March 2025 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Mar '25

31 Mar '25

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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comment isis peut-il comprendre : fr.ifremer.isisfish.types.Month:0, 1, 10, 11, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ?
by Sigrid LEHUTA 10 Mar '25

10 Mar '25

Bonjour, dans un fichier semantics j'ai cet entete [132,12] Strategy:1_Bretons @ 1_Senne.pelagique_PIL.PIL, .... fr.ifremer.isisfish.types.Month:0,1,10,11,2,3,4,5,6,7,8,9 je ne comprends pas qu'isis parvienne a manipuler le fichier alors que ce ne sont pas des noms d'objet Month qui sont donnés. Il fait le lien entre le MonthNumber et le month automatiquement ? Merci -- /!\ Boite mail saturée (en cours de nettoyage laborieux) Pour ma santé mentale et l'environnement, merci d'éviter les pièces jointes au maximum. -- Sigrid LEHUTA ><> __/\__ ~ ><> ~ \____/ ~ Fisheries modeller IFREMER - HALGO-EMH Ecology and modeling for fisheries science DECOD Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea AFH Association Française d'Halieutique (AFH) Centre Atlantique - Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 03 Tel. : 02 40 37 42 38 (8238) Participez à l'ENQUETE Réduction des captures de dauphins : https://http-proxy.cloud.codelutin.com/enquete_delmoges https://peche.ifremer.fr/Le-role-de-l-Ifremer/Recherche/Projets/Description… https://www.francefilierepeche.fr/projets/gemmbe/ https://delmoges.recherche.univ-lr.fr/presentation-du-projet/ https://www.ices.dk/advice/ESD/Pages/Bay-of-Biscay-and-the-Iberian-Coast_La… https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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erreur en utilisant foreach sur une queue mpi sur datarmor (parallel::mclapply marche)
by Sigrid LEHUTA 05 Mar '25

05 Mar '25

Bonjour, j'ai eu un problème de parallélisation sur datarmor, ca a fini par marcher mais je ne comprends pas pourquoi ! Si qqn peut m'aider a sortir de mon ignorance sur le fonctionnement de la parallelisation je serai tres reconnaissante car c'est frustrant et pas tres efficace de bricoler comme ça. Merci !!! j'utilise un script R pour lancer des run isis en parallele sur mpi-6 sur datarmor. J'ai 2 méthodes qui sont des copier/coller de codes plus anciens mais j'avoue ne pas trop comprendre comment ils marchent. Le premier c est notre méthode habituelle de calibration et l'autre je l'ai déterré, car le premier ne marchait pas. Quelle difference entre les 2 ? Pourquoi foreach ne marche pas dans ce cas ? *Methode 1 : utilise package foreach, il a tres bien marché pour lancer des LHS jusqu'ici mais là j'ai l'erreur ci-dessous. Ca pourrait être lié à un conflit de package d'après internet...??? Ou alors ils ont changé qqch sur datarmor ? --------------------------------------------------------------------- library(doParallel, include.only = c("registerDoParallel")) # pour éviter d’écraser `makeCluster` library(foreach) cl <- makeCluster(parallel::detectCores()) registerDoParallel(cl) tmp <- foreach(i = simus) %dopar% { # lancer simul nomSimul_i <- sprintf("%s_%04d", Sys.getenv("SIMUL_BASENAME"), i) debug_file <- file.path(Sys.getenv("PBS_O_WORKDIR"),"debugISIS.log") system2("myIsis", args = nomSimul_i, stdout = debug_file, stderr = debug_file) } Error in makeMPIcluster(spec, ...) : MPI cluster of size 167 already running Calls: makeCluster -> makeMPIcluster Execution halted --------------------------------------------------------------------- *Methode 2 : fonctionne avec parallel et la fonction mclapply mais je ne sais pas pourquoi ca marche et pas l'autre. mclapply(seq(0, N_SIM), mc.cores = parallel::detectCores(), function (i){ # lancer simul nomSimul_i <- sprintf("%s_%04d", Sys.getenv("SIMUL_BASENAME"), i) debug_file <- file.path(Sys.getenv("PBS_O_WORKDIR"),"debugISIS.log") system2("myIsis", args = nomSimul_i, stdout = debug_file, stderr = debug_file) }) -- /!\ Boite mail saturée (en cours de nettoyage laborieux) Pour ma santé mentale et l'environnement, merci d'éviter les pièces jointes au maximum. -- Sigrid LEHUTA ><> __/\__ ~ ><> ~ \____/ ~ Fisheries modeller IFREMER - HALGO-EMH Ecology and modeling for fisheries science DECOD Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea AFH Association Française d'Halieutique (AFH) Centre Atlantique - Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 03 Tel. : 02 40 37 42 38 (8238) Participez à l'ENQUETE Réduction des captures de dauphins :https://http-proxy.cloud.codelutin.com/enquete_delmoges https://peche.ifremer.fr/Le-role-de-l-Ifremer/Recherche/Projets/Description… https://www.francefilierepeche.fr/projets/gemmbe/ https://delmoges.recherche.univ-lr.fr/presentation-du-projet/ https://www.ices.dk/advice/ESD/Pages/Bay-of-Biscay-and-the-Iberian-Coast_La… https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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