December 2018 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

MIN TIME BETWEEN TRIP
by Sigrid Lehuta 10 May '22

10 May '22

Bonjour, il semble que "min time between trip" ne soit plus utilisé dans le calcul du nb de marées. Cette equation est dans les sources et je ne sais pas comment y acceder avec le nouveau site. Pouvez vous verifier ? Merci

4 11

erreur à l'import de de la region GDL de Mtahieu
by Stephanie MAHEVAS 04 Feb '19

04 Feb '19

Bonjour voici le message d'erreur. une idee d'ou ca vient..... ? Merci Stephanie java.lang.RuntimeException: java.lang.reflect.InvocationTargetException at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:260) at com.sun.proxy.$Proxy19.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.doClick(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI.doClick(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI$Handler.mouseReleased(Unknown Source) at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) ... 39 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't import region at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:299) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__menuRegionImport(InputUI.java:308) ... 44 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.datastore.StorageException: Can't import file C:\Users\smahevas\C-ISISFish\AppliGdL\17-12-2018\gdl1.7.14.parametreeSur2016-2017_2.9.zip at fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:450) at fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importZip(RegionStorage.java:399) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:293) ... 45 more Caused by: org.nuiton.topia.TopiaException: topia.persistence.error.on.restore at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1207) at fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:427) ... 47 more Caused by: org.hibernate.exception.SQLGrammarException: could not execute statement at org.hibernate.exception.internal.SQLStateConversionDelegate.convert(SQLStateConversionDelegate.java:106) at org.hibernate.exception.internal.StandardSQLExceptionConverter.convert(StandardSQLExceptionConverter.java:42) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlExceptionHelper.java:111) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlExceptionHelper.java:97) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.ResultSetReturnImpl.executeUpdate(ResultSetReturnImpl.java:178) at org.hibernate.engine.query.spi.NativeSQLQueryPlan.performExecuteUpdate(NativeSQLQueryPlan.java:204) at org.hibernate.internal.SessionImpl.executeNativeUpdate(SessionImpl.java:1575) at org.hibernate.query.internal.NativeQueryImpl.doExecuteUpdate(NativeQueryImpl.java:274) at org.hibernate.query.internal.AbstractProducedQuery.executeUpdate(AbstractProducedQuery.java:1504) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1202) ... 48 more Caused by: org.h2.jdbc.JdbcSQLException: Table "ACTIVERULE" already exists; SQL statement: CREATE CACHED TABLE PUBLIC.ACTIVERULE( TOPIAID VARCHAR(255) NOT NULL, TOPIAVERSION BIGINT NOT NULL, TOPIACREATEDATE TIMESTAMP, ACTIVERULESTEP INTEGER, NAME LONGVARCHAR, PARAM LONGVARCHAR ) [42101-197] at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:357) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:179) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:155) at org.h2.command.ddl.CreateTable.update(CreateTable.java:86) at org.h2.command.dml.RunScriptCommand.execute(RunScriptCommand.java:79) at org.h2.command.dml.RunScriptCommand.update(RunScriptCommand.java:58) at org.h2.command.CommandContainer.update(CommandContainer.java:102) at org.h2.command.Command.executeUpdate(Command.java:261) at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdateInternal(JdbcPreparedStatement.java:199) at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdate(JdbcPreparedStatement.java:153) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.ResultSetReturnImpl.executeUpdate(ResultSetReturnImpl.java:175) ... 53 more -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

2 1

bugs lancement simu depuis R
by Sophie LEFORESTIER 04 Feb '19

04 Feb '19

Bonjour, Je voulais vous faire part de quelques bugs que j'ai rencontré en essayant de lancer une simulation depuis R : Lorsque je lance une simulation sur R, le debug de la simulation s'affiche sur la console R au fur et à mesure que la simulation tourne mais n'apparaît pas dans le debug.txt (où se trouve le fichier .bat), et ce, même en ajoutant l'argument "log=debug.txt" dans la ligne de commande (cmd = paste("java",MEMORY,"-jar", exec, log, args, nomSimu, region, script,sep=" ")). Après avoir fait tourner la simulation sur R, je me suis rendue compte que le fichier parameters.properties dans le isis-fish-4 de la simulation qui venait de tourner était complètement différent de celui qui avait été utilisé pour lancer la simulation (12 mois simulés au lieu de 48, règle de gestion et export non pris en compte, pas le bon simulateur…). Quel que soit le parameters.properties utilisé pour lancer la simulation, le parameters.properties dans le isis-fish-4 des simulations lancées depuis R est toujours identique et ne tient pas compte de la réelle paramétrisation de la simulation (voir ci-dessous). #Parameters #Tue Dec 11 14:39:13 CET 2018 description= exports= generatedPreScript= isisFishVersion=4.4.2.1 libLogLevel=error numberOfMonths=12 numberOfSensitivitySimulation=-1 optimizationGeneration=-1 optimizationGenerationIndividual=-1 preScript=SimulationParameter params.......... regionName=Sole_SMAC resultDeleteAfterExport=false resultNames= scriptLogLevel=info sensitivityAnalysisOnlyKeepFirst=false simulLogLevel=info simulationPlanNumber=-1 simulatorName=DefaultSimulator.java useCache=true useOptimization=false usePreScript=true useSimulationPlan=false useStatistic=false Aussi, le script d'export "Captures_AgeStructure.java" (ci-joint) ne fonctionne pas lorsque la simulation est lancée depuis R (alors que tout fonctionne quand c'est lancé depuis l'interface). J'ai pu voir un message d'erreur au cours du déroulement du debug dans la console (ce message n'apparaît pas dans le debug.txt d'une simu lancée depuis l'interface) : 1. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 37) import resultinfos.MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The import resultinfos.MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved ---------- 2. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 58) MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet.NAME ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved to a variable ---------- 3. ERROR in C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-community-database\exports\Captures_AgeStructure.java (at line 88) MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet.NAME); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ MatrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet cannot be resolved to a variable ---------- Merci d'avance pour votre retour! Cordialement, Sophie Leforestier

4 11

Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Dec '18

31 Dec '18

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

1 0

bug règle de gestion
by Sophie LEFORESTIER 27 Dec '18

27 Dec '18

Bonjour, J'ai un bug avec la règle de gestion "ChgmtQ_variable.java" ci-jointe. Cette règle a été écrite de manière à modifier, au début de chaque simulation, les paramètres d'accessibilité en allant les chercher dans un csv dont le chemin d'accès tient compte du nom de la simulation en cours. Il n'y a donc pas de "public param_path" qui s'affiche au moment de sélectionner la règle dans l'interface, ou de ligne "rule.0.parameter.path=" dans le parameters.properties permettant de lancer la simu sur R. Pensez-vous que le bug est associé à ça? Merci! Sophie

2 2

simu tres lente...
by Sigrid Lehuta 11 Dec '18

11 Dec '18

Bonsoir, cette simu fonctionne mais elle met beaucoup de temps a tourner alors qu il y a 3 pop et pas de strategies... je me demande si les equations d immigration et emmigration ne la ralentissent pas ... (pops Sole3z_...) pouvez vous voir d ou vient le pb ? Merci ! pj : simu, base

1 0

comment récupérer le nom de la simu en cours
by Sophie LEFORESTIER 07 Dec '18

07 Dec '18

Bonjour, Je souhaite écrire une règle de gestion dans laquelle je pourrais récupérer le nom de la simulation en cours. Quelle ligne de commande faut-il utiliser pour récupérer le nom de la simu? Merci Sophie

5 12