December 2011 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

TR: erreur lors de calibration
by Bastien Preuss 15 Dec '11

15 Dec '11

Bonjour Eric, J'ai toujours ce même bug que je n'arrive pas à résoudre. Mon script de Cali est en pièce jointe de mon premier mail si tu as besoin de ma bd, je l'ai mise sur le ftp : http://upload.codelutin.com/file.php?h=R3e7d8b0c2c3d00e5cfbbde4e37fcb0af Merci d'avance. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mardi 13 décembre 2011 23:32 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] erreur lors de calibration Le 13/12/2011 05:43, Bastien Preuss a écrit : > Bonjour Eric, > > Il s'agit du passage où j'écris dans le fichier .csv les résultats du > calcul de critère. J'ai repris ce bout de code du code de base pour la calibration. > J'ai toujours fait comme cela et ça avait toujours fonctionné. Je ne > comprends pas pourquoi maintenant ça ne fonctionnerait plus. De plus > je viens d'essayer sur un autre ordi et ça fonctionne, donc vraiment > je ne comprends pas. > Il semble y avoir un décalage entre la ligne où il essaie d'écrire et > les lignes déjà remplies dans le fishiers? > J'ai tout de même essayé comme tu le suggérais : history.add(result); > mais j'obtiens l'erreur suivante : > > INFO [pool-2-thread-6] > (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_Saumonee.java:481) > afterSimulation - calcul du critere > ERROR [pool-2-thread-6] (SimulationService.java:925) finished - Stop > simulation plan, because can't call afterSimulation correctly on plan > analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_Saumonee > java.lang.NullPointerException > at > analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_Saumonee.aft > erSimu > lation(CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_Saumonee.java:490) > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService$PrepareSimula > tionJo > b.finished(SimulationService.java:922) > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java: > 251) > at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.runTask(Unknown > Source) > at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown > Source) > at java.lang.Thread.run(Unknown Source) > > À la ligne 490 j'ai : matrixDebarquement.getValue(dim); la matrice matrixDebarquement à l'air null. Mais cela n'a pas l'air d'être possible car elle est initialisée et utilisée dans l'init. Si tu ne trouve pas l'erreur, il faudrait que j'essaye de lancer le script pour verifier s'il n'y a pas de bug dans isis sur le afterSimulation. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Efficacité technique
by Paul MARCHAL 13 Dec '11

13 Dec '11

Bonjour, Je voudrais savoir comment le paramètre "efficacité technique" (dans l'onglet flottilles) affecte la mortalité par pêche. Pourriez vous m'indiquer où trouver les lignes de code correspondantes? Merci Paul -- Paul Marchal IFREMER RBE/HMMN 150, Quai Gambetta BP 699 62321 Boulogne sur mer FRANCE Tel: (+33) 321 99 56 86 Fax: (+33) 321 99 56 01 Mail: paul.marchal(a)ifremer.fr

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Re: [Isis-fish-users] erreur lors de calibration
by Bastien Preuss 13 Dec '11

13 Dec '11

Bonjour Eric, Il s'agit du passage où j'écris dans le fichier .csv les résultats du calcul de critère. J'ai repris ce bout de code du code de base pour la calibration. J'ai toujours fait comme cela et ça avait toujours fonctionné. Je ne comprends pas pourquoi maintenant ça ne fonctionnerait plus. De plus je viens d'essayer sur un autre ordi et ça fonctionne, donc vraiment je ne comprends pas. Il semble y avoir un décalage entre la ligne où il essaie d'écrire et les lignes déjà remplies dans le fishiers? J'ai tout de même essayé comme tu le suggérais : history.add(result); mais j'obtiens l'erreur suivante : INFO [pool-2-thread-6] (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_Saumonee.java:481) afterSimulation - calcul du critere ERROR [pool-2-thread-6] (SimulationService.java:925) finished - Stop simulation plan, because can't call afterSimulation correctly on plan analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_Saumonee java.lang.NullPointerException at analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_Saumonee.afterSimu lation(CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_Saumonee.java:490) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService$PrepareSimulationJo b.finished(SimulationService.java:922) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java: 251) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.runTask(Unknown Source) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source) at java.lang.Thread.run(Unknown Source) qui me renvoie à la ligne où j'affecte la valeur observée pour le calcul du critère. Merci de ton aide. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : samedi 10 décembre 2011 04:27 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] erreur lors de calibration Le 09/12/2011 07:00, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour, > > je dois reprendre certaines calibrations qui fonctionnaient très bien avant, > et maintenant, jai un bug que je narrive pas à résoudre. > > Cest une histoire dindice du numéro de simu, mais je ne vois pas où ça coince. > > Voici le message de bug (mon script de Cali est en pj) : > > Cela ne fonctionne pas car tu ajoutes dans une liste un element a une position précise : history.add(i, result); // ligne 581 Par contre, tu l'ajoute à la position 1 alors que la liste est vide. D'où l'erreur. Ce n'est pas juste : history.add(result); que tu souhaites faire ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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erreur lors de calibration
by Bastien Preuss 09 Dec '11

09 Dec '11

Bonjour, je dois reprendre certaines calibrations qui fonctionnaient très bien avant, et maintenant, jai un bug que je narrive pas à résoudre. Cest une histoire dindice du numéro de simu, mais je ne vois pas où ça coince. Voici le message de bug (mon script de Cali est en pj) : INFO [pool-2-thread-2] (MigrationServiceImpl.java:290) migrateSchema - Database is up to date, no migration needed. WARN [pool-2-thread-2] (MatrixType.java:234) splitObjects - Continuing but can't convert object in matrix isisfish.populationSeasonInfo.migration from String: 'org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity(fr.ifremer.isisfish.entities.Zone# 1301349218125#0.09025190928069848)' WARN [pool-2-thread-2] (MatrixType.java:234) splitObjects - Continuing but can't convert object in matrix isisfish.populationSeasonInfo.migration from String: 'org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity(fr.ifremer.isisfish.entities.Zone# 1301349218125#0.09025190928069848)' WARN [pool-2-thread-2] (MatrixType.java:234) splitObjects - Continuing but can't convert object in matrix isisfish.populationSeasonInfo.migration from String: 'org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity(fr.ifremer.isisfish.entities.Zone# 1301349218125#0.09025190928069848)' WARN [pool-2-thread-2] (MatrixType.java:234) splitObjects - Continuing but can't convert object in matrix isisfish.populationSeasonInfo.migration from String: 'org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity(fr.ifremer.isisfish.entities.Zone# 1301349218125#0.09025190928069848)' INFO [pool-2-thread-2] (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_Saumonee.java:234) beforeSimulation - before simulation INFO [pool-2-thread-2] (CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_Saumonee.java:239) beforeSimulation - number<3 WARN [pool-2-thread-2] (SimulationJob.java:342) run - Can't simulate sim_Cali_Saumo_EffectInit4bis_Fcib0_02_FcibTaille_2011-12-09-16-36 fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't evaluate plan script at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService$PrepareSimulationJo b.hasNext(SimulationService.java:889) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService$PrepareSimulationJo b.finished(SimulationService.java:933) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java: 251) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.runTask(Unknown Source) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source) at java.lang.Thread.run(Unknown Source) Caused by: java.lang.IndexOutOfBoundsException: Index: 1, Size: 0 at java.util.ArrayList.add(Unknown Source) at analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_Saumonee$Experienc es.getExperience(CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_Saumonee.java: 581) at analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_Saumonee.beforeSim ulation(CalibrationSimplexePasVariable2Capturabilite_Saumonee.java:247) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService$PrepareSimulationJo b.hasNext(SimulationService.java:846) ... 5 more Merci de votre aide. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] Reseau ISIS-Fish - 5 et 6 Décembre 2011
by Bastien Preuss 04 Dec '11

04 Dec '11

Salut Stéphanie, Voici les communications que j'ai faites et qui parlent de Isis. A demain. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie MAHEVAS Envoyé : vendredi 2 décembre 2011 05:05 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org; TRAVERS-TROLET; VILLANUEVA; Helene DE PONTUAL; Michel BERTIGNAC; Anik >> BRIND'AMOUR; LAFFARGUE; JADAUD; MELLON; Pierre PETITGAS; Jacques MASSE; MEHAULT; Olivier Guyader; MACHER; isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org; LE LOCH; BANARU; Benoit BELIAEFF; Philippe.Ziegler(a)aad.gov.au Objet : [Isis-fish-users] Reseau ISIS-Fish - 5 et 6 Décembre 2011 Bonjour voici le programme final des deux journées de réunion du réseau ISIS-Fish (programme.xls). Comme vous pouvez le voir, c'est assez dense. Je vous demande donc de bien vouloir respecter le canevas de présentation (que je vous ré-attache à ce message) et de ne pas dépasser 15 minutes de présentation. Pour ceux qui nous rejoignent en visio, les codes sont dans le fichier attaché (codes.pdf). Merci de prévoir un micro et un casque au cas où il y aurait un retour de son. Merci aussi de prévoir un accès internet pour que je puisse vous envoyer sur votre boite email les documents projetés pendant la réunion. Cette réunion est aussi l'occasion de vous présenter la dernière version d'ISIS-Fish. Pour les utilisateurs d'ISIS-Fish, vous êtes invités à télécharger la Version 4 d'ISIS-Fish (un mail de Eric vous expliquera demain comment et où). La V4 et la V3 d'ISIS-Fish peuvent être lancées en même temps. Exportez depuis la V3 votre base et importez la dans la V4. Ouvrez la ensuite avec la V4. Cette ouverture de votre base va entraîner sa migration du format V3 à V4. Vous trouverez les informations nécessaires pour vous aider à migrer votre base sur le site d'ISIS-Fish http://isis-fish.org <http://isis-fish.org/>. Un créneau en fin de journée lundi est réservé aux discussions sur la V4 et à la migration des bases. Je souhaiterais faire une synthèse des communications autour d'ISIS-fish (publications, participation à des congrès, autres rapports) ainsi que des projets (avec 3, 4 lignes de description) auxquels on participe en utilisant ISIS-Fish. Pourriez-vous m'envoyer la liste de ce qui vous concerne ? Merci d'avance. Enfin un dernier point et pas des moindres, lundi soir l'Ifremer vous convie à un repas (Bistrot de l'écrivain, Nantes), merci de me confirmer votre présence. A lundi, Stéphanie ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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ISIS-Fish 4.0.0.0 est disponible !
by Eric Chatellier 02 Dec '11

02 Dec '11

Bonjour, La nouvelle version d'ISIS-Fish 4.0.0.0 est disponible. Vous pouvez désormais la télécharger à l'adresse suivante: http://forge.codelutin.com/attachments/download/220/isis-fish-4.0.0.0-bin.z… Changements ----------- Cette nouvelle version majeure d'ISIS-Fish apporte son lot de nouveautés et de corrections. Pour plus de détails sur les nouveautés, n'hésitez pas à consulter cette page: http://www.isis-fish.org/v4/user/changements40.html. Pour la liste complète des modifications, elle est disponible ici : http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/versions/85. La documentation est maintenant disponible sur un nouveau site, entièrement dédié à ISIS-Fish: http://www.isis-fish.org/. Migration --------- Les version V4 et V3 d'ISIS-Fish peuvent être lancées en même temps. Exportez depuis la V3 votre base et importez la dans la V4. Ouvrez la ensuite avec la V4. Cette ouverture de votre base va entraîner sa migration du format V3 à V4. Vous trouverez les informations nécessaires pour vous aider à migrer votre base sur la page: http://isis-fish.org/v4/user/migrationv3v4.html. Formation --------- Les nouveautés apportées par ISIS-Fish 4 seront abordées lors des journées de formation des 5 et 6 décembre. N'hésitez donc pas à installer ISIS-Fish et à migrer vos données avant cette date. Si vous avez des questions relatives à cette nouvelle version, l'équipe de développement d'ISIS-Fish sera là pour répondre à vos questions. Cordialement, -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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