April 2020 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

MIN TIME BETWEEN TRIP
by Sigrid Lehuta 10 May '22

10 May '22

Bonjour, il semble que "min time between trip" ne soit plus utilisé dans le calcul du nb de marées. Cette equation est dans les sources et je ne sais pas comment y acceder avec le nouveau site. Pouvez vous verifier ? Merci

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ISIS - Système de projection
by Charlotte Sève 08 Mar '21

08 Mar '21

Hello, Est-ce que quelqu'un saurait quel est le système de projection utilisé dans ISIS ? Merci beaucoup ! Ciao Charlotte -- *--* *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE (USR 3278 CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 | Skype: charlotteseve Mail: charlotte.m.seve(a)gmail.com

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Out of memory error; java heap space; GC overhead limit exceeded
by Audric Vigier 08 Sep '20

08 Sep '20

Bonjour, Je fais tourner mes simulations sur une longue durée; 40 ans, au lieu de 10 habituellement. Je les ai fait tourner dans un plan de simulation test (21 simulations, pour 19 en //; je sais c'est pas malin, mais l'idée étant de faire tourner ça la nuit ça allait). Elles ne sont pas allées jusqu'aux 40 ans, mais se sont arrêtées avant, entre 36 et 39 ans ; voir PJ. En regardant dans le debug des simulations, je retrouve 20 fois Java heap space, et une fois GC overhead limit exceeded (voir bas de message pour les 3 différentes erreurs que j'ai trouvées dans le debug) Je travaille avec des simulations utilisant 4 règles, dont 2 produisent des .csv (5.5MB pour le plus lourd). Elles ont besoin de paramètres définis dans le contexte (context.setComputeValue[...]), il y en a des milliers. Je demande à supprimer les résultats après les exports (bien qu'en réalité, le répertoire results/matrix de chaque simulation contient plein de .gz). Je sauvegarde 4 exports : Abondances, AbondancesBeginMonth, CapturesNombre et RejetsNombre. Les 2 derniers sont très lourds et avoisinent les 1GB chacun; contre environ 25 MB pour chaque export d'abondance. Quelles pistes pour éviter d'en demander trop à ISIS? A+ Audric ERROR|17:35:59,883|InProcessSimulatorLauncher.java|476|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded at java.util.Arrays.copyOf(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.ensureCapacityInternal(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.computeMonth(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:450) ~[?:?] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.simulate(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:259) ~[?:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] ERROR|17:35:59,914|DriverManagerConnectionProviderImpl.java|332|close|Connection leak detected: there are 3 unclosed connections upon shutting down pool jdbc:h2:file:D:\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_MSYDerivationTest_2019-10-08-13-47_6\data\data;FILE_LOCK=file;LOG=1;AUTO_SERVER=TRUE;DEFAULT_LOCK_TIMEOUT=1000;DB_CLOSE_DELAY=0;LOCK_MODE=3;TRACE_LEVEL_FILE=0;TRACE_LEVEL_SYSTEM_OUT=0 ERROR|17:40:33,132|InProcessSimulatorLauncher.java|476|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space at java.util.Arrays.copyOfRange(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuffer.toString(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.toString(BasicMatrix.java:380) ~[nuiton-matrix-2.5.2.jar:2.5.2] at org.nuiton.math.matrix.MatrixNDImpl.toString(MatrixNDImpl.java:206) ~[nuiton-matrix-2.5.2.jar:2.5.2] at java.lang.String.valueOf(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.computeMonth(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:446) ~[?:?] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.simulate(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:259) ~[?:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] ERROR|17:40:33,148|DriverManagerConnectionProviderImpl.java|332|close|Connection leak detected: there are 3 unclosed connections upon shutting down pool jdbc:h2:file:D:\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_MSYDerivationTest_2019-10-08-13-47_13\data\data;FILE_LOCK=file;LOG=1;AUTO_SERVER=TRUE;DEFAULT_LOCK_TIMEOUT=1000;DB_CLOSE_DELAY=0;LOCK_MODE=3;TRACE_LEVEL_FILE=0;TRACE_LEVEL_SYSTEM_OUT=0 ERROR|17:35:59,883|InProcessSimulatorLauncher.java|476|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded at java.util.Arrays.copyOf(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.ensureCapacityInternal(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.computeMonth(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:450) ~[?:?] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.simulate(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:259) ~[?:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] ERROR|17:35:59,914|DriverManagerConnectionProviderImpl.java|332|close|Connection leak detected: there are 3 unclosed connections upon shutting down pool jdbc:h2:file:D:\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_MSYDerivationTest_2019-10-08-13-47_6\data\data;FILE_LOCK=file;LOG=1;AUTO_SERVER=TRUE;DEFAULT_LOCK_TIMEOUT=1000;DB_CLOSE_DELAY=0;LOCK_MODE=3;TRACE_LEVEL_FILE=0;TRACE_LEVEL_SYSTEM_OUT=0

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erreur en rechargeant une ancienne simu (V4.4.2.5) dans la version 4.4.4.1
by Sigrid LEHUTA 15 May '20

15 May '20

org.hibernate.service.spi.ServiceException: Unable to create requested service [org.hibernate.engine.jdbc.env.spi.JdbcEnvironment] at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.createService(AbstractServiceRegistryImpl.java:275) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:237) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:214) at org.hibernate.id.factory.internal.DefaultIdentifierGeneratorFactory.injectServices(DefaultIdentifierGeneratorFactory.java:152) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.injectDependencies(AbstractServiceRegistryImpl.java:286) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:243) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:214) at org.hibernate.boot.internal.InFlightMetadataCollectorImpl. (InFlightMetadataCollectorImpl.java:175) at org.hibernate.boot.model.process.spi.MetadataBuildingProcess.complete(MetadataBuildingProcess.java:118) at org.hibernate.boot.model.process.spi.MetadataBuildingProcess.build(MetadataBuildingProcess.java:83) at org.hibernate.boot.internal.MetadataBuilderImpl.build(MetadataBuilderImpl.java:473) at org.hibernate.boot.internal.MetadataBuilderImpl.build(MetadataBuilderImpl.java:84) at org.nuiton.topia.migration.TopiaMigrationEngine.preInit(TopiaMigrationEngine.java:244) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.preInitServices(TopiaContextImpl.java:270) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl. (TopiaContextImpl.java:222) at org.nuiton.topia.TopiaContextFactory.getContext(TopiaContextFactory.java:182) at fr.ifremer.isisfish.datastore.DataStorage.getStorage(DataStorage.java:223) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.regionChange(ParamsHandler.java:176) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.lambda$regionChange$1(ParamsHandler.java:260) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$2.run(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.awt.WaitDispatchSupport.enter(Unknown Source) at java.awt.Dialog.show(Unknown Source) at java.awt.Component.show(Unknown Source) at java.awt.Component.setVisible(Unknown Source) at java.awt.Window.setVisible(Unknown Source) at java.awt.Dialog.setVisible(Unknown Source) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane$1.run(JXErrorPane.java:398) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane.showDialog(JXErrorPane.java:411) at fr.ifremer.isisfish.util.ErrorHelper.showErrorDialog(ErrorHelper.java:76) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.lambda$null$0(IsisFish.java:689) at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(Unknown Source) at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.processException(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: org.hibernate.HibernateException: com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool$PoolInitializationException: Failed to initialize pool: Erreur générale: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" General error: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" [50000-200] at org.hibernate.hikaricp.internal.HikariCPConnectionProvider.configure(HikariCPConnectionProvider.java:63) at org.hibernate.boot.registry.internal.StandardServiceRegistryImpl.configureService(StandardServiceRegistryImpl.java:107) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:246) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:214) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.buildJdbcConnectionAccess(JdbcEnvironmentInitiator.java:145) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.initiateService(JdbcEnvironmentInitiator.java:66) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.initiateService(JdbcEnvironmentInitiator.java:35) at org.hibernate.boot.registry.internal.StandardServiceRegistryImpl.initiateService(StandardServiceRegistryImpl.java:101) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.createService(AbstractServiceRegistryImpl.java:263) ... 52 more Caused by: com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool$PoolInitializationException: Failed to initialize pool: Erreur générale: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" General error: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" [50000-200] at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.throwPoolInitializationException(HikariPool.java:576) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.checkFailFast(HikariPool.java:562) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool. (HikariPool.java:115) at com.zaxxer.hikari.HikariDataSource. (HikariDataSource.java:81) at org.hibernate.hikaricp.internal.HikariCPConnectionProvider.configure(HikariCPConnectionProvider.java:59) ... 60 more Caused by: org.h2.jdbc.JdbcSQLNonTransientException: Erreur générale: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" General error: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" [50000-200] at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:505) at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:429) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:194) at org.h2.message.DbException.convert(DbException.java:347) at org.h2.engine.Database.openDatabase(Database.java:333) at org.h2.engine.Database. (Database.java:301) at org.h2.engine.Engine.openSession(Engine.java:74) at org.h2.engine.Engine.openSession(Engine.java:192) at org.h2.engine.Engine.createSessionAndValidate(Engine.java:171) at org.h2.engine.Engine.createSession(Engine.java:166) at org.h2.engine.Engine.createSession(Engine.java:29) at org.h2.engine.SessionRemote.connectEmbeddedOrServer(SessionRemote.java:340) at org.h2.jdbc.JdbcConnection. (JdbcConnection.java:173) at org.h2.jdbc.JdbcConnection. (JdbcConnection.java:152) at org.h2.Driver.connect(Driver.java:69) at com.zaxxer.hikari.util.DriverDataSource.getConnection(DriverDataSource.java:136) at com.zaxxer.hikari.pool.PoolBase.newConnection(PoolBase.java:369) at com.zaxxer.hikari.pool.PoolBase.newPoolEntry(PoolBase.java:198) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.createPoolEntry(HikariPool.java:467) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.checkFailFast(HikariPool.java:541) ... 63 more Caused by: java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6] at org.h2.mvstore.DataUtils.newIllegalStateException(DataUtils.java:950) at org.h2.mvstore.MVStore.readPage(MVStore.java:2213) at org.h2.mvstore.MVMap.readPage(MVMap.java:672) at org.h2.mvstore.MVMap.readOrCreateRootPage(MVMap.java:688) at org.h2.mvstore.MVMap.setRootPos(MVMap.java:682) at org.h2.mvstore.MVStore.openMap(MVStore.java:576) at org.h2.mvstore.MVStore.openMap(MVStore.java:535) at org.h2.mvstore.MVStore.openMap(MVStore.java:516) at org.h2.mvstore.MVStore.removeMap(MVStore.java:2742) at org.h2.engine.Database.handleUpgradeIssues(Database.java:866) at org.h2.engine.Database.open(Database.java:742) at org.h2.engine.Database.openDatabase(Database.java:307) ... 78 more Caused by: java.lang.IllegalStateException: Unsupported type 17 [1.4.200/3] at org.h2.mvstore.DataUtils.newIllegalStateException(DataUtils.java:950) at org.h2.mvstore.type.ObjectDataType.newType(ObjectDataType.java:165) at org.h2.mvstore.type.ObjectDataType.read(ObjectDataType.java:229) at org.h2.mvstore.type.ObjectDataType.read(ObjectDataType.java:114) at org.h2.mvstore.Page.read(Page.java:605) at org.h2.mvstore.Page.read(Page.java:239) at org.h2.mvstore.MVStore.readPage(MVStore.java:2211) ... 88 more -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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acces a la matrice de recruitment d'une pop depuis l'equation de recruitment d'une autre pop
by slehuta 07 May '20

07 May '20

Hello question tordue : J aurais besoin depuis l'équation de recruitment de ma pop1, de recupérer la matrice "result" de pop2, accessible dans l'equation de recruitment pop2 (Matrice(step) [nombre d'oeufs,zone recru] apres connectivité + gap + etalement + mortalité). Est ce possible ? j ai eu un bon plantage avec popMonitor(step, pop2).getRecruitment(). A ce propos, je code de getRecruitment est hardu, je n'ai pas su dire si cela applique aussi l'équation de recruitment ou si ca produit seulement le "result" rendu dispo dans l'equation de recrutement ? Merci Sigrid

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Changement de la version de Java requise (Java 11)
by Eric Chatellier 21 Apr '20

21 Apr '20

Bonjour, Actuellement, ISIS-Fish nécessite d'utiliser au minimum la version 8 de Java pour fonctionner. Cette version n'est plus maintenue et doit être mise à jour. Les versions 4.4.4.x d'ISIS-Fish fonctionnent sur les versions allant de Java 8 à Java 14. Vous pouvez donc dès à présent utiliser une version plus récente de Java. Dans la prochaine version majeure d'ISIS-Fish (4.5), nous allons changer la version minimum de Java requise vers Java 11. Java 11 est la version LTS (Long Term Support), mais vous pouvez également utiliser les versions plus récentes (actuellement 14). -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Re: [Isis-fish-users] mortalité naturelle ds ISIS
by slehuta 15 Apr '20

15 Apr '20

Bonjour, La mortalité est bien en année -1 pour les groupes 0 et + et également pour les prérecutés dans le modèle (martalité du group null) (https://gitlab.nuiton.org/ifremer/isis-fish/blob/master/src/main/java/fr/if… ligne 230) Sigrid Le 2020-04-15 12:24, Dominique PELLETIER a écrit : > Salut Stéph et Sigrid ! > > Vous allez toujours bien, j'espère! > > On bosse avec Adrian sur le modèle Rade de Toulon, çà avance bien, le modele est essentiellement dynpop et habitat > > pas de pêche! > > Pouvez-vous me dire ds quelle unité la mortalité naturelle est à saisir ds ISIS ? > > Je suis restée sur un coeff en an-1 pour les stades post-recrutés > > Mais je voudrais confirmation pour: > > *mortalité oeufs-larves > > *mortalité juvénile (groupe-0) si cela diffère des autres stades post-recrutés > > Merci par avance > > Dominique

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