May 2017 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Equation de recrutement ISIS 4.4.1.0-rc-1
by Audric Vigier 14 Dec '17

14 Dec '17

Bonjour, Je souhaite utiliser une équation de recrutement seule pour décrire la distribution spatio-temporelle du recrutement pour plusieurs années. Le problème est multiple : -bien que l'équation de recrutement compile, ISIS-Fish ne l'utilise pas. Dans le debug, je retrouve une erreur fatale : 2017-05-26 16:22:05,124 INFO [Thread-12] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>2017-05-26 16:22:05,121 FATAL [SimThread sim_simuGdGCalib2010NoAlgo_2017-05-26-16-19] (PopulationImpl.java:863) getRecruitmentMatrix - Error in matrix recruitment creation 2017-05-26 16:22:05,124 INFO [Thread-12] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible d'évaluer l'équation: [recopie toute l'équation] -Malgré l'erreur fatale, ma simu ISIS tourne jusqu'à la fin. Le recrutement a donc dû être modélisé d'une certaine manière (très différente du contenu de l'équation), mais je ne vois pas comment. J'aurais préféré que la simu s'arrête dès que l'erreur est renvoyée. La région, la simu, le debug et l'équation de recrutement sont disponibles à ce lien pendant 3 semaines : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=e3846c36-45ae-898f-2045-684… . Pour ce debuggage, pas besoin des règles de gestion auxquelles je ferai appel plus tard. Bon week-end, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Type mismatch: cannot convert from List<Captures_AgeStructure> to List<Export>
by Sigrid Lehuta 29 May '17

29 May '17

Hello j ai cette erreur d compilation du script en pj. Ca fonction qd je mets plusieurs exports ds la liste mais pas s'il n y en a qu'un. Merci de votre aide ! 1. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\scripts\RunExportOnManySimulationResult.java (at line 62) protected List<Export> exports = Arrays.asList( //new Discards_AgeStructure(), new Captures_AgeStructure() //new Landings_AgeStructure() //new Landings_month(), //new Captures_AgeStructure_month() //new RegionDefinition() ); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Type mismatch: cannot convert from List<Captures_AgeStructure> to List<Export>

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Utiliser librairie extérieure à ISIS
by Audric Vigier 29 May '17

29 May '17

Bonjour, Je cherche à utiliser une librairie d'optim dans ISIS-Fish (http://openrules.com/jsr331/downloads.htm).Le problème c'est qu'ils ne sont pas clairs sur la manière de l'installer, sauf pour Eclipse, que je ne peux pas utiliser puisque je veux appeler cette librairie depuis une règle de gestion ISIS. J'ai voulu installer org.jcp.jsr331.tck <http://openrules.com/jsr331/org.jcp.jsr331.tck.zip>.zip en le dézippant quelque part et en rajoutant son répertoire dans la variable d'environnement PATH; j'ai aussi copié-collé le contenu de lib contenant tous les .jar dans C:\Program Files (x86)\Java\jre1.8.0_111\lib. Mais quand j'essaye d'appeler la librairie (import javax.constraints.* par exemple, d'après leur documentation .pdf ((http://openrules.com/downloads/jsr331/JSR331.UserManual.v081.pdf))) ISIS me renvoie "The import javax.constraints cannot be resolved", comme si je n'avais rien installé. Que faire pour utiliser cette librairie? Si je ne peux pas l'utiliser avec ISIS, est-ce que vous connaissez d'autres libraires pour résoudre des équations non linéaires en qq lignes de commande? Bon après-midi, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Erreur interface ISIS 4.4.1.0-rc-1
by Audric Vigier 29 May '17

29 May '17

Rebonjour, Je viens de lancer une simu dans ISIS. Je suis ensuite retourné dans l'interface de la base de données, puis j'ai voulu aller dans celle listant les simulations en cours. Après clic, ISIS m'a renvoyé une erreur "durationMillis must not be negative" dans plusieurs pop-ups., l'interface ISIS étant devenue grise. Une fois les pop-ups fermées, ISIS me renvoie 2 pop-ups dès que je passe la souris là où devraient se trouver les 6 onglets (base de données, simu, visualiser des résultats, ...). J'avais déjà eu l'erreur ce week-end, mais c'est la première fois que j'arrive à la reproduire. J'ai laissé le debug en PJ. A+ Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Methode d'import de matrices avec semantics
by Sigrid Lehuta 23 May '17

23 May '17

Hello, Quelques infos sur le nouveau format d'import de matrices dans isis qui permet d associer les semantics lors de l'import. c est valable dans les scripts mais aussi pour charger les observations dans la base de donnees. le format est celui de la matrice en csv en pj. Voici un exemple de code R qui cree une matrice csv au bon format (année, mois, engin, ages) avec les semantices et un script java qui fait l'import lignes 112-113. Easy !! Le 14 février 2017 à 11:57, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a >> écrit : >> >>> Le 14/02/2017 à 11:18, Sigrid Lehuta a écrit : >>> > Voilà le type de format que la méthode devrait prendre en entrée. >>> Je viens de tester avec la dernière version du code et cela fonctionne >>> avec ton >>> fichier. >>> >>> Par exemple, dans le init() d'une regle, j'ai mis: >>> File matrixFile = new File(param_nomfichier_matrix); >>> MatrixND matrix = MatrixFactory.getInstance().cr >>> eate(matrixFile); >>> >>> Et la "matrix" et bien les sémantiques du bon type. >>> >>> Tu peux tester avec cette version d'Isis: >>> https://forge.codelutin.com/attachments/download/4517/isis-f >>> ish-4.4.1.0-r4389-bin.zip >>> >>> > On avait aussi parlé d'avoir des objets "Step" comme semantics voir des >>> > Integer (pour les années). >>> Pour les sémantiques, tu peux mettre: >>> des objets du modèle : Metier, Stragegy, Population... >>> des types de données Isis : TimeStep >>> des classes java : java.lang.Integer >>> >>> Par exemple: >>> >>> [2,2,2] >>> java.lang.Integer:1,2 >>> TimeStep:1,2 >>> Metier:MonMetier1,MonMetier2 >>> 0;0;0;1 >>> 0;1;0;2 >>> 1;1;0;3 >>> >>> >>> -- >>> Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 >>> >>> _______________________________________________ >>> Isis-fish-devel mailing list >>> Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org >>> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel >>> >> >> >

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ISIS 4.4.1.0-SNAPSHOT ne charge pas une région
by Audric Vigier 15 May '17

15 May '17

Bonjour, En chargeant une région en particulier, ISIS-Fish me renvoie l'erreur "Can't load region", chose qu'il ne fait pas avec les autres régions. Cette région s'était chargée correctement la dernière fois pourtant. J'ai laissé région + debug en PJ. Bonne journée, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Exports après la fin de la simulation
by Sigrid Lehuta 09 May '17

09 May '17

Re Hello, j'utilise le script "runExportsOnManySimulationResults" pour exporter des resultats de 12 simus que j'avais oublier d inclure au moment des simus en particulier les captures aux ages avec l'export Captures_AgeStructure.java. Cela fonctionne il creer les results exports mais seul celui de la première simulation est complet (9 populations, 16 années etc), les autres ont 1 pop et 1 année. J ai verifier dans l interface les resultats sont complets. c est un peu difficile d envoyer une simu elles sont tres lourdes ... (scripts et ex d export incomplet en pj) Voyez vous d ou vient le pb ? Merci

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