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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.8.2 released
by Sarah Bordage 26 Aug '24

26 Aug '24

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.8.2 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- This new version aims to improve calculation times. It is based on an update of “nuiton-matrix”, the library used by ISIS-Fish to manage multidimensional arrays. Please note that due to certain algorithmic changes, results may differ slightly from previous versions of ISIS-Fish. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/8426/isis-fish-4.4.8.2-bin… Have fun! -ISIS-Fish team

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bug rafraichissement fenêtres suite à l'ouverture d'une nvelle région dans l'interface
by Sophie LEFORESTIER 23 Aug '24

23 Aug '24

Re-bonjour, Je me suis aperçue que lorsque je change la région dans l'interface, les fenêtres que j'ouvre ensuite ne se rafraîchissent pas, ce sont les paramètres de l'ancienne région qui s'affichent (par exemple équation de migration...). Pour mettre à jour les fenêtres, je dois fermer et réouvrir Isis. Y aurait-il un moyen de corriger ce bug qui pourrait être à l'origine d'erreurs de paramétrisation ? Merci beaucoup ! Sophie

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matrices de mortalité par pêche différentes entre deux simus
by Sophie LEFORESTIER 22 Aug '24

22 Aug '24

Bonjour, J'ai fait tourner la simu* sim_sim_WestMed_closures_Saisine_2023-10-19-00-55_0_nouvelEssai_sansRegles_avecNouveauPlan_2024-08-21-15-14_0* après avoir chargé la simu *sim_WestMed_closures_Saisine_2023-10-19-00-55_0* dans l'interface. J'ai pris soin de supprimer les règles sélectionnées dans l'interface pour qu'elles ne s'appliquent pas en double, étant donné qu'elles sont déjà appelées dans le plan de simu. Lorsque je compare les sorties des deux simulations, tous les résultats semblent similaires à l'exception de la matrice de mortalité par pêche MatrixFishingMortalityPerGroup (et MatrixTotalFishingMortality qui en dépend). D'après le doc dans le resultinfo, cette matrice est calculée à partir de trois autres matrices qui ne présentent pas de différences entre les deux simulations : • MatrixAbundanceBeginMonth • MatrixCatchPerStrategyMetPerZonePop • MatrixLandingPerMet C'est donc probablement la méthode de calcul de la matrice MatrixFishingMortalityPerGroup qui diffère entre les deux simulations. Pourriez-vous svp m'indiquer où trouver le script qui permet de calculer MatrixFishingMortalityPerGroup ? Ci-dessous un lien WeTransfer pour télécharger les deux simus zippées et la région : https://we.tl/t-EgcGAPZ3qM Merci d'avance pour votre aide ! Bonne journée, Sophie

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captures chalutiers nulles avec version optimisée ISIS 4.4.8.2.
by Sophie LEFORESTIER 20 Aug '24

20 Aug '24

Bonjour à tous, Me voici de nouveau dans la liste Isis avec un problème concernant la nouvelle version optimisée 4.4.8.2. J'ai fait tourner la même simu sur la base de données du Golfe du Lion WestMed_EMU1_23-11 avec les versions ISIS 4.4.8.1 et 4.4.8.2 (avant vs. après optimisation). Avec la version optimisée, je me suis aperçue que les captures des chalutiers sont nulles, pourtant leur effort est positif. Pour les autres engins, les captures semblent correctement simulées. Je ne rencontre pas ce problème avec l'ancienne version. Ci-dessous un lien WeTransfer pour télécharger les dossiers de simu zippés (trop lourds pour vous les envoyer directement par mail même après avoir supprimé les exports) : https://we.tl/t-rLvC7QHkSr sim_sim_WestMed_closures_Saisine_2023-10-19-00-55_0_2024-07-25-15-13_0 (ancienne version) et sim_sim_WestMed_closures_Saisine_2023-10-19-00-55_testOptim_2024-07-26-13-00_0 (version optimisée) Merci d'avance pour votre aide ! Sophie

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changement de nom metier
by Stephanie MAHEVAS 16 Jul '24

16 Jul '24

Bonjour Eric je souhaite changer le nom d'un metier (metier_old -> metier_new). Est-ce possible de le faire de telle sorte à ce que tous les objets (les strategies ou les flottilles) qui utilisent ce metier_old, utilisent alors metier_new sans avoir à le faire à la main ? merci Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 30 Jun '24

30 Jun '24

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Erreur règle suite à une nouvelle installation d'ISIS
by aricouar 23 May '24

23 May '24

Bonjour, J'ai installé ISIS sur un nouvel ordinateur (pour cause de décès du précédent) et en rechargeant certaines des règles que j'utilisais précédemment, dûment sauvegardées sur gitlab, il m'indique des erreurs à la compilation qui n'existaient pas avant : ---------- 1. ERROR in C:\Users\aricouar\Documents\ISIS-Fish\isis-fish-4\isis-community-database\rules\MaccoEquilibriumRestartSim.java (at line 34) import static scripts.PTAtoolbox.expandEnvirVar; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The import scripts.PTAtoolbox cannot be resolved ---------- 2. ERROR in C:\Users\aricouar\Documents\ISIS-Fish\isis-fish-4\isis-community-database\rules\MaccoEquilibriumRestartSim.java (at line 96) paramPath = expandEnvirVar.replace(paramPath); ^^^^^^^^^^^^^^ expandEnvirVar cannot be resolved ---------- 2 problems (2 errors) Ci-joint une des règles, l'erreur est la même pour toutes les règles concernées. J'imagine que le problème est trivial, mais si quelqu'un a la réponse, ce serait tout-de-même une grande aide ! Merci. Antoine

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Problème upload shapefile
by olavigno 19 Apr '24

19 Apr '24

Bonjour, Je début sur isis et rencontre un problème d'apport de shp. Lors de la dépose du shp tout fond de carte disparait et rien de nouveau n'apparait (pas même un code d'erreur). Les informations trouvées dans la mailling list me parlent de saisir une ligne de commande (https://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users//2008-November/005292.…) permettant de générer à partir du shp un ssx. Ces informations datent de 2008 mais je n'ai cependant rien trouvé de plus récent. Sauriez-vous m'indiquer où saisir cette ligne de commande et/ou quel pourrait être l'origine de mon problème ? Merci d'avance, Orianne Lavignon

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Mémoire vive sur datarmor
by aricouar 18 Apr '24

18 Apr '24

Bonjour Eric, J'ai lancé dernièrement une simu de 50 années sur la queue mpi2 de datarmor en requérant 4G de mémoire vive. J'obtiens une erreur de type "java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space" au pas de temps décembre 49. Ensuite j'ai lancé la même simu sur 40 années avec les mêmes réglages. J'obtiens la même erreur mais au pas de temps décembre 39. Il semble donc que la mémoire requise n'augmente pas linéairement avec le nombre de pas de temps et en particulier que le dernier pas de temps de la simulation soit beaucoup plus gourmand en mémoire que les autres. Est-ce que cela te semble normal ? Et comment avoir une idée de la mémoire vive requise pour réaliser une simulation en fonction du nombre de pas de temps, afin de pouvoir demander les ressources appropriées auprès de datarmor ? J'aurais besoin d'une réponse si possible rapide car j'aurais une réunion avec Mickaël Dequidt lundi pour lui demander des accès supplémentaires. Merci beaucoup, Antoine

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storage is null
by Sigrid LEHUTA 10 Apr '24

10 Apr '24

hello j ai cette erreur au lancement de mon plan (en pj), que je comprends pas du tout. qu en dis tu ? merci ! java.lang.NullPointerException: Cannot invoke "fr.ifremer.isisfish.datastore.RuleStorage.getNewInstance()" because "ruleStorage" is null at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.prepareSimulationZipFile(SimulationService.java:802) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:410) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.launchSimulation(ParamsHandler.java:427) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.launchSimulation(ParamsHandler.java:332) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:302) at java.base/jdk.internal.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at java.base/jdk.internal.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:77) at java.base/jdk.internal.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) at java.base/java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:568) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) at jdk.proxy1/jdk.proxy1.$Proxy20.actionPerformed(Unknown Source) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:1972) at java.desktop/javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2313) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:405) at java.desktop/javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:262) at java.desktop/javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:279) at java.desktop/java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6626) at java.desktop/javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3389) at java.desktop/java.awt.Component.processEvent(Component.java:6391) at java.desktop/java.awt.Container.processEvent(Container.java:2266) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:5001) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2324) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4833) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4948) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4575) at java.desktop/java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4516) at java.desktop/java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2310) at java.desktop/java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2780) at java.desktop/java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4833) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:773) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:722) at java.desktop/java.awt.EventQueue$4.run(EventQueue.java:716) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:399) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:86) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:97) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:746) at java.desktop/java.awt.EventQueue$5.run(EventQueue.java:744) at java.base/java.security.AccessController.doPrivileged(AccessController.java:399) at java.base/java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:86) at java.desktop/java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:743) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:203) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:124) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:113) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:109) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:101) at java.desktop/java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:90) -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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