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Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets]
by Bastien Preuss 07 Jul '11

07 Jul '11

Pour reprendre le mail de Stéphanie du 18/03/2011, concernant les paramètres non utilisés, dans l'interface Flottilles, la "durée de la pêche" dans les paramètres d'un métier n'est pas utilisée. Seuls le 'Nb d'opérations de pêche' et le 'nombre d'engins par opération' sont utilisés (pour calculer l'effort standard par heure). Pour compléter la liste: 1. Interface TYPES DE MAREE Temps minimum entre deux marée 2. Interface TYPES DE NAVIRE Intervalle d'activité Taille minimale de l'équipage 3.Interface FLOTILLES Onglet Paramètres des métiers Durée de la pêche. A+ Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie MAHEVAS Envoyé : vendredi 18 mars 2011 20:05 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de trajets] Merci Bastien. Effectivement non utilisé comme la taille minimale de l'equipage et de trois. 1. Interface TYPES DE MAREE Temps minimum entre deux marée 2. Interface TYPES DE NAVIRE Intervalle d'activité Taille minimale de l'équipage Bastien et les autres utilisateurs, pouvez-vous completer cette liste au fur et à mesure en la reprenant dans les echanges? Merci d'avance. Eric ou Jean, pouvez-vous changer le nom de la variable Cout en Fuel d'un trajet en Cout Fuel en Route car il s'agit du Cout en Fuel consommé par Heure (et non par trajet) de route (cf equation GravityModel.java)? merci Stephanie Bastien Preuss a écrit : > Donc d'après ce que je vois dans le code, le paramètre "intervalle > d'activité" dans l'onglet type de navire n'est pas utilisé non plus, c'est > bien ça ? > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie > MAHEVAS > Envoyé : jeudi 17 mars 2011 19:06 > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de > trajets] > > Salut Bastien > > C'est exact ! bien vu. > Dans l'interface TypeDeMaree, on doit saisir > 1. Durée en HEURE > 2. Temps minimal entre deux voyages en HEURE > Dans l'interface StrategieSaisieMois, il apparait un menu deroulant avec > les differents types de marées définis par les deux parametres saisis > dans l'interface TypeDeMaree transformés en JOUR si la durée est > >=24Heure et en HEURE sinon. > Si on regarde dans l'API à TRIPTYPE, les deux parametres sont en Time > unit qui est en HOUR PER DAY. > Ces deux parametres sont donc bien stockées en HEURE. > > A+ > stephanie > > Bastien Preuss a écrit : > >> Merci pour ces éclaircissements. >> >> Une toute petite remarque au passage: dans l'interface StrategieSaisieMois >> où l'on sélectionne le type de marée, celui-ci est renseigné par son nom >> > et > >> deux paramètres affichés, mais qui ne sont pas toujours donnés en jours. >> > Ces > >> paramètres ont été saisis en heures dans l'onglet type de marée et sont >> indiqués ici en jours si le nombre saisi est un multiple de 24, mais dans >> > le > >> cas contraire, ils sont indiqués en heures. >> >> A+ >> >> Bastien >> >> >> -----Message d'origine----- >> De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de >> > Stephanie > >> MAHEVAS >> Envoyé : mardi 15 mars 2011 20:37 >> À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> Objet : Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre de >> trajets] >> >> Bonjour >> >> Je suis d'accord avec le brouillard autour des parametres inutiles (par >> défaut) et des unités. >> Il me semblait que l'on avait fait ce qu'il fallait pour les unités mais >> il y a sûrement encore des faiblesses. >> Pour ce qui est du temps minimal entre deux voyages : IL FAUT BIEN LE >> SAISIR EN HEURES. >> ISIS fait la conversion tout seul. On peut le voir dans l'interface >> StrategieSaisieMois ou on selectionne le type de marée. Le type est >> renseigné par son nom et deux parametres( duree en jour et tempsmin en >> jour). >> Le calcul du NbTrip est aussi fait automatiquement à la saisie et cette >> equation n'est pas visible à l'utilisateir ni modifiable. Je sais plus >> comment y acceder. Eric? >> >> >> Pour ce qui est des parametres inutilisés par défaut, il faut voir ca >> comme une souplesse car une fois saisis, il sont accessibles pour écrire >> des scripts et peuvent être des variables utiles pour la dynamique. >> Neanmoins on pourrait les différencier des autres avec une couleur >> différente dans les interfaces. >> Jean ou Youen n'avait-on pas deja fait une liste de ces parametres? >> Les autre utilisateurs, si vous en avez identifié, merci de me les >> renvoyer et je finaliserai une liste. >> >> a+ >> stephanie >> >> Bastien Preuss a écrit : >> >> >>> Je pense que oui il faut le modifier, le plus simple est peut être de >>> faire un report de bug aux lutins. >>> >>> Jenvoie ça demain après que Stéphanie et dautres aient pu faire leurs. >>> >>> Bastien >>> >>> *De :* isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >>> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] *De la part de* >>> Dominique PELLETIER >>> *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 15:27 >>> *À :* isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>> *Objet :* Re: [Isis-fish-users] [Fwd: Question sur le calcul du nombre >>> de trajets] >>> >>> Merci Bastien, >>> >>> dans ce cas, il faut savoir si on modifie dans le code puisque c'était >>> prévu d'avoir un min de temps entre deux sorties >>> Dominique >>> >>> Bastien Preuss a écrit : >>> >>> Pas évident de ne pas sembrouiller 1) entre ce qui est comptabilisé >>> en jours et ce qui est comptabilisé en heures et 2) entre les >>> paramètres utilisés dans les équations et ceux qui ne le sont pas (on >>> ne voit pas la différence lors de la saisie). Par exemple dans le >>> manuel utilisateur le temps minimal entre deux trajets est indiqué en >>> jours, mais cest bien en heures quil faut le mettre daprès les >>> équations. >>> >>> Donc de ce coté, cest bon pour Jessica qui a donné une durée de 16h. >>> Mais effectivement ce temps minimum entre les trajets ne semble pas >>> être pris en compte dans les équations, on le constate très bien en >>> modifiant la valeur du temps minimal entre deux trajets qui ne modifie >>> pas le nombre de trajets. >>> >>> Du coup léquation est plutôt : >>> >>> (Durationmonth-MinNbInactDaysst,t)*24 / TripDuration(str,t) >>> >>> Durationmonth et MinNbInactDaysst,t sont en jours et >>> TripDurationstr,test en heures. >>> >>> Bastien >>> >>> *De :* Dominique PELLETIER [mailto:Dominique.Pelletier@ifremer.fr] >>> *Envoyé :* mardi 15 mars 2011 13:44 >>> *À :* PREUSS >>> *Objet :* [Fwd: [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de >>> trajets] >>> >>> salut Bastien, >>> >>> tu as aussi été confronté à ce problème ? >>> Domi >>> >>> >>> -------- Message original -------- >>> >>> *Sujet: * >>> >>> >>> >>> [Isis-fish-users] Question sur le calcul du nombre de trajets >>> >>> *Date: * >>> >>> >>> >>> Mon, 14 Mar 2011 23:04:13 +0000 >>> >>> *De: * >>> >>> >>> >>> Jessica Andre <Jessica.Andre(a)utas.edu.au> >>> <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> >>> >>> *Répondre à :: * >>> >>> >>> >>> isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>> <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> >>> >>> *Pour :: * >>> >>> >>> >>> isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>> <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> >>> <isis-fish-users(a)list.isis-fish.org> >>> <mailto:isis-fish-users@list.isis-fish.org> >>> >>> >>> >>> >>> >>> Bonjour, >>> >>> Une petite question sur le calcul du nombre de trajets dans les >>> stratégies, qui sont trop haut dans mon cas. >>> >>> Daprès larticle Pelletier et al (2009), le nombre de trajets est >>> défini comme : >>> >>> (Duration(month)-MinNbInactDays(st,t)) / >>> (TripDuration(str,t)+MinTimeBetweenTrips(str,t)) >>> >>> Dans mon cas, TripDuration=8h et MinTimeBetweenTrips=16h >>> >>> Comme jai défini un metier inactivité dans mes stratégies, jai >>> fixé MinNbInactDays à 0. >>> >>> Donc pour le mois de janvier, Duration(month)=31 (*24 pour lavoir en >>> heure), je devrais obtenir un affichage de 31 trajets, mais ca >>> maffiche 93 trajets, cest-a-dire que ISIS ne prends pas en compte le >>> MinTimeBetweenTrips >>> >>> Pourquoi ?! Je narrive pas a trouver dans les dossiers java ou ISIS >>> fait ce calcul... >>> >>> Merci davance. >>> >>> Jess >>> >>> >>> >>> > **************************************************************************** > >> *********** >> >> >>> *Dr Jessica André* >>> >>> Junior Research Fellow (Wild Fisheries Program) >>> >>> Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) >>> >>> Marine Research Laboratories, Private Bag 49 >>> >>> Hobart, TAS 7001, Australia >>> >>> Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 >>> >>> Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 >>> >>> Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au <mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> >>> >>> Web: >>> > http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 > >>> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> >>> >>> -- >>> >>> >>> Dominique PELLETIER >>> >>> Cadre de recherche Biodiversité >>> >>> Coordinatrice du projet PAMPA >>> >>> /Senior scientist/ >>> >>> /Head of PAMPA project/ >>> >>> http://wwz.ifremer.fr/pampa/ >>> >>> IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex >>> >>> Nouvelle-Calédonie >>> >>> Tél. (687) 285171 >>> >>> Fax. (687) 287857 >>> >>> -- >>> >>> Dominique PELLETIER >>> >>> Cadre de recherche Biodiversité >>> >>> Coordinatrice du projet PAMPA >>> >>> /Senior scientist/ >>> >>> /Head of PAMPA project/ >>> >>> http://wwz.ifremer.fr/pampa/ >>> >>> IFREMER BP 2059, 98846 Nouméa Cedex >>> >>> Nouvelle-Calédonie >>> >>> Tél. (687) 285171 >>> >>> Fax. (687) 287857 >>> >>> ------------------------------------------------------------------------ >>> >>> _______________________________________________ >>> Isis-fish-users mailing list >>> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >>> >>> >>> >> >> > > -- ...................................................................... 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Import d'un script dans une regle
by Jessica Andre 04 Jul '11

04 Jul '11

Bonjour, J'ai écris un script (RandomNormal_recruitsGarfish) qui créer une liste de 100 valeurs prise d'une distribution normale (représentant le nombre de recrus annuelle pour l'une de mes espèces pour les 100 prochaines années...) . Je désirerai importer cette liste dans une règle (Future_recruitment_garfish) afin de fournir a ISIS le futur nombre de recrus annuelles projetées (étant donne que je n'ai pas de relation stock-recruitment). Je fais comment ?! Je ne peux créer mes 100 valeurs directement dans la règle sinon ISIS me calcule une nouvelle liste a chaque pas de temps (c.a.d chaque mois). Je n'arrive pas a importer la liste dans la règle... J'ai attaché mon script et ma règle (cette règle marche si on a le recrutement sur 1 mois seulement, mais pour cette espèce je l'ai sur 4 mois et la règle créer un nombre de recrus différent pour chaque mois au lieu d'avoir un nombre de recrus fixe sur l'année qu'on divise par 4) . Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Simplex calibration capturabilité
by camille de la Vega 28 Jun '11

28 Jun '11

Bonjour, La simulation avec le plan de simulation "simplex" s'arrète à simulation_0. D'après le debug, il manque quelque chose dans la matrice des captures observées mais je ne sais pas ce que c'est ( le [0] dan la matrice 1,55 ). Je vous envois le plan de simulation, le debug et le fichier excel contenant les captures observées. Merci !! Camille

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erreur instqllqtion isis vista 64 bits
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr 21 Jun '11

21 Jun '11

Hello, j allais ecrire pour dire que tt s'etait bien deroule car ya pas de raisons de pas dire quand ca va... mais finalement... j installe isis 3.3.0.4 sur un pc windows vistha 64bits (tout neuf) qui a java 1.6.0_24 tout se passe bien l interface apparait mais impossible de charger demo region : Uncaught error fetching image: java.lang.NullPointerException at sun.awt.image.URLImageSource.getConnection(Unknown Source) at sun.awt.image.URLImageSource.getDecoder(Unknown Source) at sun.awt.image.InputStreamImageSource.doFetch(Unknown Source) at sun.awt.image.ImageFetcher.fetchloop(Unknown Source) at sun.awt.image.ImageFetcher.run(Unknown Source) les qutres interfqces fonctionnent bien. Quel est le problem ? c est l image de la carte c est ca ? Merci :-)

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Animation du réseau ISIS-Fish en chaire et en os
by Stephanie MAHEVAS 20 Jun '11

20 Jun '11

Chers ISIS-Fishiens La réunion N°2 du réseau ISIS-fish aura lieu en novembre ou décembre prochain sur 3 jours à Nantes. Il s'agit d'une réunion d'animation scientifique et technique autour de ISIS-Fish. Cette réunion est ouverte à tous (utilisateurs/non utilisateurs) et doit permettre 1. aux utilisateurs/développeurs * de mieux se connaitre * d'échanger sur l'expérience et d'en faire profiter les autres * de faire le point sur les difficultés et de trouver des solutions pour y pallier 2. aux nouveaux * de mieux comprendre ce qu'est ISIS, * à quoi il sert et * comment on l'utilise 3. de discuter d'une stratégie de réseau interne à l'Ifremer et externe à l'Ifremer pour développer de nouvelles applications L'organisation de la réunion serait la suivante: Journée 1 : présentation/formation (Modèle, Java, Calibration, AS) Journée 2 : 1) des dernières évolutions d'ISIS-Fish, 2) différentes applications en cours, 3) des évolutions à venir, 4) discussion sur le fonctionnement du réseau Journée 3 : Travaux pratiques Je vous propose un doodle pour bloquer des dates et permettre aux utilisateurs lointains de s'organiser http://www.doodle.com/tt33kwzgy7runsfr. Merci d'utiliser le champ commentaire pour lister vos attentes de cette réunion. Si vous connaissez des personnes potentiellement intéressées, merci de leur diffuser l'information. Bonne journée Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Re: [Isis-fish-users] Rules pour mettre une ogive de trie
by Bastien Preuss 15 Jun '11

15 Jun '11

Bonjour Camille, As-tu bien vérifié ce que disait Eric, à savoir que tu ne mélanges pas des abondances et des poids ? : L'export exporte MATRIX_DISCARDS_WEIGHT_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP et non MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP que vous utilisez dans votre regles. Ça mest déjà arrivé ! et effectivement les poids sont bcp plus important que les abondances. En espérant que ça soit juste ça ! Bastien De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de camille de la Vega Envoyé : mardi 7 juin 2011 18:46 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Rules pour mettre une ogive de trie Merci Sigrid. Mais ça ne change rien d'inverser les boucles. Les rejets sont toujours beaucoup plus élevés que les captures. J'ai vérifé les captures sans la règle sont les mêmes que les captures avec la règle. C'est donc bien les rejets qui sont mal calculé mais ça doit être au moment du remplissage de la matrice parce que les étapes d'avant donnent des valeurs cohérentes. Je vais essayer de faire le script avec Matrix Interator. Mais je comprends pas pourquoi ça marche pas avec les boucles... ++ Le 6 juin 2011 19:33, <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> a écrit : Hello, je ne sais pas si ca resoudra ton pb, mais l ordre dans lequel tu boucles avec strategie au debut est bisarre. j ai peur que tu ecrases l ancienne matrice discard a chaque nouvelle strategie... je ferais plutot : for(pop){ if(pop){ for(str){ for(grp){ for(zone){ if (met){ }}}}}} ensuite je me rappelle plus si c est important mais ligne 203 je fermerais la parenthese devant le else ("}else{") sinon pour eviter les boucles je ferais bien un matrixIterator... mais essaies deja comme ca. A+ camille de la Vega <cam.delavega(a)gmail.com> a écrit : J'ai un nouveau problème : les valeurs de rejets sont beaucoup plus grande que les valeurs des captures... J'ai affiché dans le debug les pourcentages à rejeter ("rejet") qui sont bon (entre 0 et 1) et les valeurs des rejets ("value") qui sont cohérent aussi... Mais les valeurs des rejets dans result export sont de l'ordre 10E7 alors que les captures sont de l'ordre 10E4. Le problème vient peut être de discard.setValue qui n'est pas au bon endroit dans la boucle ? Les valeurs des pourcentages à rejeter n'étaient pas bonnes jusqu'à ce que je mette directement "1-trie" dans le code sans créer la variable "rejet=1" au début des boucles "for". Je crois que la valeur mise dans rejet par le code "rejet=rejet-trie" était reprise dans la boucle et n'était pas remise à 1. Donc je me dis que c'est peut être le même problème avec le discard.setValue (la matrice discard n'étant pas définie dans la même boucle). Camille Le 6 juin 2011 14:03, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a écrit : Le 06/06/2011 13:00, camille de la Vega a écrit : > Sorry ! > Le voila ! > Camille N'est pas peur de lire le debug si tu y arrive, car normalement quand ca plante, il t'informe sur ce qui ne va pas. Dans ce cas, l'erreur est : java.util.NoSuchElementException: L'objet passé en argument n'a pas été retrouvé ou la dimension donnée ne convient pas:zone metier merlu-seiche in [zone_merlu_presence, zone_merlu_recrutement, zone_merlu_reproduction, zone_merlu_cotiere] at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.indexOf(MatrixHelper.java:234) at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.semanticsToDimension(MatrixHelper.java:2 08) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.setValue(AbstractMatrixND.java:380) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.setValue(AbstractMatrixND.java:402) at rules.Ogive_de_Trie.aw <http://rules.ogive_de_trie.aw/> <http://rules.ogive_de_trie.aw/> $original$_AW_$postAction$_AW_$rules_Ogive_de_Trie(Ogive_de_Trie.java:206) A la ligne Ogive_de_Trie : discard.setValue(str, metier, group, zone, sanstrie); dans ce cas, la zone ne semble pas être une zone qui a servit a définir la matrice Catch. "merlu-seiche" par rapport à zone_merlu_presence, zone_merlu_recrutement, zone_merlu_reproduction, zone_merlu_cotiere ? J'essayerais en remplacant : List<Zone> zones = siMatrix.getZones(date); par List<Zone> zones = pop.getZones(); -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com <http://www.codelutin.com/> _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] TR: Exclusion de certains métiers pour la calibration
by Bastien Preuss 08 Jun '11

08 Jun '11

Bonjour, Merci Eric, je peux maintenant récupérer la liste des métiers dans AnalysPlan, mais par contre il se passe quelque chose que je ne comprends pas: Ma matrice matrixDebarquement est bien créée puis remplie dans l'init. Avec un log.info j'ai pu contrôler quelle était correcte en BeforSimulation, par contre, je mets aussi un log.info en AfterSimulation après avoir déclaré L (matrice des valeurs simulées) et là ma matrixDebarquement est null ! J'ai essayé de voir si le fait de la créer dans le TopiaContext pouvais en être la raison, mais je n'arrive à remédier au problème. Faut-il créer la matrice matrixDebarquement à un autre endroit pour qu'elle soit conservée pour le reste du plan d'analyse? Si cela peut servir, je mets mon code en PJ. Merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mardi 7 juin 2011 19:23 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] TR: Exclusion de certains métiers pour la calibration Le 06/06/2011 23:27, Bastien Preuss a écrit : > Salut Eric, > > Suite à la réponse de Sigrid, sais-tu comment on récupère la liste des metiers dans l'init d'un plan d' > analyse? Désolé, j'avais lu le mail, mais oublié de répondre. Voilà comment tu peux récuperer tous les metiers de la base dans l'init : public void init(AnalysePlanContext context) throws Exception { SimulationParameter params = context.getParam(); RegionStorage region = params.getRegion(); TopiaContext tx = region.getStorage().beginTransaction(); FisheryRegion fisheryRegion = RegionStorage.getFisheryRegion(tx); List<Metier> metier = fisheryRegion.getMetier(); // code a faire sur les metiers tx.closeContext(); } -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] TR: Exclusion de certains métiers pour la calibration
by Bastien Preuss 07 Jun '11

07 Jun '11

Salut Eric, Suite à la réponse de Sigrid, sais-tu comment on récupère la liste des metiers dans l'init d'un plan d' analyse? Merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Envoyé : samedi 4 juin 2011 08:00 À : Bastien Preuss; isis-fish-users Cc : Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Objet : Re: [Isis-fish-users] TR: Exclusion de certains métiers pour la calibration Hum suis pas a l aise sur ce type d'erreur mais ca doit venir du fait que le context ici est un "analysePlanContext" et non un SimulationContext. mais là... SOS Eric!! comment on reccupere la liste des metiers dans l'init d un plan d analyse? on doit pas avoir acces au simulation context j imagine... bon courage et Bon week end Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > Salut Sigrid! > > > Je pensais que c'était pareil et en remplaçant l'un par l'autre ça > ne changeait rien lors de la vérif, c'est juste que c'étais plus > clair pour moi. > Mais pas de soucis j'ai remis Date! > > Par contre j'ai toujours ce problème de SiMatrix: > > > C:\Documents and > Settings\bpreuss\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane.java:138: getSiMatrix(fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext) in scripts.SiMatrix cannot be applied to > (fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlanContext) > SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); > ^ > Note: C:\Documents and > Settings\bpreuss\isis-database-3\scripts\SiMatrix.java uses > unchecked or unsafe operations. > Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details. > 1 error > > > > J'avais rajouté la ligne: > SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); > > Car si non j'ai le message: > C:\Documents and > Settings\bpreuss\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane.java:139: cannot find > symbol > symbol : variable siMatrix > location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane > List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Date(0)); > ^ > Note: C:\Documents and > Settings\bpreuss\isis-database-3\scripts\SiMatrix.java uses > unchecked or unsafe operations. > Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details. > 1 error > > > Sais-tu comment résoudre cette erreur? > > Merci. > > Bastien > > > > -----Message d'origine----- > De : Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr [mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.fr] > Envoyé : vendredi 3 juin 2011 07:54 > À : Bastien Preuss > Cc : 'Sigrid LEHUTA' > Objet : Re: TR: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour > la calibration > > Hello Bastien, > > desolee je vais faire une reponse desagreable surtout vu les delais > entre questions et reponses avec le decalage horaire, mais pourquoi as > tu remplacé date par month ???? > le coup du : > list<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Date(0)); > c est un truc generique. c'est juste pour reccuperer la liste des > metiers de la base et ca prend une date en argument mais a priori que > tu mettes new Date (0) ou new Date (50) tu auras pareil (tu n es pas > supposé supprimer des metiers). > > en plus dans le model le pas de temps est le mois, donc date et mois > sur un an c est pareil. > > Enfin ta matrice de debarquements simulés est [Date, metiers] donc > celle des debarquements observes doit l etre aussi. > > Donc remet date a part si tu as une bonne raison de changer dans ce > cas, expliqu moi. > Bises > > > > Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > >> >> >> Salut Sigrid, >> >> >> >> Effectivement c'est plus simple en mettant directement tous les métiers dans >> le même fichier .csv ! Je ne sais plus pourquoi j'étais parti sur une >> séparation des fichiers métiers (ça date de novembre ...). >> >> >> >> Donc j'ai tout re simplifié avec à chaque fois un seul objet pour tous les >> métiers: "debarquements", "debarquementsObserves" et >> "matrixDebarquementsObserves". >> >> >> >> >> >> Je fais effectivement l'option 2 !: somme sur les pas de temps (somme sur >> les metiers de (CatchObs (t, >> >> metier) - CatchSimule (t,metier))^2). >> >> >> >> >> >> >> >> Par contre je n'arrive pas à utiliser la partie de script pour créer la >> semantic. >> >> J'obtiens des erreurs... j'ai trouvé comment en résoudre certaines, mais là >> je bloque... >> >> Après avoir importé directement le fichier avec tous les métiers (même ceux >> qui ne capturent pas l'espèces). J'ai remplacé "Date" pas "Month" dans le >> bout de script que tu m'avais envoyé (est-ce que ça pose problème?). >> >> >> >> J'ai eu: >> >> cannot find symbol >> >> symbol : class Month >> >> location: class scripts.SiMatrix >> >> List<Month> months = new ArrayList <Month>(); >> >> >> >> J'ai donc rajouté: import fr.ifremer.isisfish.types.Month; en début de >> script. >> >> >> >> Puis j'ai eu: >> >> cannot find symbol >> >> symbol : class SiMatrix >> >> location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane >> >> SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); >> >> >> >> J'ai donc rajouté : import scripts.SiMatrix; en début de script. >> >> >> >> Puis j'ai eu: >> >> cannot find symbol >> >> symbol : variable siMatrix >> >> location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane >> >> List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Month(0)); >> >> >> >> J'ai rajouté : SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); dans mon >> init. >> >> >> >> >> >> Et maintenant, j'ai le message: >> >> C:\Documents and >> Settings\bpreuss\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexePasVariable >> 2_BecDeCane.java:136: >> getSiMatrix(fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext) in >> scripts.SiMatrix cannot be applied to >> (fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlanContext) >> >> SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); >> >> ^ >> >> C:\Documents and >> Settings\bpreuss\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexePasVariable >> 2_BecDeCane.java:137: cannot find symbol >> >> symbol : method getMetiers(fr.ifremer.isisfish.types.Month) >> >> location: class scripts.SiMatrix >> >> List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Month(0)); >> >> ^ >> >> Note: C:\Documents and >> Settings\bpreuss\isis-database-3\scripts\SiMatrix.java uses unchecked or >> unsafe operations. >> >> Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details. >> >> 2 errors >> >> >> >> >> >> Je pense comprendre l’erreur mais je ne vois pas comment la résoudre… >> >> >> >> Donc je bloque ici… Comprends pas tout au Java ;-) >> >> >> >> >> >> Je mets en pièce jointe, mon script et mon fichier .csv pour que ça soit >> plus clair sur ce que je fais. >> >> >> >> >> >> Merci d’avance, >> >> >> >> >> >> Bastien >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> -----Message d'origine----- >> De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de >> Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr >> Envoyé : jeudi 2 juin 2011 01:40 >> À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> Objet : Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la >> calibration >> >> >> >> Hello, >> >> je pense que je n'avais pas compris ce que tu fais. Quelle est ta >> >> fonction objectif? >> >> somme sur les pas de temps ((CatchObs(t) - CatchSimule(t))^2) >> >> ou >> >> somme sur les pas de temps (somme sur les metiers de (CatchObs (t, >> >> metier) - CatchSimule (t,metier))^2) ? >> >> >> >> l option 2, n'est ce pas? desolee j ai ete longue a la comprenette. >> >> >> >> Dans ce cas en effet, il faut s assurer que les metiers correspondent. >> >> le plus propre c est de creer les "semantics" pour ta matrice de >> >> debarquements observes. semantics c'est les coordonnées en termes >> >> d'objet plutot qu'en terme d'indice. par ex pour aller chercher la >> >> valeur dans la matrice a la premiere ligne deuxieme colonne qui >> >> correspond a la date d et au metier m au lieu de faire >> >> mamatrice[1,2] >> >> tu lui donne les objets en indices: >> >> mamatrice[Date d,Metier m]. >> >> >> >> // Dans init >> >> // reccup la liste des metiers >> >> List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Date(0)); >> >> // creer la liste des metiers de ton fichier de debarq observes >> >> // tu rentres la liste de tes metiers dans l ordre de ton fichier d'import >> >> String[] metiersNomsNous = new String[]{"Espagnols", >> >> "BolincheProfil2lan", "BolincheProfil2nord","Autre"}; >> >> List<Metier> metiersNous = new ArrayList<Metier>(); >> >> for(String metiersNomCurrent : metiersNomsNous){ >> >> for (Metier met : metiers){ >> >> if(met.getName().equals(metiersNomCurrent)){ >> >> metiersNous.add(met); >> >> }}} >> >> //creer la liste des dates >> >> //si par ex tes simu ont 60 pas de temps (60 trimestres,60 mois...) >> >> List<Date> dates = new ArrayList <Date>(); >> >> for (int i=0; i < 60; i++) { >> >> dates.add(new Date (i)); >> >> } >> >> // creation de la matrice en specifiant ses semantics plutot que sa taille >> >> MatrixND matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create( >> >> new List[]{dates,metiersNous}); >> >> matrixDebarquement.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves),new >> >> int []{0,0}); >> >> >> >> // Puis dans la partie ou tu compares : >> >> for ( MatrixIterator g = L.iterator(); g.hasNext();){ >> >> g.next(); >> >> Object [] sem = g.getSemanticsCoordinates(); >> >> double obs = matrixDebarquement.getValue(sem); >> >> //etc.. >> >> } >> >> >> >> si tu ne veux pas t embeter avec les metiers qui ne capturent rien, ne >> >> les mets pas dans ta matrice d import. Puis on va faire la boucle sur >> >> les elements de matrixDebarquement plutot que sur les elements de >> >> L,comme ca tu n as pas besoin d'extraire de L les metiers qui ne >> >> capturent pas. >> >> >> >> for ( MatrixIterator g = matrixDebarquement.iterator(); g.hasNext();){ >> >> g.next(); >> >> Object [] sem = g.getSemanticsCoordinates(); >> >> double obs = g.getValue(); >> >> double sim = L.getValue(sem); >> >> etc.. >> >> } >> >> >> >> Enfin pour l erreur ajoute cette ligne aux imports en debut de script >> >> import fr.ifremer.isisfish.entities.*; >> >> >> >> >> >> Bon courage >> >> >> >> >> >> >> >> Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : >> >> >> >>> Re! >> >>> >> >>> Si je comprends bien j'ai 2 options: >> >>> >> >>> 1) ne pas supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les >> >>> valeurs simulées. Mais dans ce cas, il faut que j'importe des matrices des >> >>> captures nulles pour avoir des valeurs Observées à comparer, non? >> >>> >> >>> 2) Supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les valeurs >> >>> simulées. Dans ce cas je peux utiliser le bout de script que tu m'as >> envoyé. >> >>> >> >>> >> >>> J'ai essayé cette deuxième option, mais il y a une erreur car Isis ne >> >>> reconnait pas l'objet "Metier", j'ai le message d'erreur: >> >>> cannot find symbol >> >>> symbol : class Metier >> >>> location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane >> >>> List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1); int[] indexMetagarder = >> >>> new int[4]; >> >>> >> >>> J'ai essayé de le déclarer plus haut mais sans succès. Sais-tu à quoi cela >> >>> est-il dû? J'ai dû rater quelque chose! >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> De façon plus général, pour les deux cas, je me demande comment sait-on si >> >>> les valeurs comparées obs et simulées sont les bonnes? Je n'ai pas compris >> >>> dans le script où est-ce qu'on récupère les données obs d'un métier pour >> les >> >>> comparer aux données simulées du métiers correspondant en s'assurant qu'il >> >>> s'agisse du même métier. >> >>> >> >>> Merci. >> >>> >> >>> Bastien >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> -----Message d'origine----- >> >>> De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >> >>> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de >> >>> Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr >> >>> Envoyé : mercredi 1 juin 2011 03:04 >> >>> À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> >>> Objet : Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la >> >>> calibration >> >>> >> >>> Re-hello, >> >>> >> >>> En fait si les metiers ne capturent pas la population leurs captures >> >>> seront nulles et c est pas grave de les garder (ca fera + 0!)... mais >> >>> si tu veux quand meme les extraire, >> >>> >> >>> d'abord reccuperer les index des metiers à garder en utilisant leurs >> >>> noms par exemple : >> >>> List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1) >> >>> int[] indexMetagarder = new int[4]; >> >>> for(Metier m : listmet){ >> >>> if(m.getName().equals("nommetier1")) indexMetagarder [1] = >> >>> listmet.indexOf(m); >> >>> else if(m.getName().equals("nommetier5")) indexMetagarder [2] = >> >>> listmet.indexOf(m); >> >>> etc... >> >>> } >> >>> >> >>> ensuite extraire la sous matrice: >> >>> MatrixND L = L2.getSubMatrix(1, indexMetagarder).copy(); >> >>> >> >>> >> >>> A++ >> >>> >> >>> Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : >> >>> >> >>>> Bonjour, >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> Je souhaite exclure certains de mes métiers pour réaliser ma calibration. >> >>>> >> >>>> Je calibre espèce par espèce, donc il me faut exclure les métiers qui ne >> >>>> capturent pas l’espèce en cours de calibration. >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> La ligne 363 du script de calibration semble permettre de faire cela, >> mais >> >>>> le problème est comment sélectionner les bons métiers à exclure ?! : >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> /////*** If some strategies, metiers or areas must not be included in the >> >>>> cumulated catches see below else put "//" at the beginning of line 297 >> and >> >>>> replace "L2" by "L" at line 289 >> >>>> >> >>>> /////*** the strategies or so to exclude must be at the begining >> >>> or >> >>>> end of the list you enter in the parameters interface >> >>>> >> >>>> /////*** fill the line MatrixND L = >> >>> L2.getSubMatrix(a,b,c).copy(); >> >>>> as follow : >> >>>> >> >>>> /////*** a = 1 if you want to exclude strategies, 2 if metiers >> and >> >>> 4 >> >>>> if areas >> >>>> >> >>>> /////*** b = indice of the first object considered >> >>>> >> >>>> /////*** c = number of object to keep after b, b included >> >>>> >> >>>> //MatrixND L = L2.getSubMatrix(0, 0, 12).copy(); // for instance >> : >> >>>> keep strategies 2,3,4,5 >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> Dans mon cas j’ai 8 métiers et je souhaite n’en conserver que 4 pour ma >> >>>> calibration sur mon espèce 1. Comment savoir dans quel ordre sont rangés >> >>> les >> >>>> métiers et quel numéro correspond à quel métier ? De plus il semble qu’il >> >>> ne >> >>>> soit possible d’exclure que des métiers qui se suivent dans la liste… >> >>>> comment faire si les métiers à conserver ne se suivent pas ? >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> Merci de votre aide. >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> Bastien >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> Bastien Preuss >> >>>> >> >>>> Doctorant (PhD Student) >> >>>> >> >>>> IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie >> >>>> >> >>>> 101 Promenade Roger Laroque >> >>>> >> >>>> BP A5 >> >>>> >> >>>> 98848 Noumea cedex >> >>>> >> >>>> New-Caledonia >> >>>> >> >>>> Tel: (+687) 260 723 >> >>>> >> >>>> P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer >> ce >> >>>> mail qu'en cas de nécessité >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> _______________________________________________ >> >>> Isis-fish-users mailing list >> >>> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> >>> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> >>> >> >>> _______________________________________________ >> >>> Isis-fish-users mailing list >> >>> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> >>> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> >>> >> >> >> >> >> >> >> >> _______________________________________________ >> >> Isis-fish-users mailing list >> >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> >> > > > > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Rules pour mettre une ogive de trie
by camille de la Vega 07 Jun '11

07 Jun '11

Bonjour, j'ai fais une règle pour pouvoir mettre une ogive de trie pour le calcul des rejets en m'appuyant sur la règle déjà existante "taille min". Je n'arrive pas à indicer la matrice "discard" pour multiplier chaque valeurs correspondant au groupe de taille (à chaque tour de la boucle for) par le double "rejet" qui est également dépendant du groupe d'age. Actuellement, toute la matrice "discard" est multiplié par "rejet". Vous pouvez m'aider pour coder la multiplication ? Merci ! Camille PopulationMonitor popMon = context.getPopulationMonitor(); SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); List<Population> pops = siMatrix.getPopulations(date); for (Population pop : pops) { if (pop.getSpecies().equals(param_species)) { ///if (popMon.getDiscard(date, pop) == null) { MatrixND Catch = popMon.getCatch(pop).copy(); MatrixND discard = popMon.getCatch(pop).copy(); log.info("metier_selectionnes" + metier.getName()); List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); for (PopulationGroup group : groups) { log.info("ICI"); double trie = 1/(1+Math.exp(-(group.getLength()-param_Retention_L50)/param_Retention_slope)); log.info("tri" + trie); double rejet = 1-trie; log.info("rejet" + rejet); discard = Catch.mults(rejet); } discard.setName( ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP); log.info("discard" + discard); popMon.addDiscard(date, pop, discard); } }

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Re: [Isis-fish-users] TR: Exclusion de certains métiers pour la calibration
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr 03 Jun '11

03 Jun '11

Hum suis pas a l aise sur ce type d'erreur mais ca doit venir du fait que le context ici est un "analysePlanContext" et non un SimulationContext. mais là... SOS Eric!! comment on reccupere la liste des metiers dans l'init d un plan d analyse? on doit pas avoir acces au simulation context j imagine... bon courage et Bon week end Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > Salut Sigrid! > > > Je pensais que c'était pareil et en remplaçant l'un par l'autre ça > ne changeait rien lors de la vérif, c'est juste que c'étais plus > clair pour moi. > Mais pas de soucis j'ai remis Date! > > Par contre j'ai toujours ce problème de SiMatrix: > > > C:\Documents and > Settings\bpreuss\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane.java:138: getSiMatrix(fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext) in scripts.SiMatrix cannot be applied to > (fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlanContext) > SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); > ^ > Note: C:\Documents and > Settings\bpreuss\isis-database-3\scripts\SiMatrix.java uses > unchecked or unsafe operations. > Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details. > 1 error > > > > J'avais rajouté la ligne: > SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); > > Car si non j'ai le message: > C:\Documents and > Settings\bpreuss\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane.java:139: cannot find > symbol > symbol : variable siMatrix > location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane > List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Date(0)); > ^ > Note: C:\Documents and > Settings\bpreuss\isis-database-3\scripts\SiMatrix.java uses > unchecked or unsafe operations. > Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details. > 1 error > > > Sais-tu comment résoudre cette erreur? > > Merci. > > Bastien > > > > -----Message d'origine----- > De : Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr [mailto:Sigrid.Lehuta@ifremer.fr] > Envoyé : vendredi 3 juin 2011 07:54 > À : Bastien Preuss > Cc : 'Sigrid LEHUTA' > Objet : Re: TR: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour > la calibration > > Hello Bastien, > > desolee je vais faire une reponse desagreable surtout vu les delais > entre questions et reponses avec le decalage horaire, mais pourquoi as > tu remplacé date par month ???? > le coup du : > list<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Date(0)); > c est un truc generique. c'est juste pour reccuperer la liste des > metiers de la base et ca prend une date en argument mais a priori que > tu mettes new Date (0) ou new Date (50) tu auras pareil (tu n es pas > supposé supprimer des metiers). > > en plus dans le model le pas de temps est le mois, donc date et mois > sur un an c est pareil. > > Enfin ta matrice de debarquements simulés est [Date, metiers] donc > celle des debarquements observes doit l etre aussi. > > Donc remet date a part si tu as une bonne raison de changer dans ce > cas, expliqu moi. > Bises > > > > Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > >> >> >> Salut Sigrid, >> >> >> >> Effectivement c'est plus simple en mettant directement tous les métiers dans >> le même fichier .csv ! Je ne sais plus pourquoi j'étais parti sur une >> séparation des fichiers métiers (ça date de novembre ...). >> >> >> >> Donc j'ai tout re simplifié avec à chaque fois un seul objet pour tous les >> métiers: "debarquements", "debarquementsObserves" et >> "matrixDebarquementsObserves". >> >> >> >> >> >> Je fais effectivement l'option 2 !: somme sur les pas de temps (somme sur >> les metiers de (CatchObs (t, >> >> metier) - CatchSimule (t,metier))^2). >> >> >> >> >> >> >> >> Par contre je n'arrive pas à utiliser la partie de script pour créer la >> semantic. >> >> J'obtiens des erreurs... j'ai trouvé comment en résoudre certaines, mais là >> je bloque... >> >> Après avoir importé directement le fichier avec tous les métiers (même ceux >> qui ne capturent pas l'espèces). J'ai remplacé "Date" pas "Month" dans le >> bout de script que tu m'avais envoyé (est-ce que ça pose problème?). >> >> >> >> J'ai eu: >> >> cannot find symbol >> >> symbol : class Month >> >> location: class scripts.SiMatrix >> >> List<Month> months = new ArrayList <Month>(); >> >> >> >> J'ai donc rajouté: import fr.ifremer.isisfish.types.Month; en début de >> script. >> >> >> >> Puis j'ai eu: >> >> cannot find symbol >> >> symbol : class SiMatrix >> >> location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane >> >> SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); >> >> >> >> J'ai donc rajouté : import scripts.SiMatrix; en début de script. >> >> >> >> Puis j'ai eu: >> >> cannot find symbol >> >> symbol : variable siMatrix >> >> location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane >> >> List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Month(0)); >> >> >> >> J'ai rajouté : SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); dans mon >> init. >> >> >> >> >> >> Et maintenant, j'ai le message: >> >> C:\Documents and >> Settings\bpreuss\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexePasVariable >> 2_BecDeCane.java:136: >> getSiMatrix(fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext) in >> scripts.SiMatrix cannot be applied to >> (fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlanContext) >> >> SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); >> >> ^ >> >> C:\Documents and >> Settings\bpreuss\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexePasVariable >> 2_BecDeCane.java:137: cannot find symbol >> >> symbol : method getMetiers(fr.ifremer.isisfish.types.Month) >> >> location: class scripts.SiMatrix >> >> List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Month(0)); >> >> ^ >> >> Note: C:\Documents and >> Settings\bpreuss\isis-database-3\scripts\SiMatrix.java uses unchecked or >> unsafe operations. >> >> Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details. >> >> 2 errors >> >> >> >> >> >> Je pense comprendre l’erreur mais je ne vois pas comment la résoudre… >> >> >> >> Donc je bloque ici… Comprends pas tout au Java ;-) >> >> >> >> >> >> Je mets en pièce jointe, mon script et mon fichier .csv pour que ça soit >> plus clair sur ce que je fais. >> >> >> >> >> >> Merci d’avance, >> >> >> >> >> >> Bastien >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> -----Message d'origine----- >> De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de >> Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr >> Envoyé : jeudi 2 juin 2011 01:40 >> À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> Objet : Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la >> calibration >> >> >> >> Hello, >> >> je pense que je n'avais pas compris ce que tu fais. Quelle est ta >> >> fonction objectif? >> >> somme sur les pas de temps ((CatchObs(t) - CatchSimule(t))^2) >> >> ou >> >> somme sur les pas de temps (somme sur les metiers de (CatchObs (t, >> >> metier) - CatchSimule (t,metier))^2) ? >> >> >> >> l option 2, n'est ce pas? desolee j ai ete longue a la comprenette. >> >> >> >> Dans ce cas en effet, il faut s assurer que les metiers correspondent. >> >> le plus propre c est de creer les "semantics" pour ta matrice de >> >> debarquements observes. semantics c'est les coordonnées en termes >> >> d'objet plutot qu'en terme d'indice. par ex pour aller chercher la >> >> valeur dans la matrice a la premiere ligne deuxieme colonne qui >> >> correspond a la date d et au metier m au lieu de faire >> >> mamatrice[1,2] >> >> tu lui donne les objets en indices: >> >> mamatrice[Date d,Metier m]. >> >> >> >> // Dans init >> >> // reccup la liste des metiers >> >> List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Date(0)); >> >> // creer la liste des metiers de ton fichier de debarq observes >> >> // tu rentres la liste de tes metiers dans l ordre de ton fichier d'import >> >> String[] metiersNomsNous = new String[]{"Espagnols", >> >> "BolincheProfil2lan", "BolincheProfil2nord","Autre"}; >> >> List<Metier> metiersNous = new ArrayList<Metier>(); >> >> for(String metiersNomCurrent : metiersNomsNous){ >> >> for (Metier met : metiers){ >> >> if(met.getName().equals(metiersNomCurrent)){ >> >> metiersNous.add(met); >> >> }}} >> >> //creer la liste des dates >> >> //si par ex tes simu ont 60 pas de temps (60 trimestres,60 mois...) >> >> List<Date> dates = new ArrayList <Date>(); >> >> for (int i=0; i < 60; i++) { >> >> dates.add(new Date (i)); >> >> } >> >> // creation de la matrice en specifiant ses semantics plutot que sa taille >> >> MatrixND matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create( >> >> new List[]{dates,metiersNous}); >> >> matrixDebarquement.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves),new >> >> int []{0,0}); >> >> >> >> // Puis dans la partie ou tu compares : >> >> for ( MatrixIterator g = L.iterator(); g.hasNext();){ >> >> g.next(); >> >> Object [] sem = g.getSemanticsCoordinates(); >> >> double obs = matrixDebarquement.getValue(sem); >> >> //etc.. >> >> } >> >> >> >> si tu ne veux pas t embeter avec les metiers qui ne capturent rien, ne >> >> les mets pas dans ta matrice d import. Puis on va faire la boucle sur >> >> les elements de matrixDebarquement plutot que sur les elements de >> >> L,comme ca tu n as pas besoin d'extraire de L les metiers qui ne >> >> capturent pas. >> >> >> >> for ( MatrixIterator g = matrixDebarquement.iterator(); g.hasNext();){ >> >> g.next(); >> >> Object [] sem = g.getSemanticsCoordinates(); >> >> double obs = g.getValue(); >> >> double sim = L.getValue(sem); >> >> etc.. >> >> } >> >> >> >> Enfin pour l erreur ajoute cette ligne aux imports en debut de script >> >> import fr.ifremer.isisfish.entities.*; >> >> >> >> >> >> Bon courage >> >> >> >> >> >> >> >> Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : >> >> >> >>> Re! >> >>> >> >>> Si je comprends bien j'ai 2 options: >> >>> >> >>> 1) ne pas supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les >> >>> valeurs simulées. Mais dans ce cas, il faut que j'importe des matrices des >> >>> captures nulles pour avoir des valeurs Observées à comparer, non? >> >>> >> >>> 2) Supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les valeurs >> >>> simulées. Dans ce cas je peux utiliser le bout de script que tu m'as >> envoyé. >> >>> >> >>> >> >>> J'ai essayé cette deuxième option, mais il y a une erreur car Isis ne >> >>> reconnait pas l'objet "Metier", j'ai le message d'erreur: >> >>> cannot find symbol >> >>> symbol : class Metier >> >>> location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane >> >>> List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1); int[] indexMetagarder = >> >>> new int[4]; >> >>> >> >>> J'ai essayé de le déclarer plus haut mais sans succès. Sais-tu à quoi cela >> >>> est-il dû? J'ai dû rater quelque chose! >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> De façon plus général, pour les deux cas, je me demande comment sait-on si >> >>> les valeurs comparées obs et simulées sont les bonnes? Je n'ai pas compris >> >>> dans le script où est-ce qu'on récupère les données obs d'un métier pour >> les >> >>> comparer aux données simulées du métiers correspondant en s'assurant qu'il >> >>> s'agisse du même métier. >> >>> >> >>> Merci. >> >>> >> >>> Bastien >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> -----Message d'origine----- >> >>> De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >> >>> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de >> >>> Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr >> >>> Envoyé : mercredi 1 juin 2011 03:04 >> >>> À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> >>> Objet : Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la >> >>> calibration >> >>> >> >>> Re-hello, >> >>> >> >>> En fait si les metiers ne capturent pas la population leurs captures >> >>> seront nulles et c est pas grave de les garder (ca fera + 0!)... mais >> >>> si tu veux quand meme les extraire, >> >>> >> >>> d'abord reccuperer les index des metiers à garder en utilisant leurs >> >>> noms par exemple : >> >>> List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1) >> >>> int[] indexMetagarder = new int[4]; >> >>> for(Metier m : listmet){ >> >>> if(m.getName().equals("nommetier1")) indexMetagarder [1] = >> >>> listmet.indexOf(m); >> >>> else if(m.getName().equals("nommetier5")) indexMetagarder [2] = >> >>> listmet.indexOf(m); >> >>> etc... >> >>> } >> >>> >> >>> ensuite extraire la sous matrice: >> >>> MatrixND L = L2.getSubMatrix(1, indexMetagarder).copy(); >> >>> >> >>> >> >>> A++ >> >>> >> >>> Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : >> >>> >> >>>> Bonjour, >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> Je souhaite exclure certains de mes métiers pour réaliser ma calibration. >> >>>> >> >>>> Je calibre espèce par espèce, donc il me faut exclure les métiers qui ne >> >>>> capturent pas l’espèce en cours de calibration. >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> La ligne 363 du script de calibration semble permettre de faire cela, >> mais >> >>>> le problème est comment sélectionner les bons métiers à exclure ?! : >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> /////*** If some strategies, metiers or areas must not be included in the >> >>>> cumulated catches see below else put "//" at the beginning of line 297 >> and >> >>>> replace "L2" by "L" at line 289 >> >>>> >> >>>> /////*** the strategies or so to exclude must be at the begining >> >>> or >> >>>> end of the list you enter in the parameters interface >> >>>> >> >>>> /////*** fill the line MatrixND L = >> >>> L2.getSubMatrix(a,b,c).copy(); >> >>>> as follow : >> >>>> >> >>>> /////*** a = 1 if you want to exclude strategies, 2 if metiers >> and >> >>> 4 >> >>>> if areas >> >>>> >> >>>> /////*** b = indice of the first object considered >> >>>> >> >>>> /////*** c = number of object to keep after b, b included >> >>>> >> >>>> //MatrixND L = L2.getSubMatrix(0, 0, 12).copy(); // for instance >> : >> >>>> keep strategies 2,3,4,5 >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> Dans mon cas j’ai 8 métiers et je souhaite n’en conserver que 4 pour ma >> >>>> calibration sur mon espèce 1. Comment savoir dans quel ordre sont rangés >> >>> les >> >>>> métiers et quel numéro correspond à quel métier ? De plus il semble qu’il >> >>> ne >> >>>> soit possible d’exclure que des métiers qui se suivent dans la liste… >> >>>> comment faire si les métiers à conserver ne se suivent pas ? >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> Merci de votre aide. >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> Bastien >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> Bastien Preuss >> >>>> >> >>>> Doctorant (PhD Student) >> >>>> >> >>>> IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie >> >>>> >> >>>> 101 Promenade Roger Laroque >> >>>> >> >>>> BP A5 >> >>>> >> >>>> 98848 Noumea cedex >> >>>> >> >>>> New-Caledonia >> >>>> >> >>>> Tel: (+687) 260 723 >> >>>> >> >>>> P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer >> ce >> >>>> mail qu'en cas de nécessité >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>> >> >>> >> >>> >> >>> _______________________________________________ >> >>> Isis-fish-users mailing list >> >>> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> >>> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> >>> >> >>> _______________________________________________ >> >>> Isis-fish-users mailing list >> >>> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> >>> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> >>> >> >> >> >> >> >> >> >> _______________________________________________ >> >> Isis-fish-users mailing list >> >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> >> > > > >

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