April 2024 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Problème upload shapefile
by olavigno 19 Apr '24

19 Apr '24

Bonjour, Je début sur isis et rencontre un problème d'apport de shp. Lors de la dépose du shp tout fond de carte disparait et rien de nouveau n'apparait (pas même un code d'erreur). Les informations trouvées dans la mailling list me parlent de saisir une ligne de commande (https://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users//2008-November/005292.…) permettant de générer à partir du shp un ssx. Ces informations datent de 2008 mais je n'ai cependant rien trouvé de plus récent. Sauriez-vous m'indiquer où saisir cette ligne de commande et/ou quel pourrait être l'origine de mon problème ? Merci d'avance, Orianne Lavignon

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Mémoire vive sur datarmor
by aricouar 18 Apr '24

18 Apr '24

Bonjour Eric, J'ai lancé dernièrement une simu de 50 années sur la queue mpi2 de datarmor en requérant 4G de mémoire vive. J'obtiens une erreur de type "java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space" au pas de temps décembre 49. Ensuite j'ai lancé la même simu sur 40 années avec les mêmes réglages. J'obtiens la même erreur mais au pas de temps décembre 39. Il semble donc que la mémoire requise n'augmente pas linéairement avec le nombre de pas de temps et en particulier que le dernier pas de temps de la simulation soit beaucoup plus gourmand en mémoire que les autres. Est-ce que cela te semble normal ? Et comment avoir une idée de la mémoire vive requise pour réaliser une simulation en fonction du nombre de pas de temps, afin de pouvoir demander les ressources appropriées auprès de datarmor ? J'aurais besoin d'une réponse si possible rapide car j'aurais une réunion avec Mickaël Dequidt lundi pour lui demander des accès supplémentaires. Merci beaucoup, Antoine

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storage is null
by Sigrid LEHUTA 10 Apr '24

10 Apr '24

hello j ai cette erreur au lancement de mon plan (en pj), que je comprends pas du tout. qu en dis tu ? merci ! java.lang.NullPointerException: Cannot invoke "fr.ifremer.isisfish.datastore.RuleStorage.getNewInstance()" because "ruleStorage" is null at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.prepareSimulationZipFile(SimulationService.java:802) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:410) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.launchSimulation(ParamsHandler.java:427) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.launchSimulation(ParamsHandler.java:332) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:302) at java.base/jdk.internal.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at java.base/jdk.internal.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:77) at java.base/jdk.internal.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) at java.base/java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:568) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) at jdk.proxy1/jdk.proxy1.$Proxy20.actionPerformed(Unknown Source) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:1972) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2313) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:405) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:262) at java.desktop/javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:279) at java.desktop/java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6626) at java.desktop/javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3389) at java.desktop/java.awt.Component.processEvent(Component.java:6391) at java.desktop/java.awt.Container.processEvent(Container.java:2266) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:5001) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2324) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4833) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4948) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4575) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4516) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2310) at java.desktop/java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2780) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4833) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:773) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:722) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:716) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:399) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:86) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:97) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:746) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:744) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:399) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:86) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:743) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:203) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:124) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:113) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:109) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:101) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:90) -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Lancement job sur Datarmor omp
by aricouar 09 Apr '24

09 Apr '24

Bonjour, Quelqu'un peut-il m'expliquer à quoi servent ces lignes de commandes dans le fichier .pbs ci-joint ? # shortcut to call R, for MPI only myR () { mpiexec -np $mpiproc $(R RHOME)/library/snow/RMPISNOW --no-restore --no-save --quiet $@ # shouldn’t use --vanilla because errors don’t stop execution } En fait je cherche à lancer ce job non pas sur MPI mais sur OMP. Du coup, je ne dois pas utiliser le package snow car il n'y a qu'un seul noeud sur cette queue. Pour l'instant, ça ne marche pas. Quelqu'un sait-il ce qu'il faut modifier ? Merci, Antoine

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ISISFish refuse de démarrer
by Pierre-Yves HERNVANN 08 Apr '24

08 Apr '24

Hello La sale bête vient de me planter au démarrage avec Message d'échec et Détails suivants. Quelqu'un aurait-il une idée de dépannage ? Rien de notable en amont à part manip classiques (lancement de simus, modif de base etc). J'ai essayé avec une autre version d'ISIS, redémarré ma bécanne etc. L'étape suivante logique me semble être le lancer d'ordinateur. Merci !! PY Imprim'Ecran du message d'Echec Message affiché : java.lang.NullPointerException: Cannot invoke "fr.ifremer.isisfish.vcs.VCS.isVersionnableFile(java.io.File)" because the return value of "fr.ifremer.isisfish.datastore.VersionStorage.getCommunityVCS()" is null at fr.ifremer.isisfish.datastore.VersionStorage.getStorageNames(VersionStorage.java:471) at fr.ifremer.isisfish.datastore.RuleStorage.getRuleNames(RuleStorage.java:130) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.RuleChooserHandler.initAvailableRules(RuleChooserHandler.java:88) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.RuleChooserHandler.afterInit(RuleChooserHandler.java:106) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.RuleChooser.$afterCompleteSetup(RuleChooser.java:120) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.RuleChooser.$completeSetup(RuleChooser.java:541) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.RuleChooser.$initialize(RuleChooser.java:601) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.RuleChooser. (RuleChooser.java:133) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.RuleUI.createRuleChooser(RuleUI.java:338) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.RuleUI.$initialize(RuleUI.java:379) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.RuleUI. (RuleUI.java:122) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.createRuleUI(SimulUI.java:304) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.$initialize(SimulUI.java:335) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI. (SimulUI.java:124) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSimulUI(WelcomeTabUI.java:370) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:408) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI. (WelcomeTabUI.java:123) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeHandler.afterInit(WelcomeHandler.java:94) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$afterCompleteSetup(WelcomeUI.java:93) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$completeSetup(WelcomeUI.java:557) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:709) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI. (WelcomeUI.java:106) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.lambda$launchUI$1(IsisFish.java:704) at java.desktop/java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:318) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:771) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:722) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:716) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:399) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:86) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:741) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:203) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:124) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:113) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:109) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:101) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:90)

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codage des regles dans les plans de simulation
by Sigrid LEHUTA 05 Apr '24

05 Apr '24

Salut Eric, Tu m'as dit a la formation java qu'il y a une nouvelle maniere de modifier les regles dans les plans de simulation mais helas je ne retrouve pas mes notes ! voici l ancienne maniere, peux tu m indiquer la nouvelle s'il te plait ? Merci String ruleName2 ="Cantonnement_listGear"; RuleStorage ruleStorage2 = RuleStorage.getRule(ruleName2); ruleNum +=1; Properties propert24 =new Properties(); Zone zone24 = zoneDAO.findByName("closures_fra_isobath"); propert24.put("rule." + ruleNum +".parameter.zone", zone24.getTopiaId()); propert24.put("rule." + ruleNum +".parameter.beginMonth", "" +8); propert24.put("rule." + ruleNum +".parameter.endMonth", "" +3); propert24.put("rule." + ruleNum +".parameter.gear", gearlist0); propert24.put("rule." + ruleNum +".parameter.beginStep", "" +0); propert24.put("rule." + ruleNum +".parameter.endStep", "" +23); Rule rule24 = ruleStorage2.getNewInstance(); RuleHelper.populateRule(ruleNum, nextSimulation.getStorage(), rule24, propert24); paramRules.add(rule24); -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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stocker des valeurs dans le SimulationContext depuis le beforeSimulation d'un plan
by Sigrid LEHUTA 04 Apr '24

04 Apr '24

Hello, la question d'aujourd'hui... Je voudrais passer des objets depuis leSimulationPlanContext vers le SimulationContext de la prochaine simu, mais je n'ai access qu'au SimulationStorage (pour pouvoir y acceder dans les equations). Dans le passé, je créais des Tag, et j avais une regle qui lisait les tag pour les mettre dans le context. Y a t'il eu des evolutions qui rendent cela plus direct ? ex. dans le BeforeSimulation:nextSimulation.getParameter().getTagValue().put("UnwantedPrice",priceString); dans la règle : if(context.getSimulationStorage().getParameter().getTagValue().get("UnwantedPrice") != null){ String priceStr = context.getSimulationStorage().getParameter().getTagValue().get("UnwantedPrice"); double unwantedPrice = StringUtil.toDouble(priceStr); context.setValue("priceUnwanted",unwantedPrice); } Merci ! -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Règle forçage abondance initiale
by aricouar 04 Apr '24

04 Apr '24

Bonjour, Ci-joint une règle que j'ai crée en m'inspirant d'un plan de simulation de Sigrid. L'objectif de cette règle est de forcer l'abondance initiale de chaque espèce de la simulation, à partir d'un fichier nommé "<nom_espece>_restart.csv" La règle ne compile pas car la ligne 115, censée assigner la nouvelle abondance initiale, ne passe pas : MatrixND mat = nextSimulation.getParameter().getNumberOf(pop); Je me doute que nextSimulation est un élément d'un plan de simulation et n'a pas sa place dans une rule. Dans ce cas, par quoi devrais-je le remplacer pour que cela fonctionne ? Merci pour votre aide, Antoine

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Pattern Matcher
by Sigrid LEHUTA 04 Apr '24

04 Apr '24

re bonjour, j'essaie d'utiliser un pattern matcher dans une regle mais je dois mal m'y prendre. Je veux creer la liste des métiers concernés à partir d'un bout de leur nom : s'ils contiennent "OTMPIL" ou "PS_PIL" ou "PTMPIL", ils sont ajoutés a une liste et la condition est true. param_metNames ="OTMPIL|PS_PIL|PTMPIL" Qu est ce que je fais de travers ? Merci !! List <Metier> allMets = context.getMetierDAO().findAll(); Pattern countryPattern =Pattern.compile(param_metNames); for(Metier met :allMets){ Matcher metMatch =countryPattern.matcher(met.getName()); if (metMatch.matches()){ listMet.add((Metier)met); listMetNames.add(met.getName()); } } -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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charger une matrice a partir du format semantics
by Sigrid LEHUTA 03 Apr '24

03 Apr '24

Salut, je voudrais savoir si isis peut gerer les valeurs manquantes quand il charge les valeurs d'une matrice a partir d un fichier au format avec semantics. exemple je declare une matrice [2,2] dim1: toto,tata dim2: titi, tutu 0,0,14; 0,1,15; est ce qu'il remplit tout seul [1,0] et [1,1] avec des zéros ou il faut que je lui dise ? Merci Sigrid -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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