October 2024 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

est ce qu'un plan de simu tourne sur datarmor ?
by Sigrid LEHUTA 28 Feb '25

28 Feb '25

Hello, si je lance sur datarmor une simu preparée en local contenant un plan de simulation. ca va marcher ? Merci -- Sigrid LEHUTA ><> __/\__ ~ ><> ~ \____/ ~ Fisheries modeller IFREMER - HALGO-EMH Ecology and modeling for fisheries science DECOD Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea AFH Association Française d'Halieutique (AFH) Centre Atlantique - Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 03 Tel. : 02 40 37 42 38 (8238) Participez à l'ENQUETE Réduction des captures de dauphins : https://http-proxy.cloud.codelutin.com/enquete_delmoges https://peche.ifremer.fr/Le-role-de-l-Ifremer/Recherche/Projets/Description… https://www.francefilierepeche.fr/projets/gemmbe/ https://delmoges.recherche.univ-lr.fr/presentation-du-projet/ https://www.ices.dk/advice/ESD/Pages/Bay-of-Biscay-and-the-Iberian-Coast_La… https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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mystere export step
by Sigrid LEHUTA 14 Oct '24

14 Oct '24

hello je viens que m'arracher les cheveux sur cet export qui n exporte pas a chaque pas de temps. il le fait bien a la fin mais pas en cours de route. je compare avec Biomasse.java qui lui marche bien. j ai été jusqu a remplacé dans Biomasses.java uniquement les bouts de code différents mais rien a faire. je n ai meme pas les titres qui sont ecrits dans le begin... qu est ce que je rate ? Merci ! -- Sigrid LEHUTA ><> __/\__ ~ ><> ~ \____/ ~ Fisheries modeller IFREMER - HALGO-EMH Ecology and modeling for fisheries science DECOD Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea AFH Association Française d'Halieutique (AFH) Centre Atlantique - Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 03 Tel. : 02 40 37 42 38 (8238) Participez à l'ENQUETE Réduction des captures de dauphins : https://http-proxy.cloud.codelutin.com/enquete_delmoges https://peche.ifremer.fr/Le-role-de-l-Ifremer/Recherche/Projets/Description… https://www.francefilierepeche.fr/projets/gemmbe/ https://delmoges.recherche.univ-lr.fr/presentation-du-projet/ https://www.ices.dk/advice/ESD/Pages/Bay-of-Biscay-and-the-Iberian-Coast_La… https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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resultExports EffortNominalMetier annuel
by P.-Y. Hernvann 11 Oct '24

11 Oct '24

Hello Sigrid et moi voulons récupérer les séries temporelles d'effort nominal total annuel par stratégie et métier. On a ce script d'export collé ci-dessous, qui devrait nous retourner une ligne par an/strategie/metier mais nous en genere un fichier (1) avec autant de lignes qu'il y a de mois et (2) dont la somme des valeurs sur l'annee n'est pas coherent avec ce qu'on trouve dans la table MatrixEffortNominalPerStrategyMet (une fois somme sur l'annee realisee par strategie/metier realisee). Une idee ? PY code: /* * Copyright (C) 2024 pyhernva * * This program is free software: you can redistribute it and/or modify * it under the terms of the GNU General Public License as * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the * License, or (at your option) any later version. * * This program is distributed in the hope that it will be useful, * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the * GNU General Public License for more details. * * You should have received a copy of the GNU General Public * License along with this program. If not, see * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. */ package exports; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import java.io.Writer; import org.nuiton.math.matrix.*; import resultinfos.*; import fr.ifremer.isisfish.annotations.Doc; import fr.ifremer.isisfish.entities.*; import fr.ifremer.isisfish.export.ExportStep; import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; import fr.ifremer.isisfish.simulator.ResultManager; import fr.ifremer.isisfish.types.TimeStep; /** * EffortNominalMetiersYear.java */ public class EffortNominalMetiersYear implements ExportStep { /** to use log facility, just put in your code: log.info(\"...\"); */ private static Log log = LogFactory.getLog(EffortNominalMetiersYear.class); protected String [] necessaryResult = { MatrixEffortNominalPerStrategyMet.NAME }; @Override public String[] getNecessaryResult() { return this.necessaryResult; } @Override public String getExportFilename() { return "EffortsNominalMetierYear"; } @Override public String getExtensionFilename() { return ".csv"; } @Override public String getDescription() { return "retourne un tableau year;strategie;metier;effort"; } /*@Override public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception { MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(MatrixEffortPerStrategyMet.NAME); for (MatrixIterator i = mat.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates(); TimeStep step = (TimeStep)sems[0]; Strategy str = (Strategy)sems[1]; Metier metier = (Metier)sems[2]; double val = i.getValue(); out.write(str.getName() +";"+ metier.getName() +";"+ step.getStep() +";"+ val +"\n"); } }*/ @Override public void exportBegin(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception { out.write("year;strategy;metier;value\n"); } @Override public void export(SimulationStorage simulation, TimeStep step, Writer out) throws Exception { MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(MatrixEffortNominalPerStrategyMet.NAME); if (mat != null) { mat = mat.sumOverDim(0,12); //sum per year for (MatrixIterator i = mat.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates(); int year = (int) sems[0]; Strategy str = (Strategy)sems[1]; Metier metier = (Metier)sems[2]; double val = i.getValue(); if(val!=0){ out.write(year +";" + str.getName() + ";" + metier.getName() + ";" + val + "\n"); } } } } @Override public void exportEnd(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception { } } -- ><{{{{"> <"}}}}>< Pierre-Yves HERNVANN Happy PhD and Enthusiastic Postdoc in Marine Ecology / Fisheries Science Twitter: @PyHernvann Skype: PY HERNVANN ResearchGate profile UMR DECOD Dynamics & sustainability of ecosystems: from the source to the ocean Ecology and models applied to fishery resources (EMH) IFREMER 44311 Cedex 03, Rue de L’Ile d’Yeu 44980 Nantes, FRANCE Tel: +33 2 40 37 40 09 (intern : 80 09) ><{{{{"> <"}}}}>< Ⱡ \ ˂˃ ⁄≡≡≡≡≡≡≡≡›› ˅ ˅ ⁄ \\ | □ □ □ | \ ˅ ⁄ \\⃝ _|_○______|_‗‗‗‗‗‗\‗‗‗‗¸ ⁄ []__\\_[][]⁄¯ ____________⁄ ⁄ | ⁄ˊ ¯`•.¸.•´¯`•.¸.•´¯`•.¸.•´¯`•.¸.•´¯`•.¸.•´¯`•.¸.•´¯`•.¸.•´¯`•.¸.•´¯

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la page web API des matrices ne marche pas
by Sigrid LEHUTA 10 Oct '24

10 Oct '24

http://nuiton.page.nuiton.org/nuiton-matrix/nuiton-matrix/apidocs/org/nuito… J'ai besoin de la methode qui recupere la liste des objets d'une dimension de la matrice est ce que c'est getSemantic(int) ou getDim(int)? merci -- Sigrid LEHUTA ><> __/\__ ~ ><> ~ \____/ ~ Fisheries modeller IFREMER - HALGO-EMH Ecology and modeling for fisheries science DECOD Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea AFH Association Française d'Halieutique (AFH) Centre Atlantique - Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 03 Tel. : 02 40 37 42 38 (8238) Participez à l'ENQUETE Réduction des captures de dauphins : https://http-proxy.cloud.codelutin.com/enquete_delmoges https://peche.ifremer.fr/Le-role-de-l-Ifremer/Recherche/Projets/Description… https://www.francefilierepeche.fr/projets/gemmbe/ https://delmoges.recherche.univ-lr.fr/presentation-du-projet/ https://www.ices.dk/advice/ESD/Pages/Bay-of-Biscay-and-the-Iberian-Coast_La… https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Calibrar : Erreur de chargement de la fonction setup_calibration
by dedah.ahmed-babou＠ird.fr 08 Oct '24

08 Oct '24

Bonjour à tous, Je voudrais lancer une calibration sur datarmor. Le code R se plante car il ne trouve pas la fonction calibration_setup de la librairie calibrar. Je pense tout de même que j'ai bien accès au répertoire : NICO_REPO=/home1/datawork/nbarrier/libs/R/lib. Ci-joint mes fichiers log, le pbs et le .R. Si quelqu'un a une idée, merci par avance. Dedah.

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