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ISIS ne se lance plus sous xubuntu
by Audric Vigier 21 Feb '18

21 Feb '18

Bonjour, J'ai voulu redémarrer ISIS tout à l'heure, et il ne se lance plus : root@emhcalcul:/users/calcul/isisfish/isis-fish-4.4.1.0-SNAPSHOT# ./isisfish.sh ./isisfish.sh : ligne 5 : 2987 Abandon (core dumped) java $MEMORY -jar isis-fish-4.4.1.0-SNAPSHOT.jar $* &> debug.txt Ma config java : root@emhcalcul:/users/calcul/isisfish/isis-fish-4.4.1.0-SNAPSHOT# java -version openjdk version "9-internal" OpenJDK Runtime Environment (build 9-internal+0-2016-04-21-232247.buildd.src) OpenJDK 64-Bit Server VM (build 9-internal+0-2016-04-21-232247.buildd.src, mixed mode) J'ai laissé le debug en PJ. Que se passe-t-il? A+ Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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stack overflow
by Audric VIGIER 18 Feb '18

18 Feb '18

Bonjour, Je suis entrain de faire tourner un couplage entre ISIS-Fish et un autre modèle via R. Je ne fournis pas tout, c'est assez long et complexe à mettre en place (il vous faudrait installer R, changer des répertoires en dur dans les règles de gestion, il y a des inputs très lourds, etc.), ce sera plus simple d'en parler par téléphone ce lundi (0687186475). J'ai mis à ce lien le debug, la base .zip, les règles de gestion et la simulation utilisée, mais ce ne sera pas suffisant pour tout faire fonctionner : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=df860e03-af33-ac9e-4b21-8c5… Dans une règle de gestion (OgiveDeTri[...]), j'appelle une fonction en R, qui doit calculer une valeur et la renvoyer à ISIS-Fish (dans la condition de la règle, l351 à 362). Tel que je l'ai codé dans la règle, ce calcul n'est fait qu'une fois, au début d'une année (c'est le sens du flag firstIteration, pour éviter une boucle sur les métiers pour certains passages de la condition; et du if sur le mois de janvier). Le problème a lieu en janvier 8. A la toute fin de mon debug, j'ai d'abord ce bloc de lignes : 2018-02-18 15:38:22,036 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>YEAR >7 2018-02-18 15:38:22,036 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>JANUARY 2018-02-18 15:38:22,036 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>YEAR >7 + JANUARY 2018-02-18 15:38:22,036 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>Assessment loop 2018-02-18 15:38:22,050 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>2018-02-18 15:38:22,050 INFO [SimThread sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_CorrElasticity2METSEASPropSP09_NoTAC2010Split_Step3Iter3_10YearsRatio1112_EffVars_2018-02-18-15-23] (RProxy.java:116) initOnJNI - Trying to initialize the R Proxy over JNI 2018-02-18 15:38:22,321 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>2016 2018-02-18 15:38:22,321 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>0.27 2018-02-18 15:38:22,321 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>Last assessed year : 2017; current assessed year : 2016 2018-02-18 15:38:24,180 INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Evaluate rules conditions (3 rules) 2018-02-18 15:47:11,848 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>YEAR >7 2018-02-18 15:47:11,848 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>JANUARY 2018-02-18 15:47:11,848 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>YEAR >7 + JANUARY 2018-02-18 15:47:11,848 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>Assessment loop 2018-02-18 15:47:11,848 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>2018-02-18 15:47:11,848 INFO [SimThread sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_CorrElasticity2METSEASPropSP09_NoTAC2010Split_Step3Iter3_10YearsRatio1112_EffVars_2018-02-18-15-23] (RProxy.java:116) initOnJNI - Trying to initialize the R Proxy over JNI 2018-02-18 15:47:11,864 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>2016 2018-02-18 15:47:11,864 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>0.27 2018-02-18 15:47:11,864 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>Last assessed year : 2017; current assessed year : 2016 ISIS a donc bouclé sur la condition de la règle jusqu'à la boucle if ligne 358 (il n'a pas écrit le debug de la ligne 368 "Regle mere : le TAC est de : " + TACvalue), alors qu'il n'est pas censé le faire (il n'a aucune raison de s'arrêter à la ligne 356 et de recommencer la condition). La suite du debug est plus troublante : 2018-02-18 15:56:13,930 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>An unrecoverable stack overflow has occurred. 2018-02-18 15:56:13,930 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># 2018-02-18 15:56:13,930 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># A fatal error has been detected by the Java Runtime Environment: 2018-02-18 15:56:13,930 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># 2018-02-18 15:56:13,930 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># EXCEPTION_STACK_OVERFLOW (0xc00000fd) at pc=0x00000000750c59e6, pid=8140, tid=0x000000000000237c 2018-02-18 15:56:13,930 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># 2018-02-18 15:56:13,931 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># JRE version: Java(TM) SE Runtime Environment (8.0_111-b14) (build 1.8.0_111-b14) 2018-02-18 15:56:13,931 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># Java VM: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (25.111-b14 mixed mode windows-amd64 compressed oops) 2018-02-18 15:56:13,931 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># Problematic frame: 2018-02-18 15:56:13,934 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># C [R.dll+0x2e59e6] 2018-02-18 15:56:13,934 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># 2018-02-18 15:56:13,934 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># Failed to write core dump. Minidumps are not enabled by default on client versions of Windows 2018-02-18 15:56:13,934 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># 2018-02-18 15:56:13,935 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># An error report file with more information is saved as: 2018-02-18 15:56:13,935 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># C:\Users\avigier\couplageISIS_SS3TEST3zones\hs_err_pid8140.log 2018-02-18 15:56:13,954 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># 2018-02-18 15:56:13,954 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># If you would like to submit a bug report, please visit: 2018-02-18 15:56:13,954 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># http://bugreport.java.com/bugreport/crash.jsp 2018-02-18 15:56:13,954 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># The crash happened outside the Java Virtual Machine in native code. 2018-02-18 15:56:13,954 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># See problematic frame for where to report the bug. 2018-02-18 15:56:13,954 INFO [Thread-16] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus># 2018-02-18 15:56:14,360 INFO [pool-3-thread-4] (SubProcessSimulationLauncher.java:251) subProcessSimulate - SubProcess finished (status = 1) Qu'est-ce que c'est cette histoire de stack overflow? Dans l'interface, la simulation est bloquée en janvier 8, à l'évaluation des conditions des règles de gestion. Qu'a-t-il pu se passer? Bon après-midi, Audric

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Ordre d'affichage des éléments
by Audric VIGIER 31 Jan '18

31 Jan '18

Bonjour, Je travaille sur différentes bases, qui n'ont que quelques petites différences. Dans l'interface de simulation, les effectifs initiaux des populations sont à renseigner par classe de taille et zone. Pour une raison que j'ignore, les zones (colonnes) ne sont pas dans le même ordre pour une population entre certaines bases, alors qu'elles ont exactement le même nom. Cet ordre est "imposé" par ISIS. Etant donné qu'en plus, l'interface de simulation ne s'actualise pas en demandant à changer de base dans la liste déroulante, je viens de me faire avoir en changeant de base : les effectifs initiaux étaient bien répartis pour la base sur laquelle je travaille en premier (les colonnes sont dans le bon ordre), mais pas pour la deuxième base (les effectifs sont dans les mêmes colonnes, mais ces colonnes ne correspondent plus aux mêmes zones). J'ai donc 2 demandes : - Actualiser l'affichage dans l'interface de simulation au changement de base. Ce serait également pratique si l'actualisation se faisait pour les listes de règles, lorsqu'une règle vient d'être créée (évite un redémarrage d'ISIS). Mais il me semble qu'on l'a déjà évoqué à la réunion. - Afficher les éléments dans un ordre alphabétique, plutôt que dans un autre ordre, qui semble dépendre de la dernière date de modification => ordonner les colonnes de la matrice d'abondance à l'état initial par ordre alphabétique, et pas autre chose. Ce serait pratique si cette modif pouvait aussi être faite pour les listes de zones, engins, métiers, scripts, etc. dans l'interface de régions. Quand j'utilise ISIS, je raisonne plutôt en "je cherche le métier chalutier langoustines au nord de la région" qu'en "je cherche le métier que j'ai modifié en 16ème". Bon après-midi, Audric

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Réunion annuelle Utilisateurs ISIS-Fish
by Stephanie MAHEVAS 08 Jan '18

08 Jan '18

Cher.e.s ISIS-Fish ien.ne.s La réunion annuelle des utilisateurs en présence des développeurs de Code Lutin aura lieu le 9 janvier 2018 en salle 3 à Nantes de 10h à 16h30. Merci de vous inscrire au doodle afin d'organiser au mieux les pauses et le déjeuner : https://doodle.com/poll/tfkgyaeirebfy6xn Au programme : un point sur les avancées, test des dernières nouveautés, bugs, discussion sur les applications en cours, développements à venir, site web ISIS-fish, financements 2018. A très vite Stéphanie Mahévas et Sigrid Lehuta -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Dec '17

31 Dec '17

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Re: [Isis-fish-users] Aide demandÃ(c)e : Immigration / Emmigration
by Sigrid Lehuta 18 Dec '17

18 Dec '17

Merci c'est beaucoup plus clair aprésent. Cela a finalement fonctionné avec le code ci dessous. Les difficultés concernaient : - l'appel d'un resultat non selectionné dans l'interface de resultats 8O - la chronologie (Abundance correspond à la fin du mois precedent la date appelée, utiliser abundanceBegin Month ou la date en cours), - le resultat à renvoyer par l'equation : un % de la population pour l'emmigration, un nombre d'individus pour l'immigration. Merci ! // Equation d'immigration TimeStep date = context.getSimulationControl().getStep(); //List<Population> pops = context.getSimulationStorage().getParameter().getPopulations(); List<Population> pops = context.getPopulationMonitor().getPopulations(); double result = 0; double newJuv = 0; for(Population p : pops){ if(p.getSpecies().equals(pop.getSpecies()) && !p.equals(pop)){ String name = "MatrixAbundance"; MatrixND ab = context.getResultManager().getMatrix(date,pop,name).copy(); ab = ab.getSubMatrix(0,1,1); // ages 2 for (MatrixIterator i = ab.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sem = i.getSemanticsCoordinates(); Zone zoneRecru = (Zone) sem[1]; if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_Rye") || zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_UKwest")){ newJuv+= i.getValue(); } } } } if (group.getAge() == 2) { String zoneName = arrivalZone.getName(); if (zoneName.equals("Sole_spawning_UK")) { result = 0.44*newJuv; }else if(zoneName.equals("Sole_spawning_WestFR")) { result = 0.17*newJuv; } else if(zoneName.equals("Sole_spawning_EastFR")) { result = 0.39*newJuv; } return result; } else return 0; Le 14 décembre 2017 à 15:28, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a écrit : > > > Question technique : > > quelles differences entre Manager, Storage et Monitor ? > > par exemple dans : > > > > MatrixND ab = context.getResultManager().getMatrix(date,pop,name).copy( > ); > > et > > MatrixND ab = > > context.getSimulationStorage().getResultStorage().getMatrix(date, p, > > name).copy(); > > Dans ce cas c'est ResultManager qu'il faut utiliser, même si en réalité, > lui appele le SimulationStorage().getResultStorage. > Le ResultManager permet de gerer les résultats pour la simulation, > d'ajouter du cache, d'avoir des accès plus simples. > > > et entre > > > > List<Population> pops = > > context.getSimulationStorage().getParameter().getPopulations(); > > et > > List<Population> pops = context.getPopulationMonitor().getPopulations(); > > Idem, ce sont les mêmes données, mais PopulationMonitor est une classe > utilitaire qui permet de gerer plusieurs choses pendant la simulation > (biomass, rejet...) > > Globalement, il faut utiliser Manager et Monitor. > Les storages, c'est techniquement lié au stockage et ça pourrait être > amené à évoluer dans les futures versions d'Isis. > -- > Éric Chatellier > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >

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Aide demandée : Immigration / Emmigration
by Sigrid Lehuta 14 Dec '17

14 Dec '17

Bonjour, J'ai une population complexe nécessitant l'utilisation des matrices d'immigration et Emmigration que je n'ai jamais utilisées. Il s'agit de 3 populations qui s'échangent des juvéniles : En fonction de la zone ou se trouve un juvenile d'une pop lorsqu'il devient mature, il reste dans sa pop ou il rejoint une autre pop. Et ce pour mes 3 populations. Il s'agit donc de faire immigrer vers chaque pop un nombre de juvenile egal au nombre de juveniles des autres pops présents dans leur zone d'influence. Puis de faire emigrer de chaque pop, les juveniles n'étant pas dans la zone d influence de la pop. Question 1 : Je dois pouvoir récuperer les abondances d une autre pop ds ces equations depuis le context ? context.getSimulationStorage <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/simulator/SimulationCo…> ().getResultStorage().getMatrix <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/datastore/ResultStorag…> (TimeStep <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/types/TimeStep.html> step, Population <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/entities/Population.ht…> pop, ABUNDANCE) et les objets pop autres que la mienne context.getSimulationStorage().getParameter().getPopulations(); C'est ça ? Par contre ISIS réalise l'emmigration AVANT l'immigration. Donc je vais vider mes matrices N avant de recuperer les nombres de juveniles necessaires pour l immigration. Question 2) : J'envisage 3 solutions : 1) Changer le simulateur pour faire l'immigration avant l immigration. Grosses consequences ?? j imagine qu il y avait un raisonnement derriere cet ordre. 2) reccuperer dans le contexte la matrice N du pas de temps precedent qui n est pas modifiée et sur laquelle se sont appliqués les mortalités ? C'est possible ca ? 3) trouver un moyen de stoquer les nombres qqpart ??? un peu crade mais faisable ??? Qu'est ce qui vous parait le plus robuste et faisable ? Merci. Sigrid

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Equation de recrutement ISIS 4.4.1.0-rc-1
by Audric Vigier 14 Dec '17

14 Dec '17

Bonjour, Je souhaite utiliser une équation de recrutement seule pour décrire la distribution spatio-temporelle du recrutement pour plusieurs années. Le problème est multiple : -bien que l'équation de recrutement compile, ISIS-Fish ne l'utilise pas. Dans le debug, je retrouve une erreur fatale : 2017-05-26 16:22:05,124 INFO [Thread-12] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>2017-05-26 16:22:05,121 FATAL [SimThread sim_simuGdGCalib2010NoAlgo_2017-05-26-16-19] (PopulationImpl.java:863) getRecruitmentMatrix - Error in matrix recruitment creation 2017-05-26 16:22:05,124 INFO [Thread-12] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible d'évaluer l'équation: [recopie toute l'équation] -Malgré l'erreur fatale, ma simu ISIS tourne jusqu'à la fin. Le recrutement a donc dû être modélisé d'une certaine manière (très différente du contenu de l'équation), mais je ne vois pas comment. J'aurais préféré que la simu s'arrête dès que l'erreur est renvoyée. La région, la simu, le debug et l'équation de recrutement sont disponibles à ce lien pendant 3 semaines : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=e3846c36-45ae-898f-2045-684… . Pour ce debuggage, pas besoin des règles de gestion auxquelles je ferai appel plus tard. Bon week-end, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Meme probleme qu'hier !
by Sigrid Lehuta 24 Nov '17

24 Nov '17

Bonjour, tjs ce probleme avec des objets JSON importés. La saison et les migrations vont et viennent (il n y a rien dans la liste déroulante) mais c est instable : ça fonctionne et le coup d apres ca ne fonctionne plus ! Je dois me tromper dans l import... De plus je n arrive pas a effacer les populations defectueuses. Merci de votre aide. Sigrid

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migrations cassées apres import d'objet
by Sigrid Lehuta 23 Nov '17

23 Nov '17

Bonjour, J'ai créé 4 populations en copiant une pop (export JSON). Ca a bien fonctionné mais au moment de renseigner les migrations je n'y ai pas accès. je ne crois pas avoir coché les memes options à chaque import (j etais pas tres sure de quoi cocher) c est peut etre l explication. Pouvez vous regarder ? Merci ! en pj : la base les pop en question sont sole3zones et metaSole, et l objet.

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