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lancement calibration sur Datarmor
by Sophie LEFORESTIER 27 May '19

27 May '19

Bonjour Eric, Je souhaiterais lancer la calibration de mon modèle ISIS sur Datarmor. Est-ce possible de le faire directement depuis l'interface ("lanceur de simu : sur le serveur Datarmor")? Y a-t-il une queue réservée aux utilisateurs d'ISIS ? Si oui, combien de cœurs sont disponibles? Merci Sophie

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problème chgmt équation d'inactivité - règle de gestion
by Sophie LEFORESTIER 24 May '19

24 May '19

Bonjour Eric, J’ai un problème avec la règle de gestion qui force l’effort dans mon modèle ISIS sur les années 2015-2017. Cette règle force, pour chaque stratégie, le nombre de bateaux par an (le nombre de bateaux par flottille étant fixé à 1), l’inactivité par mois ainsi que la proportion du temps de pêche passé sur chaque métier. Le problème vient du changement de l’équation d’inactivité. En effet, le debug montre que l’équation d’inactivité retourne bien la nouvelle valeur d’inactivité (issue du csv). Toutefois, le calcul de l’effort nominal tient compte de l’ancienne valeur d’inactivité de la base et non la nouvelle. Saurais-tu d'où vient le problème? Ci-joint la base, le script java ainsi que les csv utilisés dans la règle de gestion. Merci d’avance ! Sophie

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.2.4 released
by Eric Chatellier 24 May '19

24 May '19

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.2.4 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- Changes in this version includes: #10374: Changer le contenu d’équation plusieurs fois ne fonctionne pas Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/5701/isis-fish-4.4.2.4-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Re: [Isis-fish-users] problème chgmt équation d'inactivité - règle de gestion
by Eric Chatellier 22 May '19

22 May '19

Le 22/05/2019 à 15:20, Sophie LEFORESTIER a écrit : > Non a priori il n'y a pas de changement lorsque j'ajoute > "str.setInactivityEquationUsed(true)" dans mon script C'est effortNominalPerStrategyMet qui devrait changer ? Je ne vois pas dans "effortNominalPerStrategyMet" si l’équation d'inactivité est utilisée, j'ai peut être raté un détail. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Re: [Isis-fish-users] [pas vraiment résolu]Configurer ISIS pour R
by Audric Vigier 13 May '19

13 May '19

Bonjour, Je suis entrain de configurer R pour ISIS sur un autre PC (avec beaucoup de coeurs, pour faire des simus en // ; Windows 7 64 bit). J'ai bien suivi les mêmes étapes qu'avant : -Définir les variables environnement (voir config en PJ) -Installer les librairies dans R lancé en mode administrateur (preuve en PJ avec R 3.6.0) -lancer ISIS-Fish en mode administrateur et vérifier R (ça ne marche pas, voir debug et PJ) J'ai bien vérifié que rJava n'était installé qu'à un seul endroit, dans le bon répertoire, j'ai pas arrêté de l'installer, de le désinstaller, d'essayer différents répertoires, pareil pour l'installation de R; j'ai aussi ré-installé ISIS, rien n'y fait! Je suis entrain de perdre énormément de temps et j'ai besoin d'une solution rapide à ce problème si je veux lancer mes calculs à temps, je suis vraiment bloqué. Que faire? Audric ________________________________ From: Isis-fish-users [isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org] on behalf of Audric Vigier [a.vigier(a)qub.ac.uk] Sent: 09 April 2019 15:53 To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] [RÉSOLU]Configurer ISIS pour R On 09/04/2019 15:37, Eric Chatellier wrote: Le 09/04/2019 à 16:16, Audric Vigier a écrit : Je viens d'essayer en installant les packages dans le deuxième répertoire également. Au redémarrage d'ISIS, lorsque je teste, j'ai un message "Impossible d'initialiser R : R initialisation failed, please check your installation". Si je désinstalle les packages du deuxième répertoire, et que je redémarre ISIS ça revient aux messages d'erreur sur lhs et sensitivity. Par contre, si j'installe les librairies pendant qu'ISIS est ouvert, un nouveau test me renverra "R testé avec succès !" (et mon script marche en prime). Mais si je redémarre ISIS après ce test fructueux, retour à "Impossible d'initialiser R [...]". C'est rJava qui ne doit être installé qu'à un seul endroit. Après désinstallation de rJava puis ré-installation dans le deuxième répertoire uniquement, problème résolu. Donc pour résumer: -Définir les variables environnement comme expliqué dans la doc (peut-elle être remise en ligne SVP? https://web.archive.org/web/20161018142204/http://isis-fish.org/v4/user/ins… ) -rJava ne doit être installé qu'à un seul endroit : <R_HOME>\library ; peu importe quel est le répertoire habituel utilisé sous R. SI plusieurs installations, ou installation au mauvais endroit => FAIL. Commandes R en mode administrateur > .libPaths("C:/Program Files/R/R-3.5.3/library" ) > install.packages("rJava") -lhs et sensitivity doivent êtres installées dans le même répertoire, mais peuvent également être installées ailleurs -idem pour d'autres packages dont des scripts R appelés par ISIS ont besoin -pas de manipulation supplémentaire (plus besoin de faire un copier-coller de .dll). Un test de la configuration doit renvoyer R testé avec succès Merci pour ton aide!

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Base de données non modifiée pendant une AS
by Audric Vigier 03 May '19

03 May '19

Bonjour, J'essaye de modifier une matrice via une règle (règle en PJ). L'idée est de faire varier un facteur (coeffHake) qui est un paramètre de la règle; facteur qui est utilisé pour créer une matrice avec un script R. La matrice est ensuite lue, puis la base de données ISIS doit être modifiée (changeDB). La nouvelle valeur dans l'AS est bien utilisée, les nouvelles matrices sont écrites (et différentes des matrices de base), lues, les matrices de la base de données sont mises à jour (verif sur une matrice l340 : la matrice écrite est différente de la matrice de base). Pourtant, tout se passe comme si je n'avais rien fait dans le reste de la simulation, les outputs sont strictement identiques entre simulations (les exports d'abondance par groupe de pop sont identiques par exemple ... comme tout le reste). Ce n'est pas normal, étant donné qu'il s'agit de matrices de transition régissant la croissance. Dans l'interface ISIS, les indices de sensibilité calculés sont 0 ou NA, comme il n'y a pas de différence entre simus. Rien à signaler dans le debug. Dans les parameter.properties de chaque simulation, les generatedPreScript sont différents; je retrouve par exemple params.setProperty("rule.0.parameter.coeffHake","0.8") , ce qui indique qu'ISIS a bien fait tourner la règle avec une valeur autre que 1, la valeur par défaut. Que je fasse la MàJ de la base de données en init ou en preAction, j'ai les mêmes symptômes. Comment résoudre le problème? Audric

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Re: [Isis-fish-users] AS qui tourne pas
by Eric Chatellier 26 Apr '19

26 Apr '19

Le 26/04/2019 à 10:28, Audric Vigier a écrit : > Bonjour, > > J'espère que ce que j'envoie en PJ sera suffisant pour reproduire le problème : > > -La base GdGMerluMSE[...] > > -La simulation as_Gdg[...] > > -3 règles (Captures[...] , Ogive[...], NonBay[...], dans cet ordre) > > -1 simulateur (DefaultSimulator[...]) à placer dans community/simulators > > -1 script (Export[...]) à placer dans community/scripts > > - un répertoire input à placer au même endroit que le .bat Je pense que dans tes règles tu touches aux proportionMetier et le simulateur n'a pas l'air d'aimer ta modification. Je n'ai pas encore analysé assez pour savoir si le bug est dans la simulateur ou dans la règle. En attendant, dans SiMatrix, tu peux remplacer la méthode public List<Metier> getMetiers(Strategy str, TimeStep step) { (ligne 179) par celle ci: public List<Metier> getMetiers(Strategy str, TimeStep step) { StrategyMonthInfo info = str.getStrategyMonthInfo(step.getMonth()); List<Metier> resultTmp = info.getMetierWithProportion(); // FIXME temp code to fix lazy exception List<Metier> result = new ArrayList<>(resultTmp.size()); for (Metier metier : resultTmp) { result.add((Metier)db.findByTopiaId(metier.getTopiaId())); } return result; } -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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AS qui tourne pas
by Audric Vigier 26 Apr '19

26 Apr '19

Bonjour, Je tente de lancer une analyse de sensibilité via l'interface. Les simulations sont initialisées (il y en a 14 (1 trajectoire Morris pour 13 facteurs)) d'après les messages qui apparaissent dans la queue, mais elles ne tournent pas. Elles s'arrêtent toutes avant que le premier pas de temps ne se termine. Dans le debug (attaché), pour toutes, je retrouve le message "failed to lazily initialize a collection of role". Ce message renvoie à un simulateur en pièce jointe, mais qui n'a jamais posé de souci jusqu'ici. Que je configure ISIS pour utiliser simultanément, 1 seul, 4, ou tous les coeurs de mon PC, j'ai le même problème. Je préfère ne pas envoyer base+simu, lourdes et compliquées à configurer. Est-ce que ce problème a déjà été rencontré? Audric

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Modifier le code R d'une AS
by Audric Vigier 19 Apr '19

19 Apr '19

Bonjour, J'ai choisi l'option pour modifier le code R d'une AS, et au moment de lancer l'AS j'ai la fenêtre en PJ qui s'est ouverte, je ne peux pas modifier sa taille ni faire apparaître le champ pour modifier l'équation. Audric

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Re: [Isis-fish-users] Configurer ISIS pour R
by Eric Chatellier 09 Apr '19

09 Apr '19

Le 09/04/2019 à 10:28, Audric Vigier a écrit : > J'ai la même erreur > tu pourrais taper ça dans R : installed.packages()[which(installed.packages()[,1]=='rJava'),]['LibPath'] installed.packages()[which(installed.packages()[,1]=='sensitivity'),]['LibPath'] installed.packages()[which(installed.packages()[,1]=='lhs'),]['LibPath'] -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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