January 2019 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

MIN TIME BETWEEN TRIP
by Sigrid Lehuta 10 May '22

10 May '22

Bonjour, il semble que "min time between trip" ne soit plus utilisé dans le calcul du nb de marées. Cette equation est dans les sources et je ne sais pas comment y acceder avec le nouveau site. Pouvez vous verifier ? Merci

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Erreur règle de gestion sans arrêt de simulation + obtenir l'abondance
by Audric Vigier 07 Feb '19

07 Feb '19

Bonjour, bonne année à la communauté ISIS, Je suis confronté à 2 problèmes aujourd'hui : 1/ J'ai revu l'écriture d'une de mes règles de gestion dans ISIS. Dans la condition, je suis souhaite accéder à l'abondance du pas de temps courant, avant que le moindre processus de population, pêche ou gestion ne s'applique : double abundance = matResult.getMatrix(step, onePop, MatrixAbundance.NAME).copy().sumAll(); // 0 step 1 group 2 zone Cette commande ne marche pas, car la matrice d'abondance du pas de temps courant n'est disponible qu'après la pré-action. Pourtant, j'ai vraiment besoin d'accéder à ces valeurs d'abondance dès la condition. AbundanceBeginMonth du pas de temps précédent n'est pas un bon équivalent, car elle n'a pas encore subi les mortalités du pas de temps précédent. Quel subterfuge je peux employer pour récupérer l'abondance du début du pas de temps courant? 2/ Malgré ceci, la simulation ne s'arrête pas et revient au début de la boucle de condition sur les métiers. Or je pensais que ce problème de "non plantage" était résolu ? (j'utilise ISIS 4.4.2.2). Pouvez-vous faire en sorte que ce genre d'erreur fasse s'arrêter immédiatement la simulation svp? Bonne soirée, Audric

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erreur à l'import de de la region GDL de Mtahieu
by Stephanie MAHEVAS 04 Feb '19

04 Feb '19

Bonjour voici le message d'erreur. une idee d'ou ca vient..... ? Merci Stephanie java.lang.RuntimeException: java.lang.reflect.InvocationTargetException at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:260) at com.sun.proxy.$Proxy19.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.doClick(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI.doClick(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI$Handler.mouseReleased(Unknown Source) at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) ... 39 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't import region at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:299) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__menuRegionImport(InputUI.java:308) ... 44 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.datastore.StorageException: Can't import file C:\Users\smahevas\C-ISISFish\AppliGdL\17-12-2018\gdl1.7.14.parametreeSur2016-2017_2.9.zip at fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:450) at fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importZip(RegionStorage.java:399) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:293) ... 45 more Caused by: org.nuiton.topia.TopiaException: topia.persistence.error.on.restore at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1207) at fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:427) ... 47 more Caused by: org.hibernate.exception.SQLGrammarException: could not execute statement at org.hibernate.exception.internal.SQLStateConversionDelegate.convert(SQLStateConversionDelegate.java:106) at org.hibernate.exception.internal.StandardSQLExceptionConverter.convert(StandardSQLExceptionConverter.java:42) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlExceptionHelper.java:111) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlExceptionHelper.java:97) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.ResultSetReturnImpl.executeUpdate(ResultSetReturnImpl.java:178) at org.hibernate.engine.query.spi.NativeSQLQueryPlan.performExecuteUpdate(NativeSQLQueryPlan.java:204) at org.hibernate.internal.SessionImpl.executeNativeUpdate(SessionImpl.java:1575) at org.hibernate.query.internal.NativeQueryImpl.doExecuteUpdate(NativeQueryImpl.java:274) at org.hibernate.query.internal.AbstractProducedQuery.executeUpdate(AbstractProducedQuery.java:1504) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1202) ... 48 more Caused by: org.h2.jdbc.JdbcSQLException: Table "ACTIVERULE" already exists; SQL statement: CREATE CACHED TABLE PUBLIC.ACTIVERULE( TOPIAID VARCHAR(255) NOT NULL, TOPIAVERSION BIGINT NOT NULL, TOPIACREATEDATE TIMESTAMP, ACTIVERULESTEP INTEGER, NAME LONGVARCHAR, PARAM LONGVARCHAR ) [42101-197] at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:357) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:179) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:155) at org.h2.command.ddl.CreateTable.update(CreateTable.java:86) at org.h2.command.dml.RunScriptCommand.execute(RunScriptCommand.java:79) at org.h2.command.dml.RunScriptCommand.update(RunScriptCommand.java:58) at org.h2.command.CommandContainer.update(CommandContainer.java:102) at org.h2.command.Command.executeUpdate(Command.java:261) at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdateInternal(JdbcPreparedStatement.java:199) at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdate(JdbcPreparedStatement.java:153) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.ResultSetReturnImpl.executeUpdate(ResultSetReturnImpl.java:175) ... 53 more -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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bugs lancement simu depuis R
by Sophie LEFORESTIER 04 Feb '19

04 Feb '19

Bonjour, Je voulais vous faire part de quelques bugs que j'ai rencontré en essayant de lancer une simulation depuis R : Lorsque je lance une simulation sur R, le debug de la simulation s'affiche sur la console R au fur et à mesure que la simulation tourne mais n'apparaît pas dans le debug.txt (où se trouve le fichier .bat), et ce, même en ajoutant l'argument "log=debug.txt" dans la ligne de commande (cmd = paste("java",MEMORY,"-jar", exec, log, args, nomSimu, region, script,sep=" ")). Après avoir fait tourner la simulation sur R, je me suis rendue compte que le fichier parameters.properties dans le isis-fish-4 de la simulation qui venait de tourner était complètement différent de celui qui avait été utilisé pour lancer la simulation (12 mois simulés au lieu de 48, règle de gestion et export non pris en compte, pas le bon simulateur…). Quel que soit le parameters.properties utilisé pour lancer la simulation, le parameters.properties dans le isis-fish-4 des simulations lancées depuis R est toujours identique et ne tient pas compte de la réelle paramétrisation de la simulation (voir ci-dessous). #Parameters #Tue Dec 11 14:39:13 CET 2018 description= exports= generatedPreScript= isisFishVersion=4.4.2.1 libLogLevel=error numberOfMonths=12 numberOfSensitivitySimulation=-1 optimizationGeneration=-1 optimizationGenerationIndividual=-1 preScript=SimulationParameter params.......... regionName=Sole_SMAC resultDeleteAfterExport=false resultNames= scriptLogLevel=info sensitivityAnalysisOnlyKeepFirst=false simulLogLevel=info simulationPlanNumber=-1 simulatorName=DefaultSimulator.java useCache=true useOptimization=false usePreScript=true useSimulationPlan=false useStatistic=false Aussi, le script d'export "Captures_AgeStructure.java" (ci-joint) ne fonctionne pas lorsque la simulation est lancée depuis R (alors que tout fonctionne quand c'est lancé depuis l'interface). J'ai pu voir un message d'erreur au cours du déroulement du debug dans la console (ce message n'apparaît pas dans le debug.txt d'une simu lancée depuis l'interface) : 1. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 37) import resultinfos.MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The import resultinfos.MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved ---------- 2. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 58) MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet.NAME ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved to a variable ---------- 3. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 88) MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet.NAME); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved to a variable ---------- Merci d'avance pour votre retour! Cordialement, Sophie Leforestier

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problème export
by Sophie LEFORESTIER 04 Feb '19

04 Feb '19

Bonjour, J'ai un problème cette simulation qui ne tourne pas lorsque seul l'export "Captures_AgeStructure_pop_3pop.java" est demandé et, en revanche, fonctionne quand l'export "Abundances.java" est demandé en plus de "Captures_AgeStructure_pop_3pop.java" (version 4.4.2.2). D'après le debug.txt, le problème semble provenir de l'équation d'immigration de la population "Sole3z_WestFR" (voir ci-dessous). Par ailleurs, lorsque la simu fonctionne (quand les deux exports sont demandés), elle met beaucoup de temps à tourner, surtout au cours des mois de février de chaque année). Avez-vous une idée d'où ça vient? En pièces jointes le script d'export "Captures_AgeStructure_pop_3pop.java", la base ainsi que le parameters.properties de la simulation. Merci d'avance ! Sophie Leforestier 2019-01-10 09:11:46,124 WARN [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:533) checkProgression - Simulation exception : fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't evaluate equation at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.catchEvaluateException(EvaluatorHelper.java:276) at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfoImpl.getImmigrationMatrix(PopulationSeasonInfoImpl.java:685) at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfoImpl.getImmigrationMatrix(PopulationSeasonInfoImpl.java:626) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:438) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:242) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible d'évaluer l'équation: TimeStep date = context.getSimulationControl().getStep(); //List<Population> pops = context.getSimulationStorage().getParameter().getPopulations(); List<Population> pops = context.getPopulationMonitor().getPopulations(); double newJuv_Veys = 0; double newJuv_Seine =0; for(Population p : pops){ if(p.getSpecies().getName().equals(pop.getSpecies().getName()) && !p.getName().equals(pop.getName())){ String name = "MatrixAbundance"; MatrixND ab = context.getResultManager().getMatrix(date,pop,name).copy(); //MatrixND ab = context.getPopulationMonitor().getN(p); //ab = ab.getSubMatrix(0,1,1);// ages 2 ab = ab.getSubMatrix(0,0,1);// ages 1 for (MatrixIterator i = ab.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sem = i.getSemanticsCoordinates(); Zone zoneRecru = (Zone) sem[1]; PopulationGroup grp = (PopulationGroup) sem[0]; if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_Veys")) { newJuv_Veys += i.getValue(); }else if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_Seine")){ newJuv_Seine += i.getValue(); } } } } double result = 0; if (group.getAge() == 1) { String zoneName = arrivalZone.getName(); if (zoneName.equals("Sole_nurs_Veys")) { result = newJuv_Veys; }else if(zoneName.equals("Sole_nurs_Seine")) { result = newJuv_Seine; } return result; } else return 0; at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:89) at sun.reflect.GeneratedMethodAccessor23.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at org.hibernate.proxy.pojo.javassist.JavassistLazyInitializer.invoke(JavassistLazyInitializer.java:84) at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl_$$_jvst2df_6.evaluate(EquationImpl_$$_jvst2df_6.java) at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfoImpl.getImmigrationMatrix(PopulationSeasonInfoImpl.java:657) ... 5 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't invoke method 'public abstract double fr.ifremer.isisfish.equation.ImmigrationEquation.compute(fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext,org.nuiton.math.matrix.MatrixND,fr.ifremer.isisfish.entities.Population,fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup,fr.ifremer.isisfish.entities.Zone) throws java.lang.Exception' for class formules.ImmigrationEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1508942748395_0_953294363441329 at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.invoke(EvaluatorHelper.java:465) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.evaluate(EvaluatorHelper.java:299) at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:74) ... 11 more Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.GeneratedMethodAccessor26.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.invoke(EvaluatorHelper.java:462) ... 13 more Caused by: java.lang.NullPointerException at formules.ImmigrationEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1508942748395_0_953294363441329.compute(ImmigrationEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1508942748395_0_953294363441329.java:13) ... 17 more

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Exports fishing mortality
by Audric Vigier 04 Feb '19

04 Feb '19

Bonjour, Les scripts d'exports pour MortalitePechegroupe et MortalitePecheTotale dans le community d'ISIS 4.4.2.2 ne compilent pas, ils sont infestés de lignes bizarres... Est-ce que c'est possible de les remplacer par les scripts joints svp? Je ne sais plus comment soumettre des scripts pour le community. Bon après-midi, Audric

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"args" ligne commande lancement simu sur R
by Sophie LEFORESTIER 08 Jan '19

08 Jan '19

Bonjour, Je souhaiterais savoir à quoi correspond l'élément "args" de la ligne de commande permettant de lancer une simulation sur R (voir ci-dessous). MEMORY="-Xmx1024M" exec = "isis-fish-4.4.2.1.jar" log = "debug.txt" args = "--simulationWithRegionNameAndScript" nomSimu = "ESSAI_20-12" region = "Sole_SMAC" script = "preScript.java" cmd = paste("java",MEMORY,"-jar", exec, args, nomSimu, region, script,sep=" ") message(cmd) system(cmd) Merci Sophie

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