas vous avoir prévenu Ce n'est pas grave, nous nous demandions si c'était un probleme qui venait de nous (trop d'espace disque utilisé, trop de mémoire, de temps de calcul,...) étant donné que c'étiat notre premier test à grande échelle. A priori ce n'était pas le cas, c'est donc plutôt une bonne nouvelle. Je vais donc relancer ces plans de simulation Jean Couteau Code Lutin > > Bernard > > Jean Couteau a écrit : >> Tina ODAKA wrote: >>> you said you submitted 3 jobs, can you send me all 3 job-id ? >>> thanks, tina >> >> the 3 jobs are : >> >> 99338[].service4 >> 99198[].service4 >> 99346[].service4 >> >> Jean >> >>> >>> Jean Couteau a écrit : >>>> Tina ODAKA wrote: >>>>> hi jean, >>>>> you need to check what was 'pbs job id' that >>>>> is the number you get when you do >>>>> qsub xxx >>>>> and with this number you (or I)can type >>>>> tracejob -n days xxx >>>>> (days is number of days you submited before, like today is 4th, >>>>> you submitted on 28 thus it is 7) >>>>> >>>>> to see when the job died because of what. >>>> Ok, so I got that : >>>> >>>> poussin@service4:~> tracejob -n 7 99338[].service4 >>>> >>>> Job: 99338[].service4 >>>> >>>> 11/28/2009 12:36:28 S Job Modified at request of >>>> Scheduler(a)service4.ice.ifremer.fr >>>> 11/28/2009 12:36:28 A user=poussin group=emh >>>> jobname=simulation-as_S queue=sequentiel ctime=1259336077 >>>> qtime=1259336077 >>>> etime=1259336077 start=0 >>>> array_indices=0-1574 Resource_List.mem=3gb Resource_List.ncpus=1 >>>> Resource_List.nodect=1 >>>> Resource_List.place=pack Resource_List.select=1:mem=3gb:ncpus=1 >>>> Resource_List.walltime=96:00:00 >>>> 11/28/2009 12:37:07 L Considering job to run >>>> 11/28/2009 12:37:07 L Queue sequentiel per-user job limit reached >>>> 11/28/2009 12:37:13 S delete job request received >>>> 11/28/2009 12:37:13 S Job to be deleted at request of >>>> root(a)service4.ice.ifremer.fr >>>> 11/28/2009 12:37:13 A requestor=root(a)service4.ice.ifremer.fr >>>> 11/28/2009 12:37:20 S delete job request received >>>> 11/28/2009 12:37:20 S Job to be deleted at request of >>>> root(a)service4.ice.ifremer.fr >>>> 11/28/2009 12:37:20 A requestor=root(a)service4.ice.ifremer.fr >>>> 11/28/2009 12:37:21 S dequeuing from sequentiel, state 7 >>>> 11/28/2009 12:37:21 A user=poussin group=emh >>>> jobname=simulation-as_S queue=sequentiel ctime=1259336077 >>>> qtime=1259336077 >>>> etime=1259336077 start=0 >>>> array_indices=0-1574 Resource_List.mem=3gb Resource_List.ncpus=1 >>>> Resource_List.nodect=1 >>>> Resource_List.place=pack Resource_List.select=1:mem=3gb:ncpus=1 >>>> Resource_List.walltime=96:00:00 session=0 >>>> end=1259411841 Exit_status=0 >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> poussin@service4:~> tracejob -n 7 99198[].service4 >>>> >>>> Job: 99198[].service4 >>>> >>>> 11/28/2009 12:36:17 L Considering job to run >>>> 11/28/2009 12:36:17 L Queue sequentiel per-user job limit reached >>>> 11/28/2009 12:36:24 S delete job request received >>>> 11/28/2009 12:36:24 S Job to be deleted at request of >>>> root(a)service4.ice.ifremer.fr >>>> 11/28/2009 12:36:24 A requestor=root(a)service4.ice.ifremer.fr >>>> 11/28/2009 12:37:13 S delete job request received >>>> 11/28/2009 12:37:13 S Job to be deleted at request of >>>> root(a)service4.ice.ifremer.fr >>>> 11/28/2009 12:37:13 S dequeuing from sequentiel, state 7 >>>> 11/28/2009 12:37:13 A requestor=root(a)service4.ice.ifremer.fr >>>> 11/28/2009 12:37:13 A user=poussin group=emh >>>> jobname=simulation-as_r queue=sequentiel ctime=1259331670 >>>> qtime=1259331671 >>>> etime=1259331671 start=0 >>>> array_indices=0-1499 Resource_List.mem=3gb Resource_List.ncpus=1 >>>> Resource_List.nodect=1 >>>> Resource_List.place=pack Resource_List.select=1:mem=3gb:ncpus=1 >>>> Resource_List.walltime=96:00:00 session=0 >>>> end=1259411833 Exit_status=0 >>>> 11/28/2009 12:37:20 S delete job request received >>>> 11/28/2009 12:37:20 S Unknown Job Id >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> poussin@service4:~> tracejob -n 7 99346[].service4 >>>> >>>> Job: 99346[].service4 >>>> >>>> 11/28/2009 12:37:07 L Considering job to run >>>> 11/28/2009 12:37:07 L Queue sequentiel per-user job limit reached >>>> 11/28/2009 12:37:13 S delete job request received >>>> 11/28/2009 12:37:13 S Job to be deleted at request of >>>> root(a)service4.ice.ifremer.fr >>>> 11/28/2009 12:37:13 S dequeuing from sequentiel, state 1 >>>> 11/28/2009 12:37:13 A requestor=root(a)service4.ice.ifremer.fr >>>> 11/28/2009 12:37:20 S delete job request received >>>> 11/28/2009 12:37:20 S Unknown Job Id >>>> >>>> >>>> >>> >> >

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Fwd: Re: question: java
by Eric Chatellier 04 Dec '09

04 Dec '09

-------- Message original -------- Sujet: Re: question: java Date : Wed, 02 Dec 2009 14:30:51 +0100 De : Tina ODAKA <Tina.Odaka(a)ifremer.fr> Organisation : IFREMER Pour : Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com>, Benjamin Poussin <poussin(a)codelutin.com>, Jean Couteau <couteau(a)codelutin.com> Copie à : bpre(a)ifremer.fr <bpre(a)ifremer.fr>, Marc Simon <smarc(a)sgi.com>, COTTY <Pierre.Cotty(a)ifremer.fr>, aboudot(a)sgi.com, MAHEVAS <Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr> p.s. for your problem of that you can only use '2G'. i started to talk with colleagues from sgi so that you can 'write' on memory space, by using '/tmpfs' we did not do enough test yet on this subject, but once the tests are done, i will let you know where you can 'write' your matrix data you need but which exeed 2G so that you have to write on 'disk' regards, tina Tina ODAKA a écrit : > hello. > > I went to see the people from intel what they think about your idia > that C is faster on intel machine than java code. > > they say, 10 years ago, may be it was true. > but with their new SSE4.2 system and icc compiler (for 'c', or ifort > compiler for fortran) > now it is not true anymore, since with SSE you can for example multiple > 4 values at a time, but with java compiler that is not possible. > > regards, tina > > Eric Chatellier a écrit : >> Le 12/11/2009 09:49, Tina ODAKA a écrit : >>> hello eric jean benjamin, >> Hi, >> >> Sorry for the long response delay :-( >>> i was talking with sgi about that your code is slow. >>> they asked me one thing >>>> JAVA : >>>> Ce language se base sur une machine virtuelle qui fait la génération >>>> des instruction à la volée. Les langages interprétés ne sont pas >>>> performant par définition. Il doit être possible de générer une >>>> version "compilée" du code Java qui doit apporter de meilleurs >>>> performances. >>> i guess your code is 'version "compilée"', isn't it? >> IsisFish code is "pre-compiled" into java bytecode [1]. >> This bytecode is interpreted by the Java virtual machine at runtime. >> >> Next, Java use JIT compilation [2], to improve runtime performance. >> >> So, Java isn't slow, and run as fast as native compiled programs, >> or maybe even faster ;-) >>> tina >> [1] : http://en.wikipedia.org/wiki/Bytecode >> [2] : http://en.wikipedia.org/wiki/Just-in-time_compilation >> > -- =================================================== Tina Odaka RIC - IDM - IFREMER Tel: +33 (0)2 98 22 41 85 Fax: +33 (0)2 98 22 45 46 email: Tina.Odaka(a)ifremer.fr http://www.ifremer.fr/pcim ==================================================

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[Fwd: Re: Problem with ISIS simulations on Caparmor]
by Jean Couteau 04 Dec '09

04 Dec '09

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Problem with ISIS simulations on Caparmor
by Jean Couteau 04 Dec '09

04 Dec '09

Tina, Last friday, I launched 3 simulations plans of 1500 jobs each (1multi-job of 1500 sub-jobs each). The first one went to the end, but the next two were either killed in the middle or never started. Do you know why those jobs were killed or did not started ? And is there a way so that we can do such things without any problems. Best regards Jean Couteau

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