- Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

import json
by Stephanie MAHEVAS 26 Feb '24

26 Feb '24

Bonjour Je veux copier une population pour en créer une nouvelle et la modifier. Je l'ai exporté en objet json pour la réimporter en changeant son nom et j'ai un message d'erreur.... une idée pour me debugguer ?Merci a+ Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

2 3

Modification de la configuration datarmor
by Eric Chatellier 23 Feb '24

23 Feb '24

Bonjour, Depuis quelques temps, datarmor refuse que ISIS-Fish soit installé sur mon compte personnel et utilisé par d'autres utilisateurs. Les administrateurs de datarmor nous ont proposé une autre solution plus pérenne. ISIS-Fish est maintenant installé dans l'espace commun "/appli/emh-commun/isis-fish". Donc, en attendant la prochaine version d'ISIS qui utilisera ces valeurs par défaut, la configuration est à changer en: - Installation d'ISIS-Fish : /appli/emh-commun/isis-fish/isis-fish-4.4.8 - Emplacement de java : /appli/emh-commun/isis-fish/jdk17/bin/java Cordialement. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

3 4

sh: /home3/datahome/echatell/jdk17/bin/java: Permission denied
by Sigrid LEHUTA 22 Feb '24

22 Feb '24

Hello, bon c est tout cassé sur datarmor ! hier j ai pu faire des simus mais ils ont eu des pb sur scratch, et depuis ce matin ca marche plus. j'ai ce message d erreur pour isis : sh: /home3/datahome/echatell/jdk17/bin/java: Permission denied auraient ils changé les droits ? je te mets le pbs en pj. Je leur pose la question en meme temps qu a toi. Merci !! -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

2 2

annuler un job sur datarmor
by Sigrid LEHUTA 21 Feb '24

21 Feb '24

hello conniassez vous la xommande pour annuler un job sur datarmor ? j ai son numero ... Merci ! -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

1 1

Coder les réponses aux questions de l'interface lors d'un import JSON
by Louis MAILLARD 21 Feb '24

21 Feb '24

Bonjour Eric, Mon mail fait suite au premier, finalement pas besoin d'importer les cellules de la base. L'amplitude de la première base est largement suffisante. J'ai maintenant, une autre question. J'ai finalement importé toutes les flottilles JSON de la base DEFIPEL, que je souhaite importer dans la base MACCO. Pour ne pas refaire autant de fois la manipulation qu'il y a de flottille à importer, est il possible coder les choix que l'interface demande, exemple : choisir de créer une Species ou d'utiliser une existante, avec des règles qui indiquent quand choisir quelle option ? Cela pourrait avoir cette forme : ImportJSON for <List de toutes les flottilles à importer dans la base>{ - "Créer" dans la base toutes les flottilles importées - Toujours "Utiliser" les cellules de la base - si le port est "La Turballe", "Utiliser" le port "La Turballe", sinon "Créer" le port - si l'espèce est "Sardine", "Utiliser" l'espèce "Sardine", sinon "Créer" l'espèce - "Créer" tous les métiers importés .... pour toutes les questions que l'interface pose au moment de l'import JSON . On peut faire une visio si cela n'est pas clair, je ne sais pas si tu as des disponibilités ? Merci d'avance. Bonne journée ! Louis.

2 3

lecture et modification d'une equation
by Stephanie MAHEVAS 20 Feb '24

20 Feb '24

Salut dans un plan de simulation, je veux changer une équation en modifiant uniquement la première ligne. string eq_death_rate_deb ="double Ktemp=context.getValueAndCompute(\"nephrops.naturalDeathRate.Ktemp\","+mor+");" string eq_death_rate_new =""+ eq_death_rate_deb +"if (group == null) return Ktemp*0.0; else if (group.getId() == 0) return Ktemp*0.0; else if (group.getId() == 1) return Ktemp*0.25; else if (group.getId() == 2) return Ktemp*0.2; else if (group.getId() ==3)return Ktemp*0.2; else if (group.getId() ==4)return Ktemp*0.2; else if (group.getId() ==5)return Ktemp*0.2; else if (group.getId() ==6)return Ktemp*0.2; else if (group.getId() ==7)return Ktemp*0.2; else if (group.getId() ==8)return Ktemp*0.2; else if (group.getId() ==9)return Ktemp*0.2; else return 0;" pop.setNaturalDeathRate(eq_death_rate_new); Y a t-il une manière plus efficace de le faire ? Ca m'arrangerait car j'ai une autre équation qui est beaucoup plus longue.... Et si non, comment faire que les passage à la ligne entre " " soit bien interprétés ? Merci Bon apres-midi Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

3 6

datarmor job
by Sigrid LEHUTA 20 Feb '24

20 Feb '24

hello, j ai lancé un job sur datarmor (LHS) mais il semble qu il soit arreté depuis 8h ce matin j ai eu ce mail enigmatique à 8h35, et depuis aucune nouvelle simu n'a tourné mais le log R ne donne pas d'erreur ni de message de fin d’exécution et il n y a pas de message d erreur PBS non plus. PBS Job Id: 8543569.datarmor0 Job Name: ISIS_DEFIPEL_search_LHS_q_tarEsp_pil Job to be deleted at request ofroot(a)r1i5n26.ib0.ice.ifremer.fr Savez vous ce qui peut se passer ? je suis en attente ? comment savoir ? Merci ! -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

4 3

V4.4.8.0 sur datarmor ?
by slehuta 16 Feb '24

16 Feb '24

Hello, est ce que la derniere version d isis est sur datarmor (/home3/datahome/echatell/isis-fish-4.4.7/isis-fish-4.4.8.0.jar), il a pas l'air de la trouver ? Sinon option 1 : peux tu la mettre ? option 2 : s'il vaut mieux rester sur la 4.4.7.?, est ce qu'une simu préparée aveec la 4.4.8.0 pourra etre relancée par la 4.4.7.? Merci

1 1

Infos sur calibrar
by Sigrid LEHUTA 15 Feb '24

15 Feb '24

Réponse de Ricardo au sujet des méthodes de calibrar qu'il est possible de faire tourner avec des simu en parallel, ce qui n etait pas le cas de CMA-ES (question postée en 2020...). Donc tjs pas CMA-ES mais apparemment pas mal d'autres. Je comprends qu'il faut notamment tester RvMMin (qui a en plus la fonction restart si ca s'arrete avant convergeance a cause des limites de temps de datarmor). J'essaie bientot -------- Message transféré -------- Sujet : Re: [roliveros-ramos/calibrar] CMAES does not run in parallel (#5) Date : Wed, 14 Feb 2024 14:30:59 -0800 De : Ricardo Oliveros-Ramos <notifications(a)github.com> Répondre à : roliveros-ramos/calibrar <reply+AN2EK64VFSBCGSET7V5DCDOD3JY2HEVBNHHB62XHG4(a)reply.github.com> Pour : roliveros-ramos/calibrar <calibrar(a)noreply.github.com> Copie à : slehuta <slehuta(a)ifremer.fr>, Author <author(a)noreply.github.com> The last version of the package allows to read/write to the disk for all 19 methods currently implemented (so it always creates the appropiate i0, i1, ..., in folders needed to try different solutions). For clusters with schedulers like DATARMOR, the method 'Rvmmin' also has the restart functionality. This method uses derivatives, so can be used with deterministic models and in those cases should be way faster than AHR-ES, that was developed for stochastic models. We are not planning anymore to modify the code of CMA-ES so it can be run in parallel, but many other methods do provide the functionality and are included in the package. — Reply to this email directly, view it on GitHub <https://github.com/roliveros-ramos/calibrar/issues/5#issuecomment-1944842020>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AN2EK66XLWF6BMPLH6OOF53YT…>. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: <roliveros-ramos/calibrar/issues/5/1944842020(a)github.com>

1 0

erreur lancement ISIS sur datarmor
by Stephanie MAHEVAS 14 Feb '24

14 Feb '24

Salut Eric j'ai un message que je ne comprends quand je lance un job sur datarmor avec le fichier pbs ci-joint -bash: /var/spool/PBS/mom_priv/jobs/8472498.datarmor0.SC: /bin/bash^M: bad interpreter: No such file or directory le meme lancement ne pose pas de pb quand Antoine le lance as-tu une idee ? Merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

2 2