February 2022 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Erreur import région depuis simulation
by Tuan Anh PHAN 17 Feb '22

17 Feb '22

Bonjour, Esk qqun peut m'aider à solutionner ce problème ? Merci Lancé avec la version 4.4.6.0 java.lang.RuntimeException: java.lang.reflect.InvocationTargetException at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:260) at jdk.proxy1/jdk.proxy1.$Proxy20.actionPerformed(Unknown Source) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:1972) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2313) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:405) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:262) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton.doClick(AbstractButton.java:374) at java.desktop/javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI.doClick(BasicMenuItemUI.java:1028) at java.desktop/javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI$Handler.mouseReleased(BasicMenuItemUI.java:1072) at java.desktop/java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6626) at java.desktop/javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3389) at java.desktop/java.awt.Component.processEvent(Component.java:6391) at java.desktop/java.awt.Container.processEvent(Container.java:2266) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:5001) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2324) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4833) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4948) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4575) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4516) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2310) at java.desktop/java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2780) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4833) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:773) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:722) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:716) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:399) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:86) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:97) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:746) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:744) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:399) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:86) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:743) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:203) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:124) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:113) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:109) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:101) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:90) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at java.base/jdk.internal.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at java.base/jdk.internal.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:77) at java.base/jdk.internal.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) at java.base/java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:568) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) ... 38 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't import region from simulation at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegionFromSimulation(InputHandler.java:417) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__menuRegionImportSimulation(InputUI.java:302) ... 43 more Caused by: javax.persistence.PersistenceException: org.hibernate.exception.SQLGrammarException: could not prepare statement at org.hibernate.internal.ExceptionConverterImpl.convert(ExceptionConverterImpl.java:154) at org.hibernate.query.internal.AbstractProducedQuery.list(AbstractProducedQuery.java:1626) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.findAll(TopiaContextImpl.java:954) at org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.execute(TopiaQuery.java:1388) at org.nuiton.topia.framework.TopiaQuery.executeToEntityList(TopiaQuery.java:1408) at org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAOImpl.findAllByQuery(TopiaDAOImpl.java:480) at org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAOImpl.findAll(TopiaDAOImpl.java:441) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.getFisheryRegion(SimulationStorage.java:664) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.extractRegion(SimulationStorage.java:797) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegionFromSimulation(InputHandler.java:411) ... 44 more Caused by: org.hibernate.exception.SQLGrammarException: could not prepare statement at org.hibernate.exception.internal.SQLExceptionTypeDelegate.convert(SQLExceptionTypeDelegate.java:63) at org.hibernate.exception.internal.StandardSQLExceptionConverter.convert(StandardSQLExceptionConverter.java:42) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlExceptionHelper.java:113) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.StatementPreparerImpl$StatementPreparationTemplate.prepareStatement(StatementPreparerImpl.java:186) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.StatementPreparerImpl.prepareQueryStatement(StatementPreparerImpl.java:151) at org.hibernate.loader.Loader.prepareQueryStatement(Loader.java:2092) at org.hibernate.loader.Loader.executeQueryStatement(Loader.java:2029) at org.hibernate.loader.Loader.executeQueryStatement(Loader.java:2007) at org.hibernate.loader.Loader.doQuery(Loader.java:943) at org.hibernate.loader.Loader.doQueryAndInitializeNonLazyCollections(Loader.java:344) at org.hibernate.loader.Loader.doList(Loader.java:2838) at org.hibernate.loader.Loader.doList(Loader.java:2820) at org.hibernate.loader.Loader.listIgnoreQueryCache(Loader.java:2652) at org.hibernate.loader.Loader.list(Loader.java:2647) at org.hibernate.loader.hql.QueryLoader.list(QueryLoader.java:506) at org.hibernate.hql.internal.ast.QueryTranslatorImpl.list(QueryTranslatorImpl.java:400) at org.hibernate.engine.query.spi.HQLQueryPlan.performList(HQLQueryPlan.java:219) at org.hibernate.internal.SessionImpl.list(SessionImpl.java:1443) at org.hibernate.query.internal.AbstractProducedQuery.doList(AbstractProducedQuery.java:1649) at org.hibernate.query.internal.AbstractProducedQuery.list(AbstractProducedQuery.java:1617) ... 52 more Caused by: org.h2.jdbc.JdbcSQLSyntaxErrorException: Table "FISHERYREGION" non trouvée Table "FISHERYREGION" not found; SQL statement: select fisheryreg0_.topiaId as topiaid1_5_, fisheryreg0_.topiaVersion as topiaver2_5_, fisheryreg0_.topiaCreateDate as topiacre3_5_, fisheryreg0_.name as name4_5_, fisheryreg0_.minLongitude as minlongi5_5_, fisheryreg0_.maxLongitude as maxlongi6_5_, fisheryreg0_.minLatitude as minlatit7_5_, fisheryreg0_.maxLatitude as maxlatit8_5_, fisheryreg0_.cellLengthLongitude as cellleng9_5_, fisheryreg0_.cellLengthLatitude as celllen10_5_, fisheryreg0_.mapFiles as mapfile11_5_, fisheryreg0_.comment as comment12_5_ from fisheryRegion fisheryreg0_ [42102-199] at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:451) at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:427) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:205) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:181) at org.h2.command.Parser.readTableOrView(Parser.java:7146) at org.h2.command.Parser.readTableFilter(Parser.java:1895) at org.h2.command.Parser.parseSelectSimpleFromPart(Parser.java:2641) at org.h2.command.Parser.parseSelectSimple(Parser.java:2788) at org.h2.command.Parser.parseSelectSub(Parser.java:2636) at org.h2.command.Parser.parseSelectUnion(Parser.java:2469) at org.h2.command.Parser.parseSelect(Parser.java:2440) at org.h2.command.Parser.parsePrepared(Parser.java:814) at org.h2.command.Parser.parse(Parser.java:788) at org.h2.command.Parser.parse(Parser.java:760) at org.h2.command.Parser.prepareCommand(Parser.java:683) at org.h2.engine.Session.prepareLocal(Session.java:627) at org.h2.engine.Session.prepareCommand(Session.java:565) at org.h2.jdbc.JdbcConnection.prepareCommand(JdbcConnection.java:1292) at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement. (JdbcPreparedStatement.java:77) at org.h2.jdbc.JdbcConnection.prepareStatement(JdbcConnection.java:349) at com.zaxxer.hikari.pool.ProxyConnection.prepareStatement(ProxyConnection.java:311) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariProxyConnection.prepareStatement(HikariProxyConnection.java) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.StatementPreparerImpl$5.doPrepare(StatementPreparerImpl.java:149) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.StatementPreparerImpl$StatementPreparationTemplate.prepareStatement(StatementPreparerImpl.java:176) ... 68 more -- À+, Anh ------------------------------------------------------------------------

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.7.0 released
by Eric Chatellier 16 Feb '22

16 Feb '22

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.7.0 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- #11477: Ajouter un menu pour extraire toutes des données de référence d'une simulation #11478: Modifier la configuration de R pour que cela soit plus simple pour l'utilisateur #11489: Importer une zone à partir d'un fichier shapefile (*.shp) Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/6890/isis-fish-4.4.7.0-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Re: [Isis-fish-users] Récupérer la biomasse initiale
by Charlotte Sève 10 Feb '22

10 Feb '22

Hello Eric et Stephanie, Merci pour vos réponses. Récupérer les effectifs initiaux via getSimulationStorage().getParameter().getNumberOf(pop) et ensuite faire une boucle sur les groupes pour récupérer la biomasse devrait le faire, et je peux utiliser ça dans Init. Je vais faire ça ! Merci beaucoup ! Charlotte Le jeu. 10 févr. 2022 à 13:13, Stephanie Mahevas < Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr> a écrit : > La biomasse aurait été mieux mais le pb de beginmonth c'est que les > processus biologiques qui peuvent exister à t=0 ont déjà eu lieu. > Reste simplement à boucler sur les groupes pour calculer la biomasse > > Le 10 févr. 2022 12:40, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a > écrit : > > Le 10/02/2022 à 11:43, Stephanie MAHEVAS a écrit : > > Salut > > Est-il possible de récupérer les effectifs initiaux qui sont saisis dans > > l'interface de lancement ? > > Si, via getSimulationStorage().getParameter().getNumberOf(pop) > > C'est utilisable dans la méthode init() aussi. > > > Mais les effectifs initiaux et la biomass ce n'est pas pareil si ? > > -- > Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 > > > -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - UAR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

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Récupérer la biomasse initiale
by Charlotte Sève 10 Feb '22

10 Feb '22

Bonjour tout le monde, Je souhaiterais récupérer la biomasse initiale de ma population pour l'utiliser dans une règle. Est-ce que quelqu'un sait quel est le code pour la récupérer ? NB: j'ai besoin de la biomasse totale sur toute ma région (un peu comme dans le Population monitor getBiopass(pop), mais pour la biomasse initiale Merci beaucoup pour votre aide, Charlotte -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - UAR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

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Vocabulaire Isis-Fish
by Etienne JOUBERT 09 Feb '22

09 Feb '22

Bonjour à tous, J'espère que vous allez bien et que vous avez passé un agréable week-end. J'ai quelques questions à vous poser, concernant certains termes du volet pêche du simulateur. J'ai essayé de faire des recherches sur leur calcul/définition précise, dans la bibliographie de la communauté sur le site ou dans le FAQ, mais je garde quelques incertitudes. 3 termes me posent problème : la sélectivité, l'accessibilité et le facteur de standardisation. Accepteriez-vous de valider ou corriger mes définitions et méthodes de calcul s'il vous plaît? - La sélectivité : Probabilité d'attraper le poisson en question lors de la pêche (compris entre 0 et 1). Si on se base sur des observations cela revient au nombre de prises de l'espèce étudiée, dans une zone durant une période donnée, divisée par le nombre total de prises dans la zone d'étude pour un engin donné. - L'accessibilité : Probabilité d'attraper le poisson en question par unité d'effort de pêche pour un engin non sélectif (compris entre 0 et 1). Soit le nombre d'individus de l'espèce étudiée, attrapés durant une période de temps et dans une zone donnée, divisé par le nombre d'heures d'activité moyen d'un engin sur la même période et zone. -Le Facteur de standardisation : taux de correction permettant de comparer les différentes activités de pêche (compris entre 0 et 1). Correspond pour chaque engin au temps de pêche minimal parmi les différents engins du modèle divisé par le temps de pêche de l'engin en question. Je vous souhaite une bonne journée et vous remercie d'avance pour votre aide. Bien cordialement, Etienne Joubert

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