November 2010 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

pb AS
by Bastien PREUSS 24 Nov '10

24 Nov '10

Jai tout ressaisi pour voir mais jobtiens toujours la même erreur. Je mets tout le debug en PJ si cela peut aider à trouver plus précisément la cause. Merci. Bastien

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Re: [Isis-fish-users] Sauvegarde des paramètres de simulation pour AS
by Jean Couteau 24 Nov '10

24 Nov '10

-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA1 > J'ai toujours l'erreur suivante (la même qu'hier): > ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't get > scenarios from calculator > java.lang.NullPointerException > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.domain.MatrixContinuousDomain.getR > ealMinBound(MatrixContinuousDomain.java:207) Ah, ba t'aurais du donner toute la trace hier si c'est la même on aurait pu te répondre direct hier ;). Donc il arrive toujours pas à générer le plan, mais parce que tu ne rempli pas ou le coefficient, ou l'opérateur, pour un facteur matrice continu. Jean -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ iQEcBAEBAgAGBQJM7TWIAAoJEFOQdnjKiPj3nGoH/1IMkfWKnMhra1LDe8M5yi8Q 4rojg6zR3A0k6HnAP6HQaEZHSp0aiA/FSpLbHqAiKAbIXGuTqVfQNyEfp1G3uOl7 wq2NpM1dTgyKLsBcXTZN+6pX6iDQTuSnZx+WXZhhWxmAL199RwwxBdJKsvvWWLSO o9+9Ec8Hq3gYNv9gkKIpeQnOGWYVpucqcF+Fa38e2WKyt6dHmJ7pHXfXUqKf45Qu zO3IjwZOM7zEK4GQGW/ta7N51K1XdwjuJvS/nm0mMA0HTok/gsMmlRF6MCg2zJwO e7AH5Wo9GtnrhuhJ6s5RNC7XfLMqDCC7N+V442ZE+GLLFMAcJUD4T+XADB8JM2U= =E0yN -----END PGP SIGNATURE-----

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Re: [Isis-fish-users] Sauvegarde des paramètres de simulation pour AS
by Jean Couteau 24 Nov '10

24 Nov '10

-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA1 Le 24/11/2010 14:48, Bastien PREUSS a écrit : > Est-il possible de sauvegarder les paramètres et les intervalles ou valeurs > pris en compte dans l?AS ? > > Pour le moment je les ressaisi à chaque fois, et je n?ai pas trouvé comment > les sauvegarder. En réutilisant une ancienne simu seuls les paramètres de la > simu sont chargés, pas ceux de l?onglet « analyse de sensibilité ». > Les paramètres d'une AS sont rechargés si tu recharges une AS. Si tu recharges une simu, seuls les paramètres de la simu sont rechargés ;) Jean -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ iQEcBAEBAgAGBQJM7RyhAAoJEFOQdnjKiPj3M5MH/RK6jDn5rT+3Zq2bK+aodQ7h Ho8uihvl68SbvO+PZ5/AKwB21c6JgccKpiSYEyRfbEU5hahMgk7QbWPvHaZEQIV4 Wa0B/j1bPCukjS2L4G8VrcvcDGSrXn+Hf4X+eTwtGxCy0T1brzpLQDan9AUmZpl3 +yT/r4AXo9pJvZtiukeBcjjLdkVZDAewXEw2jDKKkounBmj3Y1503WDuA0+gC/ai LEy4nKP+9r9zxWj/owvAYnBDQQvuSwpqre/KXH26bCgCzCtynpFKDWI3J+Ob+l9X 7S5Y5ZwqghuHWhWJgHoWGOPm9Sw5AR0kfiDMYBNzfL4UK6XyMhBZQiIfCsBkStM= =EK90 -----END PGP SIGNATURE-----

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Sauvegarde des paramètres de simulation pour AS
by Bastien PREUSS 24 Nov '10

24 Nov '10

Bonjour, Une question concernant la saisie des paramètres pris en compte dans lAS (ceux saisis dans longlet « Analyse de sensibilité ») : Est-il possible de sauvegarder les paramètres et les intervalles ou valeurs pris en compte dans lAS ? Pour le moment je les ressaisi à chaque fois, et je nai pas trouvé comment les sauvegarder. En réutilisant une ancienne simu seuls les paramètres de la simu sont chargés, pas ceux de longlet « analyse de sensibilité ». Merci Bastien

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Re: [Isis-fish-users] AS
by Stephanie MAHEVAS 23 Nov '10

23 Nov '10

Tu peux aussi tester ton parametrage de regularfraction directement sous R avant de lancer la simu. Si tu me donnes ton nombre de modalites et la resolution souhaitee je peux te renvoyer les bonnes valeurs à mettre. a+ steph Bastien PREUSS a écrit : > J'ai utilisé des paramètres que Delphine avait dans une situation similaire, > mais du coup je vais essayer de recalculer les paramètres de > RegularFractions. > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean > Couteau > Envoyé : Tuesday, November 23, 2010 5:26 PM > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] AS > > -----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- > Hash: SHA1 > > > Le 23/11/2010 17:16, Bastien PREUSS a écrit : > >> Je lance donc un Regular fraction, mais j?obtiens dès le début une erreur, >> je ne trouve pas ce qui la provoque : >> >> ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't get >> scenarios from calculator >> > > En gros tes paramètres de RegularFractions ne sont pas bon et il arrive > pas à calculer de plan. Tu arrives à générer un plan dans R avec ces > paramètres ? > > Jean > > -----BEGIN PGP SIGNATURE----- > Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) > Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ > > iQEcBAEBAgAGBQJM6+sJAAoJEFOQdnjKiPj3HTEH/RpWSDhUiA9EvwVExQZQ1TWS > qaN06VP+8bSC5p4Mp4rSeJ1r3xjDmQhtRWmUZIcx/HNuoWdm3hZuh07wHxIaCco3 > UvejzKC0BJMSEfxQuIZQO1iI26IAsnT9Fc/YZ3tNG1vHPoNlnNsZYUBH0jFSj+eO > UNwEyzw8NJRVzNEbQ75MvmIUh2pBMfxikTCk5ht26Tndzkb13bUdKZY80V8A/tx/ > hq5uVhDu1muJVFrABZp9u5gXdVEXhRP2DTBlo0A+OF8FlUdLGHtGuS2ImiTeOMJJ > 20YG5YGUoKzI+cA3ZYRfX8xF3DK2FMqIdBgZYnPXG0Yfp5Lae57yzUVTS6s4JjE= > =ItGp > -----END PGP SIGNATURE----- > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Re: [Isis-fish-users] AS
by Jean Couteau 23 Nov '10

23 Nov '10

-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA1 Le 23/11/2010 17:16, Bastien PREUSS a écrit : > Je lance donc un Regular fraction, mais j?obtiens dès le début une erreur, > je ne trouve pas ce qui la provoque : > > ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't get > scenarios from calculator En gros tes paramètres de RegularFractions ne sont pas bon et il arrive pas à calculer de plan. Tu arrives à générer un plan dans R avec ces paramètres ? Jean -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ iQEcBAEBAgAGBQJM6+sJAAoJEFOQdnjKiPj3HTEH/RpWSDhUiA9EvwVExQZQ1TWS qaN06VP+8bSC5p4Mp4rSeJ1r3xjDmQhtRWmUZIcx/HNuoWdm3hZuh07wHxIaCco3 UvejzKC0BJMSEfxQuIZQO1iI26IAsnT9Fc/YZ3tNG1vHPoNlnNsZYUBH0jFSj+eO UNwEyzw8NJRVzNEbQ75MvmIUh2pBMfxikTCk5ht26Tndzkb13bUdKZY80V8A/tx/ hq5uVhDu1muJVFrABZp9u5gXdVEXhRP2DTBlo0A+OF8FlUdLGHtGuS2ImiTeOMJJ 20YG5YGUoKzI+cA3ZYRfX8xF3DK2FMqIdBgZYnPXG0Yfp5Lae57yzUVTS6s4JjE= =ItGp -----END PGP SIGNATURE-----

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AS
by Bastien PREUSS 23 Nov '10

23 Nov '10

Bonjour, Je me lance dans les AS, du coup une série derreurs pointe son nez ! Je lance donc un Regular fraction, mais jobtiens dès le début une erreur, je ne trouve pas ce qui la provoque : ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't get scenarios from calculator Il semble que lerreur soit provoquée à la ligne 510, mais de quel script sagit-il ? Je ne trouve pas de SimulationService.java Ou peut être DefaultSimulator ? Merci de votre aide. Bastien

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AS ne se terminent pas - debug
by Delphine Rocklin 23 Nov '10

23 Nov '10

Salut ISIS j'ai finalement réussi à ouvrir l'énorme debug, et j'ai copié/collé la première et dernière partie de celui-ci dans les fichiers ci-joints. Bon la grande majorité du debug ressemble à la deuxième partie !! Merci Delph

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Saga "AS qui ne se terminent pas" - 3ième épisode
by Delphine Rocklin 22 Nov '10

22 Nov '10

Salut ISIS bon ben comme pour les derniers essais, mes simus d"AS plantent....grrrrr... En fait, sur les 256 simus qui sont censées tourner, les 50 dernières bloquent. Toutes les autres ont réussi sans pb, mais pour ces 50 ou 60, il ne se passe rien. Il indique dans la fenêtre de simus "lancement sur caparmor' ou qqch du genre, mais il n'y a rien qui se lance...la barre d'avancement des simus reste blanche immaculée ! J'aimerais bien envoyer le debug, mais là il fait 3 Go....je ne peux mm pas l'ouvrir...hum hum Est-ce quelqu'un a une idée du pourquoi du comment ? Ca commence à être sacrément rageant de voir qu'à chaque fois ça bloque à 50 de la fin ! Et sinon, peut-on quand même effectuer une AS (c'est une FF) avec les simus qui ont fonctionné ou faut-il attendre nécessairement la fin de l'ensemble des simus ? Ou alors peut-être que qqun a accès à caparmor pour voir où elles en sont sur caparmor...si c'est juste un pb de retour de l'info ou si vraiment il ne se passe rien... Merci Delphine

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Re: [Isis-fish-users] Calibration avec différenctiation des métiers / charger une matrice 3D
by Sigrid LEHUTA 18 Nov '10

18 Nov '10

Salut Bastien, oui bien sur c est possible ! mais la methode que je connais est un peu laborieuse accroche toi ! 1) tu crees et charges tes 3 matrices 2D matMetier0, matMetier1, matMetier2 2) tu crees une matrice 3D vide : (je mets metier en dim 2 comme dans L) int [] dimMatrix = {12,3,10}; matrixDebarquement =MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); et ensuite je pense que la seule methode c est de la remplir valeur par valeur par une boucle en allant chercher les valeurs dans les 3 matrices. for( MatrixIterator i=matrixDebarquement.iterator(); i.hasNext();){ i.next(); int [] coco = i.getCoordinates(); if (coco[1] == 0){ i.setValue(matMetier0.getValue(coco[0],coco[2])) }else if (coco[1] == 1){ etc. Ca ca marche mais attention car l ordre des metiers 0, 1 et 2 doit etre le meme que dans la matrice L. Donc soit tu fais auparavent une boucle sur L et tu fais afficher le nom du metier et les coordonnées pour connaitre l ordre soit tu construis la matrice debarquement avec des semantics : MatrixFactory.getInstance().create( "matrixDebarquement",new List[]{dates, metiers, groups}, new String[]{"Dates","Metiers","Groups"}); où dates, metiers et groups sont des list des objets. On en reparle si tu choisis cette option ! A++ Bastien PREUSS a écrit : > Bonjour, > > > > > > J’aimerais réaliser une calibration en prenant en compte les différents > métiers, c'est-à-dire sans sommer les captures sur les métiers. > > > > Pour la matrice L des captures simulées il ne semble pas problématique > de conserver la dimension correspondante aux métiers et de ne pas faire > la somme sur cette dimension (ligne 340 du script), mais concernant la > matrice des observations qui est importée au départ, comment peut ont > importer une matrice à plus de 2 dimensions ? ou à la limite importer > plusieurs matrices à 2 dimensions ? > > Dans mon script j’ai créé la matrice de la façon suivante : > > > > /////*** specify dimention of the matrix containning > observations (observed landings for instance) > > /////*** numbers of group/columns : could be equal to your > number of classes in ISIS but may also be different if your had only > aggregated data > > int nbGroup = 10; > > /////*** enter number of observation per year (if you have > observation by quarter put 4) / lines of the observations file > > int nbTrim = nbYear * 12; > > /////*** enter the number of métiers > > int nbMet = 3; > > int[] dimMatrix = {nbMet, nbTrim, nbGroup }; > > matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); > > //matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new > int[]{nbGroup}); > > // List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); > > // matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new > List[]{groups}); > > matrixDebarquement.importCSV(new > FileReader(debarquementsObserves), new int[] {0, 0, 0 }); > > log.info("MatrixDebarquement : " + matrixDebarquement); > > //db.closeContext(); > > } > > > > > > Mais je n’arrive pas à faire un import qui convienne pour fixer > « debarquementsObserves » avant, qui est créés comme suis à l’origine > dans le script : > > > > public String param_nomfichier_debarquements = "C:/Documents and > Settings/bpreuss/Desktop/These_ISIS_Noumea/Parametrage/Calibration/obsMet.csv";//in > row : time ; in columns : age or length group > > protected File debarquementsObserves; > > protected MatrixND matrixDebarquement; > > > > Est-ce que quelqu’un aurait déjà fait ça, ou saurait comment faire ? > > > > Merci. > > > > Bastien > > > > > > > > > > > > > > > > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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